genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1644912--1644951	20	2.1	19	90	9	64	0	12	0	87	0.54
1646022--1646101	28	2.9	27	81	9	99	17	13	31	37	1.89
1646090--1646223	56	2.4	56	74	9	130	19	20	23	35	1.95
1646093--1646236	28	5.1	28	74	6	103	20	20	23	36	1.95
1646266--1646469	28	7.4	27	70	9	103	27	18	22	31	1.97
1646381--1646447	26	2.6	26	90	4	109	20	16	28	34	1.95
1646545--1646800	82	3.1	81	80	6	282	25	19	23	32	1.97
1646575--1646819	82	3.0	82	82	4	305	25	19	22	32	1.98
1646592--1646920	28	11.9	28	66	13	99	27	19	21	31	1.98
1646870--1647030	56	2.9	56	75	7	164	27	19	21	31	1.97
1648439--1648475	14	2.6	14	91	8	58	0	2	13	83	0.74
1652189--1652245	20	2.8	20	91	0	87	42	3	17	36	1.67
1653514--1653566	20	2.8	19	86	11	74	58	0	0	41	0.98
1653512--1653563	9	5.6	10	75	22	51	57	0	0	42	0.98
1656133--1656175	22	2.0	22	95	0	77	53	13	13	18	1.73
1658252--1658280	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
1661651--1661675	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1661631--1661697	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1661740--1661764	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1661773--1661897	52	2.4	52	94	0	214	36	18	16	28	1.93
1667896--1667973	20	3.9	20	75	6	68	39	14	14	32	1.85
1668877--1669440	28	19.5	28	82	4	570	24	17	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1668877--1669440	85	6.5	85	81	6	623	24	17	28	29	1.97
1670662--1670719	18	3.2	18	74	11	55	5	5	6	82	0.93
1683589--1683646	13	4.0	13	74	23	53	34	15	17	32	1.91
1683568--1683645	32	2.4	32	93	0	129	35	12	16	34	1.87
1683570--1683632	19	3.7	18	74	24	64	34	11	17	36	1.85
1683684--1683711	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1683664--1683729	33	2.0	33	85	5	89	30	13	13	42	1.83
1689842--1689881	16	2.4	16	95	4	71	90	10	0	0	0.47
1689844--1689897	14	3.6	14	80	16	56	85	14	0	0	0.61
1691154--1692025	33	28.8	31	83	10	286	21	33	14	30	1.93
1691159--1691248	31	3.0	29	90	6	135	24	28	15	31	1.96
1691253--1692046	33	26.5	27	85	8	480	21	34	14	30	1.93
1691352--1692112	33	25.6	28	84	9	643	21	32	14	31	1.93
1691253--1692112	358	2.4	354	88	6	1221	21	33	14	30	1.93
1691356--1692211	385	2.2	382	86	6	1166	21	32	14	30	1.94
1692063--1692114	27	1.9	27	92	0	86	25	25	15	34	1.95
1692000--1692154	61	2.6	61	83	5	172	20	29	14	36	1.92
1692130--1692218	30	3.1	29	86	3	126	29	34	19	16	1.94
1692130--1692264	29	4.6	30	79	9	127	30	31	20	18	1.96
1692285--1692859	48	12.6	47	73	16	453	24	25	19	29	1.98
1692425--1692756	39	7.8	38	74	19	252	25	26	20	28	1.99
1692377--1692810	87	4.9	87	94	1	715	25	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1692720--1692955	52	4.7	49	75	8	165	24	25	17	31	1.97
1693809--1693836	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1697742--1697815	20	3.7	19	82	7	85	41	13	13	31	1.83
1700274--1700355	28	2.9	29	71	20	75	64	7	14	13	1.48
1700329--1700456	64	2.0	64	90	1	204	58	3	12	25	1.51
1701898--1702138	97	2.5	97	91	0	392	29	12	29	28	1.93
1705065--1705669	28	20.8	28	80	7	446	24	16	28	30	1.96
1705003--1705669	86	7.6	85	75	12	374	25	16	28	30	1.96
1705091--1705367	114	2.4	115	80	6	299	24	15	28	31	1.95
1705311--1705551	32	7.9	31	87	5	273	20	18	30	30	1.96
1705232--1705551	64	5.3	60	78	12	279	22	17	29	30	1.96
1705563--1706301	55	13.3	54	83	7	808	30	14	30	25	1.95
1705090--1706255	28	40.9	28	77	9	318	27	15	29	27	1.96
1705638--1705713	39	1.9	39	94	0	134	25	19	32	22	1.97
1705677--1706299	27	22.8	27	83	4	700	30	14	29	25	1.95
1705677--1706301	82	7.6	81	84	5	710	30	14	29	25	1.95
1707659--1707701	22	1.9	22	85	4	59	4	16	11	67	1.38
1709889--1709919	15	2.1	15	93	0	53	83	0	6	9	0.79
1711679--1711728	21	2.6	19	82	14	66	58	2	0	40	1.10
1711689--1711735	21	2.2	21	88	7	69	59	2	0	38	1.09
1711689--1711746	21	2.8	20	84	10	55	62	1	0	36	1.06
1711704--1711746	22	2.0	20	82	8	50	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1712031--1712075	2	23.0	2	95	4	83	51	0	48	0	1.00
1714649--1714726	16	4.9	16	66	4	50	46	28	12	12	1.79
1714648--1714726	32	2.5	32	81	4	88	45	29	12	12	1.79
1716370--1716410	17	2.3	18	87	4	57	56	2	0	41	1.13
1716350--1716419	30	2.3	30	80	5	77	52	1	0	45	1.09
1726615--1726676	15	4.0	15	72	19	56	35	1	3	59	1.23
1730719--1731208	41	12.1	41	71	11	163	44	13	22	19	1.85
1731097--1731289	41	4.7	41	75	5	158	42	13	21	22	1.88
1731408--1731448	17	2.4	17	91	0	64	43	19	17	19	1.88
1734605--1734660	10	5.9	9	82	15	51	12	1	5	80	0.96
1734605--1734669	18	3.6	18	78	12	62	13	1	4	80	0.95
1734619--1734670	16	3.0	17	81	10	61	15	0	7	76	0.99
1734630--1734660	9	3.4	9	100	0	62	9	0	9	80	0.90
1735297--1735442	43	3.2	43	75	16	157	29	15	28	27	1.96
1735346--1735785	52	8.8	50	72	11	260	32	15	25	26	1.95
1735837--1736011	32	5.5	32	79	4	183	21	17	32	29	1.96
1735837--1736011	96	1.8	96	84	7	239	21	17	32	29	1.96
1736198--1736267	28	2.5	28	79	9	79	28	18	27	25	1.98
1736286--1736355	13	5.3	13	74	8	52	31	20	14	34	1.92
1737594--1737661	12	5.7	12	79	19	79	2	0	14	82	0.79
1754977--1755049	20	3.7	19	85	7	92	42	10	16	30	1.82
1772397--1772435	17	2.3	18	82	13	55	5	23	2	69	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1773218--1773252	18	1.9	18	94	0	61	17	2	0	80	0.84
1786026--1786101	20	3.9	19	81	6	98	40	14	15	28	1.87
1788227--1788264	18	2.0	20	90	10	62	50	0	0	50	1.00
1792942--1793014	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1792942--1793036	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
1793075--1793100	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1797162--1797192	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1799207--1799284	20	3.6	21	73	15	70	25	12	16	44	1.83
1799274--1799309	13	2.8	13	91	0	54	36	19	11	33	1.87
1801130--1801202	36	2.0	36	100	0	146	42	5	35	16	1.71
1801788--1801860	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
1801788--1801882	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87
1801921--1801946	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1803767--1803831	33	2.0	33	87	3	96	32	10	18	38	1.85
1803864--1803916	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
1803904--1803928	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1805898--1805949	20	2.4	21	81	12	61	5	23	50	21	1.70
1812601--1812653	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
1813271--1813329	26	2.3	26	84	0	82	35	3	10	50	1.53
1813531--1813562	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1814036--1814105	5	13.8	5	77	14	63	2	20	0	77	0.90
1814033--1814095	20	3.1	22	80	15	73	3	17	0	79	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1814024--1814105	20	4.2	19	76	13	51	3	17	0	79	0.88
1815373--1815422	17	2.9	18	79	8	59	44	0	2	54	1.11
1815430--1815467	16	2.3	17	86	4	60	68	0	0	31	0.90
1817186--1817233	24	2.1	23	92	7	80	20	12	4	62	1.46
1817350--1817889	291	1.9	291	99	0	1071	36	16	14	32	1.90
1818556--1818598	19	2.3	19	84	8	52	74	4	16	4	1.16
1824191--1824217	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1824261--1824312	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
1825528--1825557	10	3.0	10	95	0	51	40	43	10	6	1.64
1835117--1835141	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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