genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2694121--2694271	72	2.1	72	92	0	248	35	12	27	24	1.91
2698907--2699020	37	3.1	37	82	5	133	35	21	15	27	1.94
2698915--2699046	37	3.6	37	78	7	126	35	19	18	25	1.95
2699407--2699567	54	3.0	54	96	0	286	36	19	26	18	1.94
2699470--2699996	55	9.7	55	85	5	508	28	17	25	27	1.98
2699565--2700000	55	8.0	55	86	5	528	28	16	25	29	1.97
2702487--2702899	203	2.0	205	98	1	803	24	20	18	36	1.95
2704670--2704709	18	2.3	17	91	4	62	37	32	12	17	1.87
2705813--2705854	21	2.0	22	90	9	70	35	28	14	21	1.92
2708829--2708864	17	2.1	17	94	0	63	52	22	0	25	1.47
2709233--2710121	448	2.0	448	97	0	1679	40	16	9	33	1.80
2710378--2710449	27	2.7	26	75	12	67	31	19	0	48	1.49
2711861--2711903	21	2.0	22	86	8	63	32	27	13	25	1.94
2714518--2714553	17	2.1	17	89	0	54	25	22	33	19	1.97
2718118--2718179	20	3.2	20	72	21	60	79	4	3	12	1.02
2718306--2718360	18	3.2	18	87	7	80	74	0	14	10	1.07
2718361--2718419	25	2.4	25	82	5	75	66	6	1	25	1.26
2718359--2718418	29	2.1	29	81	6	68	68	5	1	25	1.19
2718426--2718528	8	12.4	8	68	17	50	76	3	4	14	1.09
2718429--2718462	14	2.4	14	90	5	50	82	0	2	14	0.79
2718524--2718585	3	19.7	3	83	9	63	67	0	1	30	1.00
2718494--2718532	18	2.1	18	95	4	69	84	0	5	10	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2718495--2718589	21	4.9	18	74	16	59	73	0	3	23	0.97
2719656--2719730	2	38.5	2	84	10	102	50	1	1	46	1.18
2719656--2719744	18	5.2	17	88	9	103	50	2	1	46	1.21
2721146--2721196	16	3.2	16	76	15	61	74	0	1	23	0.92
2721148--2721217	20	3.6	20	72	18	67	72	0	4	22	1.01
2721151--2721219	21	3.2	21	80	12	70	72	0	5	21	1.05
2721244--2721289	17	2.6	18	83	13	60	67	0	4	28	1.10
2721907--2722119	76	2.9	75	87	4	272	56	11	2	29	1.48
2722732--2722772	21	2.0	20	90	4	64	46	7	4	41	1.53
2725209--2725306	49	2.0	49	100	0	196	26	16	14	42	1.86
2725705--2725740	15	2.4	15	90	0	63	33	33	19	13	1.91
2732407--2732453	13	3.4	14	80	13	53	29	36	21	12	1.91
2733533--2733564	3	11.3	3	87	12	50	71	0	28	0	0.86
2733533--2733564	8	3.8	9	84	16	50	71	0	28	0	0.86
2733533--2733565	11	3.0	11	100	0	66	72	0	27	0	0.85
2737812--2737841	13	2.4	13	94	5	53	50	0	0	50	1.00
2744392--2744425	16	2.1	16	100	0	68	29	11	11	47	1.76
2745999--2746109	29	3.8	29	96	1	195	33	14	9	42	1.79
2750795--2750876	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
2754084--2754141	18	2.9	21	73	19	61	48	0	0	51	1.00
2754084--2754201	40	2.8	40	81	12	116	39	0	1	57	1.15
2755708--2755895	95	2.0	96	80	7	213	34	10	23	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2761389--2761422	14	2.3	15	85	5	52	38	0	0	61	0.96
2766646--2766677	16	2.0	16	100	0	64	31	18	12	37	1.88
2790739--2790797	31	1.9	31	89	0	91	37	15	22	25	1.93
2792339--2792402	31	2.1	31	87	0	92	26	25	10	37	1.89
2798923--2799013	20	4.9	20	65	20	63	35	5	14	45	1.68
2798922--2799074	53	2.9	52	94	2	272	33	5	12	48	1.65
2799028--2799067	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
2802546--2802573	11	2.5	11	100	0	56	35	17	32	14	1.90
2803650--2803740	20	4.9	20	68	20	72	34	5	15	45	1.69
2803649--2803798	53	2.9	52	96	3	275	32	6	13	48	1.67
2803755--2803794	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
2821382--2821407	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2825328--2825393	23	2.9	23	93	0	114	25	21	15	37	1.92
2836380--2836437	28	2.1	27	81	6	64	25	1	1	70	1.06
2836414--2836464	19	2.7	19	84	0	66	33	5	1	58	1.33
2840963--2841015	27	2.0	27	85	14	74	41	0	13	45	1.43
2841211--2841268	15	3.8	15	76	19	57	39	6	20	32	1.79
2841398--2841474	23	3.3	24	76	3	86	22	25	22	29	1.99
2841465--2841517	24	2.2	24	93	3	90	26	22	22	28	1.99
2841598--2841634	19	1.9	19	88	0	56	56	2	8	32	1.43
2843612--2843645	17	1.9	17	88	5	50	61	2	0	35	1.11
2845855--2845950	47	2.0	47	82	7	115	22	19	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2845922--2845973	24	2.2	24	89	3	79	26	17	23	32	1.96
2846055--2846099	19	2.4	19	88	0	63	57	2	6	33	1.37
2857486--2857541	14	4.1	14	73	21	57	17	14	14	53	1.73
2857795--2857864	13	5.2	13	80	17	81	5	10	24	60	1.51
2857795--2857864	27	2.6	27	95	2	124	5	10	24	60	1.51
2857843--2857971	70	1.9	69	88	6	199	29	11	16	42	1.83
2857911--2857951	16	2.7	16	85	7	59	12	9	17	60	1.57
2865989--2866066	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
2871924--2871974	22	2.3	22	96	0	93	27	15	29	27	1.96
2875691--2875725	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2881980--2882019	21	2.0	21	85	5	55	55	0	0	45	0.99
2882505--2882553	20	2.5	20	89	0	80	42	22	16	18	1.88
2882469--2882553	40	2.1	40	81	12	95	41	23	16	18	1.90
2882685--2882738	22	2.5	22	88	5	85	20	38	12	27	1.89
2884747--2884792	4	11.5	4	90	0	74	28	0	0	71	0.86
2886462--2886501	14	2.9	14	80	0	53	30	0	17	52	1.45
2886412--2886551	66	2.2	62	82	7	158	31	0	15	52	1.47
2886609--2886674	20	3.3	20	86	0	96	43	21	15	19	1.87
2886692--2886730	20	2.0	20	89	0	60	17	20	20	41	1.91
2886945--2887031	39	2.2	39	97	0	165	17	14	20	47	1.83
2887308--2887344	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
2887731--2887780	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2887871--2887945	20	3.8	20	80	7	98	36	21	21	21	1.96
2887988--2888021	17	1.9	18	94	5	61	52	26	8	11	1.67
2888270--2888305	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
2891491--2891554	19	3.4	18	91	6	76	32	17	21	28	1.96
2891491--2891629	20	7.2	19	81	8	104	26	13	24	35	1.93
2891523--2891754	20	11.9	20	79	5	199	20	14	25	40	1.90
2897522--2897679	82	1.9	82	94	0	280	29	7	21	41	1.81
2897672--2897772	48	2.1	49	94	3	177	35	5	33	24	1.80
2905785--2905810	10	2.6	10	100	0	52	30	19	26	23	1.98
2915109--2916685	634	2.5	632	94	1	2762	27	15	20	36	1.93
2921797--2923218	635	2.2	636	94	0	2531	28	15	19	36	1.92
2923247--2923315	3	23.0	3	85	5	95	39	0	0	60	0.97
2924871--2924915	22	2.0	22	86	8	63	42	0	0	57	0.98
2924965--2925014	23	2.0	26	85	11	70	46	2	0	52	1.12
2936240--2936300	1	61.0	1	80	0	68	90	1	8	0	0.53
2936237--2936300	16	3.9	16	91	2	101	89	1	9	0	0.56
2937558--2937897	115	3.0	115	94	0	592	34	15	20	29	1.93
2938603--2939143	113	4.8	112	84	4	648	39	14	17	29	1.89
2939087--2939178	36	2.6	36	96	0	166	48	10	21	18	1.78
2939087--2939143	17	3.2	17	69	26	55	49	8	22	19	1.76
2939120--2939401	124	2.3	120	83	7	356	42	16	18	22	1.88
2939545--2939586	3	14.0	3	85	9	59	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2941145--2941189	22	2.0	22	86	8	63	42	0	0	57	0.98
2941239--2941288	23	2.0	26	85	11	70	46	2	0	52	1.12
2941663--2943416	634	2.8	635	94	2	3095	27	15	20	35	1.93
2952940--2953041	29	3.5	28	74	14	89	30	4	9	54	1.54
2953569--2953613	10	4.1	10	79	20	54	8	11	22	57	1.60
2953573--2953623	14	3.9	14	73	19	56	9	11	21	56	1.63
2953562--2953623	24	2.6	24	92	0	106	11	12	20	54	1.68
2954697--2954750	10	5.6	10	76	24	62	9	11	22	57	1.61
2954698--2954734	12	3.2	12	92	7	60	8	8	24	59	1.53
2954703--2954747	16	3.1	16	78	21	62	6	11	24	57	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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