genome.fa.s194.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold194
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3945165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710854--710898	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
713116--713141	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
721550--721574	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
723570--723608	22	1.9	20	85	15	53	41	10	5	43	1.61
725652--725708	24	2.3	24	87	3	78	40	17	3	38	1.67
727958--729130	586	2.0	586	100	0	2346	31	15	16	35	1.91
729070--729179	50	2.2	50	81	3	123	24	18	20	36	1.95
729086--729186	50	2.0	50	84	3	132	25	20	17	35	1.95
736165--736218	20	2.7	20	94	0	90	44	12	14	27	1.82
736270--736295	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
736371--736403	17	1.9	17	100	0	66	27	30	12	30	1.92
736389--736965	48	12.1	48	91	5	913	24	27	18	29	1.98
736389--736965	97	6.0	96	93	2	913	24	27	18	29	1.98
736389--736965	145	4.0	145	93	4	933	24	27	18	29	1.98
736762--736828	21	3.1	21	62	26	50	25	28	19	26	1.99
736693--736921	43	5.1	43	89	7	332	24	27	19	28	1.98
736740--736808	22	3.2	22	62	25	56	23	26	20	30	1.98
736693--736974	91	3.0	91	92	2	438	25	26	17	30	1.98
736875--737013	52	2.6	52	82	4	161	26	25	14	33	1.94
736875--737255	170	2.2	170	81	7	414	22	25	14	36	1.93
737835--737901	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
737855--737879	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
737941--738085	52	2.8	53	85	5	181	34	18	16	30	1.93
737964--738085	52	2.4	52	93	4	203	35	18	17	28	1.94
747332--747368	13	2.8	13	91	0	65	37	16	16	29	1.90
747811--747853	20	2.0	22	86	8	63	23	46	25	4	1.71
749261--749306	23	2.0	23	88	12	69	36	0	28	34	1.58
749802--749858	20	2.8	20	82	12	73	42	15	10	31	1.81
749857--749906	20	2.5	20	83	0	64	42	16	12	30	1.84
749933--750005	33	2.2	32	87	4	101	41	13	10	34	1.80
750890--750915	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
752732--752782	21	2.4	21	96	0	93	52	11	27	7	1.65
757091--757132	13	3.2	13	86	0	66	33	11	16	38	1.86
759579--759636	19	2.9	19	82	5	71	31	15	18	34	1.93
759666--759718	20	2.7	19	88	11	72	37	13	18	30	1.89
760812--760847	9	3.9	9	85	7	54	33	0	0	66	0.92
760811--760857	19	2.4	19	85	3	67	27	0	2	70	0.99
763886--764236	84	4.2	84	77	8	286	43	15	23	17	1.87
764094--764238	41	3.5	41	70	10	123	44	13	24	17	1.85
764193--764351	81	2.0	81	80	0	183	47	13	21	17	1.81
764422--764882	48	9.4	48	72	10	243	41	17	20	19	1.90
764426--764882	95	4.6	97	72	11	302	42	17	20	20	1.90
764662--764780	62	1.9	62	82	0	148	45	11	21	21	1.83
764871--764961	14	6.5	14	77	8	87	47	0	29	23	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764868--764961	28	3.4	28	85	4	118	46	0	29	23	1.52
765687--765716	16	1.9	15	93	6	51	40	20	16	23	1.91
769642--769716	20	3.8	19	89	5	96	34	12	13	40	1.81
777278--777303	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
777260--777323	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
779051--779809	57	13.3	56	82	5	804	28	29	17	24	1.98
779051--779809	28	26.5	28	81	4	820	28	29	17	24	1.98
786747--786782	18	2.0	18	100	0	72	27	22	22	27	1.99
786860--787259	156	2.6	152	77	5	383	40	17	17	24	1.91
787931--787970	10	3.7	11	87	12	57	22	0	0	77	0.77
787931--787970	18	2.3	18	87	12	57	22	0	0	77	0.77
789730--789808	35	2.4	32	79	8	86	6	12	7	73	1.24
790210--790244	17	2.1	16	94	5	61	45	5	25	22	1.74
790215--790269	25	2.2	26	90	3	85	40	5	30	23	1.77
795346--795380	10	3.5	10	92	0	52	34	14	11	40	1.82
800351--800423	22	3.3	22	90	0	110	35	15	20	28	1.93
802508--802561	20	2.7	20	82	0	63	37	16	9	37	1.81
802593--802655	33	1.9	32	84	9	83	41	14	12	31	1.83
802825--802871	23	2.0	23	100	0	94	40	12	17	29	1.86
815345--815767	154	2.7	154	74	7	401	39	19	15	25	1.91
815246--815796	155	3.6	155	72	10	430	39	19	15	25	1.91
817626--817656	4	7.5	4	92	7	53	74	0	0	25	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817616--817656	12	3.1	13	86	13	57	70	2	2	24	1.11
817859--818280	168	2.5	168	80	4	467	50	7	10	31	1.65
825147--825177	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
826980--827024	22	2.1	21	84	8	56	22	17	4	55	1.60
829244--829269	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
830048--830074	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
831619--831644	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
831597--831664	33	2.1	32	88	2	100	33	14	16	35	1.89
831696--831748	20	2.6	21	78	3	63	28	18	13	39	1.88
831736--831764	13	2.2	13	100	0	58	37	13	17	31	1.89
832254--832297	21	2.0	21	86	4	61	31	29	2	36	1.70
833671--833721	20	2.4	21	80	9	59	5	27	47	19	1.73
834156--834180	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
840355--840408	20	2.6	21	82	2	65	31	16	12	38	1.87
842638--842694	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
842651--842713	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
842637--842721	32	2.7	32	98	0	161	32	12	17	36	1.88
847041--847156	49	2.3	50	85	4	162	31	15	6	46	1.72
848832--849096	80	3.3	76	80	8	280	32	13	25	27	1.94
849049--849121	28	2.6	28	93	4	121	24	20	32	21	1.97
849108--849221	51	2.2	51	93	0	192	33	10	24	31	1.89
849076--849426	130	2.7	129	85	5	483	32	11	26	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
849236--849352	51	2.3	50	84	7	146	30	11	27	30	1.91
851594--851680	20	4.7	20	75	18	98	44	16	11	27	1.81
851612--851642	13	2.4	13	100	0	62	41	16	12	29	1.85
851594--851663	33	2.1	33	94	0	122	44	15	11	28	1.81
852201--852237	19	1.9	19	88	0	56	24	16	10	48	1.77
859225--859272	15	3.2	15	71	11	53	41	43	0	14	1.45
865503--865695	79	2.4	79	82	3	253	33	13	25	26	1.94
865794--865909	51	2.3	51	83	0	151	31	12	25	30	1.93
865843--866068	80	2.8	80	78	7	253	32	12	23	30	1.92
868282--868355	20	3.7	20	96	0	130	47	14	12	25	1.79
872845--872983	52	2.7	52	87	2	190	30	15	11	41	1.83
877619--877674	19	2.9	19	86	2	67	35	12	17	33	1.88
880190--880255	13	5.1	13	83	0	87	36	19	15	28	1.92
880190--880250	26	2.3	26	94	0	104	34	19	16	29	1.94
884788--884819	15	2.1	15	94	0	55	28	28	0	43	1.55
886503--886529	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
891239--891263	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
892202--892237	16	2.2	16	90	0	54	58	11	16	13	1.63
894674--894741	36	1.9	35	85	8	93	32	11	27	27	1.92
895416--895490	20	3.8	20	89	0	114	30	17	12	40	1.86
897595--897841	96	2.6	96	88	1	379	25	29	15	29	1.96
907158--907187	15	1.9	16	93	6	53	10	30	33	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909419--909483	18	3.6	17	76	21	62	83	12	3	1	0.84
909421--909482	29	2.1	29	85	5	81	85	9	3	1	0.78
909420--909496	11	6.9	11	78	12	68	83	10	2	3	0.88
910705--912334	57	28.5	57	84	4	1839	28	29	16	25	1.97
910705--912255	85	18.2	85	85	3	1823	28	29	16	25	1.97
910705--912334	142	11.4	142	86	3	1897	28	29	16	25	1.97
912395--912513	49	2.5	48	82	6	138	22	27	18	31	1.97
913174--913200	10	2.7	10	100	0	54	48	0	29	22	1.51
913254--913330	20	3.8	20	86	5	111	31	12	14	41	1.83
915751--915781	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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