genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2492720--2492756	14	2.6	14	100	0	74	21	35	8	35	1.83
2496119--2496245	31	4.1	31	78	9	141	30	18	20	30	1.96
2496233--2496304	30	2.4	30	90	0	108	25	20	23	30	1.99
2503035--2503114	30	2.6	30	86	2	115	25	26	12	36	1.91
2505542--2505590	23	2.2	22	88	3	71	73	2	6	18	1.14
2508065--2508096	17	1.9	16	93	6	55	46	0	6	46	1.27
2511605--2511685	36	2.2	36	100	0	162	34	25	20	18	1.96
2513976--2514212	120	2.0	119	91	2	386	23	16	24	36	1.94
2517673--2517760	45	1.9	47	88	4	135	28	11	22	37	1.89
2526288--2526345	20	2.8	20	84	2	71	41	20	12	25	1.87
2530737--2530842	36	3.0	36	67	24	89	29	15	22	33	1.94
2535937--2535982	24	1.9	24	81	0	56	54	6	2	36	1.39
2537703--2537763	29	2.1	30	84	3	79	39	9	8	42	1.68
2537903--2537947	6	6.7	7	80	14	51	31	2	0	66	1.04
2537915--2537963	3	16.0	3	82	4	62	32	2	2	63	1.17
2539256--2539320	26	2.5	27	85	7	82	29	1	3	66	1.16
2539280--2539344	13	5.1	12	79	18	69	26	3	1	69	1.12
2539257--2539344	25	3.5	25	82	11	83	26	3	2	68	1.17
2539311--2539347	16	2.3	17	81	13	51	24	5	0	70	1.08
2539539--2539576	20	1.9	19	89	5	58	39	2	0	57	1.12
2539632--2539688	29	2.0	29	85	0	78	49	0	0	50	1.00
2541734--2541775	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2541734--2541775	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
2544273--2544336	7	9.4	7	72	13	53	78	0	20	1	0.84
2544273--2544335	21	3.2	20	82	10	76	77	0	20	1	0.85
2544280--2544343	18	4.0	16	79	18	71	78	0	20	1	0.84
2544280--2544343	9	8.0	8	78	16	62	78	0	20	1	0.84
2546597--2546923	116	2.8	115	90	1	503	30	15	21	31	1.95
2547158--2548140	491	2.0	491	98	0	1912	31	19	16	32	1.94
2550308--2550812	113	4.5	113	96	0	938	39	14	17	29	1.89
2550797--2551117	113	2.8	113	87	0	426	37	15	17	29	1.91
2551035--2551222	92	2.1	92	81	5	222	32	17	19	30	1.94
2551477--2551521	6	6.7	7	80	14	51	31	2	0	66	1.04
2551489--2551537	3	16.0	3	82	4	62	32	2	2	63	1.17
2552803--2552869	25	2.7	24	82	13	73	28	1	2	67	1.14
2552835--2552884	3	17.0	3	76	12	50	28	2	2	68	1.12
2552827--2552875	12	4.1	12	81	7	64	28	0	2	69	1.00
2552830--2552884	12	4.9	11	78	17	60	27	1	1	69	1.09
2553067--2553116	20	2.5	19	84	9	64	36	2	0	62	1.07
2552967--2553208	120	2.0	120	81	9	280	39	7	7	46	1.58
2553172--2553228	29	2.0	29	85	0	78	49	0	0	50	1.00
2553852--2553893	2	22.0	2	90	9	70	50	0	0	50	1.00
2559133--2559161	13	2.2	13	100	0	58	0	31	24	44	1.54
2559686--2559752	3	22.0	3	86	3	89	59	0	1	38	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2559692--2559758	34	2.0	34	90	0	107	58	0	1	40	1.07
2559881--2560090	76	2.8	76	94	0	366	35	20	20	23	1.96
2560022--2560135	45	2.5	45	88	2	165	33	21	21	23	1.97
2559946--2560462	121	4.4	122	87	9	800	35	20	21	22	1.96
2560077--2560440	76	4.8	76	74	11	375	35	20	20	22	1.96
2560143--2560257	46	2.5	47	91	5	191	33	21	20	23	1.97
2560245--2560319	31	2.4	31	95	0	132	38	18	18	24	1.93
2560191--2560395	107	1.9	106	95	1	374	36	20	20	22	1.96
2560373--2560462	45	2.0	46	93	4	155	33	20	23	23	1.97
2561524--2561745	54	4.1	54	87	2	311	24	22	15	38	1.92
2561524--2561745	108	2.1	108	91	1	365	24	22	15	38	1.92
2562825--2562897	35	2.1	34	87	2	101	34	20	10	34	1.88
2563669--2563894	114	2.0	114	90	0	353	30	21	15	32	1.94
2564672--2564699	13	2.2	13	100	0	56	35	21	7	35	1.81
2568717--2568754	15	2.6	15	83	4	51	63	7	15	13	1.51
2570211--2571392	591	2.0	593	99	0	2350	32	17	18	30	1.95
2573083--2573111	13	2.2	13	100	0	58	0	31	24	44	1.54
2573612--2573650	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2573648--2573697	3	16.3	3	81	4	55	58	0	2	40	1.10
2578207--2578271	34	1.9	34	84	12	89	32	43	9	15	1.78
2581747--2581826	30	2.6	30	86	2	115	35	7	27	30	1.84
2582872--2582949	31	2.5	31	87	0	102	35	14	26	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2586954--2586982	13	2.2	13	100	0	58	27	27	0	44	1.54
2588934--2588974	18	2.3	18	86	0	55	26	14	26	31	1.95
2591001--2591079	29	2.7	29	84	0	113	36	11	22	29	1.89
2592533--2592617	16	5.2	16	70	23	61	40	1	0	58	1.05
2594815--2594854	6	6.7	6	85	8	55	22	0	0	77	0.77
2594815--2594854	11	3.3	12	86	10	55	22	0	0	77	0.77
2594819--2594854	17	2.1	18	89	5	56	22	0	0	77	0.76
2595007--2595103	26	3.8	25	74	15	83	41	2	5	51	1.36
2597127--2597355	20	11.4	20	85	1	235	19	17	25	37	1.94
2597323--2597420	21	4.8	20	75	10	81	21	19	21	37	1.94
2597323--2597421	42	2.4	43	77	11	100	21	19	22	37	1.94
2598328--2598401	31	2.5	30	82	10	89	24	1	4	70	1.13
2598326--2598398	8	9.0	8	70	18	53	24	1	4	69	1.13
2598358--2598400	23	1.9	22	90	4	68	23	0	2	74	0.93
2599461--2599534	20	3.5	20	71	16	69	22	35	18	22	1.96
2599689--2599728	20	1.9	22	90	10	66	37	35	10	17	1.83
2599943--2600013	34	2.1	33	84	2	88	30	14	28	26	1.95
2602369--2602394	12	2.2	12	100	0	52	69	0	7	23	1.14
2602661--2602911	81	3.1	80	76	13	246	39	22	16	21	1.92
2602660--2602911	20	12.5	20	79	11	205	39	22	16	21	1.92
2603033--2603091	20	3.0	20	92	0	100	35	18	18	27	1.94
2603128--2603165	20	1.9	20	88	0	58	31	10	21	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2602973--2603160	97	1.9	97	89	0	286	29	15	21	33	1.94
2603203--2603251	20	2.5	20	93	0	89	34	26	16	22	1.95
2603166--2603288	37	3.2	37	65	22	101	36	23	15	24	1.93
2603162--2603352	77	2.5	77	93	1	330	38	20	14	26	1.91
2603386--2603451	20	3.3	20	85	8	98	18	15	25	40	1.89
2603386--2603476	40	2.3	40	86	7	123	19	15	24	40	1.90
2603445--2603512	20	3.3	20	69	4	55	26	17	23	32	1.97
2617592--2617634	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
2618578--2618603	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
2619079--2619112	17	1.9	18	88	5	52	58	0	0	41	0.98
2625305--2625362	21	2.6	22	76	15	66	58	3	3	34	1.32
2626919--2626956	2	20.5	2	84	15	55	52	0	0	47	1.00
2632891--2634044	106	10.9	106	92	0	1822	34	24	18	23	1.96
2632858--2634044	425	2.8	424	91	0	1906	34	23	18	23	1.96
2634437--2634541	36	2.9	36	94	0	183	23	20	14	41	1.88
2634460--2634524	21	3.4	21	64	24	61	23	20	13	43	1.87
2634592--2634720	33	3.9	33	88	6	181	39	20	9	31	1.84
2634708--2634883	83	2.1	83	89	1	262	30	27	19	22	1.98
2641644--2641678	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
2642150--2643149	547	1.8	551	91	3	1679	33	12	18	35	1.88
2644742--2644811	31	2.2	31	84	2	86	44	1	7	47	1.39
2660945--2661025	34	2.4	34	87	0	108	54	18	13	13	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2660959--2661047	24	3.8	23	79	4	88	57	16	12	13	1.66
2662608--2662636	11	2.6	11	100	0	58	55	24	20	0	1.44
2666164--2666197	16	2.1	16	94	0	59	50	17	11	20	1.77
2684331--2684427	36	2.7	36	85	4	135	42	29	1	26	1.62
2685388--2685462	35	2.1	35	87	4	107	32	0	24	44	1.54
2685780--2685817	18	2.1	19	90	5	60	44	5	0	50	1.24
2689316--2689414	30	3.2	30	70	23	96	60	3	6	30	1.36
2689541--2689727	103	1.8	100	87	5	277	49	9	9	31	1.67
2693330--2693437	55	2.0	55	85	3	146	44	11	21	23	1.84
2693354--2693459	55	1.9	55	81	7	126	45	13	20	20	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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