genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5905274--5905313	17	2.3	18	91	4	64	62	0	0	37	0.95
5908789--5908864	39	1.9	39	82	10	93	57	5	15	21	1.57
5912297--5912330	13	2.7	13	90	4	52	35	0	14	50	1.44
5913082--5913122	2	21.0	2	90	5	66	48	2	0	48	1.14
5916609--5916650	20	2.2	20	87	8	61	45	4	23	26	1.73
5916802--5916875	37	2.0	36	87	7	105	48	2	0	48	1.15
5918087--5918124	6	6.3	6	100	0	76	34	15	50	0	1.45
5919034--5919058	13	1.9	13	100	0	50	16	24	20	40	1.91
5919299--5919662	182	2.0	182	100	0	728	31	23	18	27	1.97
5927009--5927066	30	2.0	30	86	3	82	31	15	3	50	1.61
5930088--5930141	28	2.0	28	82	10	69	46	11	16	25	1.80
5931534--5931564	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
5938329--5938395	33	2.1	32	83	10	84	19	14	26	38	1.91
5949224--5949338	48	2.3	50	79	13	130	47	1	0	50	1.11
5949290--5949399	20	5.3	20	74	14	98	49	0	0	50	1.00
5949322--5949421	43	2.2	47	81	12	120	52	1	0	47	1.07
5949566--5949618	19	2.6	20	85	11	72	60	0	0	39	0.97
5950190--5950347	21	7.8	20	70	7	77	37	25	17	18	1.93
5950315--5950501	20	9.4	20	83	4	207	35	26	18	19	1.95
5951203--5951249	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
5953373--5953654	53	5.2	54	86	11	256	45	17	22	14	1.85
5953401--5953654	72	3.5	72	91	4	363	45	16	23	14	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5953625--5953740	53	2.2	52	86	3	160	18	23	18	38	1.93
5953663--5953760	19	5.4	19	81	16	127	14	23	17	44	1.85
5953373--5953648	125	2.2	125	97	1	518	46	17	22	14	1.84
5953863--5953902	14	2.8	14	88	3	62	42	22	0	35	1.54
5955812--5955915	19	5.4	19	85	1	127	46	25	18	9	1.79
5957873--5957936	20	3.2	20	82	4	92	46	15	25	12	1.81
5957871--5957935	21	3.1	21	82	4	96	47	15	26	10	1.78
5957917--5957981	14	4.3	14	76	17	67	47	21	23	7	1.76
5957871--5957993	33	3.5	33	88	8	156	47	18	23	10	1.80
5957871--5957998	19	7.1	19	70	21	96	46	18	24	10	1.81
5958010--5958066	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
5957994--5958073	33	2.4	33	95	0	142	8	21	22	47	1.78
5958054--5958127	21	3.5	21	80	7	96	13	21	17	47	1.82
5958267--5958307	12	3.4	12	93	0	64	7	21	21	48	1.74
5958858--5958899	20	2.1	20	90	0	66	26	4	35	33	1.77
5964202--5964251	25	2.0	25	84	7	66	50	26	8	16	1.72
5968225--5968304	19	4.3	19	75	15	94	23	2	28	45	1.66
5968356--5968399	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
5968404--5968455	21	2.5	21	87	0	77	34	11	7	46	1.69
5970482--5970793	155	2.0	156	99	0	617	33	22	11	32	1.90
5971679--5971744	30	2.2	29	84	5	87	59	3	0	37	1.13
5973699--5973799	3	33.7	3	100	0	202	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5973898--5973963	30	2.2	30	86	0	87	42	12	15	30	1.83
5974214--5974246	16	2.1	16	94	0	57	60	24	9	6	1.49
5974312--5974341	10	3.0	10	95	0	51	60	23	10	6	1.52
5974312--5974427	23	5.0	23	75	8	101	59	20	8	11	1.57
5974611--5974645	14	2.5	14	85	0	52	57	14	14	14	1.66
5977897--5977930	15	2.3	14	85	14	50	41	0	2	55	1.15
5979091--5979169	2	39.5	2	100	0	158	50	0	0	49	1.00
5979309--5979445	59	2.3	57	75	11	134	32	17	14	35	1.90
5986735--5987015	139	2.0	141	93	2	485	38	6	16	38	1.75
6000552--6000663	42	2.7	41	76	12	111	30	18	19	31	1.96
6000778--6000914	42	3.3	42	83	3	168	27	19	21	30	1.98
6001292--6001495	53	3.8	53	89	2	286	31	21	25	21	1.98
6013029--6013082	21	2.6	21	84	0	81	29	25	22	22	1.99
6013091--6013130	21	1.9	21	94	0	71	27	20	27	25	1.99
6013139--6013207	21	3.3	21	95	0	129	28	31	18	20	1.96
6013247--6013318	21	3.4	21	70	14	76	20	18	22	38	1.93
6013228--6013325	42	2.3	42	89	0	151	25	18	20	35	1.95
6013439--6013475	19	1.9	19	88	0	56	21	18	29	29	1.97
6014316--6014355	20	2.0	20	90	0	62	37	17	5	40	1.72
6017323--6017365	6	7.2	6	89	0	50	13	41	16	27	1.86
6029269--6029296	13	2.2	13	100	0	56	35	21	14	28	1.92
6030793--6030829	17	2.2	17	100	0	74	16	13	51	18	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6031099--6031158	29	2.1	29	87	0	84	13	31	30	25	1.93
6032864--6032889	12	2.2	12	100	0	52	38	30	0	30	1.58
6033873--6033924	22	2.4	22	96	0	95	38	0	1	59	1.08
6035362--6035408	14	3.4	14	87	0	67	23	38	31	6	1.80
6036215--6036270	27	2.1	27	86	0	76	39	8	1	50	1.44
6045316--6045354	18	2.1	19	85	4	53	35	0	2	61	1.10
6046547--6047143	199	3.0	197	84	4	752	39	13	13	33	1.84
6047536--6047581	21	2.2	20	81	7	56	26	13	17	43	1.85
6047267--6047910	199	3.2	199	80	6	635	38	11	14	35	1.82
6047615--6048206	297	2.0	294	82	4	708	39	12	14	33	1.83
6046563--6048358	689	2.6	683	85	5	2427	39	13	14	33	1.84
6047903--6048358	203	2.3	203	83	3	564	38	15	14	31	1.87
6049178--6049270	29	3.2	29	77	10	84	23	13	11	50	1.75
6050843--6050890	17	2.8	17	87	0	69	18	33	6	41	1.76
6051688--6051853	20	8.2	20	77	9	133	42	20	19	16	1.89
6051688--6051838	82	1.9	79	84	6	205	43	21	19	15	1.88
6051688--6051853	40	4.1	40	76	12	151	42	20	19	16	1.89
6051948--6051980	6	5.7	6	96	3	59	30	51	18	0	1.46
6052474--6052524	6	8.7	6	97	2	95	0	17	50	31	1.46
6052628--6052745	22	5.6	22	78	13	149	17	18	28	34	1.94
6052619--6052750	42	3.2	42	93	2	230	17	18	26	37	1.93
6054846--6054927	40	2.0	40	95	0	146	34	15	12	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6064097--6064142	2	23.5	2	95	4	85	47	0	0	52	1.00
6072529--6072573	18	2.5	18	77	0	54	40	6	13	40	1.71
6073201--6073248	20	2.5	20	86	10	64	31	16	4	47	1.65
6077638--6078006	131	2.8	131	85	2	492	40	15	11	32	1.82
6080025--6080050	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
6080314--6080678	135	2.7	134	80	3	403	32	15	19	32	1.93
6080344--6080692	132	2.6	134	80	3	400	31	15	18	34	1.93
6081890--6081932	9	4.6	9	80	8	50	11	6	0	81	0.87
6081895--6081928	15	2.2	16	89	5	52	8	8	0	82	0.85
6081927--6081963	8	4.6	8	100	0	74	32	0	0	67	0.91
6089296--6089375	21	3.9	21	91	1	117	32	27	20	20	1.97
6089382--6089438	19	3.0	19	94	0	96	31	3	28	36	1.74
6089382--6089467	19	4.2	19	81	12	82	33	4	27	33	1.78
6089765--6089812	6	8.5	6	95	4	75	0	16	47	35	1.47
6090946--6091016	34	2.1	34	89	2	108	30	2	5	60	1.34
6093191--6093222	16	2.0	16	93	0	55	46	6	21	25	1.74
6093576--6093622	20	2.4	20	89	3	69	76	4	0	19	0.95
6093589--6093628	19	2.0	20	85	4	55	80	2	5	12	0.98
6096407--6096442	19	1.9	18	88	5	54	69	0	0	30	0.89
6096569--6096605	7	5.6	7	87	6	51	0	21	0	78	0.75
6096789--6096842	3	18.7	3	92	7	94	64	0	0	35	0.94
6100216--6100273	19	3.1	18	77	5	62	10	18	29	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6100429--6100457	14	2.1	14	100	0	58	79	0	6	13	0.93
6100454--6100497	23	1.9	22	82	17	54	56	4	2	36	1.32
6100493--6100618	29	4.1	29	74	16	87	46	5	3	44	1.45
6100519--6100618	31	3.2	31	81	9	123	46	5	5	44	1.47
6100519--6100806	38	8.1	37	80	11	282	44	4	4	45	1.45
6100483--6100827	38	9.8	35	78	14	193	44	6	4	45	1.47
6101486--6102509	163	6.3	163	95	1	1707	22	22	27	28	1.99
6108684--6108741	19	3.1	18	77	5	62	10	18	29	41	1.84
6108885--6108929	14	3.2	15	84	12	60	80	2	4	13	0.97
6108986--6109097	33	3.5	31	71	19	104	46	5	4	43	1.46

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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