genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2195104--2195159	21	2.7	21	83	5	69	37	0	55	7	1.27
2197745--2197832	3	29.7	3	88	11	137	65	0	0	34	0.93
2197987--2198865	119	7.5	116	95	3	1416	28	19	15	36	1.92
2199495--2199803	52	5.9	52	95	2	550	37	23	15	23	1.93
2200665--2200701	19	1.9	19	94	0	65	51	13	5	29	1.63
2201040--2201074	17	2.1	17	89	10	54	0	8	2	88	0.61
2211638--2211674	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
2211665--2211715	18	2.9	17	75	16	50	72	1	0	25	0.95
2213236--2213282	23	2.0	23	100	0	94	21	21	40	17	1.91
2213841--2213941	3	32.7	3	81	13	116	65	0	0	33	1.00
2213842--2213939	32	3.0	32	83	7	135	66	0	1	32	0.99
2227688--2227838	20	7.4	20	73	8	108	28	23	20	27	1.99
2227725--2227816	40	2.3	40	92	0	148	34	21	19	23	1.96
2228657--2228710	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
2230959--2230993	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
2231173--2231412	20	12.6	20	75	13	161	37	23	18	20	1.94
2231173--2231412	40	6.3	40	76	11	225	37	23	18	20	1.94
2231216--2231372	54	2.9	54	92	0	251	36	22	21	20	1.95
2231210--2231455	74	3.3	74	75	9	241	37	21	20	21	1.95
2231270--2231455	94	2.0	94	86	2	257	38	21	19	20	1.94
2231547--2231626	30	2.4	34	78	20	105	55	13	3	27	1.56
2231562--2231627	30	2.2	30	97	0	123	54	12	3	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2233022--2233120	42	2.4	42	74	6	94	24	20	33	22	1.97
2233623--2233696	20	3.7	20	90	0	112	36	24	18	20	1.95
2233739--2233786	20	2.4	20	82	0	60	20	22	22	33	1.97
2235693--2235799	20	5.4	20	82	3	110	46	22	15	14	1.83
2236145--2236197	22	2.4	22	100	0	106	18	13	43	24	1.86
2236362--2236429	35	1.9	35	100	0	136	30	20	23	25	1.98
2236407--2236602	20	9.6	20	75	9	119	28	20	22	27	1.99
2236407--2236602	40	4.8	40	80	5	169	28	20	22	27	1.99
2236536--2236587	21	2.4	22	74	6	61	36	19	25	19	1.95
2239790--2239861	33	2.2	33	95	5	128	26	6	1	65	1.26
2251217--2251271	24	2.3	23	81	6	65	67	1	1	29	1.11
2254046--2254129	44	1.9	44	92	0	141	32	13	8	46	1.72
2254503--2254557	3	18.7	3	89	10	87	32	0	0	67	0.91
2255865--2255894	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
2256085--2256126	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
2260035--2260066	15	2.1	15	94	0	55	25	18	9	46	1.79
2267389--2267439	14	3.9	13	78	17	52	80	0	13	5	0.89
2267411--2267455	19	2.4	19	92	7	74	84	0	15	0	0.62
2267808--2267856	19	2.8	17	81	9	55	36	10	6	46	1.63
2268170--2268392	114	2.0	114	89	0	347	33	15	21	30	1.94
2269150--2269882	110	6.5	110	80	10	751	36	13	19	29	1.91
2269471--2269881	225	1.8	225	91	4	686	37	11	19	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2269471--2269881	113	3.7	113	86	6	584	37	11	19	30	1.88
2269105--2269886	348	2.3	338	83	6	868	37	13	19	29	1.90
2270219--2270288	3	23.7	3	85	8	99	34	1	0	64	1.03
2271605--2271640	3	12.0	3	87	0	54	30	2	2	63	1.22
2277819--2277899	25	3.2	24	77	8	72	38	13	1	46	1.51
2278386--2278430	19	2.3	19	84	3	54	37	6	17	37	1.76
2279897--2279938	17	2.4	18	84	8	59	64	0	28	7	1.20
2281606--2281652	21	2.3	21	92	3	78	31	6	6	55	1.51
2281865--2281934	20	3.5	20	88	1	97	34	4	21	40	1.73
2281966--2282013	20	2.4	20	85	0	69	25	18	29	27	1.98
2283275--2283335	23	2.7	23	78	0	77	27	24	27	19	1.99
2284711--2284755	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
2285963--2286493	217	2.4	217	87	1	715	32	22	16	28	1.96
2286882--2286965	36	2.5	32	82	14	114	34	8	10	46	1.69
2286894--2286976	36	2.3	36	95	0	148	33	9	9	46	1.69
2296892--2297001	31	3.5	31	94	0	184	40	21	18	20	1.92
2298769--2298839	31	2.2	33	78	16	78	40	5	0	53	1.24
2298854--2298900	15	3.1	15	75	19	53	38	2	0	59	1.09
2298857--2298905	14	3.4	14	84	13	64	34	2	0	63	1.06
2299570--2299622	22	2.4	22	96	0	97	50	15	7	26	1.70
2299570--2299622	11	4.8	11	76	0	61	50	15	7	26	1.70
2299805--2299854	20	2.5	20	81	12	59	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2299823--2299856	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
2302627--2303016	149	2.6	147	84	2	505	30	11	20	38	1.87
2303648--2303681	16	2.1	17	94	5	61	41	17	5	35	1.74
2307792--2307825	16	2.1	17	88	5	52	44	17	0	38	1.49
2312708--2313865	4	291.2	4	98	1	2242	25	24	0	49	1.50
2320062--2320140	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
2323602--2323748	35	4.2	35	85	5	190	32	19	25	22	1.97
2323600--2323755	70	2.2	70	90	0	240	32	20	24	22	1.98
2330385--2330487	29	3.6	29	97	1	190	18	20	16	44	1.87
2330503--2330538	12	3.0	12	91	0	63	36	25	5	33	1.79
2332506--2332575	18	3.7	18	80	14	86	24	31	24	20	1.98
2334087--2334243	64	2.5	62	81	10	165	28	17	20	33	1.96
2334278--2334333	21	2.7	21	100	0	112	26	21	23	28	1.99
2337497--2337560	18	3.3	18	80	16	83	21	32	23	21	1.98
2339036--2339192	64	2.5	62	81	10	165	28	17	20	33	1.96
2342404--2342473	18	3.7	18	80	14	86	24	31	24	20	1.98
2343943--2344084	64	2.2	63	81	9	155	28	16	21	34	1.94
2347333--2347402	18	3.7	18	80	14	86	24	31	24	20	1.98
2348915--2349071	64	2.5	62	81	10	165	28	17	20	33	1.96
2352945--2353011	34	2.0	34	94	2	118	55	10	13	20	1.67
2358099--2359155	527	2.0	527	94	0	1855	29	15	14	40	1.87
2367154--2367218	31	2.1	31	100	0	130	35	7	18	38	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369566--2369599	4	8.5	4	86	0	50	52	23	2	20	1.60
2369564--2369596	16	2.1	16	94	0	57	57	21	3	18	1.53
2374981--2375022	19	2.2	20	83	12	52	50	14	4	30	1.63
2376702--2376728	12	2.2	12	100	0	54	22	0	0	77	0.76
2376693--2376727	19	1.9	19	88	11	56	25	0	0	74	0.82
2390616--2390655	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2391922--2391963	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2395300--2395361	25	2.3	29	72	21	78	17	16	17	48	1.82
2395314--2395368	25	2.2	25	100	0	110	20	20	14	45	1.85
2395479--2395550	3	24.0	3	94	0	126	2	63	0	33	1.08
2399435--2399512	38	2.1	38	80	4	86	44	0	5	50	1.24
2399540--2399597	27	2.1	27	93	0	98	43	3	5	48	1.42
2399582--2399615	15	2.3	15	94	0	59	44	0	0	55	0.99
2406351--2406997	182	3.6	182	87	1	886	43	12	15	27	1.83
2407947--2407996	19	2.6	19	87	0	73	32	2	8	58	1.39
2408272--2409087	198	4.1	198	91	1	1278	36	17	14	31	1.90
2409566--2409617	15	3.5	15	94	0	86	19	48	0	32	1.49
2410093--2410128	16	2.2	16	100	0	72	27	13	13	44	1.82
2412263--2412307	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
2412500--2413533	6	177.2	6	91	8	1719	50	16	0	33	1.46
2416827--2416872	21	2.1	21	84	4	56	30	15	10	43	1.81
2416547--2417063	199	2.7	192	78	9	607	37	16	14	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419337--2419495	84	1.9	86	89	2	250	30	15	12	41	1.84
2420050--2420095	21	2.1	23	84	8	60	58	8	4	28	1.47
2441536--2441612	38	2.0	38	100	0	154	23	15	23	37	1.93
2466234--2466258	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
2467838--2469047	650	1.9	635	92	3	2021	32	13	18	35	1.90
2471718--2471768	23	2.2	23	82	0	57	19	27	23	29	1.98
2474054--2474107	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
2485674--2485699	13	2.0	13	100	0	52	7	61	0	30	1.24
2489748--2489776	13	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
2490943--2491044	52	2.0	52	96	0	186	36	13	11	38	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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