genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88--152	23	3.4	18	67	20	51	47	3	0	49	1.17
72--152	41	2.0	39	92	4	135	46	4	1	46	1.32
1941--2127	93	2.0	93	100	0	374	42	14	12	29	1.83
7244--7324	40	2.0	40	100	0	162	27	32	7	33	1.84
14636--14665	12	2.5	12	94	0	51	13	56	0	30	1.37
15792--15821	15	1.9	16	93	6	53	60	0	0	40	0.97
15813--15841	9	3.3	9	90	9	51	79	0	0	20	0.74
18050--18098	23	2.1	24	88	3	73	55	10	6	28	1.57
19365--19770	166	2.4	166	81	6	457	33	9	8	49	1.64
20297--20331	10	3.5	10	88	0	52	82	2	14	0	0.77
21220--21873	142	4.6	141	82	7	751	36	10	8	43	1.70
22153--22697	155	3.5	153	78	3	441	25	15	18	40	1.90
26962--26987	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27641--27777	61	2.2	60	87	5	186	38	10	26	24	1.88
27713--28019	52	6.0	49	74	13	226	35	15	25	23	1.95
27828--28013	101	1.8	101	83	4	250	33	17	25	23	1.96
28028--28251	32	7.0	32	80	8	242	20	16	31	31	1.95
28028--28251	95	2.3	96	82	5	283	20	16	31	31	1.95
28038--28251	63	3.3	63	83	5	252	20	15	32	31	1.94
28512--28593	14	6.2	13	73	8	58	31	19	13	35	1.90
29838--29883	9	4.8	9	80	15	56	2	0	15	82	0.76
35117--35171	20	2.8	19	83	5	65	38	16	16	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35241--35266	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
37498--37547	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
41457--41494	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
43329--43419	39	2.3	40	79	9	105	37	5	23	34	1.78
43962--44016	20	2.7	21	85	2	76	34	12	20	32	1.90
44046--44107	32	1.9	33	90	3	99	41	12	14	30	1.83
46072--46114	21	2.1	20	83	12	52	53	6	13	25	1.65
46072--46114	20	2.1	21	83	12	54	53	6	13	25	1.65
49763--49815	13	4.1	13	97	0	88	30	15	11	43	1.81
51686--51741	22	2.5	22	91	0	85	37	5	35	21	1.76
63481--63517	18	2.1	18	94	0	65	21	13	16	48	1.80
63833--63982	61	2.5	61	83	1	185	38	10	24	27	1.87
63924--64266	52	6.7	51	73	11	213	34	15	23	26	1.95
63908--64266	104	3.5	103	75	12	267	34	15	23	26	1.94
63905--64266	153	2.3	154	77	8	360	35	14	23	26	1.94
64224--64288	21	3.0	21	65	20	53	30	18	23	27	1.97
64167--64394	95	2.4	95	79	1	251	33	17	22	25	1.96
64439--64649	32	6.7	31	81	8	214	19	16	33	31	1.94
64472--64639	63	2.6	64	81	9	209	18	17	32	30	1.94
64439--64649	95	2.2	95	84	6	268	19	16	33	31	1.94
64820--64879	28	2.2	27	84	3	84	28	21	25	25	1.99
66461--66906	163	2.7	161	77	10	368	27	10	10	52	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66550--66915	163	2.2	164	79	6	393	28	9	9	51	1.66
68348--68393	22	2.1	22	95	0	83	23	4	19	52	1.64
74132--74205	20	3.8	19	73	8	60	36	16	14	32	1.89
76611--76997	29	13.4	30	81	8	132	25	17	29	27	1.97
76611--76672	30	2.0	31	87	9	90	24	16	30	29	1.96
76632--77103	28	16.6	29	84	3	505	25	16	30	28	1.97
78348--78389	21	2.0	21	85	0	57	2	4	11	80	0.95
83203--83293	40	2.3	40	84	3	112	40	14	10	34	1.81
83200--83266	20	3.4	19	76	12	64	37	14	11	35	1.84
85733--85757	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
85713--85779	33	2.1	33	88	2	100	35	17	13	32	1.89
93551--93594	21	2.1	21	100	0	88	43	4	11	40	1.61
93634--93677	21	2.0	21	82	4	52	36	2	31	29	1.70
104011--104136	20	5.8	20	72	17	90	42	10	15	31	1.80
105865--105904	21	1.9	21	94	0	71	75	15	2	7	1.14
111128--111177	21	2.4	21	93	0	82	14	36	0	50	1.43
114004--114076	11	7.4	11	72	20	63	83	16	0	0	0.64
114005--114068	15	4.1	17	75	19	66	82	17	0	0	0.66
114004--114066	11	5.5	11	83	10	65	84	15	0	0	0.63
114004--114076	29	2.5	28	91	6	119	83	16	0	0	0.64
114012--114065	17	3.1	17	86	5	72	87	12	0	0	0.56
115352--115689	30	10.8	30	80	8	352	24	30	14	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115359--115689	95	3.5	95	88	3	481	25	29	14	30	1.95
115669--115759	35	2.6	36	84	5	116	21	36	9	31	1.87
115677--115854	96	1.9	91	85	7	241	22	31	12	33	1.91
115740--115792	27	2.0	27	92	0	88	26	32	13	28	1.93
115927--116391	49	9.9	49	73	11	344	26	23	17	32	1.97
115935--116193	87	3.0	88	86	1	358	27	23	18	30	1.98
116106--116484	150	2.5	148	80	5	399	26	24	16	32	1.96
121408--121444	13	2.8	13	91	0	56	37	16	13	32	1.87
124119--124296	95	1.9	94	86	1	257	38	16	5	39	1.73
132330--132355	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
132310--132373	32	2.0	33	87	3	94	26	14	15	43	1.85
135063--135336	43	6.1	43	81	9	314	32	17	24	25	1.97
135014--135348	43	7.1	48	75	13	288	32	17	24	25	1.97
135010--135348	92	3.6	91	86	4	462	33	17	24	25	1.96
135177--135245	22	3.2	22	63	19	54	31	15	27	24	1.96
135063--135336	135	2.0	133	83	8	340	32	17	24	25	1.97
135339--136042	29	24.1	28	84	5	327	25	17	28	28	1.97
135382--136038	59	11.2	58	87	2	843	24	17	29	29	1.97
135339--136038	88	8.0	88	86	3	876	24	17	29	28	1.97
137478--137530	5	10.8	5	80	11	65	0	0	16	83	0.66
137480--137531	9	5.9	9	84	10	54	0	0	17	82	0.66
137478--137533	19	2.9	19	91	2	85	0	0	16	83	0.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137489--137545	11	5.0	11	79	8	60	0	3	10	85	0.70
137486--137533	9	5.1	9	87	9	69	0	0	14	85	0.60
137486--137544	19	3.1	19	85	9	68	0	3	11	84	0.73
152405--152456	7	7.9	7	87	8	74	88	11	0	0	0.52
152403--152461	16	3.6	16	88	11	93	88	11	0	0	0.53
152403--152458	25	2.3	24	90	6	87	89	10	0	0	0.49
152403--152469	24	2.6	25	84	13	84	86	11	1	0	0.64
152403--152459	1	57.0	1	78	0	60	89	10	0	0	0.49
152710--152763	16	3.4	16	86	0	72	85	5	9	0	0.75
152709--152770	26	2.3	28	89	8	94	83	4	11	0	0.78
152709--152770	25	2.4	25	87	12	83	83	4	11	0	0.78
153741--154067	33	10.0	33	77	10	246	19	34	13	32	1.91
153710--153990	33	8.8	31	75	12	133	20	34	14	30	1.93
153878--154085	31	6.2	37	79	11	170	20	35	13	30	1.91
153787--154069	96	3.0	96	79	8	301	19	35	14	30	1.91
153936--154119	68	2.7	68	75	9	169	22	35	13	28	1.92
154069--154401	33	10.2	33	91	4	502	27	34	18	20	1.95
154069--154408	98	3.5	96	92	5	544	27	34	17	19	1.95
154071--154408	65	5.3	66	90	7	518	27	34	18	19	1.95
154447--154951	92	5.5	88	88	5	593	26	25	17	30	1.97
154609--154678	21	3.3	21	64	18	54	28	28	14	28	1.95
154401--154958	141	4.0	141	82	9	737	26	25	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154401--154958	184	3.0	184	86	5	734	26	25	17	31	1.97
154793--154860	21	3.2	20	66	25	50	26	27	16	29	1.97
154539--154958	92	4.6	92	91	1	671	26	25	17	31	1.97
155251--155275	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
155284--155404	52	2.3	52	95	0	215	34	17	18	29	1.94
158481--158600	52	2.3	52	82	5	145	30	14	19	35	1.91
158589--158613	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
158656--158720	33	2.0	32	90	3	103	38	16	12	32	1.86
163193--163322	27	4.8	28	76	8	101	36	11	29	23	1.90
163315--163476	34	4.9	32	71	15	118	37	9	30	22	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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