genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2271656--2271716	24	2.5	23	71	26	54	37	0	0	62	0.96
2271678--2271736	17	3.2	18	79	9	57	37	1	0	61	1.07
2271640--2271998	193	1.8	197	88	4	557	34	1	5	58	1.29
2273526--2273626	37	2.9	34	84	8	139	26	1	31	39	1.68
2273594--2273648	22	2.5	22	87	0	83	30	5	27	36	1.79
2278176--2278277	37	2.9	34	84	8	141	26	1	31	40	1.67
2278366--2278415	23	2.1	24	85	3	66	36	0	0	64	0.94
2278753--2278795	2	21.5	2	95	0	77	48	0	2	48	1.14
2280488--2280523	8	4.5	8	85	0	54	83	0	0	16	0.65
2280736--2280781	17	2.6	17	80	16	58	50	0	0	50	1.00
2280716--2280783	16	4.2	17	74	20	65	52	0	1	45	1.09
2280722--2280813	14	5.9	16	68	22	54	53	0	1	45	1.07
2280775--2280838	29	2.3	26	82	15	67	57	0	3	39	1.14
2281442--2281501	17	3.5	16	76	19	59	70	1	0	28	0.97
2281447--2281525	33	2.4	32	81	8	86	63	2	0	34	1.08
2281735--2281777	16	2.6	17	82	10	54	53	0	0	46	1.00
2282743--2282772	13	2.3	13	100	0	60	76	0	0	23	0.78
2282870--2282900	15	2.1	15	94	5	55	67	6	0	25	1.14
2283438--2283467	11	2.6	11	94	5	51	70	0	0	30	0.88
2283910--2283944	6	5.7	6	86	6	52	82	0	0	17	0.66
2284051--2284081	14	2.1	14	94	5	53	70	9	0	19	1.14
2284148--2284190	11	3.9	11	84	0	50	62	0	2	34	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284238--2284297	22	2.7	23	82	7	70	60	0	1	38	1.07
2284238--2284287	11	4.5	11	80	7	57	64	0	0	36	0.94
2284253--2284304	21	2.9	17	76	20	52	61	0	1	36	1.07
2284252--2284291	11	3.6	11	86	0	62	65	0	0	35	0.93
2284238--2284323	11	7.2	12	70	21	56	60	1	3	34	1.21
2284395--2284444	20	2.4	20	86	6	64	0	16	0	84	0.63
2284400--2284439	13	2.7	16	81	14	50	0	20	0	80	0.72
2284392--2284444	10	5.9	9	75	16	56	0	15	0	84	0.61
2284914--2284977	29	2.2	31	80	11	80	54	0	0	45	0.99
2289249--2289321	28	2.7	26	77	10	83	36	0	0	63	0.95
2291022--2291047	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2291646--2291723	27	2.9	27	78	5	77	46	2	3	47	1.34
2291671--2291726	21	2.5	23	83	11	64	51	1	0	46	1.11
2297823--2297854	12	2.7	12	95	0	55	18	37	25	18	1.94
2298565--2298609	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
2304532--2304644	57	2.0	57	96	0	208	28	4	20	46	1.69
2307285--2307326	15	2.7	16	85	10	52	35	0	0	64	0.94
2307934--2307968	18	1.9	18	94	0	61	62	11	0	25	1.28
2309355--2309427	32	2.3	32	88	4	103	58	10	5	24	1.53
2310718--2310776	27	2.1	27	84	9	73	38	3	0	57	1.15
2315426--2315468	17	2.5	17	85	11	52	46	2	0	51	1.13
2315425--2315497	26	2.8	27	83	8	80	41	1	0	57	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2315457--2315497	21	2.0	21	85	9	57	34	0	0	65	0.93
2315427--2315497	5	14.0	5	75	19	51	39	1	0	59	1.06
2315480--2315513	17	2.0	17	88	11	52	29	0	0	70	0.87
2316138--2316167	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
2316658--2316708	3	17.0	3	100	0	102	33	0	0	66	0.92
2317346--2317391	19	2.3	21	81	11	60	43	6	0	50	1.28
2318799--2318841	12	3.5	11	80	20	50	48	0	0	51	1.00
2319111--2319163	12	4.5	12	80	7	56	64	3	0	32	1.12
2319111--2319248	16	8.9	17	66	23	65	59	2	0	37	1.15
2319164--2319216	17	3.1	17	76	15	56	54	0	0	45	0.99
2319183--2319244	28	2.2	29	82	2	72	56	1	1	40	1.19
2319750--2319828	29	2.8	28	86	5	104	58	2	2	36	1.25
2321001--2321041	8	5.1	8	87	0	55	60	0	2	36	1.10
2320996--2321041	16	2.9	16	80	3	58	65	0	2	32	1.05
2321000--2321038	17	2.3	17	82	13	53	66	0	2	30	1.05
2321941--2322140	74	2.7	72	80	10	210	34	3	9	53	1.49
2323193--2323524	72	4.7	72	78	11	292	53	12	3	30	1.54
2323251--2323521	146	1.9	145	83	6	361	54	14	2	28	1.55
2323723--2323781	27	2.1	29	79	14	70	50	1	0	47	1.11
2323729--2323781	15	3.6	14	80	14	54	54	1	0	43	1.11
2324661--2324717	16	3.6	16	85	0	60	50	31	8	8	1.64
2324678--2324735	16	3.6	16	83	2	71	50	34	6	8	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2325909--2325961	20	2.6	20	90	3	79	43	11	13	32	1.79
2326020--2326086	20	3.3	20	81	4	71	32	14	14	37	1.88
2328677--2328749	37	2.0	37	97	0	137	24	36	10	27	1.89
2341843--2341953	51	2.2	51	93	0	186	24	18	23	33	1.97
2342330--2342402	21	3.2	22	77	9	67	83	12	1	2	0.82
2342330--2342402	23	3.2	23	77	12	71	83	12	1	2	0.82
2342327--2342402	31	2.5	31	85	8	102	82	13	1	2	0.83
2343648--2344002	28	12.5	28	78	11	319	32	30	16	20	1.95
2350779--2350818	21	1.9	21	89	0	62	40	12	20	27	1.88
2352104--2352133	11	2.9	10	90	9	51	43	0	0	56	0.99
2352104--2352143	21	1.9	21	84	0	53	45	0	0	55	0.99
2352103--2352186	18	4.6	18	72	21	59	47	0	0	52	1.00
2353793--2353839	18	2.3	20	86	13	62	34	0	0	65	0.93
2353791--2353862	34	2.1	35	84	7	94	37	0	1	61	1.05
2353865--2353917	15	3.3	15	78	7	52	33	5	3	56	1.41
2353865--2353915	17	3.1	17	77	11	61	33	5	3	56	1.42
2357193--2357250	20	2.9	21	89	5	84	37	13	15	32	1.87
2358263--2358308	20	2.2	20	88	7	65	78	2	17	2	0.96
2358875--2358907	11	3.0	11	87	12	50	27	0	3	69	1.03
2358875--2358921	23	2.0	23	84	8	60	25	2	6	65	1.27
2360936--2361219	30	9.6	29	77	8	209	29	28	16	25	1.97
2361117--2361243	28	4.3	28	90	6	173	35	30	16	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2361353--2361420	21	3.2	21	64	22	52	27	26	17	27	1.98
2361377--2361528	52	2.8	53	78	6	173	25	23	15	36	1.94
2362414--2362438	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2362651--2362706	1	56.0	1	94	0	85	94	0	1	3	0.35
2362711--2362767	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2362823--2362890	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2362844--2362868	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2362825--2362887	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2362930--2362955	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2362910--2362976	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2365371--2365474	28	3.8	28	92	3	158	23	33	20	23	1.97
2365457--2365627	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
2365610--2365691	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
2382136--2382199	15	4.3	15	78	7	67	85	4	9	0	0.72
2382136--2382183	1	48.0	1	78	0	51	89	6	4	0	0.58
2383158--2383841	55	12.4	55	91	3	1028	28	29	20	21	1.98
2384437--2384489	1	53.0	1	94	0	79	94	0	1	3	0.37
2384494--2384550	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2384606--2384673	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2384627--2384651	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2384608--2384670	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2384713--2384738	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2384693--2384759	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2387154--2387257	28	3.8	28	92	3	158	23	33	20	23	1.97
2387240--2387410	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
2387393--2387474	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
2388494--2388518	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2391904--2391930	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2392218--2392280	22	2.8	23	74	11	67	30	7	1	60	1.35
2392363--2392483	59	2.1	59	81	9	140	37	8	4	50	1.52
2392591--2392641	17	3.1	15	79	20	57	29	1	0	68	1.00
2392593--2392641	18	2.9	16	82	14	62	28	2	0	69	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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