genome.fa.s20.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold20
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  3599867

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2085020--2085053	11	2.9	11	91	8	50	5	8	0	85	0.75
2085382--2085424	18	2.4	18	84	3	52	4	11	2	81	0.93
2086297--2086322	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2086278--2086342	33	2.0	32	85	11	87	43	16	10	29	1.82
2092712--2092736	9	2.8	9	100	0	50	88	0	12	0	0.53
2096528--2096578	24	2.1	25	85	3	68	54	17	7	19	1.67
2099775--2099823	24	2.0	24	96	0	89	4	16	18	61	1.50
2099758--2099800	17	2.5	17	92	0	68	6	16	16	60	1.56
2099814--2099899	32	2.8	31	84	11	106	8	15	24	52	1.69
2099912--2100021	57	1.9	57	83	7	143	20	9	19	50	1.74
2100085--2100170	45	1.9	45	92	4	147	25	0	19	54	1.44
2102677--2102701	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
2103609--2103644	17	2.1	18	89	5	56	38	0	0	61	0.96
2106134--2106175	21	2.0	22	85	4	59	19	21	0	59	1.38
2106208--2106240	13	2.4	14	80	10	50	48	0	0	51	1.00
2108374--2108408	2	17.5	2	87	0	52	45	0	0	54	0.99
2121361--2121477	50	2.3	51	88	4	166	41	12	14	31	1.84
2121461--2121487	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2121548--2121601	21	2.7	20	75	8	56	37	12	11	38	1.79
2122214--2122360	61	2.4	61	83	5	165	38	12	24	24	1.90
2122305--2123127	99	8.3	98	87	2	1007	32	15	26	24	1.95
2122305--2123127	148	5.5	147	87	2	1036	32	15	26	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2122305--2123127	49	16.6	49	86	1	1007	32	15	26	24	1.95
2124940--2124996	1	57.0	1	78	0	51	87	8	1	1	0.68
2124938--2125003	8	7.9	8	77	14	62	84	10	3	1	0.79
2124940--2124997	12	4.6	13	78	18	61	86	10	1	1	0.73
2127687--2127728	20	2.2	19	86	4	57	59	0	2	38	1.10
2127750--2127791	12	3.6	12	87	9	52	42	2	0	54	1.13
2127800--2127873	29	2.6	30	72	10	75	52	0	1	45	1.09
2129331--2129369	2	19.5	2	89	0	60	46	2	51	0	1.14
2129570--2129628	12	4.8	12	78	12	66	47	3	0	49	1.18
2129594--2129631	14	2.8	14	85	14	53	50	0	0	50	1.00
2129832--2129911	36	2.2	37	80	14	87	33	6	1	58	1.31
2129960--2129997	18	2.1	18	85	14	51	26	15	0	57	1.38
2134827--2134872	12	3.9	12	88	5	76	69	0	0	30	0.89
2135221--2135288	25	2.6	26	86	11	86	44	0	0	55	0.99
2135230--2135265	17	2.2	16	90	9	56	44	0	0	55	0.99
2135306--2135362	30	1.9	30	82	7	71	56	0	0	43	0.99
2135628--2135668	7	6.0	7	88	2	57	43	2	0	53	1.13
2146995--2147047	22	2.4	22	90	6	72	54	5	3	35	1.42
2147546--2147594	19	2.6	19	81	9	57	53	2	2	42	1.24
2149238--2149272	18	1.9	18	100	0	70	51	2	0	45	1.16
2149262--2149307	16	2.9	16	87	6	58	58	0	2	39	1.10
2149269--2149312	16	2.8	16	86	6	54	61	2	2	34	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2149849--2149915	31	2.1	32	81	8	75	52	0	0	47	1.00
2150003--2150057	2	29.0	2	78	10	62	49	0	0	50	1.00
2151946--2152000	21	2.6	21	88	0	83	40	5	3	50	1.43
2152606--2152630	4	6.2	4	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2153410--2153451	22	2.0	20	86	9	57	47	4	0	47	1.23
2156794--2156829	18	1.9	19	88	5	56	22	13	5	58	1.56
2156893--2156930	18	2.1	18	100	0	76	44	10	15	28	1.80
2156896--2156937	18	2.3	18	91	0	66	50	11	11	26	1.74
2158853--2158987	67	2.0	67	92	2	227	34	22	17	24	1.96
2159273--2159354	30	2.7	30	76	0	92	39	6	8	46	1.59
2165946--2165971	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2170855--2170943	43	2.1	43	95	0	160	38	17	25	17	1.92
2172727--2172766	3	13.7	3	94	5	73	70	0	0	30	0.88
2177860--2177899	6	6.7	6	97	0	71	47	0	0	52	1.00
2177914--2177958	23	2.0	23	83	16	58	37	11	0	51	1.38
2182323--2182350	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2182475--2182509	6	5.5	6	90	10	52	77	0	0	22	0.78
2182475--2182513	12	3.0	13	88	11	62	76	0	0	23	0.78
2184955--2184997	23	1.9	23	85	4	61	51	2	27	18	1.59
2185687--2185712	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2185769--2185837	33	2.1	33	94	0	120	28	15	13	42	1.85
2185667--2185857	53	3.6	53	70	16	153	29	16	14	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2185788--2185818	13	2.4	13	94	0	53	32	16	12	38	1.86
2188145--2188285	51	2.8	52	76	9	130	28	23	11	36	1.89
2188256--2188332	28	2.8	28	89	0	118	22	35	19	23	1.96
2188318--2188434	51	2.3	51	87	0	171	29	27	10	32	1.90
2188284--2188620	130	2.6	130	79	7	394	27	26	12	33	1.92
2191756--2191798	19	2.2	19	84	12	52	69	6	4	18	1.29
2194453--2194522	35	2.0	35	100	0	140	40	17	2	40	1.64
2195064--2195106	12	3.6	12	83	0	59	39	0	0	60	0.97
2195067--2195129	24	2.4	27	84	12	87	42	3	0	53	1.16
2197643--2197720	40	2.0	39	82	2	93	39	14	12	33	1.84
2198120--2198167	21	2.3	21	82	13	55	0	33	2	64	1.05
2198811--2198879	20	3.5	20	77	0	84	33	11	13	42	1.80
2198811--2198886	40	1.9	39	91	2	125	32	11	13	42	1.80
2199793--2199849	23	2.5	23	97	0	105	17	10	7	64	1.46
2212866--2212920	10	5.6	10	84	4	67	89	5	1	3	0.66
2212863--2212936	29	2.6	28	81	8	87	85	6	2	5	0.83
2212864--2212931	18	3.7	18	83	11	68	86	5	2	4	0.77
2212864--2212920	1	57.0	1	78	0	60	89	5	1	3	0.64
2214142--2215391	28	43.9	28	85	4	1484	27	31	19	22	1.97
2216022--2216079	20	2.9	19	77	7	71	32	12	15	39	1.84
2218402--2218459	28	2.1	28	84	12	75	67	5	5	22	1.31
2227855--2227902	23	2.1	23	88	0	69	56	4	4	35	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2228300--2228330	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2228551--2228679	44	3.0	43	88	5	183	41	17	26	15	1.89
2228807--2228831	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
2230545--2230570	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2238904--2238965	32	1.9	33	86	3	90	33	17	16	32	1.92
2239017--2239080	32	2.0	33	90	9	105	34	17	17	31	1.93
2239050--2239102	20	2.7	20	100	0	106	37	18	15	28	1.91
2242669--2242716	23	2.0	22	84	11	60	47	0	4	47	1.21
2249049--2249095	23	2.0	24	83	4	60	51	2	8	38	1.45
2253263--2253540	33	8.4	33	85	3	342	19	31	12	36	1.89
2253531--2253591	28	2.1	30	85	8	83	39	29	14	16	1.88
2253667--2253830	39	4.0	39	79	13	175	26	23	21	28	1.99
2253618--2253878	87	3.0	87	93	0	423	25	24	20	29	1.99
2253806--2254377	52	11.3	52	83	5	681	23	25	17	32	1.97
2253806--2254496	101	6.8	101	86	2	850	24	25	17	32	1.96
2253794--2254496	153	4.6	152	80	8	538	25	25	16	32	1.96
2255099--2255176	32	2.4	32	93	0	129	35	14	15	34	1.87
2255074--2255163	19	5.1	18	68	24	66	38	12	14	34	1.83
2259944--2259972	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
2260019--2260071	19	2.7	19	88	2	70	35	15	15	33	1.88
2260882--2260922	18	2.3	18	100	0	82	53	19	4	21	1.63
2262547--2262631	20	4.6	20	75	19	94	44	14	12	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262620--2262706	27	3.5	26	68	20	78	27	14	18	39	1.90
2262600--2262731	47	2.8	47	89	3	194	31	14	18	36	1.90
2267167--2267200	3	11.3	3	87	0	50	29	38	0	32	1.58
2268812--2268838	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2270667--2270695	15	1.9	15	100	0	58	20	0	3	75	0.94
2270857--2270914	2	30.0	2	78	13	50	51	3	0	44	1.18
2270825--2270885	20	3.1	20	80	2	61	49	1	1	47	1.21
2270825--2270870	19	2.4	19	81	3	56	50	2	2	45	1.26
2270898--2270945	10	4.8	10	77	10	53	72	0	0	27	0.84
2270904--2270934	12	2.6	12	94	0	53	74	0	0	25	0.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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