genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   

This is table  37  of  49  ( 5786 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7780805--7781176	36	10.2	36	70	19	157	38	13	21	26	1.90
7780799--7781050	102	2.5	101	92	1	405	38	12	21	27	1.90
7781022--7781071	21	2.4	21	93	0	82	40	12	24	24	1.88
7780920--7781173	123	2.1	123	90	1	402	39	12	20	27	1.89
7780818--7781261	225	2.0	225	90	1	694	38	12	20	27	1.89
7781062--7781256	102	1.9	103	88	2	295	37	11	21	29	1.89
7781191--7781421	39	6.0	39	89	2	279	35	13	19	31	1.91
7781452--7781581	38	3.5	36	66	6	98	36	16	16	30	1.91
7781426--7781603	36	4.8	36	66	6	95	38	14	15	30	1.88
7781426--7781646	74	2.9	73	78	11	241	37	14	16	31	1.89
7781620--7781742	37	3.4	35	84	7	142	35	15	20	28	1.93
7785806--7785839	17	2.0	17	100	0	68	41	5	11	41	1.66
7788463--7788527	23	2.8	23	92	2	112	29	27	20	23	1.98
7789279--7789365	20	4.6	19	70	17	67	28	24	11	35	1.90
7793090--7793123	17	2.0	17	100	0	68	5	23	23	47	1.73
7794906--7794957	20	2.6	20	93	0	86	42	11	17	28	1.84
7797345--7797449	48	2.2	48	94	0	183	22	9	21	45	1.81
7798990--7799040	20	2.5	20	96	0	93	25	17	11	45	1.83
7814337--7814390	15	3.7	14	80	7	54	42	5	1	50	1.36
7814349--7814406	15	3.9	15	84	6	66	46	6	1	44	1.40
7814381--7814416	15	2.4	15	90	0	54	47	8	2	41	1.48
7814712--7814803	42	2.2	41	88	3	130	20	15	17	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7815001--7815063	23	2.6	24	78	19	60	49	3	0	47	1.17
7815035--7815081	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
7815029--7815108	32	2.5	32	80	14	92	47	2	0	50	1.14
7815099--7815210	28	3.7	31	75	17	101	45	0	1	52	1.11
7815210--7815254	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
7815347--7815412	20	3.2	20	72	10	71	54	0	0	45	0.99
7815607--7815662	15	3.8	15	83	4	78	28	17	8	44	1.79
7816139--7816167	13	2.2	13	100	0	58	31	10	0	58	1.31
7816802--7816853	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
7816842--7816955	20	5.7	20	79	6	86	31	22	18	27	1.97
7816839--7816955	61	1.9	61	81	6	139	33	22	17	26	1.96
7817532--7817710	19	10.1	19	72	19	145	11	23	20	44	1.84
7817532--7817710	52	3.4	52	82	10	213	11	23	20	44	1.84
7817587--7817685	33	3.0	33	95	1	171	11	24	23	41	1.86
7817606--7817661	14	3.6	14	74	21	58	10	25	25	39	1.87
7819803--7820005	42	4.8	41	79	6	192	22	36	18	23	1.95
7819939--7820005	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
7819800--7819975	84	2.1	84	98	0	343	21	37	17	23	1.94
7819800--7820005	84	2.5	84	91	1	288	21	36	18	23	1.95
7821353--7821388	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
7821497--7821549	19	2.8	19	94	0	88	45	18	20	15	1.85
7821554--7821618	19	3.7	19	70	19	68	12	24	20	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7823910--7823934	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
7824109--7824162	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
7824949--7824997	21	2.4	20	86	3	62	38	16	22	22	1.92
7824989--7825049	21	3.0	20	70	13	52	37	21	18	22	1.94
7825384--7825451	19	3.8	19	85	12	92	14	22	16	47	1.82
7825588--7825624	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
7827065--7827122	21	2.8	21	81	0	71	20	13	44	20	1.85
7827491--7827558	20	3.5	20	79	2	75	38	22	23	16	1.93
7827488--7827640	19	8.5	19	73	16	112	45	20	19	15	1.86
7827534--7827640	52	2.1	51	96	1	196	47	19	18	14	1.82
7827580--7827661	32	2.5	33	94	2	139	48	21	17	12	1.79
7827542--7827678	52	2.7	52	85	5	145	47	21	17	13	1.82
7827690--7827747	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
7827673--7827763	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
7827748--7827791	20	2.2	20	88	4	63	18	25	20	36	1.95
7828284--7828328	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
7829648--7829705	20	2.9	20	81	0	62	43	20	17	18	1.89
7829789--7829836	20	2.4	20	96	0	87	37	4	18	39	1.70
7829989--7830032	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
7830221--7830272	20	2.6	20	87	0	68	26	19	26	26	1.99
7830281--7830334	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
7830200--7830337	61	2.3	61	83	0	177	24	16	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7830241--7830355	61	1.9	61	81	3	142	21	20	23	34	1.96
7830323--7830380	21	2.8	21	94	0	98	17	27	18	36	1.94
7830323--7830395	21	3.5	20	85	5	83	17	26	19	36	1.94
7830426--7830466	21	2.0	21	85	0	55	34	29	17	19	1.94
7830650--7830737	36	2.4	36	98	0	167	40	19	14	25	1.89
7831729--7831761	16	2.0	17	88	5	50	48	6	3	42	1.43
7831772--7831815	22	1.9	24	86	9	65	56	0	0	43	0.99
7832130--7832160	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7832223--7832290	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
7832336--7832365	6	5.2	6	96	4	53	46	0	0	53	1.00
7833724--7833762	18	2.1	19	90	4	62	51	5	2	41	1.38
7834138--7834175	16	2.2	17	86	9	51	26	5	5	63	1.37
7836271--7836332	20	3.5	19	66	33	57	17	0	16	66	1.26
7836267--7836347	32	2.5	33	91	2	128	19	0	14	65	1.27
7837928--7838125	98	2.0	98	100	0	396	31	18	14	35	1.91
7838491--7838557	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
7838546--7838603	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
7838530--7838608	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
7838615--7838740	19	7.2	19	73	17	76	13	20	22	43	1.86
7838637--7838694	14	3.9	14	77	16	62	8	15	25	50	1.73
7838620--7838710	32	2.8	33	93	3	157	10	17	23	48	1.79
7838694--7838740	20	2.4	19	86	6	76	19	25	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7839221--7839265	18	2.5	18	85	0	63	11	15	46	26	1.79
7840801--7840844	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
7841032--7841083	20	2.6	20	93	0	86	25	19	28	26	1.98
7841094--7841186	20	4.6	20	78	4	96	17	24	18	39	1.91
7841094--7841186	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
7842330--7842381	27	1.9	27	88	0	77	36	3	1	57	1.28
7842526--7842570	2	22.5	2	95	0	81	48	2	0	48	1.13
7847569--7847650	35	2.3	36	89	8	123	43	23	0	32	1.54
7847569--7847666	37	2.7	35	85	6	126	41	26	1	30	1.62
7848150--7848434	144	2.0	144	87	4	410	47	7	5	38	1.57
7848600--7848694	35	2.7	35	90	1	138	28	1	26	44	1.61
7852792--7852897	8	12.4	9	78	16	111	81	1	16	0	0.84
7852781--7852902	7	16.4	7	77	14	95	81	1	15	1	0.86
7852767--7852897	52	2.5	52	81	13	160	80	3	14	1	0.93
7855165--7855205	18	2.3	18	86	0	55	4	29	24	41	1.75
7868165--7868236	22	3.2	22	75	11	83	36	13	30	19	1.91
7868170--7868241	24	3.1	24	74	11	87	37	13	26	22	1.92
7870223--7870281	23	2.7	21	74	10	55	16	30	27	25	1.97
7874053--7874092	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
7877584--7881112	4	884.5	4	99	0	6977	49	25	0	25	1.50
7881283--7881537	55	4.7	55	86	2	327	33	9	12	43	1.76
7881333--7881687	55	6.5	53	80	6	178	34	8	15	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7881283--7881585	163	1.8	164	83	4	396	34	9	13	42	1.77
7881910--7882026	37	3.2	37	69	2	110	36	17	8	36	1.81
7881883--7882028	73	2.0	73	90	0	229	32	19	10	36	1.87
7882034--7882110	20	3.8	20	79	10	95	28	29	20	20	1.98
7882036--7882110	38	1.9	40	89	5	118	29	30	20	20	1.97
7882026--7882110	22	4.1	22	76	17	110	29	28	20	22	1.98
7882155--7882210	21	2.6	22	75	11	62	44	25	7	23	1.78
7882860--7882911	19	2.7	19	100	0	104	21	30	21	26	1.98
7888542--7888595	18	2.8	20	81	13	60	31	27	18	22	1.97
7888971--7889004	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49