genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7889403--7889454	19	2.7	19	93	0	86	23	30	17	28	1.97
7889485--7889540	21	2.7	21	85	0	76	35	19	16	28	1.93
7890582--7890645	17	3.3	19	67	20	51	42	12	21	23	1.87
7890563--7891210	139	4.7	139	95	0	1125	35	18	21	24	1.95
7890860--7890923	17	3.3	19	67	20	51	40	12	23	23	1.88
7895013--7895042	14	2.1	14	93	0	51	20	3	0	76	0.92
7894923--7895147	107	2.1	107	89	2	337	26	14	3	56	1.54
7895027--7895129	46	2.4	43	85	9	131	27	16	2	53	1.57
7895209--7895265	17	3.4	17	90	0	96	17	35	26	21	1.95
7895671--7895730	30	2.0	30	87	9	88	11	15	10	63	1.52
7899060--7899110	26	1.9	27	88	4	77	13	7	5	72	1.26
7899051--7899118	26	2.7	25	75	8	66	13	11	4	70	1.30
7909425--7909562	48	2.9	46	90	6	206	44	15	24	15	1.85
7909477--7909577	48	2.1	48	81	5	116	52	13	20	12	1.74
7910353--7910888	106	5.3	98	88	8	801	33	24	19	22	1.97
7912670--7912712	21	2.0	23	82	17	56	16	9	2	72	1.21
7912691--7912772	5	16.4	5	97	0	146	19	2	0	78	0.87
7913283--7913336	26	2.0	27	89	3	83	12	5	5	75	1.15
7913284--7913325	9	4.7	9	82	8	50	11	4	4	78	1.06
7914100--7914131	16	2.0	16	100	0	64	43	18	18	18	1.88
7917302--7917347	23	2.0	23	91	0	74	54	0	2	43	1.12
7918818--7918873	17	3.2	17	74	16	60	41	3	1	53	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7918859--7918935	25	2.7	28	75	24	81	42	0	0	57	0.99
7918859--7918918	25	2.5	24	89	5	93	45	0	0	55	0.99
7918899--7918969	14	5.3	14	71	8	58	52	0	0	47	1.00
7919173--7919222	14	3.6	14	86	0	64	40	12	2	46	1.52
7919552--7919591	20	2.0	20	85	0	53	47	15	2	35	1.58
7926319--7926347	14	2.1	14	100	0	58	34	6	13	44	1.71
7926930--7926985	25	2.2	26	83	3	69	35	3	16	44	1.65
7929942--7929971	15	2.0	15	100	0	60	33	6	40	20	1.78
7930404--7930448	19	2.4	19	96	0	81	31	4	28	35	1.77
7932231--7932278	19	2.5	19	96	0	87	33	8	35	22	1.84
7938226--7938334	30	3.7	29	82	16	134	60	10	13	15	1.58
7938218--7938355	60	2.3	58	80	13	147	58	10	13	17	1.62
7938218--7938355	30	4.6	30	80	10	133	58	10	13	17	1.62
7953387--7953442	28	2.0	29	85	3	78	73	1	23	1	1.03
7955397--7955703	112	2.8	108	84	4	393	29	10	16	42	1.82
7955388--7955703	58	5.7	58	71	12	218	30	10	16	43	1.81
7955866--7955962	43	2.3	44	82	7	121	26	20	20	31	1.97
7956057--7956421	38	9.5	38	89	3	525	30	16	16	35	1.91
7956057--7956421	77	4.8	77	90	1	538	30	16	16	35	1.91
7956684--7956812	59	2.2	60	84	6	174	29	31	12	27	1.93
7957171--7957210	19	2.0	20	90	4	64	62	25	2	10	1.39
7960323--7960368	22	2.1	22	95	0	83	30	10	10	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7962056--7962089	18	1.9	17	94	5	59	17	8	20	52	1.71
7966084--7966111	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7969735--7969817	28	3.0	28	100	0	166	9	28	14	46	1.76
7970612--7970645	13	2.8	12	86	8	50	76	0	8	14	1.01
7979109--7979218	44	2.4	44	77	13	114	18	20	31	30	1.96
7980470--7980644	90	1.9	90	94	0	305	29	7	24	38	1.83
7990853--7990890	18	2.1	19	90	5	60	63	2	10	23	1.39
7990854--7990905	18	2.9	17	80	13	52	61	3	7	26	1.41
7992011--7992067	30	1.9	30	92	7	98	24	1	45	28	1.63
7992521--7992634	42	2.7	41	76	6	104	28	21	21	28	1.99
7992667--7992985	39	8.2	39	94	0	521	33	16	19	30	1.94
7992990--7993227	76	3.1	75	88	5	354	39	14	15	30	1.87
7998400--7998438	13	3.0	13	88	7	53	64	5	0	30	1.15
7998587--7998634	19	2.4	20	79	6	53	56	2	12	29	1.48
8004745--8004769	8	3.1	8	100	0	50	0	12	0	88	0.53
8004767--8004797	9	3.4	9	95	0	53	19	12	0	67	1.22
8004747--8004815	18	3.9	18	77	9	63	13	10	0	76	1.01
8004748--8004816	17	3.9	17	76	14	59	13	10	0	76	1.01
8005074--8005266	72	2.6	74	77	11	218	44	15	6	33	1.73
8010085--8010113	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8010256--8010312	29	2.0	29	85	0	78	24	29	5	40	1.77
8010305--8010519	81	2.7	81	87	2	281	27	23	13	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8010469--8010656	68	2.8	68	88	1	270	28	22	15	33	1.94
8010871--8011144	59	4.7	59	91	3	403	32	20	13	33	1.92
8011119--8011169	24	2.1	25	92	3	86	33	17	7	41	1.79
8011059--8011228	83	2.0	84	93	1	288	32	20	12	33	1.91
8011142--8011706	59	9.6	59	93	0	934	33	20	14	32	1.92
8011000--8011287	142	2.0	143	93	0	488	32	21	14	31	1.93
8010942--8011346	201	2.0	202	93	0	695	32	20	14	31	1.93
8010879--8011405	260	2.0	260	92	2	871	32	20	14	32	1.92
8015522--8015547	13	2.0	13	100	0	52	23	7	38	30	1.83
8020810--8020837	7	4.0	7	100	0	56	57	0	28	14	1.38
8022696--8022738	18	2.4	18	92	0	68	69	0	4	25	1.07
8023327--8023515	76	2.6	74	87	7	260	56	12	0	30	1.40
8023371--8023553	76	2.4	76	79	5	217	57	9	1	30	1.41
8025408--8025453	21	2.2	21	88	7	67	71	6	8	13	1.29
8029551--8029625	5	14.8	5	90	2	87	76	2	5	16	1.09
8029550--8029628	36	2.2	36	90	0	122	75	2	5	16	1.08
8029550--8029638	36	2.5	36	88	0	115	73	3	7	15	1.20
8032358--8032425	24	2.8	22	77	16	64	66	1	4	27	1.20
8032450--8032492	18	2.4	18	96	0	77	72	0	4	23	1.04
8032968--8033165	76	2.7	73	83	9	242	55	11	1	32	1.43
8032968--8033199	76	3.1	74	81	8	235	54	10	1	32	1.45
8033588--8033623	18	2.0	18	88	0	54	55	0	16	27	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8036282--8036324	16	2.7	16	88	0	68	62	23	4	9	1.44
8037414--8037488	10	6.7	10	71	21	51	52	22	14	10	1.73
8037404--8037489	24	3.6	24	93	0	136	52	20	15	11	1.73
8041726--8041761	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8042638--8042705	33	2.1	34	88	5	104	57	0	5	36	1.23
8042750--8042813	32	2.0	32	100	0	128	25	12	21	40	1.88
8047206--8047250	18	2.5	18	96	0	81	68	0	4	26	1.08
8047842--8048027	76	2.5	74	87	7	254	56	12	0	30	1.41
8047886--8048067	76	2.4	77	79	6	219	57	9	1	30	1.41
8049869--8049914	21	2.2	21	88	7	67	71	6	8	13	1.29
8053618--8053692	5	14.8	5	90	2	60	72	2	9	16	1.22
8053619--8053692	15	4.9	15	83	3	76	71	2	9	16	1.23
8056583--8056624	9	4.7	9	79	8	50	71	0	2	26	0.98
8056670--8056710	16	2.4	17	92	8	66	70	0	4	24	1.06
8057180--8057376	67	2.9	69	84	10	237	56	11	1	30	1.43
8057313--8057352	19	2.1	19	90	0	62	55	12	0	32	1.38
8057186--8057397	72	3.0	71	80	10	213	56	10	1	31	1.43
8057880--8057985	52	2.1	51	98	1	203	22	28	11	37	1.89
8060518--8060560	16	2.7	16	92	0	68	60	23	6	9	1.51
8061634--8061695	24	2.6	24	89	0	97	53	20	14	11	1.72
8061671--8061715	20	2.2	20	84	0	54	44	20	20	15	1.87
8066169--8066232	32	2.0	32	100	0	128	25	12	21	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8072425--8072467	20	2.2	20	86	0	59	32	11	20	34	1.89
8072290--8072711	210	2.0	211	99	0	837	27	14	19	37	1.91
8072635--8072677	20	2.2	20	86	0	59	32	11	20	34	1.89
8084507--8084554	19	2.6	19	93	3	80	18	10	18	52	1.74
8085380--8085413	17	1.9	18	94	5	61	2	5	2	88	0.70
8085385--8085429	19	2.4	18	82	10	54	8	4	2	84	0.84
8091202--8091250	19	2.5	20	83	9	66	69	0	8	22	1.14
8092007--8092200	75	2.4	82	78	14	231	57	12	1	28	1.43
8092973--8093018	23	2.0	23	91	0	74	73	2	8	15	1.16
8094106--8094135	15	2.0	15	100	0	60	73	6	6	13	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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