genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2873285--2873969	79	8.7	77	79	6	524	28	24	12	34	1.92
2873285--2873926	156	4.1	155	78	5	542	28	23	12	34	1.92
2873285--2873969	314	2.2	313	80	5	749	28	24	12	34	1.92
2873285--2873968	235	2.9	234	77	6	734	28	24	12	34	1.92
2873792--2874024	79	3.0	79	80	3	204	29	25	11	33	1.91
2873363--2874038	314	2.2	313	76	8	665	29	23	11	34	1.91
2875660--2875707	22	2.1	23	85	11	64	58	0	0	41	0.98
2876633--2876676	17	2.6	19	83	16	53	52	0	0	47	1.00
2881660--2881699	14	2.9	14	84	0	53	35	2	0	62	1.09
2881659--2881691	13	2.6	13	90	4	50	33	0	0	66	0.92
2882252--2882295	23	1.9	23	81	9	54	27	0	11	61	1.30
2882298--2882517	70	3.1	70	78	10	221	37	1	7	53	1.38
2882300--2882514	72	3.0	71	79	9	222	37	1	7	53	1.39
2882554--2882590	18	2.0	18	89	5	56	78	0	18	2	0.87
2890715--2890816	45	2.3	45	86	11	140	38	1	2	56	1.25
2890870--2890942	22	3.2	22	77	13	76	35	4	5	54	1.42
2893055--2893098	22	1.9	24	90	9	74	0	20	0	79	0.73
2894265--2894306	14	2.9	15	79	13	61	66	0	0	33	0.92
2894397--2894437	19	2.2	19	91	4	66	0	9	4	85	0.73
2895953--2896025	4	19.0	4	80	8	71	4	19	0	76	0.94
2895949--2896025	23	3.3	23	75	12	77	3	18	0	77	0.91
2896078--2896121	3	15.0	3	95	4	81	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2896244--2896294	23	2.1	23	92	7	84	0	15	0	84	0.63
2896244--2896304	17	3.2	17	74	24	59	0	18	0	81	0.68
2896254--2896305	23	2.3	23	89	0	77	0	21	0	78	0.74
2900485--2900524	14	3.0	14	80	20	50	65	0	0	35	0.93
2900486--2900545	26	2.3	27	82	11	79	65	0	3	31	1.09
2900569--2900615	18	2.6	19	75	18	55	55	2	0	42	1.12
2902239--2902291	20	2.7	19	80	13	54	35	16	15	32	1.90
2902165--2902380	112	1.9	112	81	3	256	37	12	15	34	1.86
2903403--2903473	19	3.8	18	71	16	56	53	1	0	45	1.09
2903397--2903490	40	2.4	38	81	11	104	57	1	1	40	1.13
2903859--2903928	28	2.4	28	80	7	77	51	2	1	44	1.25
2906648--2906685	15	2.5	15	91	0	67	57	2	5	34	1.35
2909096--2910571	735	2.0	735	99	0	2916	35	14	16	33	1.89
2913286--2913335	25	1.9	25	88	8	73	42	2	30	26	1.66
2914103--2914154	20	2.6	20	87	0	68	42	11	15	30	1.82
2915839--2915886	16	2.9	16	79	14	53	27	6	18	47	1.72
2916154--2916198	14	3.1	16	78	15	53	46	0	0	53	1.00
2917203--2917331	16	8.1	16	73	10	68	22	10	20	47	1.79
2917203--2917350	48	3.1	48	75	5	111	22	9	18	48	1.77
2917214--2917341	64	2.0	64	81	3	150	24	10	17	47	1.79
2917237--2917344	16	6.8	16	72	10	60	24	9	15	50	1.73
2917998--2918044	19	2.7	18	83	9	62	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2918240--2918288	15	3.4	14	78	18	55	61	0	2	36	1.08
2919464--2919502	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2922992--2923090	51	1.9	51	100	0	198	35	8	4	52	1.50
2923691--2923730	20	2.0	20	85	9	55	37	0	0	62	0.95
2924152--2924192	19	2.3	19	88	12	61	41	0	0	58	0.98
2924904--2924938	6	5.7	6	89	3	52	68	0	0	31	0.90
2929795--2930253	166	2.8	164	80	5	476	31	11	8	48	1.69
2935648--2935998	79	4.4	79	81	2	373	27	23	13	35	1.92
2935648--2935998	158	2.2	158	83	2	427	27	23	13	35	1.92
2938046--2938078	4	8.2	4	93	0	57	24	3	0	72	0.98
2946259--2946315	27	2.1	27	90	0	87	29	17	24	28	1.97
2948169--2948244	14	4.9	15	77	17	59	82	5	10	1	0.87
2948189--2948244	21	2.6	22	86	8	71	82	3	12	1	0.88
2949200--2951052	61	31.0	61	82	9	1915	25	27	18	29	1.98
2949186--2951041	598	3.1	598	98	0	3597	25	27	18	29	1.98
2951418--2951456	11	3.5	11	85	3	51	2	15	0	82	0.79
2965028--2965064	18	2.1	18	94	0	65	43	8	24	24	1.81
2966048--2966075	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2966518--2966550	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2967022--2967064	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
2967635--2967659	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
2968463--2968500	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2969414--2969521	53	2.0	54	83	7	139	34	8	10	47	1.68
2971521--2971589	32	2.2	32	83	0	84	50	4	1	43	1.30
2975143--2975180	2	20.0	2	84	10	53	50	2	0	47	1.15
2976207--2976242	18	1.9	19	94	5	65	52	0	0	47	1.00
2977190--2977280	43	2.1	43	82	9	116	60	0	0	39	0.97
2977265--2977342	31	2.5	31	75	15	81	53	2	0	43	1.14
2977261--2977342	32	2.4	32	80	10	83	54	2	0	42	1.13
2977345--2977400	29	1.9	29	89	7	87	64	1	0	33	1.04
2977364--2977401	20	1.9	19	85	15	51	68	0	0	31	0.90
2977717--2977760	13	3.3	13	77	3	52	61	0	2	36	1.09
2977713--2977773	27	2.2	28	91	8	108	59	0	3	37	1.14
2977994--2978031	18	2.1	18	85	9	51	60	2	0	36	1.11
2978086--2978119	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2978479--2978525	23	2.2	22	85	11	62	55	0	0	44	0.99
2978385--2978551	88	1.9	89	94	1	300	55	0	0	43	1.08
2979205--2979318	57	2.0	57	92	0	192	37	11	14	35	1.83
2979414--2979440	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2979640--2979684	22	2.0	22	87	8	65	62	0	0	37	0.96
2979611--2979669	31	1.9	32	82	6	77	54	0	0	45	0.99
2980644--2980687	10	4.4	10	82	5	54	40	0	0	59	0.98
2980644--2980698	20	2.8	20	80	8	58	45	0	0	54	0.99
2981316--2981384	25	3.0	22	67	22	52	49	2	0	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2981312--2981372	25	2.4	25	81	8	70	50	3	0	45	1.17
2981339--2981461	55	2.2	54	80	7	140	52	5	2	39	1.39
2982990--2983025	11	3.2	11	84	7	54	33	0	0	66	0.92
2983555--2983591	14	2.5	15	86	13	58	48	0	0	51	1.00
2983562--2983592	14	2.2	14	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2983699--2983738	5	8.0	5	100	0	80	60	0	0	40	0.97
2983860--2983906	2	23.5	2	91	0	76	55	0	0	44	0.99
2984625--2985227	170	3.6	170	84	4	758	38	7	11	42	1.69
2994082--2994149	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2994103--2994127	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2994084--2994146	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2994189--2994214	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2994169--2994235	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2996699--2996768	27	2.5	28	86	2	88	24	34	21	20	1.97
2996754--2996926	52	3.4	51	80	5	204	30	25	12	32	1.92
2996579--2996923	51	6.6	52	69	10	193	30	26	11	31	1.92
2996590--2996997	211	1.9	211	86	3	579	29	27	12	30	1.93
3002312--3002394	24	3.5	24	75	15	82	68	18	8	4	1.33
3002349--3002387	14	2.9	13	85	7	51	76	20	2	0	0.90
3002326--3002423	47	2.1	48	84	9	130	69	17	9	4	1.31
3003682--3003834	31	4.9	31	80	7	150	24	28	15	31	1.96
3003767--3003934	35	5.0	34	80	9	166	20	31	11	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3003907--3003959	25	2.1	25	89	0	79	22	28	15	33	1.94
3004177--3004442	42	5.9	43	76	13	266	25	25	19	30	1.98
3004125--3004442	94	3.4	91	90	5	503	24	25	19	30	1.98
3004404--3004648	51	4.8	52	76	11	229	25	26	17	31	1.97
3004028--3004608	143	4.0	146	74	16	416	24	26	18	31	1.98
3004412--3004648	100	2.3	100	82	8	266	25	26	17	30	1.97
3004404--3004667	53	5.2	52	77	10	267	24	26	16	32	1.96
3004404--3004700	53	5.8	53	76	11	242	25	25	17	31	1.97
3004602--3004747	55	2.7	52	72	14	123	27	24	15	32	1.96
3005418--3005442	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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