genome.fa.s194.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold194
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3945165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3701--4045	105	3.3	104	70	12	272	31	11	26	29	1.92
3706--3876	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
3859--3934	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
6411--6436	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
6390--6456	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
6476--6543	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
6498--6522	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
6479--6541	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
6598--6654	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
6659--6704	1	46.0	1	93	0	74	2	2	0	95	0.30
6660--6701	22	1.9	22	100	0	84	2	2	0	95	0.32
6658--6702	23	2.0	23	100	0	90	4	2	0	93	0.41
6659--6706	25	1.9	25	100	0	96	4	4	0	91	0.50
14582--14621	21	1.9	21	84	0	53	75	20	5	0	0.99
15889--16044	30	5.1	31	80	6	158	26	28	16	29	1.96
16070--16128	28	2.1	28	87	6	84	23	33	13	28	1.93
16058--16261	35	6.2	34	77	14	214	20	31	12	35	1.90
15884--16318	31	13.9	31	72	15	213	24	29	14	31	1.94
16355--17624	49	26.8	48	77	10	1170	24	24	18	32	1.97
16355--17580	92	13.0	92	88	3	1590	24	24	18	32	1.97
16969--17034	22	3.0	22	62	33	52	22	25	21	30	1.99
17068--17135	21	3.2	21	62	25	52	23	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18815--18843	14	2.1	14	100	0	58	34	0	44	20	1.52
24177--24202	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
24158--24222	33	2.0	33	87	6	96	41	16	13	27	1.87
33390--33455	10	6.5	11	80	16	63	84	15	0	0	0.61
33386--33467	11	7.8	10	82	11	94	84	15	0	0	0.63
33387--33458	1	72.0	1	80	0	54	86	13	0	0	0.58
34896--35413	29	17.9	29	84	3	632	29	31	17	21	1.96
34896--35420	116	4.5	115	87	3	707	30	31	17	20	1.96
35476--35929	43	10.0	43	74	12	392	25	26	19	28	1.99
35492--35929	92	4.8	86	78	12	333	24	27	19	28	1.99
35536--35870	135	2.5	135	94	0	564	25	27	20	26	1.99
37326--37353	13	2.2	13	100	0	56	32	14	14	39	1.86
37307--37371	32	2.0	33	93	3	114	33	12	15	38	1.85
41807--41836	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
41796--41836	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
44368--44410	20	2.1	21	91	4	70	16	41	32	9	1.80
46138--46163	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
46119--46183	33	2.0	33	84	6	87	41	18	13	26	1.88
47588--47650	18	3.4	18	73	16	58	44	0	7	47	1.32
47588--47662	37	2.0	37	80	14	84	44	1	9	45	1.44
48534--48564	11	2.8	11	90	0	53	0	12	0	87	0.55
48528--48575	13	3.7	13	86	13	64	2	14	0	83	0.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48526--48575	25	2.0	25	88	7	75	2	14	0	84	0.72
48534--48575	21	2.0	21	86	13	59	0	14	0	85	0.59
50816--50864	24	2.0	24	96	0	89	30	18	8	42	1.79
53174--53229	21	2.8	21	78	5	71	39	12	14	33	1.83
53926--53965	15	2.9	13	79	13	53	32	32	15	20	1.93
53558--54318	383	2.0	384	99	0	1515	27	31	14	26	1.95
55167--55191	11	2.3	11	100	0	50	48	0	0	52	1.00
56657--56719	33	1.9	33	83	6	83	30	17	17	34	1.93
59009--59048	22	1.9	19	85	14	53	50	0	20	30	1.49
65334--65367	13	2.6	13	90	0	50	38	14	11	35	1.83
71369--71828	115	4.0	114	83	4	518	40	12	10	36	1.77
71401--71829	228	1.9	229	83	3	569	40	12	10	37	1.77
73514--73539	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
73492--73559	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
81921--81972	20	2.7	20	88	8	72	30	15	15	38	1.88
83938--84182	90	2.7	89	77	7	262	37	8	20	33	1.82
87054--87078	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
87034--87103	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
87143--87167	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
87176--87296	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
90825--90869	12	3.9	12	81	16	51	35	0	2	62	1.08
91890--91959	20	3.5	19	77	14	70	32	17	14	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91992--92043	19	2.7	19	87	3	68	36	15	19	28	1.92
99009--99036	9	3.1	9	100	0	56	21	32	0	46	1.52
100620--100682	33	1.9	33	87	6	92	34	22	11	31	1.89
100711--100766	19	2.9	19	81	2	76	32	12	21	33	1.91
100752--100776	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101879--101904	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
102740--102789	20	2.5	20	80	6	57	34	12	22	32	1.90
103613--103648	15	2.4	16	90	9	58	69	5	19	5	1.29
105290--105979	155	4.4	155	83	3	796	24	15	19	40	1.90
111106--111170	20	3.2	20	86	0	94	29	12	12	46	1.78
113316--113382	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
113840--113865	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
113904--113979	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
113924--113997	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
113904--113997	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
114617--114663	23	2.0	23	100	0	94	51	12	4	31	1.59
115814--115838	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
116393--116439	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
118985--119051	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
119509--119534	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
119573--119648	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
119593--119666	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119573--119666	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
127651--127686	18	2.0	18	100	0	72	33	5	38	22	1.77
128954--129395	28	15.5	28	78	7	379	23	16	29	29	1.97
128938--129246	59	5.3	59	78	7	220	21	17	31	29	1.96
132741--132766	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133488--133589	47	2.2	47	85	0	132	37	14	27	20	1.92
133597--133973	49	7.9	49	75	7	299	31	18	24	25	1.97
133557--133850	98	2.9	99	82	6	340	34	18	24	23	1.96
133591--133875	150	1.9	147	86	2	408	34	17	23	24	1.96
133970--134581	33	18.9	33	77	10	543	37	12	31	19	1.88
133973--134521	226	2.4	227	86	3	743	37	12	31	18	1.88
134454--134636	61	3.0	61	90	0	267	37	13	28	20	1.90
134625--134862	30	7.7	30	83	4	269	31	14	29	23	1.94
134607--134858	61	4.1	61	78	6	238	33	14	28	23	1.94
136048--136084	11	3.4	11	85	14	58	0	2	13	83	0.74
136034--136090	22	2.4	24	80	11	73	5	10	12	71	1.28
146165--146190	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
146229--146304	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
146250--146322	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
146229--146322	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
146908--146980	36	2.0	36	100	0	146	16	35	5	42	1.71
148801--148839	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148825--148903	20	3.7	20	70	20	70	45	16	12	25	1.82
150918--150948	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
155010--155035	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
155074--155149	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
155095--155167	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
155074--155167	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
158760--159344	28	20.6	28	74	7	346	27	31	19	22	1.98
158770--159345	56	10.2	56	76	8	384	27	31	19	21	1.98
158808--159124	137	2.3	137	80	4	325	27	31	19	21	1.97
158767--159345	84	6.8	84	74	8	451	27	30	19	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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