genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768708--768754	25	2.0	23	87	8	67	42	2	0	55	1.12
775019--775116	49	2.0	49	100	0	196	22	18	14	44	1.85
778813--778854	20	2.1	20	90	0	66	26	26	21	26	1.99
783108--783179	20	3.6	19	77	7	81	40	12	13	33	1.83
784767--784800	12	2.8	13	86	13	54	20	32	8	38	1.84
797542--797619	42	1.9	41	82	10	97	30	7	0	61	1.24
799563--799633	35	2.0	35	94	0	124	42	1	2	53	1.24
799817--799846	15	1.9	16	93	6	53	53	20	0	26	1.46
800272--800297	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
800641--800675	11	3.1	11	84	8	52	57	0	0	42	0.99
806943--807061	42	2.8	42	89	0	175	10	44	2	42	1.51
810860--810889	8	3.8	8	100	0	60	63	0	10	26	1.26
813927--814080	29	5.2	29	68	15	91	46	4	5	42	1.48
814029--814080	16	4.0	12	80	20	52	57	0	1	40	1.10
813900--814077	89	2.0	89	87	0	257	43	7	6	41	1.60
814029--814081	13	4.0	13	82	17	65	58	0	1	39	1.09
814421--814450	15	2.0	15	93	0	51	56	0	0	43	0.99
814385--814474	42	2.1	42	93	2	153	54	0	2	43	1.12
814525--814581	27	2.1	27	80	6	62	36	0	7	56	1.27
814633--814692	30	2.0	31	86	3	86	38	6	10	45	1.64
814678--814763	37	2.4	34	81	11	102	38	3	2	55	1.29
814717--814760	16	2.6	18	78	14	56	38	2	0	59	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814810--814869	31	1.9	32	86	3	86	46	11	3	38	1.57
814839--814917	39	2.0	39	85	9	108	51	5	5	37	1.46
815013--815065	19	2.8	19	88	2	72	39	5	0	54	1.24
815942--815991	26	2.0	25	88	4	73	44	8	14	34	1.74
818995--819178	90	2.1	90	92	1	316	36	19	10	33	1.86
819699--819764	33	2.0	33	100	0	132	21	6	30	42	1.77
820948--821000	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
821461--821499	17	2.2	18	86	13	55	56	0	2	41	1.13
821461--821500	18	2.2	18	86	8	55	57	0	2	40	1.12
822265--822302	20	1.9	20	94	0	67	63	7	15	13	1.51
823825--823859	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
827984--828048	18	3.6	18	80	12	69	60	0	3	36	1.13
828002--828064	26	2.4	25	77	15	65	66	1	1	30	1.10
830330--830368	18	2.2	18	85	0	51	30	7	0	61	1.24
831303--831356	20	2.7	20	100	0	108	29	18	11	40	1.85
832299--832338	21	2.0	21	95	5	73	25	22	12	40	1.89
834695--834746	22	2.4	22	93	0	86	11	17	25	46	1.81
839716--839877	30	5.5	29	71	10	91	23	32	14	29	1.94
839716--839877	61	2.8	60	77	10	149	23	32	14	29	1.94
839871--840252	33	12.3	33	70	18	176	23	27	11	37	1.89
839932--839984	27	1.9	28	88	3	81	26	32	13	28	1.93
839933--839991	27	2.2	27	78	0	64	25	27	11	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839840--840105	92	2.9	92	83	3	277	23	27	11	37	1.90
839996--840221	60	3.8	60	75	8	201	24	26	11	37	1.89
840244--840961	31	22.2	32	80	6	654	30	30	17	21	1.96
840244--840945	32	21.7	32	78	7	582	30	30	17	21	1.96
840238--840956	65	11.1	63	78	8	544	30	30	17	22	1.96
841223--841476	61	4.3	59	74	11	184	24	24	14	37	1.92
841064--841441	113	3.4	113	82	1	463	25	23	14	36	1.93
841284--841395	52	2.1	52	88	1	161	25	24	13	37	1.91
841360--841496	61	2.2	61	81	7	145	24	24	13	37	1.92
842087--842161	21	3.7	20	78	3	69	44	13	13	29	1.82
849601--849974	140	2.7	139	86	4	484	43	10	10	36	1.73
853204--853244	17	2.3	19	79	8	50	9	4	43	41	1.59
853609--853747	52	2.7	52	86	1	199	28	15	13	41	1.86
857497--857539	20	2.2	20	87	8	61	23	16	16	44	1.86
859904--860021	51	2.3	51	86	2	166	30	23	11	34	1.90
859955--860173	79	2.8	78	88	4	316	29	22	13	33	1.93
861536--861590	19	2.8	20	80	5	67	38	16	12	32	1.86
861576--861602	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
861557--861621	32	2.0	32	84	3	85	41	15	15	27	1.87
862150--862253	48	2.2	44	76	18	109	37	23	1	37	1.66
869317--869368	19	2.7	19	90	3	77	36	17	15	30	1.91
869353--869379	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869334--869398	32	2.0	33	87	3	96	40	18	16	24	1.91
870650--870716	33	2.0	33	85	5	91	35	20	8	34	1.84
870769--870804	19	2.0	18	89	10	56	38	16	19	25	1.92
870805--870856	20	2.6	20	100	0	104	30	15	19	34	1.93
871138--871409	150	1.8	149	81	7	345	40	20	15	23	1.90
872748--872862	52	2.2	52	80	9	119	34	14	24	26	1.94
872872--872991	51	2.4	51	88	2	179	30	13	26	30	1.94
872746--873022	130	2.1	131	83	9	343	33	14	24	27	1.94
875448--875538	20	4.6	20	86	5	114	40	12	17	29	1.86
875554--875583	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
876286--876437	45	3.5	44	79	10	170	38	13	26	22	1.91
876414--876591	61	2.9	63	85	6	249	29	19	25	25	1.99
876536--876806	94	2.9	95	90	4	433	25	20	29	25	1.99
876726--876856	54	2.4	56	89	5	205	20	22	28	29	1.98
876634--876926	148	2.0	148	91	2	482	24	20	29	25	1.99
877934--878005	1	72.0	1	71	0	54	0	4	9	86	0.70
877934--878005	11	6.5	11	82	6	83	0	4	9	86	0.70
877946--878005	17	3.6	16	80	8	66	0	1	11	86	0.64
877934--878005	33	2.1	34	82	9	94	0	4	9	86	0.70
877935--878005	35	2.1	34	84	7	90	0	4	9	85	0.71
888314--888342	4	7.2	4	100	0	58	75	0	0	24	0.80
890543--890660	51	2.3	51	86	5	168	29	11	27	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
890417--890689	130	2.1	131	79	8	288	33	13	24	28	1.94
893929--894047	42	2.8	42	90	0	184	42	2	47	8	1.47
899849--899923	20	3.8	19	87	7	105	42	13	16	28	1.85
900925--901461	140	3.8	140	86	3	706	44	10	8	35	1.71
902527--902569	21	2.1	20	86	4	59	18	13	4	62	1.48
902527--902569	20	2.2	20	83	8	52	18	13	4	62	1.48
913096--913298	98	2.1	98	90	0	316	36	6	15	41	1.73
913848--913873	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
915577--915609	16	2.0	17	94	5	59	30	0	18	51	1.46
916421--916475	16	3.4	16	84	0	74	23	10	18	47	1.80
916392--916492	48	2.1	48	83	0	121	26	6	16	49	1.71
917603--917740	45	3.0	45	83	6	138	53	4	17	24	1.62
918261--918352	30	3.1	30	81	6	114	51	3	8	36	1.49
918740--918795	16	3.5	16	90	0	76	51	16	3	28	1.60
918750--918792	16	2.7	16	96	0	77	53	13	0	32	1.41
918991--919061	33	2.2	33	80	16	85	47	8	2	40	1.48
920084--920119	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
923656--923783	52	2.5	52	92	3	215	32	17	16	33	1.93
923792--923816	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
923857--923923	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
923879--923903	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
924121--924164	10	4.6	10	88	11	74	47	9	11	31	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924121--924164	18	2.3	19	92	7	72	47	9	11	31	1.71
924763--925328	49	11.7	49	89	5	877	30	18	26	24	1.98
924763--925328	97	5.9	97	93	2	905	30	18	26	24	1.98
925369--926491	34	33.8	33	81	13	1235	32	12	34	20	1.91
925965--926460	70	7.4	70	86	7	644	32	12	34	20	1.91
925369--926369	202	5.0	201	96	1	1783	32	12	34	20	1.90
926378--926432	28	2.0	28	85	3	76	27	14	34	23	1.94
926447--926615	62	2.7	63	85	6	213	27	16	30	26	1.97
926471--926615	31	4.7	30	86	7	193	24	18	30	26	1.98
927601--927632	11	2.9	11	100	0	64	0	0	9	90	0.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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