genome.fa.s194.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold194
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3945165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2258261--2258294	13	2.6	14	90	9	54	8	11	0	79	0.94
2258773--2259081	166	1.9	165	79	6	356	46	10	11	31	1.73
2263361--2263486	40	3.2	40	75	0	126	40	14	26	19	1.89
2264419--2264674	60	4.3	59	82	3	287	46	19	16	16	1.84
2264462--2264674	30	7.1	30	66	20	97	48	18	15	17	1.82
2265705--2266090	112	3.5	112	85	3	503	38	16	13	31	1.87
2267006--2267237	79	2.9	80	82	5	319	34	11	25	28	1.90
2269499--2269572	27	2.7	28	81	6	98	20	14	37	27	1.92
2271826--2272119	79	3.7	79	82	4	349	37	11	21	29	1.89
2274466--2274600	50	2.7	50	84	0	171	40	14	17	26	1.89
2275282--2275544	79	3.2	79	72	13	253	45	13	24	16	1.84
2275351--2275760	42	9.8	42	72	13	281	42	13	24	19	1.87
2275285--2275586	165	1.8	166	89	2	482	44	13	25	16	1.85
2275517--2275758	86	2.9	83	76	12	208	42	12	24	20	1.87
2275798--2276475	62	11.0	62	84	3	778	32	19	23	24	1.98
2277726--2277784	11	5.1	12	80	15	54	8	13	1	76	1.09
2277726--2277800	34	2.1	35	83	11	91	8	12	4	76	1.15
2282043--2282072	7	4.3	7	100	0	60	30	13	13	43	1.82
2282636--2282912	79	3.5	79	78	4	310	35	11	22	31	1.89
2285611--2285692	41	2.0	41	95	0	146	31	19	18	30	1.96
2286322--2286393	20	3.5	20	75	14	65	41	15	11	31	1.82
2287669--2287743	30	2.5	31	86	2	98	38	17	17	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2287807--2287858	21	2.5	21	87	6	70	32	21	9	36	1.86
2288544--2288623	32	2.5	33	84	8	103	18	15	33	32	1.92
2288541--2288759	30	7.4	30	81	11	106	24	16	27	31	1.97
2288622--2288947	28	11.2	28	81	8	208	31	15	26	26	1.96
2288787--2289436	32	20.8	31	76	11	435	35	11	28	24	1.91
2288787--2289502	64	11.6	63	75	11	528	35	12	28	24	1.91
2288617--2288967	58	6.0	58	73	17	199	31	14	26	26	1.95
2288707--2288997	57	5.0	57	74	13	171	32	14	26	26	1.95
2288998--2289502	32	16.3	31	76	11	290	35	11	28	24	1.90
2288787--2289446	251	2.6	245	79	8	631	35	11	28	24	1.91
2289186--2289445	130	2.0	130	92	0	430	34	11	30	23	1.90
2294350--2294398	20	2.5	20	100	0	98	40	14	20	24	1.89
2294839--2294916	40	2.0	40	92	0	129	39	10	14	35	1.80
2294939--2294993	20	2.7	21	77	5	58	27	12	14	45	1.81
2294959--2295012	20	2.7	20	82	2	63	27	14	12	44	1.82
2297423--2297562	52	2.7	52	86	2	174	28	15	11	44	1.81
2297838--2297862	13	1.9	13	100	0	50	20	48	8	24	1.76
2299843--2300075	92	2.5	94	84	5	301	36	14	24	24	1.93
2300769--2300798	8	3.8	8	90	0	51	30	23	20	26	1.98
2302330--2302354	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2307268--2307319	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
2315579--2315634	28	2.0	27	89	3	85	26	25	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2318825--2318875	25	2.0	25	100	0	102	49	3	23	23	1.67
2319408--2319849	168	2.6	165	84	3	537	39	12	12	35	1.80
2321167--2321885	166	4.4	163	79	7	609	50	7	11	29	1.67
2321313--2321885	166	3.5	165	84	5	620	51	6	11	30	1.64
2323049--2323490	60	7.5	58	77	9	319	42	11	21	24	1.86
2323085--2323518	120	3.7	118	77	9	438	42	11	22	24	1.86
2323087--2323474	30	13.2	30	67	14	137	42	11	21	24	1.86
2323270--2323481	112	1.9	112	90	0	334	43	11	22	22	1.85
2323388--2323487	30	3.3	29	75	10	94	42	11	23	24	1.86
2328727--2328782	20	2.8	19	81	10	67	30	14	14	41	1.85
2331308--2331376	20	3.8	18	74	16	63	36	13	14	36	1.85
2331307--2331378	35	2.1	34	86	2	99	36	12	15	36	1.85
2337374--2337428	20	2.8	20	86	8	76	32	14	16	36	1.89
2339806--2340189	156	2.5	154	83	3	466	39	20	17	22	1.93
2340462--2340861	167	2.4	166	87	4	538	38	12	13	35	1.83
2341560--2341631	19	4.2	18	73	24	66	30	16	15	37	1.90
2341585--2341609	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2341566--2341629	32	2.0	33	90	3	103	32	17	14	35	1.89
2341676--2341705	13	2.3	13	94	0	51	33	13	13	40	1.83
2351724--2351774	20	2.6	20	84	3	68	31	19	13	35	1.91
2353370--2353410	21	2.0	20	85	4	55	70	0	0	29	0.87
2353623--2354271	153	4.1	158	80	9	578	50	7	11	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356156--2356314	56	2.8	56	87	2	228	27	25	15	32	1.95
2357258--2357329	21	3.5	21	86	7	85	37	11	18	33	1.86
2357365--2357504	52	2.7	52	82	0	163	32	13	9	45	1.75
2359738--2359796	27	2.1	29	84	12	79	32	25	11	30	1.92
2360710--2360963	124	2.0	124	97	0	481	29	16	19	34	1.94
2360946--2361002	20	2.8	20	78	0	60	33	12	14	40	1.83
2361017--2361073	20	2.8	20	91	0	87	31	15	8	43	1.78
2360935--2361121	71	2.6	71	86	5	236	29	16	12	41	1.84
2361970--2362034	19	3.8	18	75	24	77	32	12	16	38	1.86
2361972--2362047	32	2.4	32	93	0	125	34	14	15	35	1.88
2361991--2362015	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2362087--2362111	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2362120--2362251	52	2.5	52	87	0	201	36	16	17	29	1.92
2369157--2369193	15	2.5	15	91	4	58	86	13	0	0	0.57
2369523--2369547	10	2.5	10	100	0	50	84	16	0	0	0.63
2370495--2370615	32	3.9	31	86	9	165	24	26	16	32	1.96
2370496--2370649	32	5.0	30	80	11	150	24	29	16	30	1.96
2370496--2370653	62	2.5	62	87	3	219	23	29	15	31	1.95
2370624--2370818	36	5.8	35	78	14	205	20	32	13	33	1.91
2370629--2370818	33	5.6	33	79	8	186	19	32	13	34	1.90
2370622--2370813	100	1.9	100	93	0	330	20	32	13	32	1.92
2370655--2370781	64	2.0	66	84	6	170	21	33	13	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2370824--2371144	33	9.9	33	88	3	402	29	32	18	19	1.96
2370824--2371144	97	3.3	97	89	3	459	29	32	18	19	1.96
2371149--2371799	92	7.0	92	95	0	1142	24	26	18	30	1.98
2371150--2371844	49	14.9	49	80	11	798	25	25	18	30	1.98
2371799--2371940	52	2.7	52	69	7	115	24	24	14	36	1.93
2372616--2372705	13	6.0	13	69	26	54	35	14	14	35	1.87
2372596--2372704	32	3.4	32	92	1	173	34	13	15	35	1.87
2372744--2372768	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2372777--2372905	52	2.5	52	98	0	249	34	18	18	27	1.95
2377062--2377090	10	2.7	11	94	5	51	34	13	0	51	1.42
2392415--2392487	20	3.7	19	87	7	85	28	15	17	38	1.90
2398689--2398762	20	3.7	20	94	0	130	28	14	13	43	1.84
2398638--2398811	89	1.9	89	90	3	278	27	15	15	41	1.87
2401155--2401230	28	2.8	28	88	6	102	23	31	18	26	1.97
2401183--2401362	79	2.3	79	83	2	220	25	27	15	31	1.96
2401109--2401306	106	1.9	106	85	4	274	27	26	13	32	1.94
2403433--2403471	4	9.8	4	100	0	78	23	0	0	76	0.78
2413747--2413801	16	3.4	16	72	7	58	81	10	5	1	0.92
2414877--2415047	55	3.0	55	82	6	209	26	27	19	25	1.99
2414773--2414949	93	1.9	93	89	1	273	26	30	17	25	1.97
2414931--2415013	26	3.1	26	63	19	62	26	28	20	24	1.99
2414900--2415104	61	3.5	60	83	6	235	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2415721--2415794	20	3.7	20	89	3	105	28	14	13	43	1.84
2418141--2418196	28	2.0	28	100	0	112	21	32	17	28	1.96
2418169--2418349	79	2.3	78	80	5	204	25	29	14	29	1.95
2419653--2419678	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2421522--2421627	53	2.0	53	90	5	171	40	9	19	30	1.83
2421525--2421653	53	2.4	51	82	11	161	41	8	19	30	1.81
2422228--2422252	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2422208--2422271	32	2.0	32	87	9	94	29	15	15	39	1.89
2422323--2422347	13	1.9	13	100	0	50	36	8	16	40	1.77
2423325--2423408	29	2.9	29	94	0	141	36	21	4	36	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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