genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2686328--2686461	72	1.9	71	82	4	171	50	5	3	41	1.43
2687845--2687894	21	2.5	20	76	3	55	28	0	0	72	0.86
2689768--2689838	30	2.3	30	87	2	97	49	1	7	42	1.38
2700625--2701007	190	2.0	190	99	0	757	27	16	21	33	1.95
2702471--2702506	13	2.6	15	79	20	51	33	0	0	66	0.92
2704763--2704801	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2710343--2710426	41	2.1	40	82	10	100	53	2	0	44	1.13
2710834--2710875	22	1.9	22	85	0	57	45	9	2	42	1.49
2713691--2713735	22	2.1	22	84	8	58	46	0	2	51	1.13
2716771--2716862	47	1.9	48	82	10	118	50	2	0	47	1.13
2717099--2717182	41	2.1	40	82	10	100	53	2	0	44	1.13
2717589--2717630	22	1.9	22	85	0	57	45	9	2	42	1.49
2719383--2719432	23	2.1	24	81	3	57	66	4	0	30	1.10
2724209--2724261	27	2.0	27	88	0	79	22	3	22	50	1.64
2724211--2724277	27	2.5	27	82	4	73	26	5	19	47	1.72
2726528--2726555	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2729788--2729849	32	2.0	31	87	3	88	40	4	6	48	1.50
2730435--2730586	79	1.9	79	89	2	234	38	15	10	35	1.82
2730590--2730634	16	3.0	16	75	24	53	37	0	0	62	0.96
2730591--2730635	14	3.1	15	76	23	51	40	0	0	60	0.97
2732217--2732542	160	2.0	161	91	1	521	42	3	10	42	1.58
2739088--2739114	11	2.5	11	100	0	54	0	7	0	92	0.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2740059--2740113	19	2.9	19	75	19	62	67	1	0	30	1.01
2740222--2740282	17	3.7	17	75	16	65	1	32	0	65	1.02
2740445--2740488	19	2.4	18	85	7	54	68	9	0	22	1.18
2740715--2740946	34	6.9	34	77	5	211	25	6	25	43	1.77
2740715--2740946	68	3.4	67	89	2	342	25	6	25	43	1.77
2741250--2741301	19	2.7	19	84	0	68	36	21	9	32	1.86
2741267--2741315	19	2.6	19	87	3	55	34	22	12	30	1.91
2745366--2745592	34	6.7	34	82	6	246	25	5	26	42	1.76
2745366--2745592	68	3.3	67	89	3	330	25	5	26	42	1.76
2745370--2745592	102	2.2	102	82	2	279	25	5	26	42	1.76
2745915--2745947	15	2.2	15	89	10	50	21	15	39	24	1.91
2745982--2746012	15	2.1	15	100	0	62	12	19	6	61	1.53
2746656--2746694	14	2.7	15	80	8	53	38	5	10	46	1.60
2748404--2748450	14	3.3	13	81	18	58	44	0	0	55	0.99
2748404--2748450	16	3.3	15	83	13	55	44	0	0	55	0.99
2750294--2750326	16	2.1	16	100	0	66	42	15	6	36	1.71
2751487--2751545	24	2.5	24	78	13	68	27	1	3	67	1.16
2751538--2751582	21	2.1	22	87	4	65	35	6	4	53	1.47
2754935--2754972	3	12.7	3	94	0	67	65	0	0	34	0.93
2755997--2756040	23	1.9	23	90	0	70	20	20	4	54	1.62
2758510--2759149	332	1.9	333	94	1	1124	32	16	21	30	1.95
2760674--2760719	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2762599--2762672	27	2.7	27	85	2	94	25	8	18	47	1.76
2763395--2763451	28	2.0	28	83	6	71	28	3	15	52	1.59
2762096--2763627	762	2.0	765	94	0	2656	30	14	21	32	1.94
2764270--2764326	22	2.6	22	81	13	64	36	0	0	63	0.95
2764681--2764706	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
2765087--2765119	16	1.9	18	88	11	52	63	0	0	36	0.95
2765162--2765196	14	2.5	14	90	0	52	45	0	0	54	0.99
2766591--2766627	6	6.2	6	90	0	56	27	5	0	67	1.12
2766584--2766622	18	2.2	18	85	0	51	33	2	0	64	1.08
2766591--2766627	12	3.1	12	96	0	65	27	5	0	67	1.12
2767527--2767623	41	2.3	42	80	7	117	24	19	16	39	1.92
2767662--2767719	26	2.2	26	78	0	62	56	6	3	32	1.42
2769195--2769239	20	2.2	20	84	7	56	48	2	2	46	1.26
2769601--2769648	20	2.4	20	78	18	55	47	2	2	47	1.25
2769585--2769632	23	2.1	22	84	3	60	52	4	0	43	1.20
2769607--2769669	17	3.7	17	78	19	60	46	4	3	46	1.40
2769921--2769970	24	2.1	23	85	3	64	38	0	2	60	1.09
2771519--2771943	233	1.8	233	87	2	638	26	12	20	40	1.88
2772056--2772196	70	2.0	70	97	0	264	30	24	15	29	1.96
2776767--2776831	28	2.4	27	78	12	71	61	0	1	36	1.05
2777084--2777133	13	3.8	14	76	12	61	60	0	0	40	0.97
2777077--2777144	26	2.7	25	93	6	120	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2777151--2777193	24	2.0	21	82	17	52	39	0	13	46	1.44
2780126--2780175	20	2.5	20	80	3	57	42	2	4	52	1.31
2781080--2781122	16	2.8	15	86	6	68	53	0	0	46	1.00
2781054--2781116	16	3.9	16	75	10	65	52	0	0	47	1.00
2781032--2781122	32	2.9	33	79	9	95	49	0	0	50	1.00
2793221--2793419	109	1.8	110	88	7	307	43	18	13	24	1.86
2795718--2795802	26	3.2	28	69	16	81	55	0	0	44	0.99
2795685--2795792	44	2.4	47	81	9	118	54	0	0	44	1.06
2795723--2795788	19	3.4	20	75	19	59	51	0	0	48	1.00
2795722--2795792	6	10.9	7	71	19	55	53	0	0	46	1.00
2797981--2798144	27	6.1	27	85	2	195	29	28	21	20	1.98
2797981--2798144	54	3.0	54	85	3	222	29	28	21	20	1.98
2801999--2802036	16	2.4	16	90	0	58	55	21	13	10	1.67
2802007--2802038	16	2.0	16	100	0	64	50	18	12	18	1.78
2803198--2803226	10	3.0	10	95	5	51	72	0	0	27	0.85
2803245--2803315	16	4.4	16	80	7	81	57	9	0	32	1.31
2803340--2803382	18	2.3	19	84	8	61	51	9	16	23	1.73
2803720--2803754	2	17.5	2	87	0	52	2	48	0	48	1.16
2804522--2804570	2	24.5	2	91	0	80	44	0	4	51	1.20
2804786--2804832	14	3.1	15	72	9	51	36	2	0	61	1.08
2805439--2805510	35	2.1	35	100	0	144	55	2	11	30	1.49
2812054--2812089	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2816517--2816584	23	3.0	23	80	4	66	42	0	5	51	1.26
2819534--2819607	24	3.2	23	78	19	75	13	6	0	79	0.91
2819536--2819608	34	2.2	32	85	9	94	13	8	0	78	0.97
2825752--2825800	14	3.3	15	83	11	57	26	0	0	73	0.83
2825752--2825799	22	2.2	22	85	7	62	27	0	0	72	0.84
2829945--2830000	23	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
2830911--2830985	20	3.8	19	75	12	71	41	13	13	32	1.83
2831539--2831610	34	2.1	34	82	5	83	37	16	22	23	1.94
2831618--2832869	28	43.8	28	83	7	1302	21	19	32	27	1.97
2831596--2832868	56	22.3	56	83	7	1470	21	18	32	27	1.97
2831596--2832870	84	14.9	84	84	6	1457	21	18	32	27	1.97
2834092--2834151	10	5.5	11	80	13	54	1	8	10	80	0.99
2834101--2834144	20	2.2	20	88	8	63	0	6	9	84	0.79
2834090--2834151	31	2.0	30	87	12	81	1	8	9	80	0.97
2836385--2836414	15	1.9	16	93	6	53	26	33	30	10	1.89
2846969--2847019	24	2.1	24	96	0	93	70	7	5	15	1.30
2846969--2847025	24	2.5	23	91	5	89	64	8	8	17	1.46
2847935--2848009	20	3.8	19	75	12	71	41	13	13	32	1.83
2849816--2849927	50	2.2	50	95	3	197	47	19	7	25	1.75
2851692--2851770	39	2.0	39	100	0	158	46	12	7	32	1.70
2856965--2857023	28	2.0	30	87	9	86	27	22	15	35	1.94
2856933--2857373	79	5.6	78	78	7	374	30	22	10	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856933--2857382	157	2.9	156	80	4	490	30	22	10	37	1.87
2857313--2857428	51	2.3	52	80	7	148	31	27	8	31	1.87
2857381--2857558	77	2.3	79	81	3	218	29	25	10	34	1.90
2870003--2870046	12	3.7	12	90	9	72	86	11	0	2	0.66
2870002--2870064	14	4.7	13	78	11	65	85	7	4	1	0.78
2870002--2870066	12	5.5	11	85	10	60	86	7	4	1	0.77
2870003--2870046	23	1.9	23	95	0	79	86	11	0	2	0.66
2871127--2871478	122	2.9	119	81	4	395	28	24	16	30	1.96
2871053--2871466	61	7.0	60	75	6	317	28	24	17	30	1.97
2871582--2871746	76	2.2	75	79	4	163	17	22	15	44	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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