genome.fa.s194.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold194
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3945165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1955208--1955255	24	2.0	25	84	11	66	45	0	0	54	0.99
1954950--1955444	253	1.9	255	81	7	599	41	8	9	41	1.66
1955491--1955531	21	2.0	21	85	0	55	29	7	4	58	1.46
1955601--1955657	2	31.0	2	78	16	52	42	0	0	57	0.98
1955583--1955639	16	3.5	16	83	11	62	42	0	1	56	1.10
1955602--1955698	12	7.7	12	72	14	61	37	1	1	60	1.10
1955601--1955657	26	2.2	26	87	9	82	42	0	0	57	0.98
1956221--1956290	20	3.9	16	75	18	50	50	0	2	47	1.16
1956245--1956302	10	5.9	10	74	11	57	51	0	1	46	1.11
1956275--1956316	20	2.2	19	86	4	57	47	0	2	50	1.14
1956320--1956347	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
1956860--1956901	3	14.0	3	90	9	68	35	0	0	64	0.94
1957291--1957330	18	2.2	18	91	8	64	75	0	0	25	0.81
1957296--1957351	19	2.9	19	84	5	60	60	0	0	39	0.97
1957454--1957510	16	3.7	17	73	19	54	56	0	0	43	0.99
1957433--1957501	14	4.9	14	73	23	56	55	1	0	43	1.08
1957976--1958021	19	2.6	17	83	10	56	45	0	2	52	1.13
1958421--1958483	25	2.5	26	76	5	65	53	1	1	42	1.19
1958490--1958521	17	1.9	16	93	6	55	46	18	12	21	1.82
1958748--1958790	7	6.4	7	94	5	72	86	0	0	13	0.58
1958749--1958790	13	3.2	13	87	12	68	85	0	0	14	0.59
1970562--1970638	20	3.8	20	73	0	73	29	15	12	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1977114--1977155	19	2.2	19	83	8	50	16	7	0	76	1.00
1977834--1978564	28	25.6	29	82	7	757	24	16	28	30	1.96
1977845--1978565	86	8.4	86	81	8	826	25	16	28	30	1.96
1980773--1980847	28	2.7	28	81	6	91	29	17	29	24	1.97
1980715--1980950	106	2.2	108	85	4	307	32	12	27	27	1.93
1983298--1983327	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
1983905--1984482	61	9.4	61	86	3	687	29	18	25	25	1.98
1983891--1984482	123	4.8	122	84	4	712	30	18	26	25	1.98
1983904--1984474	184	3.1	182	85	2	777	29	18	25	25	1.98
1985462--1985507	12	3.7	12	80	8	56	2	2	8	86	0.72
1985462--1985507	20	2.4	18	83	16	58	2	2	8	86	0.72
1998006--1998161	20	8.9	20	71	26	120	26	16	15	41	1.88
1998044--1998168	13	11.0	13	72	27	124	28	17	15	39	1.90
1998024--1998188	33	5.0	33	96	0	294	27	17	15	39	1.90
2000614--2000687	28	2.6	28	82	0	94	21	31	21	25	1.98
2000670--2000787	51	2.3	51	82	2	157	30	26	11	31	1.92
2000721--2000940	79	2.8	78	82	6	262	27	22	14	35	1.93
2002073--2002102	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
2002050--2002119	33	2.1	32	84	10	88	37	12	14	35	1.84
2002148--2002201	19	2.8	20	88	2	74	37	18	16	27	1.93
2004335--2004399	33	2.0	32	85	11	87	33	16	15	33	1.91
2006364--2006561	79	2.5	79	85	0	270	32	10	27	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2008369--2008502	49	2.7	50	91	1	207	40	16	17	26	1.90
2008374--2008502	50	2.6	49	92	1	204	39	17	17	26	1.91
2010317--2010355	20	2.0	20	89	0	60	30	20	10	38	1.86
2011312--2011365	20	2.7	20	94	0	90	27	14	14	42	1.85
2011269--2011414	69	2.1	70	92	1	240	27	17	15	40	1.89
2012908--2013307	130	3.1	126	83	6	463	28	25	13	33	1.93
2013186--2013392	80	2.6	80	78	6	208	27	23	15	33	1.95
2022168--2022608	166	2.7	164	77	6	435	49	6	10	32	1.64
2029331--2029469	61	2.3	61	92	1	224	30	12	17	38	1.87
2032665--2032689	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
2032694--2032774	21	3.9	21	83	4	110	33	13	17	35	1.89
2032777--2032811	12	3.1	12	84	16	56	17	0	0	82	0.66
2032782--2032809	10	2.8	10	100	0	56	14	0	0	85	0.59
2032877--2032976	19	5.9	19	74	25	107	35	12	15	38	1.84
2032898--2032954	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
2032879--2032973	32	3.0	32	98	0	181	34	12	15	36	1.86
2033016--2033041	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2032996--2033062	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2035361--2035704	51	6.6	51	68	13	171	30	25	11	32	1.91
2035478--2035550	27	2.7	27	87	6	94	24	32	20	21	1.97
2035536--2035708	52	3.4	51	79	5	195	30	24	12	32	1.92
2035688--2035769	28	2.9	28	83	7	96	24	32	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2035372--2035761	211	1.8	211	87	2	577	29	26	12	31	1.93
2038211--2038263	19	2.7	20	88	2	72	32	15	16	35	1.90
2038178--2038239	33	1.9	33	87	9	92	29	12	16	41	1.85
2038292--2038345	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
2044593--2044632	21	1.9	21	84	0	53	30	20	0	50	1.49
2046344--2046395	21	2.3	23	90	9	81	32	3	17	46	1.66
2048588--2048740	79	1.9	80	84	4	202	34	11	22	31	1.89
2048784--2048838	28	2.0	28	85	0	74	30	20	21	27	1.98
2050051--2050075	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
2051545--2051570	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2051625--2051663	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
2055645--2055675	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2061801--2061941	65	2.1	68	84	3	180	35	15	25	23	1.94
2061886--2062401	61	8.4	60	78	6	498	29	17	24	28	1.97
2061962--2062400	125	3.5	121	80	5	412	30	17	24	27	1.97
2061826--2062400	186	3.1	185	80	5	547	30	17	24	27	1.97
2069016--2069165	52	2.9	51	90	4	237	30	17	18	33	1.94
2070583--2071196	79	7.8	79	78	3	549	36	13	22	27	1.92
2071103--2071161	28	2.0	30	83	9	77	37	8	20	33	1.83
2073661--2073687	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
2074359--2074884	42	12.3	42	74	9	359	43	12	24	20	1.86
2074405--2074884	129	3.7	129	78	7	456	43	12	24	20	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2074491--2074884	86	4.6	85	78	8	350	43	11	24	20	1.85
2074868--2075016	60	2.4	62	85	4	194	32	20	22	25	1.98
2076280--2076332	27	2.0	26	82	13	65	5	13	3	77	1.09
2076300--2076333	17	2.0	17	88	0	50	2	14	2	79	0.97
2084210--2084273	33	2.0	32	87	3	92	29	15	14	40	1.86
2084797--2084919	35	3.7	34	72	21	100	32	13	24	30	1.93
2084794--2084923	34	3.9	32	79	14	131	33	12	25	29	1.92
2089483--2089579	27	3.7	27	83	10	130	39	2	31	26	1.68
2089503--2089616	27	4.6	23	81	10	93	35	1	32	29	1.68
2090407--2090444	20	1.9	20	94	0	67	39	10	13	36	1.79
2090914--2091033	34	3.6	33	84	9	145	32	14	25	28	1.94
2097337--2097402	33	2.0	33	84	0	87	25	13	18	42	1.87
2099844--2099914	27	2.6	28	84	6	92	22	32	21	23	1.98
2099897--2100118	52	4.3	51	80	2	228	30	25	12	32	1.92
2099730--2100118	52	7.4	50	70	13	203	30	25	12	31	1.92
2100101--2100177	28	2.8	28	86	7	95	24	33	18	23	1.96
2099728--2100228	263	1.9	263	89	1	781	28	26	13	31	1.94
2103507--2103591	20	3.7	20	68	28	62	42	9	18	29	1.82
2106481--2106542	28	2.2	27	80	8	70	48	17	19	14	1.81
2106811--2106853	21	2.0	21	95	0	77	20	18	18	41	1.90
2107264--2107349	32	2.7	31	84	10	111	30	31	22	16	1.95
2107970--2108024	20	2.8	20	83	5	67	32	12	14	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2111520--2111665	52	2.8	52	78	4	159	26	25	15	33	1.95
2111486--2111680	52	3.8	52	74	6	155	26	24	14	34	1.94
2116763--2116814	19	2.7	20	87	6	79	28	15	13	42	1.85
2116847--2116897	20	2.5	20	90	6	77	35	13	17	33	1.89
2119111--2119153	21	2.1	20	83	12	52	55	6	13	23	1.62
2119111--2119153	20	2.1	21	83	12	54	55	6	13	23	1.62
2123064--2123090	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2125553--2125578	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2125562--2125618	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
2125647--2125700	20	2.7	20	86	11	67	33	12	18	35	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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