genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8100832--8100881	21	2.4	21	82	0	64	28	22	18	32	1.97
8102823--8102901	10	8.1	9	90	8	50	46	2	0	50	1.14
8102807--8102880	2	37.0	2	91	5	123	50	1	0	48	1.09
8109185--8109286	15	6.9	15	80	7	111	45	6	14	33	1.72
8109185--8109286	30	3.4	29	84	7	134	45	6	14	33	1.72
8109269--8109318	20	2.5	20	90	3	82	42	10	14	34	1.78
8109589--8109651	23	2.7	23	80	5	63	41	3	6	49	1.44
8109636--8109716	28	2.9	28	76	20	80	51	1	2	44	1.22
8109642--8109713	31	2.5	29	82	14	80	55	1	1	41	1.17
8109711--8109796	23	3.4	23	73	25	77	50	2	1	46	1.21
8109696--8109790	28	3.5	28	70	18	92	51	2	1	45	1.20
8109696--8109809	52	2.2	53	86	9	155	51	1	0	45	1.17
8110002--8110113	42	2.7	42	91	0	179	48	16	16	17	1.82
8111936--8112002	33	2.1	33	91	2	109	16	7	29	46	1.74
8111807--8111982	92	1.9	93	84	5	230	25	7	25	42	1.82
8112311--8112348	16	2.4	16	86	0	58	34	2	13	50	1.55
8113504--8113721	67	3.3	65	74	13	176	38	11	14	36	1.81
8113667--8113790	65	1.9	65	83	0	158	40	10	12	36	1.78
8113770--8113857	36	2.4	36	92	0	140	47	9	14	28	1.75
8114107--8114255	43	3.4	42	78	12	142	36	12	22	28	1.91
8114268--8114501	116	2.0	116	81	3	274	23	21	15	38	1.92
8118837--8118884	25	1.9	25	100	0	96	31	14	20	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8120154--8120254	22	4.5	22	71	7	94	38	0	9	51	1.35
8120062--8120209	15	9.5	15	83	10	190	46	0	2	51	1.12
8120189--8120764	32	18.4	32	73	19	459	35	0	11	52	1.38
8120189--8120781	54	11.1	54	79	13	658	35	0	12	52	1.39
8120330--8120521	26	8.0	22	69	18	107	33	0	14	51	1.43
8120330--8120421	21	4.1	21	75	15	94	34	0	14	51	1.42
8120422--8120469	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
8120632--8120759	18	7.4	18	66	18	92	37	0	9	53	1.34
8120797--8120855	31	1.9	31	89	0	91	42	11	6	38	1.68
8125849--8125933	42	2.0	42	97	0	161	36	7	10	45	1.66
8126332--8126357	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8126567--8126605	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
8135252--8135347	32	3.0	32	82	0	120	33	21	17	27	1.96
8143970--8144010	16	2.6	16	88	3	57	29	21	12	36	1.90
8145139--8145220	21	4.0	21	91	1	130	25	19	23	31	1.98
8145261--8145316	23	2.4	23	90	0	94	51	17	14	16	1.76
8145309--8145377	27	2.6	27	85	0	93	37	14	14	33	1.87
8148106--8148141	2	18.0	2	94	0	63	47	0	2	50	1.15
8148862--8149415	274	2.0	274	99	0	1092	21	17	17	43	1.88
8165158--8165190	17	1.9	17	88	11	50	27	27	21	24	1.99
8167722--8167776	13	4.2	13	88	9	85	36	14	23	25	1.93
8167777--8167842	14	4.7	14	71	5	53	30	18	24	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8173449--8174618	201	5.8	198	83	4	1350	31	16	14	38	1.88
8173449--8174618	401	2.9	394	84	6	1439	31	16	14	38	1.88
8174619--8174657	15	2.6	15	87	0	51	35	7	17	38	1.79
8176114--8176168	18	3.1	18	81	0	56	34	21	1	41	1.64
8177655--8178811	200	5.8	199	82	4	1251	31	16	14	37	1.88
8177655--8178811	402	2.9	394	82	5	1303	31	16	14	37	1.88
8179161--8179205	19	2.4	19	96	0	81	55	11	2	31	1.47
8180776--8180850	18	4.2	18	94	0	132	2	41	0	56	1.13
8181034--8181100	33	2.0	33	94	0	116	22	46	0	31	1.52
8181042--8181095	18	3.2	18	66	15	51	24	42	0	33	1.55
8181259--8181291	15	2.2	15	94	0	57	12	66	6	15	1.42
8181570--8181625	24	2.4	23	80	8	69	51	3	0	44	1.18
8183652--8184143	162	2.9	165	86	7	643	30	15	13	40	1.85
8183815--8184247	180	2.4	180	86	5	561	30	15	12	41	1.84
8184260--8184298	12	3.2	12	96	0	69	23	15	0	61	1.33
8187606--8187683	30	2.6	30	85	2	102	39	5	20	34	1.75
8187890--8187956	23	2.9	23	86	0	80	23	28	22	25	1.99
8194539--8194607	30	2.3	30	89	0	102	39	4	21	34	1.73
8194817--8194885	23	3.0	22	78	4	75	21	23	24	30	1.99
8195662--8195695	16	2.1	16	89	10	52	58	2	0	38	1.13
8196850--8196906	22	2.6	22	80	5	62	28	1	3	66	1.18
8196851--8197003	44	3.5	43	77	7	112	26	8	5	59	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8196892--8196997	43	2.4	44	81	4	117	26	11	5	56	1.56
8200321--8200404	43	2.0	43	92	0	141	25	17	23	33	1.97
8201214--8201252	17	2.3	17	86	8	53	43	2	0	53	1.14
8201439--8201557	31	4.0	30	69	19	81	50	0	0	47	1.12
8201465--8201555	28	3.1	28	73	16	87	50	0	1	48	1.08
8201484--8201572	22	3.8	22	74	18	63	51	0	2	46	1.13
8201688--8201722	14	2.5	14	90	0	52	37	20	8	34	1.83
8201698--8201731	14	2.4	14	90	0	50	50	17	5	26	1.69
8201978--8202054	3	26.0	3	80	2	84	32	3	2	61	1.28
8207516--8207571	23	2.4	23	82	8	60	66	5	14	14	1.42
8207537--8207583	16	2.8	17	80	9	51	76	4	10	8	1.13
8207551--8207661	15	7.4	15	70	18	56	75	4	14	5	1.14
8207537--8207583	17	2.7	18	80	9	53	76	4	10	8	1.13
8207607--8207652	13	3.6	12	85	11	56	80	4	13	2	0.95
8212271--8212738	39	12.1	39	84	6	542	43	6	4	45	1.50
8212714--8212775	32	1.9	32	93	0	106	40	9	1	48	1.46
8212911--8213001	30	2.7	36	77	22	124	30	19	9	39	1.85
8213160--8213241	30	2.7	30	81	3	94	31	15	13	39	1.87
8213197--8213308	30	3.5	31	75	21	106	31	15	14	39	1.87
8213187--8213317	67	2.0	66	88	7	194	29	14	13	41	1.84
8213286--8213380	36	2.6	36	88	0	145	25	20	15	38	1.92
8213322--8213446	66	1.9	66	86	0	178	29	17	15	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8213402--8213483	37	2.2	37	91	2	130	28	15	15	40	1.89
8213219--8213653	205	2.1	205	89	1	667	28	17	14	39	1.89
8213219--8213653	102	4.2	103	89	2	635	28	17	14	39	1.89
8213500--8213585	36	2.4	36	86	0	118	26	22	11	39	1.88
8213505--8213571	21	3.5	21	67	23	56	28	19	13	38	1.89
8213650--8214076	139	3.1	138	84	1	530	30	29	15	23	1.95
8214333--8214388	3	19.0	3	77	3	51	37	5	1	55	1.33
8215494--8215849	56	6.3	56	89	1	455	27	19	18	34	1.95
8216271--8216322	20	2.6	21	84	6	72	19	30	15	34	1.93
8218125--8218163	18	2.0	21	85	14	57	51	0	7	41	1.31
8218575--8218651	37	2.1	36	87	2	109	44	1	2	51	1.23
8218744--8218818	21	3.2	25	72	24	74	68	2	2	26	1.17
8220217--8220276	3	19.3	3	79	6	66	58	0	0	41	0.98
8220217--8220269	22	2.4	22	83	0	70	60	0	0	39	0.97
8220227--8220279	28	1.9	27	88	3	79	54	0	0	45	0.99
8220200--8220278	19	4.0	21	76	18	80	54	0	0	45	0.99
8220398--8221181	45	16.8	46	89	6	1168	32	18	22	26	1.97
8220398--8221181	93	8.4	91	90	6	1144	32	18	22	26	1.97
8220398--8221181	139	5.6	138	92	3	1225	32	18	22	26	1.97
8225213--8225281	23	3.0	23	80	0	84	31	24	26	17	1.97
8226697--8226741	21	2.1	21	83	0	54	15	22	28	33	1.95
8227638--8227696	16	3.6	16	86	4	82	38	25	0	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8230328--8230395	23	3.0	23	82	0	82	30	25	25	19	1.98
8234380--8234413	14	2.4	14	86	13	52	0	11	0	88	0.52
8234384--8234421	20	1.9	20	89	10	60	2	13	0	84	0.73
8234380--8234413	15	2.4	14	85	9	50	0	11	0	88	0.52
8238850--8238940	46	1.9	49	88	6	143	27	20	15	36	1.93
8239832--8239908	37	2.1	36	87	2	109	44	1	2	51	1.23
8241506--8241560	3	17.3	3	81	7	56	60	0	0	40	0.97
8241518--8241558	16	2.7	15	85	7	55	58	0	0	41	0.98
8241501--8241554	19	2.8	19	80	5	65	57	0	0	42	0.98
8242659--8242888	114	2.0	114	100	0	460	32	17	28	21	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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