genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8678481--8678535	18	3.1	17	82	7	56	34	10	16	38	1.84
8683872--8683904	15	2.2	15	94	0	57	15	42	27	15	1.86
8683880--8683921	13	3.2	13	80	16	50	14	38	23	23	1.92
8686323--8686421	49	2.0	49	100	0	198	32	4	22	41	1.72
8721688--8721734	23	2.0	23	87	0	67	27	0	4	68	1.08
8721777--8721840	30	2.1	30	85	0	83	42	17	7	32	1.78
8722168--8722226	28	2.1	28	87	0	82	35	15	16	32	1.90
8722633--8722959	161	2.0	161	94	5	568	37	9	11	41	1.74
8724431--8724503	32	2.3	32	100	0	146	24	15	26	34	1.94
8724463--8724687	113	2.0	113	95	0	405	20	12	21	45	1.84
8732033--8732281	82	3.2	76	77	10	241	37	8	14	38	1.77
8740879--8740920	17	2.4	17	77	18	50	14	26	28	30	1.95
8744433--8744465	17	2.0	17	88	5	50	48	3	0	48	1.17
8745345--8745406	27	2.3	27	88	0	88	38	8	29	24	1.84
8745687--8745737	25	1.9	28	88	11	81	19	5	1	72	1.15
8745702--8745807	17	6.3	17	64	21	53	21	5	0	71	1.12
8745685--8745750	28	2.5	26	80	9	80	18	6	1	74	1.10
8745771--8745961	15	12.3	16	68	25	67	17	5	2	74	1.12
8745829--8745944	46	2.5	44	76	16	112	16	5	2	75	1.09
8745862--8745932	21	3.4	19	81	14	79	15	2	2	78	0.98
8745872--8745963	6	14.2	6	70	17	51	19	3	2	75	1.05
8745770--8745921	8	18.5	8	67	19	57	15	5	1	76	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8745762--8745915	7	20.3	7	69	24	75	16	5	1	75	1.08
8745862--8745941	41	2.0	41	83	14	103	16	3	2	77	1.02
8745936--8745975	19	2.0	20	90	4	64	27	2	2	67	1.16
8749618--8749872	95	2.7	95	84	5	334	32	15	18	33	1.92
8750938--8751100	86	1.9	86	88	2	247	31	25	21	21	1.98
8751163--8751821	85	7.8	86	84	3	793	34	20	19	25	1.96
8751162--8751815	254	2.6	255	83	2	825	34	20	19	25	1.96
8752260--8752292	17	2.0	17	88	5	50	48	3	0	48	1.17
8753606--8753779	17	10.0	17	69	21	55	17	6	2	73	1.15
8753677--8753767	15	5.8	15	78	17	87	15	5	2	76	1.06
8753677--8753791	47	2.3	51	78	11	141	17	6	2	73	1.14
8753677--8753781	32	3.2	31	78	17	90	15	5	2	76	1.10
8753777--8753808	3	10.7	3	93	0	55	31	3	0	65	1.08
8753726--8753796	34	2.1	34	82	10	83	18	5	2	73	1.16
8754279--8754576	77	3.9	76	84	5	359	35	16	9	38	1.81
8754464--8754592	37	3.4	37	64	7	87	32	17	9	40	1.82
8766462--8766491	11	2.7	11	89	0	51	30	16	20	33	1.94
8767852--8767904	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
8767894--8767946	20	2.7	20	96	0	97	37	18	20	22	1.94
8768141--8768202	18	3.0	22	69	26	62	27	38	16	17	1.91
8768532--8768577	20	2.3	20	80	0	56	36	21	21	19	1.95
8768590--8768676	20	4.4	20	86	1	95	14	17	22	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8768641--8768684	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
8770529--8770672	20	7.5	20	86	9	183	38	21	19	20	1.94
8770529--8770710	40	4.9	40	76	14	183	39	20	20	19	1.93
8770529--8770710	94	1.9	93	87	1	265	39	20	20	19	1.93
8770687--8770852	87	1.9	87	88	0	251	21	19	21	37	1.94
8770743--8770870	33	3.6	34	77	8	105	17	19	21	41	1.90
8770806--8770892	20	4.3	20	92	0	138	19	20	21	37	1.94
8771372--8771470	21	4.7	21	72	3	83	22	34	20	23	1.97
8771369--8771479	42	2.6	42	80	5	127	20	36	18	23	1.95
8772829--8772864	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
8772966--8773060	33	2.8	33	85	3	109	45	21	18	14	1.85
8773078--8773157	19	4.4	19	78	16	98	15	20	17	47	1.83
8773078--8773179	52	1.9	53	90	2	161	14	21	17	46	1.84
8773162--8773250	20	4.4	20	81	2	108	17	21	24	35	1.95
8775444--8775470	14	1.9	14	100	0	54	7	11	29	51	1.64
8775683--8775737	24	2.3	24	87	0	74	36	18	18	27	1.94
8776585--8777017	20	21.3	20	85	8	430	20	18	22	38	1.93
8776600--8776657	19	2.9	19	82	5	71	24	18	18	37	1.94
8776710--8777017	40	7.7	40	95	0	544	16	19	24	39	1.92
8776710--8777017	60	5.1	60	95	0	544	16	19	24	39	1.92
8777014--8777059	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
8779282--8779313	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8779339--8779575	37	6.2	37	77	18	213	45	4	5	44	1.47
8779340--8779575	39	6.2	36	79	12	199	45	4	5	44	1.47
8779355--8779605	111	2.3	108	78	16	282	45	4	5	43	1.48
8779538--8779637	32	3.2	31	78	12	96	45	5	4	46	1.44
8779668--8779730	10	5.9	10	83	12	81	26	6	0	66	1.15
8779672--8779715	13	3.4	13	81	6	54	29	4	0	65	1.12
8780893--8780999	37	2.9	36	72	17	92	17	9	3	69	1.31
8780884--8781010	36	3.4	35	70	21	89	18	7	3	70	1.26
8781020--8781085	7	8.9	7	75	18	62	19	0	3	77	0.90
8781019--8781088	20	3.5	20	75	21	58	20	0	2	77	0.90
8781029--8781088	13	4.5	13	72	14	50	21	0	1	76	0.87
8781020--8781085	16	4.4	14	76	17	62	19	0	3	77	0.90
8781444--8781491	23	2.1	22	85	14	62	47	2	14	35	1.56
8781603--8781633	15	2.1	15	93	0	53	22	41	9	25	1.84
8789861--8789929	24	2.9	24	86	0	93	53	17	4	24	1.62
8791066--8791114	2	25.0	2	91	4	82	51	2	0	46	1.12
8791069--8791134	12	5.3	12	85	7	69	54	1	0	43	1.09
8791069--8791138	16	4.2	16	83	7	68	55	1	0	42	1.08
8793147--8793208	22	2.9	22	79	13	67	59	17	9	12	1.59
8793155--8793208	21	2.5	21	85	8	65	59	16	11	12	1.61
8796397--8796436	17	2.4	17	95	0	71	20	22	15	42	1.88
8797896--8797995	46	2.2	46	85	0	128	32	22	23	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8798325--8798412	46	2.0	45	90	4	142	25	23	19	31	1.98
8799388--8799433	22	2.1	22	100	0	92	34	13	13	39	1.83
8800146--8800271	3	41.7	3	84	10	114	42	0	0	56	1.10
8800639--8800676	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
8802106--8802148	20	2.2	20	86	0	59	55	6	2	34	1.39
8802576--8802624	23	2.1	23	85	7	64	55	18	2	24	1.53
8810435--8810475	18	2.2	18	86	8	55	53	7	4	34	1.50
8812622--8812688	28	2.4	28	82	2	71	46	8	5	38	1.60
8825310--8825340	11	2.8	11	95	0	53	51	0	12	35	1.40
8829069--8829166	33	3.2	29	75	14	99	39	8	8	43	1.64
8832593--8832629	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
8834945--8835001	23	2.5	23	82	0	60	47	10	12	29	1.74
8836237--8836336	46	2.2	46	83	3	121	33	22	12	33	1.90
8839497--8839535	20	2.0	20	94	0	69	17	7	20	53	1.68
8840524--8840877	131	2.7	131	86	2	446	40	16	9	33	1.81
8841331--8841380	24	2.1	23	85	7	64	66	12	8	14	1.45
8841720--8841972	108	2.3	109	81	6	298	47	19	15	18	1.83
8842915--8842989	3	25.7	3	79	12	77	68	0	1	30	0.98
8842911--8842990	20	4.0	20	79	12	76	70	0	1	28	0.96
8842934--8842966	17	1.9	17	93	0	57	69	0	3	27	1.03
8843255--8843514	134	1.9	135	80	6	296	30	19	19	31	1.96
8845469--8845654	95	2.0	95	85	0	255	42	16	11	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8847434--8847466	14	2.4	14	94	0	57	24	12	33	30	1.91
8855599--8856296	349	2.0	349	97	0	1333	30	22	20	27	1.98
8857229--8857588	131	2.7	131	85	0	452	41	15	9	33	1.79
8857900--8857949	24	2.1	24	85	7	66	68	12	6	14	1.39
8863592--8863631	19	2.0	20	90	4	64	35	5	17	42	1.71
8863596--8863640	20	2.3	19	84	3	54	37	4	17	40	1.70
8863643--8863694	21	2.5	21	84	6	70	38	11	19	30	1.87
8864277--8864349	23	3.2	23	80	0	83	32	23	21	21	1.98
8866466--8866675	65	3.2	64	77	12	173	27	18	22	31	1.97
8867687--8867730	21	2.1	21	82	0	52	31	15	43	9	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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