genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2392663--2392760	43	2.3	44	79	12	105	39	0	0	60	0.97
2392678--2392715	19	2.0	19	85	10	51	36	0	0	63	0.95
2393869--2393909	21	2.0	21	90	9	66	39	0	0	60	0.96
2394132--2394228	16	6.2	16	69	20	55	39	2	1	57	1.17
2394171--2394195	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2394161--2394222	29	2.1	29	80	13	74	41	1	1	54	1.19
2396101--2396148	22	2.1	23	84	3	62	45	0	0	54	0.99
2396302--2396346	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
2397206--2397294	19	4.8	19	76	19	80	53	4	0	41	1.21
2397244--2397280	15	2.4	16	90	4	58	51	0	0	48	1.00
2398012--2398038	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2401322--2401558	126	1.9	126	93	1	413	36	21	16	26	1.94
2401884--2401918	18	1.9	18	88	0	52	57	0	0	42	0.99
2402558--2402612	21	2.7	20	83	5	74	50	0	5	43	1.25
2402729--2402788	24	2.5	23	77	20	61	45	1	0	53	1.10
2402750--2402792	15	2.9	15	86	3	61	51	0	0	48	1.00
2403663--2403692	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
2404886--2404924	17	2.3	17	86	8	53	53	2	0	43	1.14
2406819--2406857	17	2.1	19	86	13	55	41	0	0	58	0.98
2414802--2414826	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2415502--2415530	15	1.9	15	100	0	58	41	0	10	48	1.37
2418353--2418398	24	1.9	24	86	0	65	45	2	36	15	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418610--2418687	26	3.0	25	78	14	86	41	5	1	52	1.32
2418610--2418707	25	3.8	25	74	17	76	41	4	1	53	1.27
2420867--2420928	26	2.4	25	76	10	72	48	14	8	29	1.72
2421084--2421133	22	2.3	23	82	10	68	70	0	2	28	0.99
2426402--2426464	27	2.3	27	91	0	99	26	6	22	44	1.76
2427801--2428075	136	2.0	136	99	0	541	29	21	22	26	1.99
2429963--2429988	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2430687--2430730	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
2432538--2432576	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
2434623--2434652	15	2.0	15	93	0	51	13	23	13	50	1.77
2436457--2436501	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2438716--2438741	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2445359--2445393	15	2.2	16	90	10	54	77	0	8	14	0.99
2446644--2446702	5	11.6	5	77	15	59	77	0	18	3	0.90
2446650--2446704	9	5.7	9	79	12	56	78	0	20	1	0.85
2446650--2446713	21	3.2	19	80	13	67	76	0	21	1	0.87
2447210--2447339	20	6.2	20	67	16	68	41	2	2	53	1.26
2447174--2447339	82	2.0	83	94	3	291	42	4	1	51	1.32
2447330--2447387	29	2.0	29	80	12	66	60	1	1	36	1.17
2447528--2447558	15	2.1	15	100	0	62	38	6	0	54	1.26
2451028--2451067	19	2.1	19	95	0	71	40	17	15	27	1.89
2452672--2452725	21	2.6	21	82	11	67	40	11	18	29	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2452781--2452917	52	2.6	52	92	0	220	32	15	13	39	1.86
2458498--2458904	79	5.2	78	75	9	326	35	11	23	29	1.89
2458484--2458904	157	2.7	154	80	9	447	36	10	22	29	1.88
2461227--2461360	48	2.7	49	83	5	164	41	12	17	28	1.86
2461247--2461401	49	3.2	49	81	9	183	39	12	18	30	1.87
2461903--2461954	20	2.6	20	85	8	70	78	0	19	1	0.84
2461923--2461952	15	1.9	16	93	6	53	80	0	16	3	0.85
2476887--2476978	1	92.0	1	78	0	76	86	5	7	0	0.69
2476888--2476977	33	2.8	33	94	5	157	86	5	7	0	0.70
2485211--2485295	27	2.9	28	75	17	84	54	1	1	43	1.15
2487140--2487169	14	2.1	14	100	0	60	46	13	0	40	1.43
2490113--2490139	13	2.1	13	100	0	54	44	7	7	40	1.60
2490166--2490198	12	2.8	12	90	4	50	60	0	0	39	0.97
2490166--2490200	11	3.1	11	84	8	52	57	0	0	42	0.99
2491016--2491048	17	1.9	17	88	11	50	78	0	18	3	0.87
2492377--2492405	14	2.0	15	93	6	51	41	34	6	17	1.76
2492469--2492499	2	15.5	2	93	0	53	48	51	0	0	1.00
2496414--2496446	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
2498927--2498995	28	2.5	27	83	2	75	30	7	17	44	1.75
2501570--2501615	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
2504798--2504911	27	4.4	27	72	18	75	46	16	8	28	1.77
2504815--2504891	24	3.1	24	76	14	75	46	16	10	25	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2504850--2504919	27	2.6	27	83	0	95	47	20	12	20	1.82
2512841--2512886	24	1.9	24	82	8	58	45	21	6	26	1.76
2512879--2512944	27	2.5	26	82	5	78	51	21	9	18	1.73
2514029--2514089	31	2.0	31	90	6	97	47	3	8	40	1.49
2514224--2514263	21	1.9	21	89	0	62	47	5	15	32	1.66
2518101--2518129	11	2.5	12	94	5	51	34	6	3	55	1.44
2519529--2519877	186	1.9	186	86	1	502	36	15	26	22	1.93
2524275--2524318	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
2524813--2524852	2	20.0	2	94	0	71	52	0	47	0	1.00
2525048--2525072	9	2.8	9	100	0	50	24	32	20	24	1.98
2527000--2527033	18	1.9	17	88	5	50	55	0	2	41	1.15
2527427--2527456	6	5.0	6	91	0	51	50	30	0	20	1.49
2529964--2530000	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
2531042--2531082	21	1.9	22	85	14	59	65	0	4	29	1.13
2531127--2531160	17	1.9	18	88	5	52	38	0	2	58	1.13
2532029--2532073	18	2.6	17	78	3	54	37	2	0	60	1.09
2532807--2532851	23	1.9	24	82	13	58	42	6	0	51	1.28
2532929--2532982	12	4.4	12	84	11	65	27	1	0	70	0.98
2533517--2533593	36	2.1	36	95	0	136	38	0	1	59	1.06
2533535--2533578	22	2.0	21	83	12	54	36	0	0	63	0.95
2533601--2533645	23	2.0	23	86	0	63	44	4	2	48	1.35
2534900--2535049	28	5.4	28	77	7	103	48	6	10	34	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2534816--2535146	83	4.0	85	77	7	293	45	6	12	34	1.69
2535793--2535893	49	2.1	49	100	0	202	26	9	20	42	1.83
2538385--2538426	21	2.0	21	86	9	59	73	0	0	26	0.83
2538714--2538745	15	2.2	15	94	5	57	56	0	0	43	0.99
2538686--2538745	16	3.9	15	73	20	52	51	1	0	46	1.10
2539815--2539855	13	3.1	13	89	10	57	56	0	0	43	0.99
2539821--2539877	14	4.1	14	80	10	55	47	0	0	52	1.00
2540145--2540181	18	2.2	18	85	9	51	37	2	2	56	1.28
2540204--2540234	15	2.1	15	93	0	53	77	0	0	22	0.77
2540412--2540821	169	2.5	160	78	10	404	42	5	6	45	1.53
2541805--2541843	22	1.9	20	85	15	53	48	5	10	35	1.59
2543628--2543739	48	2.3	48	76	0	125	42	10	10	35	1.74
2545134--2545178	16	2.8	16	86	13	65	40	2	0	57	1.11
2545598--2545623	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2545602--2545644	13	3.1	14	86	6	52	41	0	0	58	0.98
2545687--2545730	19	2.3	20	88	7	65	38	0	2	59	1.10
2546770--2546808	16	2.4	16	91	0	60	30	0	2	66	1.05
2546960--2547042	16	5.1	16	77	1	76	37	4	2	55	1.34
2546992--2547076	16	5.3	16	72	16	52	35	2	1	61	1.17
2547463--2547489	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
2547832--2547883	27	2.0	27	88	3	79	50	0	1	48	1.12
2547893--2547959	24	2.8	23	80	13	73	25	0	2	71	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548780--2548823	18	2.6	18	85	7	56	61	2	0	36	1.09
2548843--2548898	26	2.1	27	90	9	89	46	1	0	51	1.11
2556338--2556367	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2561179--2561208	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2561745--2561793	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
2568980--2569024	23	2.0	23	91	4	74	42	11	4	42	1.60
2569273--2569355	36	2.4	34	77	16	80	54	7	6	32	1.52
2570381--2570668	50	5.7	50	92	0	468	29	22	17	29	1.97
2575053--2575289	50	4.7	50	94	0	411	29	23	18	29	1.97
2578621--2579011	155	2.5	154	77	5	389	38	19	18	23	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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