genome.fa.s194.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold194
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3945165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

This is table  17  of  24  ( 2800 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2744559--2744618	20	3.1	18	81	13	66	48	0	0	51	1.00
2744568--2744715	47	3.1	46	77	11	131	51	0	0	48	1.00
2745158--2745195	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2745378--2745455	16	4.9	16	84	6	104	55	10	1	33	1.42
2745469--2745505	14	2.6	15	79	12	51	59	0	0	40	0.97
2745497--2745550	18	2.9	18	76	13	56	37	0	0	62	0.95
2746386--2746427	22	2.0	21	95	4	75	35	0	0	64	0.94
2746638--2746676	20	2.0	20	89	0	60	38	10	10	41	1.73
2747145--2747211	23	2.8	23	82	13	82	40	2	2	53	1.31
2747355--2747444	47	1.9	47	84	8	121	36	11	2	50	1.50
2760256--2760460	62	3.3	62	97	1	376	26	18	25	29	1.98
2764604--2764963	166	2.2	165	82	4	422	33	10	6	50	1.63
2766618--2766988	140	2.6	141	83	6	484	33	10	10	45	1.72
2771421--2771475	22	2.5	22	96	0	101	9	34	3	52	1.50
2772955--2773031	18	3.9	18	70	18	55	12	42	0	44	1.43
2772974--2773034	9	7.1	9	74	10	65	13	44	0	42	1.43
2772979--2773055	12	6.9	12	75	19	62	11	46	1	40	1.48
2772946--2773064	42	2.8	42	90	0	184	10	44	1	43	1.47
2779972--2780076	29	3.7	29	86	5	133	40	4	19	36	1.72
2779963--2780105	29	5.0	28	82	4	110	38	4	20	35	1.75
2780924--2780957	13	2.5	13	90	4	50	58	5	0	35	1.22
2781366--2781414	20	2.5	20	83	12	57	38	0	4	57	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2781681--2781724	20	2.2	20	87	0	61	38	0	2	59	1.10
2782449--2782477	13	2.1	14	93	6	51	79	0	0	20	0.74
2791471--2791522	6	8.8	6	74	4	52	38	0	0	61	0.96
2791778--2791815	17	2.2	18	85	4	51	47	0	2	50	1.15
2792177--2792236	23	2.7	22	80	12	61	55	1	1	41	1.20
2794062--2794180	24	5.0	23	66	19	66	54	2	8	34	1.44
2794051--2794193	71	2.0	71	98	0	277	53	2	9	34	1.47
2794535--2794574	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2794969--2795003	15	2.4	15	90	4	54	25	0	0	74	0.82
2797942--2797983	14	2.9	15	75	7	50	21	14	4	59	1.53
2798475--2798505	16	1.9	16	93	0	53	0	12	29	58	1.35
2798867--2798891	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2800608--2800642	16	2.1	18	89	10	56	54	0	2	42	1.15
2804267--2804574	152	2.0	152	92	0	517	36	9	15	37	1.81
2804527--2804601	28	2.7	28	91	0	114	36	8	22	33	1.84
2805497--2805528	15	2.1	15	94	0	55	53	0	0	46	1.00
2805578--2805620	22	2.0	22	85	0	59	34	0	0	65	0.93
2806736--2806776	20	2.0	20	86	9	57	41	0	0	58	0.98
2807641--2807880	123	2.0	122	81	5	286	47	10	5	36	1.61
2808124--2808651	42	12.5	41	69	12	246	34	17	28	18	1.94
2808222--2808661	84	5.2	84	81	3	497	35	18	28	18	1.94
2808124--2808540	127	3.3	127	75	8	344	33	17	29	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2808238--2808654	170	2.5	169	84	3	536	34	18	28	18	1.95
2808723--2808824	44	2.3	45	81	1	116	45	12	22	19	1.84
2819607--2819689	42	2.0	42	97	0	157	28	10	31	28	1.91
2822856--2822928	18	3.8	18	69	23	60	2	19	36	41	1.66
2828102--2828201	43	2.4	41	81	8	112	35	14	17	34	1.89
2829380--2829430	15	3.5	15	69	15	52	43	0	5	50	1.26
2829374--2829434	29	2.1	29	96	0	113	49	0	6	44	1.28
2834563--2834622	25	2.3	27	77	13	72	53	1	1	43	1.20
2835641--2835683	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2835758--2835783	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2835561--2835783	122	1.9	119	91	3	367	45	11	13	29	1.79
2844864--2844913	13	3.7	13	86	5	64	84	10	6	0	0.79
2844865--2844913	16	3.0	16	81	3	53	85	8	6	0	0.73
2845896--2846518	55	11.3	55	91	2	896	29	29	20	20	1.98
2846079--2846167	29	3.2	29	67	20	89	28	33	19	19	1.96
2846108--2846197	26	3.3	26	68	14	74	28	33	17	20	1.95
2846299--2846446	29	5.3	29	59	18	71	28	31	18	21	1.97
2847110--2847137	14	2.0	14	100	0	56	78	0	7	14	0.95
2847145--2847221	21	3.7	21	85	3	102	36	14	15	33	1.88
2847273--2847297	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2847359--2847384	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2847339--2847405	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2849736--2849868	52	2.6	52	78	5	135	30	25	10	33	1.90
2849858--2849928	28	2.5	28	88	0	97	22	35	18	23	1.96
2849882--2850085	80	2.6	79	81	3	223	24	29	16	29	1.96
2849882--2850116	80	2.9	76	76	8	209	25	28	14	31	1.95
2852491--2853401	166	5.5	163	78	7	815	49	7	11	31	1.68
2852491--2853370	333	2.7	328	80	8	914	49	8	11	31	1.68
2856728--2856942	78	2.8	78	79	0	241	26	7	36	29	1.85
2860733--2860799	25	2.6	26	80	4	73	43	0	8	47	1.34
2861275--2861302	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2862859--2862896	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2868806--2868942	41	3.4	41	71	14	113	43	1	0	54	1.14
2868882--2868965	31	2.7	31	80	8	91	42	1	0	55	1.07
2868914--2868972	30	2.0	29	87	9	84	37	1	1	59	1.18
2871420--2871460	21	2.0	21	85	0	55	56	2	4	36	1.34
2873087--2873118	16	2.0	16	93	0	55	46	9	0	43	1.35
2874912--2874962	18	2.8	18	87	0	66	29	21	1	47	1.62
2886722--2886769	24	2.0	25	87	4	71	45	6	0	47	1.27
2912139--2912309	57	3.0	57	71	6	148	46	10	11	32	1.74
2914485--2914778	56	5.3	57	74	9	214	23	18	14	43	1.87
2914521--2914778	112	2.3	112	84	4	317	23	18	15	42	1.88
2916876--2916914	15	2.4	16	83	8	53	0	15	5	79	0.90
2920906--2920938	17	2.0	17	88	5	50	33	0	3	63	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2921569--2922135	282	2.0	282	90	0	902	35	14	20	28	1.92
2922997--2923078	41	2.0	41	90	0	128	41	9	14	34	1.79
2932902--2932949	16	2.9	16	81	3	60	50	10	6	33	1.62
2932946--2932983	16	2.4	16	90	0	58	52	18	5	23	1.65
2933814--2933864	16	3.2	16	81	15	61	41	17	17	23	1.90
2933821--2933873	16	3.2	16	80	17	56	43	16	15	24	1.87
2935273--2935306	4	8.2	4	87	6	50	26	0	0	73	0.83
2935815--2935855	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2936082--2936110	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2941092--2941117	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2945919--2945964	20	2.2	21	84	3	58	34	17	8	39	1.80
2946734--2946893	58	2.7	59	81	2	198	35	13	25	26	1.93
2946982--2947052	34	2.1	35	84	5	92	28	18	26	26	1.98
2947100--2947190	32	2.8	32	88	5	121	29	19	24	26	1.98
2950299--2950437	52	2.7	52	82	5	167	30	14	12	42	1.82
2955378--2955416	13	2.9	14	88	7	62	35	12	2	48	1.55
2958184--2958221	2	19.5	2	89	5	51	52	5	0	42	1.24
2961788--2961821	16	2.1	16	88	0	50	44	0	0	55	0.99
2961851--2961894	15	2.8	16	86	10	56	47	2	0	50	1.13
2961867--2961900	18	1.9	17	88	5	50	52	0	0	47	1.00
2966920--2966962	21	2.0	21	86	0	59	30	30	0	39	1.57
2974382--2974871	79	6.2	78	76	7	364	27	24	13	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2974416--2974768	158	2.2	158	80	4	406	26	24	14	34	1.94
2983567--2983619	19	2.9	18	81	13	56	52	1	3	41	1.30
2985435--2985464	13	2.3	13	94	0	51	56	0	3	40	1.16
2988146--2988199	20	2.8	20	77	8	58	29	14	9	46	1.76
2988217--2988270	20	2.7	21	80	5	67	40	12	11	35	1.79
2992929--2993257	51	6.5	50	71	7	187	26	19	20	33	1.97
2993074--2993261	103	1.8	101	84	4	252	23	18	22	34	1.96
2997788--2998037	103	2.4	101	82	5	297	28	24	14	31	1.95
3000076--3000114	21	1.9	21	89	5	62	48	12	25	12	1.77
3002002--3002035	17	2.0	17	94	0	59	23	8	29	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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