genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1250080--1250108	14	2.0	15	93	6	51	27	34	0	37	1.57
1250931--1250983	20	2.7	19	91	5	79	41	13	15	30	1.85
1250932--1251009	20	3.8	20	78	8	68	43	15	14	26	1.85
1252634--1252671	19	2.0	19	94	0	67	26	26	23	23	2.00
1253514--1253889	79	4.8	79	83	5	377	29	21	11	37	1.89
1253580--1253935	159	2.2	158	79	5	362	30	21	11	36	1.89
1254847--1254898	20	2.6	20	84	0	77	26	15	15	42	1.87
1257328--1257446	52	2.3	50	85	5	157	31	26	11	31	1.92
1257380--1257606	79	2.9	78	85	1	292	25	28	15	30	1.96
1257249--1257491	131	1.9	131	86	3	355	28	25	13	32	1.94
1257247--1257526	131	2.1	130	83	3	348	27	26	13	31	1.94
1257537--1257708	51	3.4	50	81	6	186	26	27	15	30	1.96
1265449--1265487	11	3.6	11	93	3	62	51	0	17	30	1.46
1266560--1266607	21	2.4	20	93	6	80	45	14	12	27	1.81
1270657--1270687	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1272768--1272805	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1275309--1275356	21	2.4	20	93	6	80	45	14	12	27	1.81
1277060--1277131	20	3.6	20	80	0	90	40	9	15	34	1.80
1278018--1278851	28	29.4	28	86	2	1103	22	16	31	29	1.96
1280085--1280145	9	6.7	9	83	9	70	1	3	13	81	0.88
1280085--1280147	19	3.4	19	82	6	85	1	4	12	80	0.93
1291367--1291392	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1292108--1292146	20	2.0	20	100	0	78	25	35	5	33	1.78
1293952--1293977	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1293963--1294042	20	3.8	20	76	15	79	42	13	15	28	1.85
1296055--1296085	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1297880--1297924	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1300142--1300167	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1303955--1304103	20	7.9	19	70	16	96	42	13	13	30	1.83
1303928--1304083	71	2.2	71	85	4	199	42	13	14	29	1.84
1303958--1304134	91	1.9	91	95	0	318	42	12	15	29	1.84
1305454--1305511	21	2.7	22	80	15	68	51	1	25	20	1.57
1308014--1308239	79	2.9	79	83	4	285	31	15	27	25	1.96
1308191--1308262	28	2.6	28	86	0	90	22	19	36	22	1.95
1308142--1308907	262	2.9	262	93	1	1311	32	12	26	28	1.92
1308453--1308529	28	2.8	28	83	0	82	23	19	33	23	1.97
1308303--1308681	211	1.8	210	87	4	566	32	12	25	29	1.92
1308250--1308907	51	12.6	51	70	11	348	32	11	25	29	1.91
1311222--1311263	21	2.0	21	95	0	75	26	19	9	45	1.80
1311288--1311350	19	3.7	18	76	24	73	36	17	11	34	1.85
1311282--1311353	32	2.2	32	95	0	126	36	16	9	37	1.82
1312227--1312779	55	10.0	55	87	3	738	23	21	28	26	1.99
1312438--1312580	28	5.2	28	61	13	71	18	20	32	27	1.97
1312726--1312908	100	1.8	100	91	0	303	28	18	28	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1313878--1313939	1	62.0	1	77	0	61	0	4	6	88	0.62
1313872--1313938	26	2.6	25	81	11	73	0	7	5	86	0.70
1315518--1315643	51	2.4	50	83	7	153	30	11	23	33	1.91
1317441--1317478	13	2.7	14	88	8	51	0	5	10	84	0.77
1317991--1318016	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1317971--1318037	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
1318095--1318171	21	3.6	22	84	8	106	35	15	12	36	1.86
1330288--1330486	79	2.5	79	84	3	231	30	17	27	25	1.97
1330441--1330517	28	2.8	28	85	0	91	22	19	35	23	1.96
1330497--1330633	52	2.6	51	84	7	186	32	11	25	29	1.91
1332994--1333019	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1333006--1333047	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
1333072--1333134	19	3.7	18	72	24	64	36	15	12	34	1.86
1333064--1333136	32	2.3	32	95	0	128	35	16	12	35	1.86
1337110--1337184	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
1337107--1337184	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
1338838--1338908	36	2.0	36	91	2	117	33	12	28	25	1.92
1339287--1339337	11	4.7	11	78	11	61	3	9	0	86	0.70
1339287--1339337	16	3.2	16	83	5	68	3	9	0	86	0.70
1339279--1339338	20	3.0	20	82	4	77	6	11	0	81	0.86
1343655--1343833	16	11.1	16	79	0	106	14	14	28	42	1.85
1343683--1343833	32	4.7	32	75	6	128	15	15	27	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1343653--1343833	48	3.7	46	79	10	150	14	14	28	41	1.85
1344598--1344681	39	2.2	39	88	0	123	16	14	22	46	1.83
1344910--1345203	147	2.0	148	83	4	371	35	18	17	29	1.94
1345509--1345903	141	2.8	141	84	2	483	41	10	12	35	1.77
1346746--1346798	23	2.3	23	84	12	65	5	16	1	75	1.08
1347398--1347718	167	1.9	167	80	8	368	47	9	11	30	1.73
1347443--1347865	166	2.5	165	76	9	401	47	9	11	31	1.71
1348802--1348831	14	2.1	14	93	0	51	46	3	0	50	1.18
1350303--1350352	19	2.8	18	84	6	57	20	22	16	42	1.89
1351309--1351385	22	3.5	22	87	1	100	59	23	15	1	1.43
1351351--1351439	22	4.0	22	80	5	99	62	13	20	3	1.44
1353379--1353413	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
1364941--1365033	38	2.3	42	83	10	113	20	25	13	39	1.90
1365199--1366467	42	30.2	41	71	11	617	19	29	17	34	1.94
1365199--1366467	84	15.1	83	78	5	894	19	29	17	34	1.94
1365187--1366379	168	7.1	169	79	6	996	19	29	16	34	1.94
1366507--1366601	44	2.2	44	83	7	115	13	28	17	40	1.88
1367774--1367840	36	1.9	34	84	6	89	38	14	29	16	1.89
1368047--1368090	23	1.9	23	90	0	70	84	4	9	2	0.85
1368042--1368067	13	2.0	13	100	0	52	92	0	7	0	0.39
1368409--1368463	22	2.5	22	90	3	83	58	27	14	0	1.37
1368450--1368517	22	3.0	22	93	4	109	66	14	19	0	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1369109--1369405	162	1.8	163	81	3	375	28	14	13	43	1.83
1372274--1372663	205	1.9	204	83	4	507	38	14	3	43	1.61
1373788--1373825	20	1.9	20	89	10	60	39	5	2	52	1.38
1380286--1380322	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
1380326--1380355	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
1381387--1381420	7	4.9	7	92	0	59	82	2	0	14	0.79
1381842--1381871	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
1381870--1381900	3	10.7	3	93	6	55	35	0	0	64	0.94
1388198--1388875	146	4.7	143	80	6	697	39	20	15	25	1.91
1388202--1388877	293	2.3	286	84	5	835	39	19	15	25	1.91
1390252--1390610	80	4.5	81	82	3	404	42	14	23	19	1.88
1390302--1390602	41	7.5	40	73	12	233	42	14	24	18	1.87
1390249--1390607	41	8.9	39	71	12	167	42	13	23	19	1.88
1390309--1390606	161	1.9	161	88	2	456	43	14	23	19	1.87
1390663--1390983	35	9.2	35	80	3	324	43	12	21	21	1.86
1390663--1390983	105	3.1	105	84	2	403	43	12	21	21	1.86
1390935--1391036	54	1.9	52	86	4	141	46	13	23	16	1.83
1390982--1391291	35	9.1	35	75	8	228	42	14	21	20	1.88
1390908--1391072	89	1.9	88	80	1	195	46	12	20	20	1.82
1390982--1391291	70	4.5	69	77	6	292	42	14	21	20	1.88
1390982--1391232	134	1.9	133	84	2	333	41	13	22	21	1.88
1390998--1391302	99	3.0	101	79	7	332	42	14	21	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1390997--1391314	105	3.1	103	78	7	351	42	14	22	21	1.88
1391463--1391676	89	2.3	92	83	8	260	30	14	26	28	1.94
1391463--1391705	89	2.7	89	79	10	217	32	12	27	27	1.93
1392273--1392498	89	2.6	88	80	4	233	46	11	18	23	1.81
1395591--1395671	40	2.0	40	95	0	144	29	19	17	33	1.95
1395933--1395966	16	2.1	16	100	0	68	29	11	29	29	1.92
1398076--1398632	141	3.9	141	85	4	685	41	9	10	38	1.72
1399609--1399652	22	2.1	21	87	8	63	47	4	9	38	1.56
1399768--1399822	19	2.8	20	80	5	67	27	14	18	40	1.89
1400332--1400486	32	4.9	29	72	17	121	30	14	23	30	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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