genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163288--163425	61	2.3	61	86	5	190	35	11	30	22	1.90
163498--163948	34	14.1	34	71	13	196	22	31	10	35	1.88
163498--163644	69	2.1	69	88	2	215	21	29	8	40	1.83
163721--164142	27	14.2	27	70	19	166	22	30	12	34	1.91
163728--164021	61	4.8	60	77	13	283	21	30	12	35	1.91
163606--163880	148	1.9	148	81	4	340	24	29	10	35	1.88
163665--164167	87	5.6	88	77	9	487	22	30	11	34	1.90
163884--164035	60	2.5	60	82	6	182	20	30	13	35	1.91
164212--164346	32	4.2	32	73	10	96	28	34	14	21	1.93
164405--164871	52	9.0	52	76	3	413	24	24	16	34	1.95
164405--164861	104	4.4	103	81	3	508	24	24	16	34	1.95
164410--164871	206	2.2	208	84	2	572	24	24	16	34	1.95
168761--168936	52	3.3	53	78	8	149	48	6	6	37	1.56
168754--169011	27	9.6	27	70	13	165	48	5	8	37	1.56
168978--169073	45	2.1	47	80	7	108	52	5	7	35	1.52
169707--169738	17	1.9	17	93	6	57	25	21	15	37	1.93
171052--171240	49	3.9	48	77	4	148	41	19	7	31	1.80
171052--171228	98	1.8	97	81	3	221	40	19	7	32	1.80
171162--171276	48	2.4	48	84	5	135	40	20	8	30	1.82
173147--173260	41	2.8	40	89	2	174	46	12	16	24	1.81
173487--173533	20	2.3	20	88	3	67	44	6	14	34	1.71
173519--173570	18	2.6	20	82	17	72	36	11	17	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176105--176563	80	5.8	80	85	1	564	27	29	10	32	1.90
176105--176563	160	2.9	159	86	4	638	27	29	10	32	1.90
176694--176732	12	3.3	12	96	3	71	23	15	0	61	1.33
177473--177539	36	1.9	35	85	11	93	28	25	11	34	1.91
178009--178034	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
178083--178131	10	5.0	10	97	2	91	38	10	30	20	1.86
188018--188150	20	6.6	20	67	10	65	41	13	15	29	1.86
188018--188093	21	3.7	21	73	7	66	42	10	15	31	1.81
188116--188172	20	2.8	21	86	2	71	42	12	12	33	1.80
190560--190778	79	2.8	80	81	4	280	30	27	11	30	1.92
192386--192551	83	2.0	83	98	0	323	13	30	15	40	1.86
196833--196951	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
196866--196941	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
196857--196942	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
196848--196918	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
198489--198655	83	2.0	83	98	0	325	13	30	15	40	1.86
202273--202568	165	1.8	165	84	3	411	30	12	8	49	1.69
204390--204891	154	3.2	155	77	7	509	26	16	18	37	1.92
204417--204877	155	3.0	154	78	6	477	26	16	18	38	1.92
207982--208102	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
207982--208122	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
208111--208135	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208201--208225	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
208549--208599	20	2.5	20	87	0	66	35	15	15	33	1.90
208588--208640	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
208672--208739	33	2.1	32	86	13	95	38	17	11	32	1.86
211601--212532	49	19.7	49	84	8	1229	30	18	26	25	1.98
211592--212537	92	10.1	92	92	3	1374	30	17	26	25	1.97
212321--212388	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
212525--212665	33	4.4	32	84	7	180	17	18	34	29	1.94
212525--212669	65	2.3	65	86	7	208	17	17	35	28	1.93
212671--213078	34	12.7	32	76	13	324	32	13	32	20	1.92
212841--213024	28	6.2	28	70	15	111	31	13	33	22	1.92
212807--213055	62	4.0	61	90	2	356	31	13	32	22	1.92
214055--214084	9	3.4	9	95	4	53	0	6	0	93	0.35
214397--214436	22	1.9	21	85	10	55	5	15	12	67	1.38
221335--221455	52	2.3	52	95	0	215	29	18	17	34	1.94
221335--221475	52	2.7	52	87	4	187	31	17	17	33	1.94
221464--221488	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
221553--221577	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
221531--221597	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
221901--221951	20	2.5	20	87	0	66	35	15	15	33	1.90
221940--221992	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
222024--222091	33	2.1	32	86	13	95	38	17	11	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230733--230785	20	2.6	21	78	3	63	41	15	15	28	1.87
230836--230860	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
230816--230883	33	2.1	32	89	8	102	35	19	13	32	1.90
234594--234881	117	2.5	112	87	4	398	33	16	13	36	1.88
235202--235346	77	1.9	76	81	1	173	22	18	15	42	1.88
235147--235418	81	3.4	79	76	6	255	23	19	14	43	1.88
235677--236150	92	5.2	91	82	5	485	30	24	13	31	1.94
235671--236176	182	2.8	182	82	4	549	29	24	13	31	1.94
236363--236432	35	2.0	35	88	0	104	21	24	12	41	1.88
236437--236934	133	3.8	131	80	7	521	20	21	16	42	1.89
236456--236916	44	10.6	43	69	14	178	21	21	16	41	1.90
237228--237292	33	2.0	33	88	8	98	30	12	15	41	1.84
237343--237396	20	2.7	20	74	8	56	40	12	14	31	1.84
244901--244968	33	2.1	32	89	8	102	35	14	16	33	1.89
246558--246582	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
250603--250628	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
256766--256791	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
256912--256957	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
259322--259373	19	2.7	20	87	6	79	38	19	13	28	1.89
260992--261054	20	3.5	20	72	28	77	26	17	15	39	1.90
260992--261054	33	1.9	33	100	0	126	26	17	15	39	1.90
260992--261065	33	2.3	32	93	4	123	27	16	17	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261188--261239	22	2.6	21	85	11	65	34	21	0	44	1.52
262907--262941	17	2.1	17	100	0	70	48	5	22	22	1.72
263636--263661	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
263616--263683	33	2.1	32	91	8	111	35	17	14	32	1.91
266888--267185	44	6.8	44	72	11	146	20	24	15	39	1.91
266928--267165	88	2.7	87	80	2	289	20	25	15	38	1.92
267456--267805	84	4.2	83	72	8	235	18	24	13	43	1.86
272174--272746	28	20.4	28	79	12	396	23	17	30	28	1.97
272219--272749	83	6.4	82	77	14	276	23	17	30	28	1.97
272155--272749	56	10.5	56	78	11	529	24	16	30	28	1.97
272461--272709	137	1.8	135	91	1	408	23	18	29	28	1.97
272435--272732	165	1.8	163	89	1	470	23	17	30	28	1.97
272599--272749	55	2.7	56	89	2	232	23	16	29	30	1.96
273980--274027	21	2.3	21	85	7	62	0	6	10	83	0.81
273995--274028	13	2.7	12	86	13	50	0	2	8	88	0.62
281612--281636	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
281592--281658	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
281699--281723	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
281732--281862	52	2.5	52	93	0	217	34	16	16	32	1.92
286857--286914	19	3.1	18	83	11	71	34	13	15	36	1.87
286958--287010	13	4.5	13	73	26	64	32	13	16	37	1.88
286942--287010	33	2.1	33	89	5	104	30	11	18	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289226--289266	21	1.9	22	90	5	66	58	4	14	21	1.55
293279--293318	21	1.9	22	85	10	57	32	27	0	40	1.57
295086--295155	30	2.2	32	92	5	117	38	2	22	35	1.69
295698--295724	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
295708--295765	19	3.1	18	88	11	89	34	15	15	34	1.89
295680--295745	32	2.0	33	88	2	98	28	13	18	39	1.89
295709--295763	20	2.8	20	91	8	87	32	16	14	36	1.89
301717--302141	155	2.7	155	81	4	489	23	16	21	37	1.93
304351--304585	70	3.3	70	78	7	251	25	23	14	36	1.93
304585--304786	74	2.7	74	90	0	314	21	21	16	40	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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