genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8488041--8488213	43	4.1	42	86	4	233	35	23	13	27	1.92
8489576--8489605	15	1.9	16	93	6	53	3	20	0	76	0.92
8495263--8495307	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
8495974--8496017	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
8496901--8497194	144	2.0	143	93	3	502	28	18	19	33	1.95
8499407--8499447	16	2.6	16	84	0	55	39	0	24	36	1.56
8500934--8500968	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
8501934--8502233	148	2.0	146	93	2	512	28	17	19	34	1.95
8502212--8502255	22	2.0	22	86	0	61	20	25	27	27	1.99
8503632--8503693	23	2.7	23	92	5	99	14	17	37	30	1.90
8503771--8504097	78	4.1	77	77	17	235	40	8	1	48	1.43
8503811--8504097	38	7.2	38	77	16	235	41	8	1	49	1.40
8503811--8504039	36	5.8	36	77	18	183	42	8	1	48	1.41
8503824--8504082	127	2.0	128	88	7	395	42	8	0	48	1.39
8503811--8504097	80	3.5	81	82	12	322	41	8	1	49	1.40
8506987--8507053	30	2.2	30	94	0	116	20	17	41	19	1.90
8508520--8508568	24	2.0	24	100	0	98	40	18	20	20	1.91
8509352--8509636	145	2.0	143	96	1	525	26	16	19	37	1.92
8512922--8512955	17	1.9	18	88	5	52	38	0	14	47	1.45
8513651--8513744	38	2.4	39	83	15	115	37	2	3	57	1.27
8513898--8514036	59	2.3	59	82	6	172	32	18	5	43	1.74
8515592--8515633	16	2.7	15	82	7	57	28	23	9	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8516634--8516731	38	2.6	38	95	3	171	23	16	26	33	1.95
8525769--8525886	40	3.1	39	76	13	127	47	0	14	38	1.44
8529469--8529549	32	2.5	33	84	6	103	35	16	8	39	1.79
8529344--8529794	142	3.2	141	83	5	520	37	18	6	37	1.77
8529619--8529690	32	2.2	32	85	0	90	37	12	6	43	1.70
8530532--8530642	36	3.1	36	88	2	152	17	7	19	55	1.64
8536308--8536346	18	2.2	18	100	0	78	17	28	17	35	1.94
8544241--8544266	12	2.2	12	100	0	52	23	53	0	23	1.46
8545183--8545212	12	2.5	12	88	0	51	33	30	36	0	1.58
8545845--8545874	13	2.2	14	94	5	53	46	13	0	40	1.43
8553929--8554054	38	3.3	38	68	18	107	49	6	8	35	1.59
8553841--8554066	77	2.9	77	92	0	371	48	6	9	35	1.61
8557484--8557547	6	10.8	6	74	3	58	35	21	1	40	1.63
8557675--8557771	46	2.1	46	92	0	158	35	21	24	18	1.96
8557662--8557763	23	4.4	23	80	4	125	35	24	22	17	1.95
8557878--8557981	45	2.3	45	75	3	102	33	23	6	36	1.81
8558784--8559035	129	2.0	129	98	0	486	34	24	4	36	1.76
8561409--8561629	30	7.4	30	79	10	211	59	7	12	19	1.57
8561415--8561613	87	2.2	89	89	3	296	59	7	12	20	1.57
8563003--8563058	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
8571714--8571750	19	1.9	19	94	0	65	35	10	10	43	1.75
8571792--8571857	24	2.8	24	80	0	78	16	13	15	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8575147--8575223	36	2.1	35	86	9	102	18	14	14	53	1.73
8575886--8575971	38	2.3	38	97	0	163	31	9	33	25	1.88
8575889--8575984	38	2.5	38	93	0	138	32	9	31	27	1.88
8578655--8579165	110	4.7	110	87	3	730	33	22	18	26	1.96
8579303--8579821	84	6.3	83	77	5	458	30	24	19	25	1.98
8579306--8579805	249	2.0	251	85	3	677	30	24	20	25	1.98
8579304--8579833	165	3.2	164	81	2	542	29	24	19	26	1.98
8580164--8580231	26	2.6	25	86	11	91	33	0	0	66	0.92
8580165--8580231	6	10.8	6	79	16	50	34	0	0	65	0.93
8580281--8580400	33	3.6	33	90	3	179	40	21	11	25	1.87
8580759--8580811	26	2.0	26	85	10	72	37	1	0	60	1.08
8582763--8582832	33	2.1	33	92	5	115	24	10	22	42	1.84
8582879--8582955	20	3.9	20	68	10	59	70	1	0	28	0.96
8582882--8582953	3	23.7	3	75	13	51	68	1	0	30	0.99
8582882--8582955	31	2.6	27	81	12	85	68	1	0	29	0.97
8584362--8584405	21	2.1	21	86	0	61	38	2	18	40	1.63
8588484--8588530	2	24.0	2	91	4	78	48	0	2	48	1.13
8588513--8588904	36	10.7	36	77	11	361	44	2	5	47	1.38
8588513--8588959	72	6.1	73	81	11	454	45	2	5	46	1.40
8588749--8589023	105	2.7	101	76	12	251	47	4	4	44	1.40
8588924--8588981	29	2.0	29	89	3	89	50	5	3	41	1.42
8588924--8588991	30	2.3	31	85	10	88	51	5	2	39	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8589046--8589132	12	7.2	12	71	16	56	18	3	2	75	1.04
8589049--8589119	4	16.8	4	74	20	56	19	4	2	73	1.13
8589054--8589131	30	2.6	30	79	16	92	19	3	1	75	1.02
8594101--8594299	95	2.1	95	89	2	310	33	17	18	31	1.94
8595473--8596416	165	5.7	165	91	2	1443	29	25	21	23	1.99
8595473--8596419	84	11.5	83	78	7	957	29	25	21	23	1.99
8597055--8597368	36	8.7	36	75	13	272	45	2	5	47	1.38
8597055--8597368	38	8.6	37	76	16	284	45	2	5	47	1.38
8597213--8597500	105	2.8	101	76	12	250	47	3	4	44	1.41
8597388--8597455	30	2.3	31	82	10	79	51	5	4	38	1.46
8597514--8597583	4	16.8	4	74	22	56	21	4	2	71	1.16
8597519--8597596	29	2.8	28	82	17	92	20	3	1	74	1.05
8597514--8597596	12	6.7	12	76	21	73	20	3	2	73	1.10
8597512--8597595	37	2.2	36	82	12	98	20	3	2	73	1.09
8598799--8598866	27	2.4	29	80	4	77	16	13	4	66	1.40
8601363--8601397	18	1.9	18	100	0	70	68	0	20	11	1.20
8601364--8601403	18	2.2	18	90	0	62	75	0	17	7	1.03
8602494--8602532	20	2.0	19	85	5	51	74	2	2	20	1.06
8605566--8605595	3	10.0	3	92	0	51	33	3	0	63	1.11
8610897--8610937	21	1.9	22	85	5	57	60	7	17	14	1.55
8617127--8617193	4	17.8	4	80	11	79	70	0	28	1	0.96
8617124--8617192	15	4.5	15	78	18	61	69	0	28	1	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8617137--8617193	11	5.1	11	93	2	96	71	0	28	0	0.86
8617191--8617240	8	6.4	8	80	17	52	82	0	8	10	0.86
8617186--8617220	9	3.9	9	88	11	54	77	0	14	8	0.99
8617197--8617260	10	6.1	11	80	18	66	82	0	6	10	0.82
8617205--8617251	12	4.2	12	84	13	64	85	0	6	8	0.75
8617197--8617251	22	2.6	21	83	8	76	83	0	7	9	0.81
8617205--8617260	22	2.6	22	88	2	78	83	0	5	10	0.78
8620264--8620360	34	2.8	34	83	10	117	31	15	3	49	1.60
8624790--8624817	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8626256--8626570	132	2.4	132	82	6	379	26	20	13	40	1.89
8626256--8626571	65	4.8	65	84	4	373	26	19	12	40	1.88
8626573--8626918	134	2.6	134	84	2	437	26	28	16	28	1.97
8626573--8626971	134	3.0	132	78	7	410	27	28	15	28	1.96
8628751--8628826	33	2.3	33	88	4	109	28	14	3	52	1.59
8634744--8634860	39	3.0	39	96	0	207	42	16	17	23	1.88
8636024--8636385	181	2.0	181	91	0	580	38	12	10	38	1.78
8636207--8636483	151	1.8	151	83	6	373	38	15	10	35	1.82
8637306--8637438	39	3.4	38	76	3	122	33	20	25	20	1.97
8637506--8637563	28	2.0	29	83	3	73	44	12	10	32	1.75
8641410--8641736	41	8.0	41	84	2	388	32	11	22	33	1.90
8641600--8641760	41	4.0	38	76	9	126	30	10	23	35	1.89
8647912--8647970	29	2.0	29	96	0	109	27	25	3	44	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8649578--8649612	17	2.1	17	88	0	52	48	5	22	22	1.72
8666753--8667051	33	9.1	32	81	9	257	40	16	12	31	1.85
8667451--8667560	51	2.2	52	83	3	134	28	20	10	40	1.85
8667685--8667791	25	4.3	25	71	3	72	42	20	10	27	1.84
8667697--8667791	50	1.9	50	80	8	113	43	18	10	27	1.83
8668485--8668521	13	2.8	14	84	12	51	10	13	0	75	1.04
8675744--8675790	13	3.3	13	85	14	58	63	17	8	10	1.49
8677787--8677828	14	3.0	14	83	13	59	52	19	14	14	1.75
8677799--8678082	139	2.0	140	98	1	561	41	17	13	28	1.86
8678328--8678435	17	6.3	17	72	8	76	40	12	12	34	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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