genome.fa.s194.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold194
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3945165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2429744--2429794	20	2.5	20	87	6	68	35	13	15	35	1.87
2431380--2431418	3	13.0	3	83	0	51	38	2	30	28	1.70
2435986--2436012	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2438532--2438558	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2438544--2438597	19	2.8	20	88	5	83	33	14	16	35	1.90
2439617--2439659	17	2.5	17	85	7	61	51	6	6	34	1.56
2441125--2441216	16	5.6	16	71	12	62	48	3	1	46	1.25
2442886--2442982	51	1.9	51	81	8	117	37	11	22	28	1.89
2442937--2443113	79	2.2	79	84	5	216	32	14	25	27	1.95
2443065--2443141	28	2.8	28	88	4	111	24	19	32	23	1.97
2442986--2443189	107	1.9	107	85	4	286	30	15	27	26	1.96
2443127--2443240	51	2.2	51	84	6	142	31	12	25	30	1.92
2442851--2443584	236	3.1	233	85	6	930	32	13	26	27	1.94
2443176--2443349	78	2.2	79	84	5	219	31	14	25	28	1.95
2443301--2443377	28	2.7	30	82	7	99	25	19	29	24	1.98
2443361--2443476	51	2.3	51	89	0	178	29	12	26	31	1.93
2443448--2443625	74	2.3	78	81	8	197	35	13	25	25	1.92
2445914--2446004	20	4.6	19	86	8	119	42	14	16	26	1.86
2445914--2446004	40	2.3	40	92	0	146	42	14	16	26	1.86
2446663--2446854	42	4.5	42	75	14	173	40	13	23	21	1.89
2446825--2447069	61	4.0	62	84	8	331	27	19	27	25	1.99
2446955--2447240	151	1.9	151	85	5	394	26	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2447110--2447463	55	6.4	56	84	9	429	25	21	25	26	2.00
2446825--2447815	373	2.6	377	89	4	1453	26	20	26	26	1.99
2447388--2447559	94	1.8	95	93	1	301	25	20	27	25	1.99
2447483--2447815	55	6.0	55	87	3	461	25	20	25	28	1.99
2448831--2448893	16	4.0	15	86	10	81	3	1	9	85	0.77
2448831--2448892	1	62.0	1	73	0	52	3	1	8	87	0.72
2461315--2461411	51	1.9	51	83	8	126	37	10	22	29	1.87
2461366--2461593	79	2.9	79	80	3	219	34	13	24	28	1.92
2461447--2461700	130	2.0	130	84	4	334	34	12	24	28	1.92
2461526--2461641	51	2.3	51	86	0	151	31	12	25	30	1.93
2461257--2461795	209	2.6	209	83	6	625	34	13	24	27	1.93
2461577--2461751	79	2.2	79	89	2	262	30	16	26	26	1.97
2464080--2464175	20	4.8	19	86	7	129	44	13	14	27	1.83
2464085--2464175	40	2.3	40	92	0	146	43	14	14	27	1.84
2465397--2465454	25	2.3	26	82	11	75	46	0	0	53	1.00
2465413--2465464	23	2.3	23	90	6	79	40	0	0	59	0.97
2465510--2465586	35	2.2	35	97	2	145	33	18	7	40	1.79
2471507--2471548	20	2.1	20	100	0	84	45	4	9	40	1.58
2472364--2472393	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
2474183--2474208	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2474829--2474940	38	3.2	38	65	29	111	34	24	3	37	1.73
2474833--2474956	40	3.4	39	67	27	119	37	22	4	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2474829--2474969	67	2.1	67	100	0	282	34	25	4	36	1.76
2475777--2475801	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2477301--2477472	84	2.0	85	81	7	199	23	19	4	52	1.63
2479515--2479540	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2479495--2479558	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
2479579--2479651	20	3.6	20	81	9	76	30	16	13	39	1.87
2479599--2479654	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
2482100--2482145	22	2.1	22	95	0	83	19	19	21	39	1.93
2483003--2483045	22	2.0	22	95	0	77	23	11	20	44	1.84
2486214--2486262	21	2.3	20	80	16	55	73	6	10	10	1.25
2486277--2486324	24	2.0	24	87	0	69	50	22	22	4	1.67
2490196--2490221	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2495961--2496080	45	2.6	45	87	6	170	50	4	6	38	1.48
2497711--2497740	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95
2498678--2498828	81	1.9	81	94	0	266	41	15	13	28	1.86
2501929--2501981	27	2.0	27	96	0	97	35	11	7	45	1.69
2501987--2502011	12	2.1	12	100	0	50	24	28	32	16	1.96
2505052--2505124	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2505070--2505145	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2505052--2505145	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2505184--2505209	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2509271--2509301	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2511316--2511394	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
2511381--2511419	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2513874--2513946	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2513892--2513967	21	3.7	21	80	3	100	42	11	17	28	1.84
2513874--2513967	41	2.3	41	98	0	179	39	12	18	29	1.88
2516689--2516741	27	2.0	27	88	0	79	37	9	5	47	1.60
2518083--2518143	25	2.3	26	88	5	88	72	1	1	24	1.03
2518181--2518227	23	2.1	22	88	11	69	72	4	6	17	1.22
2519474--2519516	12	3.5	12	78	15	52	39	2	0	58	1.11
2519511--2519545	13	2.7	13	91	8	54	65	0	2	31	1.07
2520744--2520791	17	3.1	17	82	17	68	54	0	0	45	0.99
2526219--2526262	15	3.1	14	78	15	54	59	0	27	13	1.35
2526269--2526316	2	24.0	2	95	0	87	47	0	0	52	1.00
2527150--2527227	27	2.9	27	98	0	147	55	5	26	12	1.58
2527263--2527292	15	2.0	15	93	0	51	23	46	6	23	1.75
2529054--2529135	34	2.4	34	87	4	119	56	1	2	40	1.20
2529063--2529135	19	4.1	19	74	16	66	57	1	2	38	1.22
2530594--2530637	19	2.5	18	85	10	56	77	0	18	4	0.94
2536509--2536558	25	2.0	24	81	11	57	24	16	4	56	1.57
2538384--2538445	32	1.9	33	83	9	83	32	17	12	37	1.88
2546605--2546664	22	2.8	20	79	16	59	46	0	25	28	1.53
2546619--2546661	22	2.0	22	86	9	61	48	0	23	27	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2547254--2547294	20	2.0	21	90	9	66	41	24	17	17	1.89
2547977--2548031	19	2.8	19	83	2	65	30	18	12	38	1.88
2548061--2548113	20	2.7	20	88	5	72	35	13	18	32	1.90
2546993--2548310	659	2.0	657	82	7	1589	38	15	14	31	1.87
2549707--2549741	3	11.7	3	87	0	52	34	0	34	31	1.58
2549572--2550182	309	2.0	301	90	5	970	38	16	21	23	1.92
2551629--2551663	17	2.1	17	100	0	70	54	5	17	22	1.64
2552010--2552078	22	3.1	22	97	0	129	47	1	28	21	1.59
2553204--2553233	15	2.0	15	93	0	51	53	0	10	36	1.35
2555882--2555933	21	2.5	21	78	6	52	38	21	19	21	1.94
2556990--2557042	20	2.7	20	91	5	81	35	13	18	32	1.90
2557245--2558322	548	2.0	548	86	2	1504	29	16	16	37	1.90
2561670--2561715	16	2.9	16	83	0	65	23	17	17	41	1.90
2561673--2561725	16	3.3	16	84	5	54	24	15	16	43	1.87
2562563--2562612	16	3.2	16	77	11	59	10	10	34	46	1.71
2566875--2566934	30	2.0	30	87	6	86	36	5	15	43	1.68
2572728--2572821	34	2.7	34	91	1	152	28	4	20	46	1.69
2573670--2573697	11	2.5	11	100	0	56	53	10	14	21	1.70
2574570--2574615	23	1.9	23	82	8	56	43	10	8	36	1.71
2574683--2574721	20	1.9	20	89	5	60	38	23	15	23	1.92
2574710--2574775	33	2.0	33	88	5	98	30	13	15	40	1.85
2576590--2576615	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2583086--2583149	20	3.6	19	71	28	68	28	15	18	37	1.92
2583107--2583131	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2583084--2583149	33	2.0	33	96	0	123	28	15	18	37	1.91
2584852--2584882	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
2587235--2587264	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
2587224--2587264	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
2589318--2589354	13	2.8	13	95	0	65	29	16	16	37	1.90
2589478--2589518	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
2591818--2592104	137	2.1	137	95	0	511	34	16	18	31	1.93
2592058--2592083	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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