genome.fa.s167.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold167
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4199719

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2742041--2742081	19	2.2	20	86	8	59	70	2	0	26	0.99
2746411--2746495	24	3.3	26	76	12	70	54	0	1	44	1.07
2746476--2746505	6	5.0	6	91	0	51	63	0	0	36	0.95
2746466--2746515	19	2.6	19	78	9	57	56	0	0	44	0.99
2746507--2746683	59	3.0	59	93	0	284	31	16	24	27	1.97
2747502--2747538	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
2747653--2747683	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2752594--2752630	17	2.2	17	95	0	65	10	8	18	62	1.52
2754504--2754555	26	2.0	26	85	7	70	36	1	5	55	1.35
2754504--2754586	25	3.3	26	75	9	75	43	1	3	51	1.26
2756535--2756565	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
2760552--2760584	15	2.3	15	94	5	59	60	9	6	24	1.49
2760597--2760723	16	8.0	16	72	11	84	39	28	15	16	1.89
2760608--2760719	32	3.5	32	74	10	97	40	28	15	16	1.88
2760585--2760723	48	2.9	47	75	9	131	40	26	15	17	1.89
2761786--2761857	32	2.2	33	85	5	92	44	31	15	8	1.76
2761757--2761857	16	6.2	17	76	7	75	44	28	14	11	1.81
2763151--2763183	15	2.3	14	94	5	57	18	15	0	66	1.25
2763156--2763189	15	2.3	15	89	0	50	29	17	0	52	1.45
2766448--2766498	18	2.9	18	88	2	77	21	9	9	58	1.58
2777953--2777988	4	8.8	4	96	3	63	75	0	2	22	0.94
2778733--2778761	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2779190--2779255	34	1.9	34	90	0	105	33	18	15	33	1.92
2780736--2780766	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
2784313--2784337	11	2.3	11	100	0	50	48	0	8	44	1.32
2784981--2785031	20	2.5	20	78	9	59	66	3	1	27	1.20
2786688--2786743	19	3.1	18	72	15	53	33	0	0	66	0.92
2786765--2786808	18	2.3	19	85	14	56	45	4	0	50	1.22
2790996--2791028	8	4.1	8	100	0	66	36	0	0	63	0.95
2791160--2791195	12	3.0	12	87	0	54	36	0	2	61	1.11
2791160--2791231	8	9.6	8	71	19	57	37	1	1	59	1.15
2791200--2791249	18	2.7	18	76	11	57	40	0	0	60	0.97
2809821--2809861	13	3.3	13	80	10	50	4	0	21	73	1.02
2814156--2814211	16	3.5	16	76	7	60	62	0	0	37	0.95
2814217--2814281	32	2.0	32	93	0	112	26	15	9	49	1.74
2816759--2816784	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2822287--2822362	32	2.4	31	82	10	100	46	0	0	53	1.00
2822498--2822575	23	3.3	23	73	21	65	50	0	0	50	1.00
2824204--2824332	53	2.4	53	81	8	145	39	13	2	44	1.56
2824315--2824349	18	1.9	18	88	0	52	48	8	5	37	1.58
2824518--2824580	20	3.2	20	81	0	63	39	20	3	36	1.69
2826031--2826072	18	2.4	17	81	14	50	50	4	0	45	1.23
2827042--2827068	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2827153--2827239	39	2.2	39	83	4	104	51	1	5	41	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2827317--2827352	18	2.0	18	89	10	56	72	0	0	27	0.85
2827755--2827816	21	3.0	20	72	9	63	50	0	0	50	1.00
2828427--2828462	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
2829124--2829198	29	2.6	29	81	12	91	45	6	0	48	1.29
2829184--2829266	35	2.4	33	80	13	87	43	3	0	53	1.18
2831717--2831749	17	2.0	17	88	5	50	45	0	0	54	0.99
2831982--2832056	22	3.3	24	82	17	83	52	0	0	48	1.00
2831998--2832056	16	3.8	16	75	4	59	50	0	0	49	1.00
2832520--2832563	11	3.7	12	85	14	56	65	0	0	34	0.93
2832518--2832653	28	5.2	25	68	18	73	63	0	1	34	1.09
2832528--2832653	16	8.1	16	64	21	54	62	0	1	34	1.10
2832506--2832637	39	3.5	37	76	13	126	63	0	0	34	1.05
2832889--2832975	17	5.1	17	69	15	56	47	0	2	50	1.13
2832893--2832959	34	2.0	34	82	5	82	47	0	2	49	1.16
2833141--2833181	11	3.9	11	81	9	50	43	2	2	51	1.28
2833141--2833180	21	2.0	20	85	5	53	45	2	2	50	1.28
2833199--2833238	20	1.9	21	90	10	64	42	0	0	57	0.98
2836361--2836405	17	2.6	17	82	10	56	71	20	0	8	1.12
2837148--2837186	19	2.2	17	86	9	51	33	0	0	66	0.92
2837223--2837278	18	3.1	19	82	17	66	30	0	0	69	0.89
2844785--2844828	15	2.8	16	82	3	54	36	0	2	61	1.09
2844889--2844940	22	2.4	22	83	6	61	65	0	1	32	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2845397--2845453	22	2.6	23	83	8	75	54	0	1	43	1.10
2847047--2847095	15	3.1	17	77	13	52	44	0	2	53	1.12
2847013--2847077	31	2.1	31	86	11	89	44	0	0	55	0.99
2851034--2851069	3	12.0	3	100	0	72	0	33	0	66	0.92
2852144--2852186	19	2.2	20	87	4	61	32	0	0	67	0.91
2859595--2859642	18	2.5	19	77	16	55	56	0	2	41	1.11
2859789--2859819	16	1.9	16	93	0	53	58	0	3	38	1.15
2860209--2860259	19	2.8	18	82	11	68	33	0	0	66	0.92
2860209--2860255	17	2.6	17	83	10	58	34	0	0	65	0.93
2860207--2860278	10	8.1	9	74	20	55	33	0	0	66	0.92
2860479--2860511	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
2861508--2861594	37	2.3	39	84	9	108	58	0	0	41	0.98
2861528--2861611	37	2.2	37	78	14	91	60	0	0	39	0.97
2861528--2861613	38	2.3	38	75	15	88	60	0	0	39	0.97
2865445--2865562	58	2.0	60	90	5	186	35	19	9	35	1.84
2867380--2867418	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
2867557--2867612	24	2.3	24	78	0	58	48	23	3	25	1.67
2868320--2868349	15	1.9	16	93	6	53	76	6	16	0	0.99
2869571--2869615	20	2.1	22	84	12	58	37	2	0	60	1.09
2871677--2871735	18	3.3	18	78	2	57	55	0	0	44	0.99
2872611--2872665	2	28.5	2	81	7	69	50	5	0	43	1.25
2875436--2875496	31	2.0	31	87	6	88	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2875473--2875508	15	2.5	15	86	4	56	55	0	0	44	0.99
2877087--2877178	20	4.7	20	75	14	84	61	0	0	38	0.96
2877121--2877194	29	2.4	30	82	12	89	59	2	0	37	1.12
2878202--2878234	7	4.6	7	96	3	57	39	0	0	60	0.97
2879715--2879786	12	5.8	13	70	15	62	33	1	0	65	1.02
2880262--2880325	24	2.7	24	81	11	78	59	1	1	37	1.16
2880266--2880323	16	3.6	16	80	15	66	58	1	1	37	1.18
2880254--2880326	32	2.4	30	76	14	78	58	1	1	38	1.15
2880342--2880379	19	2.0	19	89	0	58	55	2	0	42	1.14
2881412--2881480	29	2.3	30	78	9	79	50	1	0	47	1.09
2882441--2882496	23	2.3	25	84	9	71	46	3	0	50	1.19
2885441--2885516	25	3.0	25	73	7	66	57	2	1	38	1.21
2885698--2885749	21	2.5	20	84	15	70	51	0	0	48	1.00
2885738--2885787	26	1.9	26	88	8	75	42	0	0	58	0.98
2885798--2885836	20	2.0	20	85	10	53	64	0	0	35	0.94
2885901--2885941	16	2.3	18	84	12	50	58	2	0	39	1.11
2889059--2889252	96	2.0	96	96	0	361	25	25	18	31	1.97
2891232--2891332	46	2.2	44	81	10	114	45	0	0	54	0.99
2891235--2891315	23	3.5	23	69	14	58	48	0	0	51	1.00
2891274--2891344	33	2.2	31	82	5	79	42	0	0	57	0.98
2896080--2896104	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2902081--2902131	26	1.9	27	84	4	68	31	13	11	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2903479--2903521	16	2.8	15	79	6	50	48	2	0	48	1.14
2903665--2903696	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2904134--2904176	19	2.3	19	84	8	52	51	0	6	41	1.29
2904339--2904367	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
2909476--2909789	156	2.0	156	97	0	592	23	10	29	36	1.88
2915054--2915081	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2922947--2923031	31	2.7	32	81	13	88	51	0	1	47	1.08
2930188--2930254	15	4.2	16	72	24	52	61	1	1	35	1.15
2943937--2943979	2	21.5	2	95	0	77	46	2	0	51	1.13
2958540--2958638	46	2.2	46	98	1	191	25	20	13	41	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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