genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.36.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7606248--7606399	64	2.4	65	82	3	173	31	17	19	31	1.95
7606288--7606432	64	2.3	65	81	4	161	30	16	21	31	1.95
7610567--7610620	27	2.0	27	89	7	83	64	11	3	20	1.40
7612537--7612792	54	4.7	54	83	3	302	37	21	14	26	1.92
7612537--7612792	108	2.4	108	84	3	338	37	21	14	26	1.92
7614836--7614957	62	2.0	62	95	0	217	33	15	25	25	1.95
7615185--7615228	21	2.1	21	87	4	63	54	4	13	27	1.58
7623066--7623185	37	3.3	38	75	12	144	21	15	25	37	1.93
7623061--7623161	34	2.8	36	77	8	109	24	15	24	34	1.95
7629751--7629808	16	3.8	15	74	19	57	68	1	0	29	0.99
7630181--7630234	23	2.3	23	84	12	67	29	0	1	68	1.00
7630221--7630274	16	3.4	17	73	19	53	42	0	1	55	1.10
7631097--7631126	15	2.1	15	93	6	53	46	0	0	53	1.00
7632458--7632517	31	1.9	31	93	0	102	40	6	10	43	1.64
7632849--7632893	23	2.0	23	82	4	56	42	11	6	40	1.67
7632982--7633043	18	3.2	20	78	19	62	61	0	1	37	1.06
7633053--7633114	24	2.9	20	76	21	63	61	0	0	38	0.96
7633093--7633143	12	4.4	11	80	9	57	66	1	0	31	1.03
7639679--7639716	19	2.0	19	89	0	58	42	0	0	57	0.98
7640634--7640884	27	8.7	27	69	14	153	43	15	2	38	1.61
7640627--7640912	89	3.2	89	95	2	504	43	16	2	38	1.61
7642688--7642757	31	2.3	31	82	5	88	28	30	24	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7644515--7644593	30	2.6	30	87	0	113	35	21	21	21	1.96
7645872--7645932	32	1.9	32	100	0	122	47	3	3	45	1.35
7646367--7646421	24	2.3	24	90	3	85	40	9	0	50	1.34
7646696--7646754	25	2.3	26	94	5	111	32	6	3	57	1.41
7646856--7646885	14	2.1	14	100	0	60	60	13	6	20	1.55
7651815--7651862	22	2.2	22	84	0	60	37	10	8	43	1.69
7651943--7651983	20	2.0	20	95	0	73	36	19	9	34	1.85
7652472--7652506	18	1.9	18	88	0	52	54	11	8	25	1.64
7664220--7664309	24	3.8	24	80	2	83	23	10	16	50	1.75
7664484--7664528	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
7664528--7664554	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
7681983--7682028	19	2.3	20	81	7	58	28	28	17	26	1.98
7682143--7682271	41	3.2	41	79	6	127	34	24	17	22	1.96
7682146--7682260	20	5.7	20	80	6	115	32	26	18	23	1.97
7682414--7682447	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
7683002--7683048	24	2.0	24	91	0	76	27	19	17	36	1.93
7683231--7683255	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
7685548--7685639	19	5.4	19	63	24	69	44	19	20	15	1.86
7685552--7685648	33	2.9	33	81	17	137	44	19	19	16	1.87
7685650--7685730	33	2.5	33	95	0	144	12	23	19	44	1.85
7685670--7685730	19	3.5	19	70	21	60	13	22	19	44	1.85
7685656--7685712	14	3.7	14	70	20	51	10	24	21	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7685837--7685873	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
7687559--7687736	91	1.9	90	91	6	286	47	17	12	21	1.81
7689449--7689536	33	2.6	33	96	1	158	38	22	27	11	1.88
7689424--7689607	19	10.1	19	77	13	181	43	20	24	11	1.85
7689603--7689669	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
7690187--7690239	20	2.7	20	84	0	70	30	20	24	24	1.99
7690201--7690281	20	4.0	20	75	9	83	24	18	23	33	1.97
7690352--7690392	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
7692413--7692599	35	5.3	35	78	5	153	28	15	21	33	1.94
7695511--7695548	20	1.9	19	85	15	51	50	7	2	39	1.46
7699885--7699923	19	2.0	20	95	5	71	33	0	5	61	1.18
7703369--7703417	22	2.2	22	100	0	98	20	32	24	22	1.98
7707348--7707394	20	2.3	20	85	0	58	51	8	0	40	1.33
7720629--7720707	10	7.6	10	75	18	56	82	0	7	10	0.85
7720629--7720706	9	8.7	9	84	7	70	82	0	7	10	0.86
7720626--7720713	17	5.1	17	77	13	90	80	1	7	10	0.95
7722056--7723102	54	19.7	54	91	4	1693	30	18	26	24	1.98
7722051--7723102	107	9.9	107	94	2	1709	30	18	26	24	1.97
7722051--7723102	426	2.5	426	94	2	1850	30	18	26	24	1.97
7727392--7727595	33	5.9	33	70	17	126	39	15	10	34	1.82
7727519--7727573	16	3.2	17	68	17	51	40	14	9	36	1.78
7728541--7728586	17	2.5	19	86	6	69	43	30	6	19	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7729935--7730008	36	2.1	36	92	0	121	37	21	4	36	1.73
7731084--7731181	21	4.7	21	75	15	87	38	21	18	21	1.93
7731148--7731341	20	9.7	20	84	2	210	35	25	20	19	1.95
7731721--7731791	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
7731864--7731980	41	3.1	38	79	14	136	45	17	25	11	1.82
7731871--7731946	21	3.7	21	85	3	109	44	18	25	11	1.83
7731931--7731987	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
7731923--7731992	33	2.1	33	97	0	131	45	21	24	8	1.79
7731998--7732114	19	7.1	18	64	27	62	10	24	22	42	1.84
7732020--7732108	14	5.7	14	72	25	72	8	25	24	40	1.84
7732003--7732116	33	3.5	33	92	2	194	9	24	21	43	1.82
7733811--7734284	93	5.1	93	99	0	930	22	12	18	45	1.83
7734328--7734455	19	7.3	18	73	19	110	45	28	17	8	1.78
7734362--7734455	33	2.9	32	92	4	152	45	28	18	7	1.76
7734451--7734585	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
7734473--7734529	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
7734456--7734548	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
7736646--7736745	19	5.5	19	82	12	138	45	17	22	16	1.86
7736646--7736762	53	2.2	53	93	1	200	43	17	23	15	1.87
7736752--7736867	52	2.2	52	93	1	198	16	21	18	43	1.87
7736808--7736899	33	2.8	33	98	1	175	13	23	18	44	1.85
7736827--7736881	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7736958--7737074	19	6.4	19	87	10	181	46	17	22	14	1.84
7736958--7737074	33	3.2	36	84	13	159	46	17	22	14	1.84
7736976--7737093	53	2.2	53	98	1	229	44	17	23	13	1.85
7739412--7739436	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
7739611--7739657	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
7740339--7740588	20	12.5	20	83	3	252	19	18	24	38	1.93
7740575--7740657	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
7740555--7740653	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
7745788--7745826	18	2.1	18	85	9	51	38	0	0	61	0.96
7746450--7746495	21	2.2	21	84	7	58	36	13	4	45	1.63
7761816--7761866	13	4.0	13	97	2	95	47	7	7	37	1.62
7762216--7762290	20	3.8	20	92	0	123	22	24	17	36	1.95
7762888--7762938	20	2.5	20	100	0	102	27	13	21	37	1.91
7762885--7762998	20	5.8	20	79	9	101	25	10	26	37	1.88
7764572--7764605	18	1.9	18	88	5	52	44	35	2	17	1.64
7765826--7765856	16	1.9	16	93	0	53	54	16	9	19	1.68
7766831--7766952	50	2.4	49	80	8	138	15	35	27	22	1.94
7770544--7770630	35	2.5	34	78	12	88	56	10	6	26	1.58
7770854--7770896	12	3.3	12	76	17	50	11	37	20	30	1.89
7770857--7770896	15	2.7	15	84	0	53	12	37	20	30	1.89
7771233--7771267	18	1.9	18	100	0	70	25	17	22	34	1.96
7772766--7772987	111	2.0	111	95	0	399	44	10	9	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7774213--7774279	33	2.0	33	91	0	107	47	11	1	38	1.50
7775547--7775651	53	2.0	53	88	0	156	24	28	18	28	1.98
7778240--7778279	21	2.0	21	85	5	55	72	5	2	20	1.15
7779281--7779937	133	5.0	133	87	2	860	29	19	20	30	1.97
7779503--7779697	44	4.4	44	69	11	128	29	21	19	29	1.98
7780051--7780116	22	3.2	22	60	27	54	12	24	16	46	1.81
7780029--7780126	39	2.5	39	96	3	180	18	21	14	45	1.84
7780068--7780471	91	4.5	91	91	2	647	23	23	16	37	1.94
7779941--7780217	130	2.2	128	89	4	416	22	22	14	40	1.91
7780733--7780923	66	2.9	66	84	6	228	37	12	21	28	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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