genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1400329--1400487	65	2.5	64	80	8	205	30	13	24	30	1.94
1401149--1401432	153	1.8	153	79	5	322	48	7	10	33	1.66
1401293--1402061	166	4.7	159	81	9	797	52	7	10	30	1.62
1401293--1402100	333	2.5	318	84	7	941	52	7	10	29	1.62
1401115--1402085	320	3.0	317	79	10	1002	51	7	10	30	1.64
1405846--1406171	65	5.1	64	74	10	238	41	12	25	20	1.87
1405936--1406194	66	4.0	66	76	8	233	42	12	24	20	1.86
1406302--1406451	32	4.6	32	72	8	115	48	14	20	16	1.80
1406288--1406411	66	1.9	66	84	0	167	47	15	19	17	1.83
1407446--1407674	78	2.9	79	83	4	291	31	14	25	28	1.95
1407528--1407856	129	2.6	128	82	6	389	33	12	25	28	1.92
1407624--1407724	51	2.0	51	84	3	132	32	9	26	30	1.89
1410890--1411509	61	10.5	60	82	7	673	26	19	27	26	1.99
1410920--1411530	115	5.2	116	84	8	637	26	19	27	26	1.99
1410921--1411531	170	3.5	172	87	3	746	26	19	27	26	1.99
1412594--1412650	20	2.8	21	84	10	57	0	8	7	84	0.79
1412602--1412650	20	2.5	19	87	9	64	0	4	8	87	0.65
1412610--1412648	8	4.9	8	84	12	53	0	2	10	87	0.65
1425082--1425267	78	2.4	78	87	3	266	32	12	26	27	1.92
1425199--1425314	51	2.3	51	87	0	160	31	11	27	30	1.91
1425121--1425443	129	2.5	129	85	2	398	33	13	25	27	1.93
1425351--1425460	50	2.2	50	81	0	130	40	11	21	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1427735--1427838	20	4.8	20	74	19	82	45	15	14	25	1.84
1428247--1428358	32	3.4	34	70	13	90	50	16	19	13	1.77
1428924--1429488	76	7.4	76	75	8	427	42	13	17	25	1.86
1428903--1429488	151	3.9	151	79	8	512	42	13	18	25	1.86
1429045--1429457	228	1.8	227	84	5	575	43	13	18	24	1.86
1430309--1430607	88	3.4	88	78	1	314	44	12	18	25	1.84
1431862--1431907	21	2.2	21	88	3	67	39	2	19	39	1.64
1431877--1431935	20	2.9	20	84	2	64	40	8	16	33	1.79
1434339--1434460	52	2.3	52	87	0	181	33	27	7	31	1.84
1435917--1435950	9	3.6	9	85	14	50	8	2	2	85	0.80
1435976--1436014	14	2.8	14	80	0	51	5	12	5	76	1.11
1437042--1437130	9	10.2	9	70	10	60	70	7	2	19	1.22
1437042--1437086	16	2.8	16	79	3	54	73	8	4	13	1.23
1437077--1437147	18	4.2	16	74	15	54	69	7	0	23	1.13
1437077--1437149	17	4.2	17	72	19	62	68	6	0	24	1.14
1438049--1438081	11	2.8	12	86	4	50	84	0	15	0	0.61
1445165--1445218	20	2.7	20	97	0	99	31	16	14	37	1.89
1446156--1446765	28	21.8	28	85	3	744	20	17	31	30	1.95
1448015--1448057	18	2.4	17	85	11	59	0	6	9	83	0.80
1464552--1464597	8	5.8	8	85	10	67	84	13	2	0	0.71
1465844--1466709	28	30.5	28	83	4	939	29	29	16	23	1.97
1465838--1466724	141	6.2	140	83	3	970	29	29	17	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1467633--1467798	20	7.8	20	69	16	100	31	14	15	39	1.87
1467623--1467844	91	2.4	89	86	7	313	31	15	13	38	1.87
1470506--1470557	21	2.4	23	81	15	67	76	1	0	21	0.87
1470519--1470555	12	2.9	13	88	11	51	78	0	0	21	0.75
1471327--1471398	35	2.1	35	94	0	126	29	38	18	13	1.89
1484765--1487088	42	55.4	42	85	4	3023	10	33	19	35	1.86
1485442--1485508	33	2.0	33	91	0	107	11	34	17	35	1.87
1485937--1486003	33	2.0	33	91	0	107	11	34	16	37	1.85
1486306--1486367	33	2.0	30	96	0	88	11	33	17	37	1.86
1487228--1487259	17	2.0	17	88	11	50	3	21	12	62	1.43
1487499--1487539	13	3.0	13	85	7	55	80	0	0	19	0.71
1487496--1487539	21	2.1	21	91	8	72	79	0	0	20	0.73
1488307--1488378	35	2.1	35	91	0	117	30	38	16	13	1.88
1492661--1492958	79	3.8	79	80	4	316	31	14	25	28	1.94
1492895--1493010	51	2.3	51	86	3	153	31	12	25	31	1.92
1495379--1495485	20	5.7	19	72	21	84	40	13	17	28	1.87
1495418--1495446	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
1495401--1495468	33	2.1	33	94	0	118	38	13	20	27	1.90
1497017--1497050	14	2.4	14	100	0	68	38	0	14	47	1.45
1497758--1497823	20	3.7	20	73	26	83	34	12	18	34	1.88
1497779--1497836	13	3.9	13	73	26	53	36	13	17	32	1.89
1497759--1497857	33	3.0	33	97	1	182	35	12	17	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1497876--1498025	52	2.9	50	89	5	219	34	18	16	30	1.93
1507293--1507346	26	2.1	26	93	3	92	79	7	12	0	0.92
1508296--1508876	33	17.6	33	77	11	464	19	34	14	32	1.91
1508296--1508856	99	5.6	99	84	7	622	18	34	13	33	1.91
1508295--1508856	167	3.3	167	83	8	637	19	33	13	33	1.91
1508296--1508889	70	9.0	67	76	13	449	18	33	13	33	1.91
1508793--1508876	31	2.8	30	87	7	111	23	32	15	28	1.95
1508892--1509185	33	8.9	33	90	4	452	28	33	17	20	1.95
1509180--1509652	49	9.8	49	80	12	543	25	24	17	32	1.96
1509185--1509661	92	5.0	92	87	7	670	25	24	16	32	1.96
1509344--1509411	21	3.2	20	66	25	50	26	27	16	29	1.97
1509366--1509710	104	3.4	103	83	11	453	25	23	16	34	1.95
1509562--1509899	52	6.1	55	73	14	214	24	23	13	37	1.92
1509665--1509791	67	1.9	68	85	4	177	23	24	12	39	1.89
1510593--1510617	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1510573--1510636	32	2.0	33	96	3	121	34	12	18	34	1.89
1510571--1510719	19	8.8	18	73	26	139	33	12	16	37	1.86
1510572--1510687	51	2.2	52	95	1	207	33	12	17	37	1.86
1510625--1510721	32	3.0	32	100	0	194	34	12	15	38	1.85
1510644--1510700	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
1510740--1510889	52	2.9	50	89	5	219	34	18	17	30	1.94
1514028--1514059	13	2.5	13	94	0	55	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1514042--1514087	20	2.4	19	82	13	51	47	4	2	45	1.34
1515614--1515815	79	2.6	79	86	1	253	31	16	26	25	1.96
1515956--1516077	52	2.4	51	80	5	138	33	11	23	31	1.90
1515795--1516070	129	2.1	130	81	5	317	32	12	25	29	1.92
1518454--1518495	21	2.0	21	90	0	66	28	14	9	47	1.75
1518512--1518561	13	3.5	13	80	19	64	34	18	14	34	1.90
1518520--1518580	17	3.7	17	76	24	76	36	16	13	34	1.87
1518512--1518582	32	2.3	31	95	4	126	35	16	12	35	1.87
1518697--1518745	15	3.5	13	79	15	53	26	2	0	71	0.97
1518703--1518745	15	2.8	15	89	3	59	30	2	0	67	1.03
1518979--1519039	31	2.0	31	87	6	88	42	4	3	49	1.40
1519720--1519771	21	2.5	22	71	9	54	61	1	0	36	1.07
1521475--1521697	77	2.8	78	79	7	209	32	11	28	28	1.91
1521663--1521842	64	2.8	64	81	3	195	30	9	29	31	1.89
1521807--1521858	28	1.9	26	88	7	77	21	15	38	25	1.92
1521836--1522187	64	6.3	53	69	16	226	32	10	26	29	1.90
1521838--1522135	117	2.6	117	90	2	458	32	10	26	30	1.90
1522043--1522187	51	2.8	51	79	9	141	34	11	24	29	1.90
1522917--1522953	15	2.3	16	90	9	58	51	0	5	43	1.24
1522915--1522955	17	2.4	17	83	0	64	56	0	4	39	1.21
1523970--1524018	19	2.6	19	81	12	57	8	6	8	77	1.12
1523963--1524011	19	2.5	19	78	15	55	8	4	6	81	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1524647--1525164	69	7.7	68	80	7	409	34	14	24	26	1.93
1524647--1525036	69	5.7	68	85	1	422	35	13	24	26	1.92
1524647--1525052	138	3.0	137	84	1	499	34	13	24	27	1.93
1524997--1525287	63	4.5	63	75	11	205	32	16	24	26	1.96
1524992--1525430	197	2.2	192	78	10	460	33	15	24	25	1.95
1524992--1525421	67	6.6	65	74	12	287	32	16	24	26	1.96
1540470--1540505	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
1542280--1542465	58	3.2	58	77	9	143	46	16	11	25	1.80
1542250--1542416	57	2.9	57	75	9	153	44	19	11	25	1.83
1544096--1544174	21	3.8	21	84	3	106	41	16	10	31	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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