genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2038786--2038884	38	2.6	38	93	0	171	25	24	26	24	2.00
2039293--2039364	6	12.0	6	77	11	67	43	2	20	33	1.67
2039291--2039396	18	5.6	18	70	16	88	41	3	20	33	1.70
2039293--2039364	24	3.2	24	70	22	84	43	2	20	33	1.67
2039317--2039404	36	2.4	36	92	0	149	42	2	20	35	1.65
2039298--2039397	36	2.6	38	84	10	123	43	3	21	33	1.68
2041166--2041319	70	2.2	70	88	0	218	51	14	8	25	1.70
2043552--2043944	194	2.0	200	91	5	647	49	9	11	30	1.70
2044118--2044161	20	2.2	20	88	8	63	45	2	6	45	1.42
2044919--2044951	5	6.8	5	86	6	50	24	57	18	0	1.40
2052174--2052262	10	9.3	9	70	9	52	17	26	28	26	1.98
2052172--2052256	29	2.9	29	82	3	109	20	24	28	27	1.99
2053825--2053908	2	42.5	2	73	19	61	46	4	0	48	1.23
2053838--2053896	7	8.0	7	78	10	64	40	3	0	55	1.16
2053826--2053908	11	7.7	11	77	14	75	45	4	0	49	1.23
2053957--2054127	22	8.4	20	69	14	91	45	2	5	45	1.42
2054041--2054094	17	3.1	17	81	2	63	44	0	5	50	1.25
2054248--2054287	13	3.1	13	88	0	62	47	7	5	40	1.54
2054294--2054343	24	2.1	24	85	7	66	38	8	10	44	1.68
2054382--2054441	27	2.2	27	87	0	93	36	6	3	53	1.44
2054391--2054466	13	5.8	13	69	21	52	36	7	3	51	1.50
2054407--2054466	25	2.7	23	82	12	72	36	6	5	51	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2054635--2054708	37	2.1	36	82	5	87	39	9	10	40	1.73
2054694--2054791	20	4.9	20	70	20	55	43	8	7	40	1.62
2054666--2054803	57	2.4	56	82	9	172	42	8	7	41	1.65
2054710--2054759	15	3.2	16	83	8	68	48	6	6	40	1.52
2054731--2054775	24	1.9	23	81	4	54	42	8	6	42	1.62
2054900--2055112	31	6.8	29	73	21	146	43	3	2	50	1.34
2054939--2055087	43	3.3	43	76	18	133	44	4	2	48	1.35
2054960--2055021	14	4.4	14	75	18	56	46	6	1	45	1.38
2057100--2057368	36	7.3	36	89	5	394	28	24	30	16	1.96
2061705--2061742	13	2.8	13	82	17	51	60	0	2	36	1.11
2061739--2061815	38	2.0	39	87	7	113	58	3	2	35	1.30
2061722--2061805	19	4.5	19	77	14	77	59	2	3	34	1.28
2062836--2062874	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
2063306--2063423	35	3.3	36	87	8	170	33	3	16	45	1.64
2067396--2067432	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
2068496--2068598	35	2.9	36	92	4	165	31	4	19	44	1.71
2069544--2069574	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
2075984--2076044	31	2.1	28	82	11	70	36	21	6	36	1.79
2085172--2085342	29	6.0	29	80	10	192	30	3	15	50	1.61
2085174--2085329	84	1.8	85	87	4	235	28	3	16	51	1.62
2085264--2085354	29	3.1	29	85	4	94	34	4	15	46	1.66
2085979--2086019	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2092451--2092529	29	2.7	29	88	2	104	30	3	10	55	1.51
2092539--2092611	29	2.6	29	93	2	121	35	2	13	47	1.57
2092455--2092613	83	1.9	83	85	2	221	34	3	13	48	1.60
2107372--2107409	10	3.9	10	96	3	69	0	60	0	39	0.97
2110769--2110879	55	2.0	55	92	0	186	38	24	7	29	1.82
2111318--2111372	21	2.6	21	88	0	74	18	25	20	36	1.94
2111356--2111389	16	2.1	16	100	0	68	32	17	17	32	1.94
2111376--2111429	21	2.7	20	80	5	63	33	20	22	24	1.97
2111605--2111666	18	3.0	22	72	18	69	25	38	16	19	1.92
2111994--2112027	14	2.4	14	90	9	52	8	20	29	41	1.82
2112018--2112067	20	2.5	20	90	0	73	18	18	28	36	1.94
2112035--2112089	20	2.8	20	91	0	83	10	16	23	49	1.77
2112054--2112097	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
2113973--2114076	20	5.5	20	79	15	123	39	20	19	21	1.93
2114121--2114189	20	3.5	20	91	0	102	21	18	21	37	1.94
2125387--2125422	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2125524--2125619	33	2.9	34	90	3	149	42	19	23	13	1.87
2125557--2125625	19	3.8	19	73	21	76	44	18	21	14	1.85
2125629--2125682	20	2.8	20	94	2	92	12	20	18	48	1.81
2125687--2125778	40	2.3	40	88	3	132	20	19	22	36	1.95
2125687--2125778	20	4.6	20	82	2	105	20	19	22	36	1.95
2128194--2128247	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2128194--2128261	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2129109--2129177	20	3.5	20	90	4	86	24	17	17	40	1.90
2129326--2129590	41	6.5	41	93	1	426	15	21	24	39	1.91
2129351--2129546	20	9.6	20	65	20	93	12	22	25	39	1.90
2130396--2130427	6	5.5	6	96	3	57	0	15	53	31	1.43
2130509--2130774	41	6.5	41	92	2	319	39	24	19	16	1.92
2130537--2130644	21	5.2	21	64	20	75	38	25	20	14	1.91
2130509--2130774	82	3.2	82	87	4	378	39	24	19	16	1.92
2130658--2130770	21	5.5	21	71	4	104	34	26	19	19	1.96
2130953--2130998	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
2134195--2134322	64	2.0	64	95	0	229	33	7	32	25	1.85
2134488--2134552	21	3.1	21	90	0	103	36	23	21	18	1.95
2134717--2134795	33	2.4	33	85	4	97	25	20	13	40	1.89
2134861--2134933	26	2.8	26	82	0	83	35	12	21	30	1.90
2134888--2134937	26	1.9	26	100	0	100	34	14	28	24	1.93
2135031--2135111	32	2.5	32	83	2	99	32	14	25	27	1.95
2136391--2136457	31	2.2	31	88	0	98	25	11	16	46	1.81
2136439--2136509	34	2.1	33	86	2	97	23	23	18	33	1.96
2137054--2137104	20	2.5	21	78	9	61	25	33	15	25	1.95
2137278--2137316	16	2.5	15	84	8	51	28	5	0	66	1.12
2138016--2138069	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
2138798--2138866	23	3.0	23	82	0	93	30	26	24	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2139061--2139546	250	1.9	250	98	0	945	31	20	8	40	1.81
2139584--2139645	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
2140727--2140803	24	3.7	21	76	20	72	23	27	18	31	1.97
2141779--2141847	23	3.0	23	82	0	93	31	26	24	17	1.97
2142980--2143032	22	2.5	21	79	11	54	33	20	0	45	1.52
2143444--2143500	24	2.4	24	93	0	96	29	26	15	28	1.96
2146026--2146061	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
2146439--2146498	20	3.0	20	87	0	84	20	16	25	38	1.93
2146920--2146956	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
2146912--2146964	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
2147266--2147352	39	2.2	39	93	4	149	47	19	13	19	1.83
2147710--2147749	14	2.9	14	96	0	71	42	22	0	35	1.54
2149175--2149263	21	4.2	21	74	5	63	24	19	33	22	1.97
2151941--2152142	20	10.4	20	81	13	235	18	16	24	41	1.90
2152029--2152138	33	3.1	33	89	9	148	17	16	26	40	1.90
2152054--2152078	13	1.9	13	100	0	50	16	8	32	44	1.76
2152014--2152118	53	2.0	53	94	0	183	18	15	26	40	1.90
2151989--2152138	73	2.1	73	88	5	223	18	16	25	40	1.90
2152067--2152153	20	4.3	21	92	5	137	18	17	26	37	1.92
2152209--2152357	21	7.2	21	61	4	70	32	18	22	26	1.97
2152148--2152327	20	8.9	20	67	3	90	29	20	20	30	1.97
2152183--2152374	41	4.7	41	97	0	348	29	19	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2160098--2160137	22	1.9	22	85	10	57	72	2	10	15	1.21
2160542--2160622	40	2.0	40	97	0	153	33	23	4	38	1.76
2160730--2160810	31	2.7	28	77	11	81	58	0	13	28	1.36
2162488--2162553	22	3.0	22	80	4	62	42	15	18	24	1.88
2163381--2163489	31	3.5	31	92	5	184	40	20	19	20	1.92
2164660--2164684	12	2.1	12	100	0	50	40	16	0	44	1.47
2168620--2168709	15	5.6	15	73	18	51	61	3	1	34	1.20
2168621--2168706	18	4.9	17	73	21	63	61	3	1	33	1.20
2183803--2183925	31	4.0	31	95	2	212	38	22	19	19	1.94
2195104--2195150	21	2.2	21	88	0	76	38	0	53	8	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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