genome.fa.s194.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold194
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3945165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160176--160717	56	9.5	56	75	8	319	28	30	18	22	1.98
160266--160689	84	5.0	83	73	11	302	27	31	19	21	1.97
160186--160734	28	19.3	29	74	8	265	28	30	18	22	1.97
160426--160751	175	1.9	173	80	6	390	27	32	19	20	1.97
165620--165839	96	2.3	96	85	5	291	31	11	26	30	1.92
165910--166301	196	2.0	196	89	2	599	31	16	22	28	1.96
166908--166939	16	2.0	16	100	0	64	37	31	0	31	1.58
167749--167796	13	3.9	12	81	13	62	2	27	0	70	0.98
167750--167795	24	1.9	24	91	8	76	2	28	0	69	1.00
170912--170953	23	1.9	22	85	9	59	2	28	7	61	1.35
172786--172846	32	2.0	30	84	12	79	63	13	11	11	1.51
180235--181033	28	27.5	28	85	4	763	23	17	29	29	1.97
180299--181033	113	6.4	113	86	3	873	22	17	29	29	1.97
180235--181033	85	9.1	92	85	5	432	23	17	29	29	1.97
182253--182299	21	2.1	21	88	7	67	2	4	10	82	0.88
182267--182299	12	2.6	13	90	4	50	0	3	9	87	0.63
193497--193623	20	5.8	20	72	18	110	40	13	17	29	1.87
194427--194455	14	2.1	14	93	6	51	3	0	6	89	0.57
194427--194463	19	1.9	19	88	0	56	2	0	10	86	0.67
208326--208379	28	1.9	28	96	0	99	42	12	12	31	1.81
210634--210706	37	2.0	37	83	0	92	20	13	42	23	1.88
210600--210829	118	1.9	118	90	3	365	28	12	33	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211002--211074	37	2.0	37	83	5	94	19	12	43	24	1.85
210948--211272	117	2.8	117	84	6	408	30	11	32	26	1.92
211200--211580	199	1.9	199	85	3	504	34	7	25	32	1.85
211477--211619	53	2.7	51	78	7	153	34	9	24	30	1.88
211867--212012	70	2.1	70	92	2	249	28	17	24	29	1.97
218031--218057	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
222326--222403	40	2.0	38	90	5	120	29	17	28	24	1.98
222366--223340	69	14.2	69	81	5	885	35	15	23	26	1.94
223274--223477	66	3.1	64	78	14	195	33	16	24	25	1.96
223274--223477	67	3.1	66	76	9	204	33	16	24	25	1.96
223852--223877	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
223833--223897	33	2.0	33	84	6	87	40	16	15	27	1.89
230055--230093	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
234025--234074	19	2.6	19	77	3	55	30	14	14	42	1.84
242762--242853	39	2.3	40	81	9	100	31	17	14	36	1.89
242762--242852	20	4.6	19	77	10	76	31	17	13	37	1.88
242884--242947	32	2.0	32	84	6	85	34	12	18	34	1.89
246001--246058	24	2.3	24	88	5	80	53	8	25	12	1.66
246064--246098	17	1.9	19	88	11	56	68	11	17	2	1.31
246116--246195	30	2.7	30	94	1	135	77	5	12	5	1.09
246145--246195	9	5.3	9	80	13	57	80	3	11	3	0.98
247269--247302	17	1.9	18	88	5	52	17	0	14	67	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252800--252847	24	2.0	24	87	4	69	43	0	4	52	1.20
256065--256117	19	2.8	19	85	5	63	30	15	15	39	1.87
263533--263559	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
263544--263599	19	2.9	19	86	2	76	32	17	12	37	1.88
263628--263652	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
274027--274107	1	81.0	1	70	0	54	85	11	2	1	0.76
274027--274106	16	4.9	16	81	14	92	85	11	2	1	0.77
274027--274096	18	3.9	18	83	10	83	85	10	2	1	0.76
274027--274106	13	6.5	11	78	16	70	85	11	2	1	0.77
274029--274109	27	3.0	26	77	13	85	83	11	3	1	0.82
274026--274107	14	5.6	14	77	10	76	84	12	2	1	0.79
275416--276081	28	23.5	28	79	6	185	31	27	15	25	1.96
275416--276113	56	12.3	56	80	4	659	31	27	15	25	1.96
275416--276081	142	4.7	141	81	5	700	31	27	15	25	1.96
279068--279116	27	1.9	25	84	12	64	26	32	14	26	1.94
280077--280233	79	2.0	79	88	2	235	28	26	13	31	1.94
280921--281009	42	2.1	42	87	0	124	13	21	16	48	1.81
280932--281021	42	2.1	42	81	0	99	14	23	17	44	1.86
280958--281221	42	6.3	42	73	13	165	19	25	15	39	1.91
280958--281400	84	5.3	83	75	10	323	18	25	14	40	1.89
281103--281317	85	2.5	84	84	3	263	18	26	15	39	1.90
281125--281353	127	1.8	127	84	0	314	18	25	14	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281072--281330	42	6.2	42	75	7	197	18	26	15	39	1.90
281318--281430	42	2.7	42	83	0	136	18	23	15	43	1.87
281409--281447	19	2.1	19	95	0	69	23	20	17	38	1.93
281367--281487	61	2.0	61	88	3	181	19	25	17	37	1.94
281428--281518	42	2.2	41	84	5	112	19	29	13	37	1.90
282141--282224	9	9.9	8	76	19	57	70	1	0	28	0.95
282142--282210	22	3.0	23	81	14	79	69	1	0	28	0.97
282153--282224	3	25.3	3	80	10	89	68	1	0	30	0.99
282153--282224	8	8.4	9	83	9	89	68	1	0	30	0.99
282428--282579	68	2.3	67	87	3	207	63	10	17	9	1.51
282666--282752	15	5.7	15	76	14	72	75	8	12	3	1.14
282696--282759	26	2.5	26	80	17	71	78	6	12	3	1.06
294216--294277	20	3.0	20	79	6	63	30	9	19	40	1.84
301539--301652	36	3.2	36	91	0	174	7	14	33	44	1.73
302109--302158	12	3.9	13	82	10	50	36	10	28	26	1.88
302133--302181	23	2.1	23	84	0	62	44	12	22	20	1.84
302168--302228	25	2.5	25	86	2	88	50	11	16	21	1.76
302194--302282	38	2.3	38	94	0	160	46	8	17	26	1.78
302922--303548	42	15.0	41	72	7	260	33	18	28	18	1.95
302974--303201	83	2.7	84	82	3	253	36	20	25	17	1.94
302932--303548	293	2.1	291	79	5	663	33	18	28	18	1.95
302932--303557	84	7.5	85	78	4	463	33	18	29	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305143--305171	14	2.0	15	93	6	51	89	3	6	0	0.57
318444--318518	20	3.8	20	81	0	87	34	13	10	41	1.79
319423--319462	21	2.0	21	85	5	55	20	20	10	50	1.76
325355--325379	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
325335--325400	32	2.0	33	91	2	107	34	10	16	37	1.83
325441--325465	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
325454--325602	52	2.9	50	88	6	217	33	18	17	30	1.94
332475--332529	5	11.6	5	86	11	64	87	10	1	0	0.63
332484--332539	14	3.9	14	76	17	51	85	7	5	1	0.79
332776--332835	17	3.5	16	74	19	50	81	8	10	0	0.87
332777--332837	13	4.8	12	78	13	59	83	6	9	0	0.80
332777--332845	27	2.5	26	84	13	86	81	8	10	0	0.89
332777--332837	30	2.1	29	85	8	81	83	6	9	0	0.80
332777--332842	25	2.7	24	77	17	64	81	7	10	0	0.86
333788--334079	34	8.8	34	80	8	309	19	34	12	33	1.90
333859--334038	94	1.9	97	86	3	258	20	33	12	33	1.91
333788--334079	67	4.4	66	81	10	346	19	34	12	33	1.90
334047--334099	27	2.0	27	81	7	63	20	37	15	26	1.92
334115--334445	32	10.2	32	85	6	427	28	34	17	19	1.95
334487--334755	43	6.0	43	78	10	286	26	24	18	30	1.98
334433--334810	92	4.1	93	88	3	557	25	24	17	32	1.97
334711--334832	52	2.3	55	81	7	153	27	23	11	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344297--344350	21	2.7	21	85	5	76	37	11	16	35	1.84
345024--345056	16	2.2	15	89	10	50	51	0	18	30	1.46
345018--345060	15	2.7	17	82	13	56	51	2	13	32	1.54
347174--347227	20	2.7	20	83	11	67	40	18	9	31	1.82
347250--347339	19	5.1	18	76	21	100	34	17	14	33	1.90
347271--347347	13	7.1	12	68	30	57	36	18	14	31	1.90
347272--347347	32	2.4	32	97	0	143	36	17	14	31	1.90
353707--353835	52	2.5	52	93	0	222	28	17	18	35	1.93
353911--354008	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
353930--353986	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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