genome.fa.s194.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold194
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3945165

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2127192--2127255	28	2.3	28	86	5	85	34	15	20	29	1.94
2129664--2129715	20	2.6	20	96	0	95	44	9	17	28	1.80
2129803--2129856	20	2.6	21	79	2	56	35	11	11	42	1.76
2133076--2133116	19	2.2	19	86	8	57	78	2	14	4	1.03
2135091--2135148	20	2.9	19	78	9	55	24	1	3	70	1.12
2137314--2137338	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2137295--2137357	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
2137295--2137408	51	2.2	51	98	0	219	34	12	18	35	1.88
2137346--2137480	32	4.2	32	99	0	261	33	12	18	35	1.89
2137365--2137453	13	5.9	13	72	27	70	34	13	17	33	1.89
2137314--2137421	51	2.3	47	90	9	166	34	12	18	34	1.89
2137295--2137453	83	2.0	79	91	7	259	34	12	18	34	1.88
2137524--2137551	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2137580--2137622	20	2.1	21	95	4	79	32	23	11	32	1.90
2139921--2140105	76	2.4	76	90	0	298	28	24	14	32	1.94
2140183--2140301	51	2.3	51	89	0	184	31	28	10	29	1.91
2140289--2140358	28	2.5	28	95	0	122	24	37	14	24	1.92
2142216--2142438	52	4.3	51	79	6	200	34	10	24	30	1.89
2142239--2142438	52	3.8	53	82	3	201	36	10	23	30	1.88
2142422--2142496	27	2.7	28	89	6	109	22	20	33	24	1.97
2142480--2142602	50	2.4	50	86	8	158	32	11	21	34	1.89
2144958--2144983	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2145023--2145090	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2145045--2145069	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2145026--2145088	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2145889--2146835	55	16.8	55	81	10	1003	22	21	29	26	1.99
2145889--2146835	114	8.4	112	84	8	1067	22	21	29	26	1.99
2145889--2146837	169	5.6	167	86	7	1178	23	21	29	26	1.99
2146444--2146526	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
2148402--2148427	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2148382--2148452	19	4.0	18	72	25	53	26	12	21	39	1.89
2149972--2149996	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2151492--2151656	84	2.0	84	81	9	194	24	18	3	52	1.61
2153597--2153640	20	2.1	22	87	8	65	31	9	18	40	1.81
2153685--2153710	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2153665--2153735	19	4.0	18	72	25	53	26	12	21	39	1.89
2162445--2162484	20	2.0	20	100	0	80	45	5	20	30	1.72
2162847--2162897	19	2.6	20	87	3	77	33	19	11	35	1.88
2162806--2162896	20	4.7	18	77	13	83	31	17	13	37	1.88
2166212--2166265	21	2.5	20	80	11	63	59	22	1	16	1.47
2167193--2167254	21	3.0	20	79	9	70	19	27	1	51	1.56
2168840--2168898	30	2.0	30	86	6	84	32	23	11	32	1.91
2169283--2169323	20	2.1	19	90	4	64	43	9	9	36	1.71
2171463--2172197	88	8.4	88	79	4	640	34	16	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171463--2172197	175	4.2	173	79	6	597	34	16	11	38	1.84
2171975--2172208	90	2.6	86	81	9	247	41	14	7	36	1.74
2172066--2172251	88	2.1	88	81	6	209	40	15	6	36	1.74
2174094--2174118	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2174074--2174140	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
2174181--2174205	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2174214--2174342	52	2.5	52	92	0	213	34	17	17	30	1.93
2188189--2188270	1	82.0	1	72	0	65	86	10	2	0	0.66
2188187--2188269	21	3.8	23	78	15	88	85	12	2	0	0.69
2188190--2188269	20	3.7	21	81	11	92	86	11	2	0	0.67
2188190--2188270	34	2.4	34	87	6	103	86	11	2	0	0.67
2188189--2188267	40	2.0	41	89	2	124	86	11	2	0	0.68
2188187--2188270	24	3.4	24	78	15	91	85	11	2	0	0.68
2189650--2189939	29	10.0	29	78	5	264	29	27	17	25	1.97
2189644--2190102	28	15.6	28	75	10	226	30	27	15	26	1.96
2189644--2190076	57	7.3	57	75	10	327	30	27	15	26	1.96
2189646--2189907	87	3.0	88	84	4	334	30	26	17	25	1.97
2190122--2190435	43	6.7	46	80	11	343	27	23	16	31	1.96
2190168--2190452	92	3.1	92	93	2	462	27	24	15	31	1.96
2190353--2190506	52	2.9	52	79	7	175	25	22	14	37	1.93
2191899--2191957	30	2.0	30	86	6	84	32	23	11	32	1.91
2192342--2192382	20	2.1	19	90	4	64	43	9	9	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2194518--2195277	175	4.3	175	80	4	724	34	15	11	38	1.84
2194518--2195277	88	8.6	88	79	4	679	34	15	11	38	1.84
2195121--2195306	88	2.1	88	81	6	209	40	15	7	36	1.75
2197149--2197175	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
2197216--2197240	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2197249--2197429	52	3.5	52	96	0	317	34	18	17	29	1.94
2202543--2202582	21	1.9	21	85	10	55	42	5	0	52	1.23
2209299--2209363	32	2.0	32	85	8	87	40	15	13	30	1.86
2210192--2210216	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2210172--2210236	32	2.0	33	88	8	98	27	15	18	38	1.91
2210286--2210336	20	2.5	20	87	6	68	31	7	21	39	1.82
2216910--2216941	16	2.1	16	94	5	57	34	6	12	46	1.67
2216892--2216952	22	3.0	22	66	26	62	47	4	9	37	1.58
2217688--2217718	13	2.4	13	94	0	53	35	16	9	38	1.81
2217675--2217739	33	2.0	33	90	6	105	35	13	13	36	1.85
2220415--2220453	13	3.0	13	92	0	69	33	15	15	35	1.89
2224554--2224613	11	5.9	11	69	23	51	40	0	0	60	0.97
2224559--2224667	47	2.4	46	72	21	102	44	0	0	55	0.99
2224556--2224620	30	2.2	29	84	10	89	40	0	0	60	0.97
2224992--2225028	17	2.1	18	85	14	51	45	8	5	40	1.56
2226262--2226343	19	4.0	21	65	24	57	42	0	0	57	0.98
2226282--2226333	21	2.5	19	80	20	59	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2226669--2226714	23	2.0	21	84	16	56	54	0	0	45	0.99
2226852--2226955	26	4.2	25	72	16	74	53	0	2	42	1.22
2226882--2226918	19	1.9	19	88	0	56	59	0	0	40	0.97
2228632--2228662	13	2.4	13	94	0	53	32	0	3	64	1.09
2228632--2228669	13	2.7	14	88	8	51	34	0	2	63	1.09
2231039--2231068	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2231853--2231893	21	1.9	22	85	5	57	36	2	2	58	1.24
2232423--2232464	16	2.6	16	92	0	66	28	7	9	54	1.59
2234098--2234123	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2234183--2234255	20	3.6	20	79	3	92	31	17	13	36	1.89
2234162--2234255	41	2.3	41	94	0	161	30	17	12	39	1.87
2234162--2234237	21	3.7	21	75	3	82	30	15	11	42	1.83
2234889--2234954	21	3.0	21	91	6	96	51	19	4	24	1.65
2234892--2234960	24	3.0	23	89	8	106	50	18	4	26	1.65
2236741--2236778	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2236767--2236843	20	3.6	20	77	16	73	42	15	15	25	1.86
2238852--2238882	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2242939--2242964	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2243024--2243096	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2243003--2243096	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2243003--2243078	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2243471--2243534	19	3.7	19	76	23	86	32	12	18	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243472--2243542	32	2.2	32	100	0	142	32	12	19	35	1.90
2243491--2243515	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2243586--2243611	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2243566--2243632	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
2251101--2251145	23	2.0	24	82	8	58	40	22	8	28	1.84
2251325--2251349	10	2.5	10	100	0	50	8	20	20	52	1.71
2251569--2251607	20	2.0	20	94	0	69	43	17	10	28	1.82
2251561--2251588	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
2251637--2251663	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2256401--2256768	149	2.4	155	81	7	423	41	19	15	23	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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