genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   

This is table  5  of  49  ( 5786 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
774052--774093	21	2.0	22	85	4	59	28	9	19	42	1.82
774877--774986	29	3.8	29	95	2	195	17	20	16	45	1.85
775370--775475	45	2.4	45	83	10	128	29	15	18	36	1.92
781811--781914	56	1.9	53	86	9	147	19	19	16	45	1.86
781811--781914	29	3.8	27	86	8	149	19	19	16	45	1.86
782281--782437	64	2.5	63	82	6	183	26	18	19	36	1.94
783745--783783	14	3.1	13	82	17	55	43	15	17	23	1.87
783745--783782	11	3.1	12	85	14	51	44	15	18	21	1.86
785831--785870	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
785863--786006	33	4.6	31	77	14	163	33	6	15	44	1.72
786183--786239	21	2.7	21	86	0	87	21	26	24	28	1.99
786404--786459	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
786423--786456	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
791992--792152	81	2.0	81	100	0	322	38	17	11	32	1.85
792967--793000	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
793040--793072	16	1.9	18	88	11	52	27	3	6	63	1.32
793533--793778	128	1.9	129	90	1	395	35	12	15	36	1.84
794174--794249	35	2.2	35	87	0	107	38	1	21	39	1.62
794856--795404	221	2.6	209	85	10	707	24	10	26	38	1.88
794856--795404	210	2.6	205	84	10	727	24	10	26	38	1.88
795372--795452	38	2.2	37	88	6	119	12	11	37	39	1.78
795601--795680	38	2.1	38	84	8	110	16	11	36	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795771--795795	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
796201--796284	44	1.9	44	95	0	150	35	22	14	27	1.93
796273--796318	18	2.7	18	90	6	69	28	30	6	34	1.82
796582--796621	21	1.9	21	94	0	71	37	30	10	22	1.87
796651--796698	21	2.3	21	85	3	62	39	27	12	20	1.89
796665--796706	21	2.0	20	90	4	66	35	23	14	26	1.93
796545--796706	20	8.0	20	70	15	75	37	25	14	22	1.93
796755--796812	20	2.9	20	75	10	64	31	22	10	36	1.88
796730--796838	20	5.6	19	71	16	62	30	22	11	36	1.88
797746--797799	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
797974--797998	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
801938--802009	21	3.4	21	76	14	58	23	15	34	26	1.94
813329--813389	29	2.1	30	87	3	88	39	4	21	34	1.75
823651--823677	13	2.1	13	100	0	54	66	0	0	33	0.92
827367--827425	28	2.0	28	83	9	73	50	3	11	33	1.56
827852--827925	21	3.5	21	86	0	103	22	27	16	33	1.95
827915--828048	20	6.7	20	90	1	214	38	20	20	19	1.93
828035--828081	20	2.3	20	92	0	76	31	27	19	21	1.97
828916--828975	24	2.5	24	83	0	84	25	18	18	38	1.93
831409--831473	20	3.2	21	89	8	100	30	26	23	20	1.98
831473--831548	33	2.3	34	95	2	136	13	23	19	43	1.86
831655--831690	14	2.6	14	86	0	54	47	22	0	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
833661--833726	20	3.3	20	95	0	114	37	25	21	15	1.92
833698--833778	33	2.4	33	83	2	99	44	22	19	13	1.86
833765--833813	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
833834--833991	34	4.5	33	74	15	147	17	18	18	44	1.87
833862--833899	20	1.9	20	88	0	58	26	15	18	39	1.91
833802--834014	107	2.0	108	80	3	243	20	19	19	40	1.92
833965--834014	20	2.5	20	100	0	100	20	18	22	40	1.92
835884--835938	20	2.8	20	88	0	74	49	21	18	10	1.78
835895--835955	20	3.0	20	85	0	68	40	24	19	14	1.89
836332--836388	22	2.6	22	88	0	87	21	14	42	22	1.88
836586--836719	20	6.7	20	89	1	205	20	17	20	41	1.91
836709--836761	21	2.5	21	81	0	61	33	16	26	22	1.96
842658--842703	18	2.4	19	92	7	76	80	15	4	0	0.86
842669--842710	10	4.4	10	85	11	61	76	16	4	2	1.07
842655--842721	28	2.4	28	75	5	73	71	14	2	10	1.25
851909--851956	20	2.3	21	82	7	53	31	12	0	56	1.37
852417--852452	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
854906--854954	17	2.8	18	82	11	57	71	0	8	20	1.11
854913--854951	18	2.2	18	86	9	53	74	0	10	15	1.07
856533--856591	24	2.5	24	80	5	75	10	27	13	49	1.74
857543--857667	31	4.0	31	84	6	155	38	21	17	22	1.93
858382--858436	20	2.8	20	100	0	110	25	34	16	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
859704--859999	148	2.0	148	100	0	592	31	22	4	41	1.75
861068--861244	88	2.0	89	98	1	347	33	19	13	33	1.91
861893--861968	38	2.0	38	100	0	152	42	18	10	28	1.83
862107--862216	31	3.5	31	96	0	193	39	21	20	19	1.93
866055--866115	20	3.0	20	87	0	95	27	29	16	26	1.97
868126--868155	6	5.0	6	91	0	51	20	63	0	16	1.31
868565--868613	20	2.5	20	89	0	71	36	26	18	18	1.94
868742--868790	20	2.5	20	93	0	80	18	20	26	34	1.95
868758--868820	20	3.2	20	88	0	81	14	15	23	46	1.83
870745--870781	16	2.2	17	95	4	67	32	2	16	48	1.60
870754--870909	63	2.4	64	90	7	233	28	2	17	51	1.59
870961--871010	20	2.5	20	83	6	66	40	30	18	12	1.86
871017--871153	20	7.2	20	81	9	160	25	20	20	33	1.97
871124--871406	140	2.0	140	98	0	548	43	15	13	28	1.84
873128--873164	14	2.6	14	95	4	65	5	18	21	54	1.64
873354--873407	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
873354--873421	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
874362--874398	19	1.9	19	88	0	56	24	16	27	32	1.96
883398--883423	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
890191--890261	37	1.9	37	94	0	124	16	19	4	59	1.54
892383--892426	21	2.1	21	83	8	54	29	6	2	61	1.34
900881--900910	3	10.0	3	100	0	60	66	0	33	0	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909737--909801	12	5.2	12	70	17	51	38	1	0	60	1.07
909738--909783	3	15.7	3	82	13	60	32	0	0	67	0.91
911321--911380	24	2.8	20	79	18	75	10	23	21	45	1.82
911324--911371	24	2.0	24	95	0	87	8	22	20	47	1.77
912109--912176	35	1.9	35	93	0	118	45	0	1	52	1.09
912997--913046	20	2.4	21	83	9	59	28	2	2	68	1.12
920121--920161	18	2.3	18	87	4	57	21	17	0	60	1.35
925369--925924	113	4.7	114	79	11	575	39	12	18	28	1.88
925478--926010	125	4.4	124	81	8	648	40	13	18	27	1.88
925234--925924	238	2.9	238	95	1	1215	39	13	18	28	1.88
926258--926300	3	14.7	3	81	13	54	37	0	0	62	0.95
932675--932722	23	2.1	23	92	0	78	35	8	18	37	1.81
932950--932988	20	2.0	20	84	0	51	38	12	7	41	1.72
933339--933791	182	2.5	182	91	1	712	27	15	13	44	1.83
933665--934014	112	3.1	111	92	2	576	25	15	14	45	1.83
935068--935120	3	17.0	3	81	11	54	35	1	0	62	1.06
935068--935120	22	2.4	22	84	6	63	35	1	0	62	1.06
935077--935119	19	2.2	20	84	12	63	34	2	0	62	1.08
936838--936877	14	2.9	14	100	0	80	35	0	0	65	0.93
936932--936975	13	3.3	13	78	6	52	50	0	2	47	1.13
939099--939126	12	2.3	12	100	0	56	25	14	7	53	1.66
939100--939159	27	2.3	27	82	2	77	23	11	6	58	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
940950--941008	8	7.0	8	81	14	66	81	0	16	1	0.78
945793--945867	3	25.0	3	81	10	91	40	0	0	60	0.97
953025--953069	20	2.4	18	88	7	63	75	0	20	4	0.97
955244--955463	114	1.9	114	92	1	370	33	15	21	30	1.94
958312--958974	113	5.9	113	94	1	1105	40	14	17	27	1.89
958312--958974	227	2.9	226	94	1	1114	40	14	17	27	1.89
958915--959329	40	10.5	40	92	1	687	50	9	21	19	1.75
959028--959093	20	3.3	20	68	19	57	54	7	19	18	1.67
958915--959329	158	2.6	158	98	0	787	50	9	21	19	1.75
958915--959329	79	5.2	80	91	2	696	50	9	21	19	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49