genome.fa.s8243.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008243.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110893_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  10265705

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8876195--8876265	14	5.4	14	77	17	55	70	0	1	28	0.96
8878004--8878048	22	2.0	22	86	0	63	44	13	4	37	1.64
8879052--8879094	20	2.2	20	86	0	59	23	11	32	32	1.90
8887156--8887196	21	2.0	21	95	0	73	26	21	24	26	2.00
8899392--8899565	95	1.8	96	86	7	257	33	14	24	27	1.94
8899391--8899591	95	2.1	95	81	9	241	33	14	24	27	1.94
8900061--8900150	27	3.6	26	73	21	102	41	10	25	23	1.85
8900042--8900163	20	5.4	20	68	24	64	41	9	25	22	1.84
8899982--8900245	47	5.5	47	88	2	334	44	10	20	24	1.83
8906192--8906243	20	2.6	20	93	0	86	30	15	21	32	1.94
8906284--8906339	22	2.7	21	81	8	69	30	17	26	25	1.97
8906212--8906391	95	1.9	96	88	1	272	31	18	24	25	1.97
8906755--8906792	19	2.0	19	89	0	58	31	0	18	50	1.47
8906728--8906940	76	2.9	75	88	4	290	28	1	12	57	1.44
8913119--8913239	5	22.8	5	71	13	73	21	5	3	69	1.24
8913119--8913172	21	2.7	20	85	5	81	14	5	3	75	1.12
8915192--8915318	44	3.2	43	65	28	116	26	1	11	59	1.41
8915164--8915357	76	2.4	81	83	11	265	30	1	10	56	1.43
8915189--8915400	76	2.9	74	86	7	272	29	0	12	57	1.41
8915312--8915353	12	3.5	12	78	12	50	35	0	4	59	1.19
8916593--8916714	46	2.6	47	90	2	192	45	9	22	22	1.82
8916597--8916739	25	6.0	25	69	21	119	44	9	23	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8916644--8916777	70	1.9	69	92	4	223	44	9	23	23	1.82
8916672--8916775	25	4.3	24	68	24	67	43	11	22	23	1.85
8917815--8917852	19	2.1	19	95	5	69	44	0	5	50	1.24
8922182--8922238	27	2.1	27	96	0	105	52	24	10	12	1.70
8938913--8938950	18	2.1	18	85	9	51	68	10	2	18	1.30
8940819--8940900	37	2.3	36	75	20	84	20	19	23	36	1.95
8940906--8941512	55	11.1	55	84	1	761	30	19	21	28	1.97
8940908--8941512	274	2.2	274	88	2	867	30	19	21	28	1.97
8942284--8942632	89	3.9	89	80	4	353	39	17	16	26	1.90
8942309--8942693	134	2.9	134	83	3	393	41	18	15	24	1.90
8942231--8942693	45	10.3	45	76	6	339	40	18	15	26	1.90
8942312--8942693	89	4.3	88	77	7	250	41	18	15	24	1.89
8955319--8955364	19	2.3	19	85	11	56	82	2	10	4	0.89
8957690--8957746	27	2.0	27	83	12	71	56	3	3	36	1.34
8959017--8959080	3	21.3	3	76	12	60	57	1	1	39	1.17
8959034--8959100	26	2.7	26	76	17	70	56	0	2	40	1.14
8959016--8959088	15	4.8	14	73	26	60	57	1	2	38	1.22
8959016--8959100	9	10.4	8	72	18	68	56	1	2	40	1.20
8959230--8959750	119	4.4	118	88	2	760	34	18	14	32	1.91
8961035--8961140	41	2.5	41	79	14	103	27	24	16	32	1.96
8966522--8966554	17	1.9	17	100	0	66	12	24	42	21	1.86
8967729--8968374	342	1.9	346	82	7	814	30	16	16	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8973045--8973152	56	1.9	56	86	0	153	30	25	20	24	1.98
8972818--8973368	268	2.0	269	84	2	721	31	20	16	31	1.95
8973101--8973507	215	1.9	215	87	3	595	34	20	14	31	1.92
8973317--8973688	181	2.0	182	92	1	629	34	20	15	30	1.93
8973509--8974267	211	3.6	215	92	2	1217	31	20	16	31	1.94
8973947--8974052	42	2.6	41	80	1	122	29	20	23	26	1.99
8974197--8974264	20	3.3	20	67	15	57	33	22	23	20	1.97
8974177--8974362	97	1.9	98	94	1	329	32	22	19	25	1.97
8974484--8974862	34	10.9	34	83	3	443	22	20	21	34	1.97
8974484--8974862	105	3.6	105	88	3	552	22	20	21	34	1.97
8974476--8974862	139	2.8	138	83	5	492	22	20	22	34	1.97
8977038--8977080	13	3.4	13	81	15	54	0	25	0	74	0.82
8977039--8977074	16	2.3	15	86	13	54	0	25	0	75	0.81
8977040--8977080	17	2.4	17	88	12	66	0	26	0	73	0.84
8977032--8977097	25	2.6	26	73	7	64	9	24	0	66	1.20
8979403--8979436	7	4.9	7	100	0	68	44	26	14	14	1.84
8979396--8979436	21	2.1	19	90	9	64	43	26	14	14	1.84
8981955--8982051	47	2.1	47	84	0	122	39	21	11	27	1.88
8991755--8991796	22	1.9	22	90	0	66	35	19	19	26	1.95
8991884--8991931	24	2.0	24	95	0	87	12	22	20	43	1.86
8992776--8992803	14	2.0	14	100	0	56	21	21	14	42	1.88
8992868--8992915	21	2.3	21	85	0	60	39	20	8	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8992923--8992963	21	2.0	21	95	0	73	29	14	21	34	1.93
8995350--8995394	22	2.0	22	100	0	90	42	8	13	35	1.75
9009310--9009341	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
9012006--9012285	140	2.0	140	100	0	560	42	11	12	32	1.79
9015961--9016150	96	2.0	96	85	2	256	27	10	17	43	1.82
9021527--9021597	3	23.7	3	79	0	61	11	32	21	35	1.89
9021520--9021597	6	12.5	6	82	8	75	12	32	20	34	1.90
9023464--9023796	111	3.0	111	95	0	594	44	10	8	36	1.69
9023860--9023893	18	1.9	18	94	5	61	64	2	2	29	1.22
9023939--9023980	10	4.2	10	85	11	59	38	0	28	33	1.58
9024522--9024553	14	2.2	15	94	5	57	40	6	0	53	1.26
9024898--9024980	28	3.1	27	78	11	73	45	2	0	51	1.14
9024945--9024990	23	2.0	23	83	8	58	47	0	0	52	1.00
9025110--9025141	15	2.1	16	94	5	57	71	0	0	28	0.86
9025110--9025148	14	2.7	14	85	14	53	69	0	0	30	0.89
9029875--9029912	20	1.9	20	88	0	58	44	10	18	26	1.82
9031258--9031348	34	2.9	31	67	23	75	41	7	6	43	1.59
9034630--9034706	31	2.5	31	78	2	82	28	28	25	16	1.97
9034583--9034706	63	2.0	63	82	6	153	26	27	27	18	1.98
9035603--9035663	17	3.3	17	79	20	77	13	21	47	18	1.82
9035576--9035613	7	5.4	7	93	0	67	28	28	26	15	1.96
9035596--9035662	22	3.0	22	91	4	98	13	22	46	17	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9035659--9035757	9	10.3	9	77	10	90	29	28	27	15	1.96
9035661--9035758	19	5.1	19	80	13	101	29	28	25	16	1.97
9035684--9035758	29	2.5	31	91	8	129	29	28	26	16	1.96
9041578--9041654	31	2.5	31	78	2	82	28	28	25	16	1.97
9041531--9041654	63	2.0	63	82	6	153	26	27	27	18	1.98
9042532--9042569	17	2.2	17	100	0	76	10	23	47	18	1.79
9042525--9042585	24	2.5	24	82	15	81	16	24	42	16	1.88
9042571--9042669	9	10.3	9	75	10	81	29	27	27	16	1.97
9042577--9042670	19	4.8	19	77	13	86	29	27	25	17	1.97
9042596--9042670	29	2.5	31	87	8	120	29	26	26	17	1.97
9048224--9048522	151	2.0	147	94	4	528	29	25	10	34	1.89
9049341--9049495	32	4.7	34	76	12	155	44	3	9	43	1.52
9049358--9049477	29	3.8	31	76	9	100	45	2	9	42	1.49
9049437--9049501	34	1.9	34	81	12	80	49	6	7	36	1.57
9053652--9053830	89	2.0	90	98	1	351	31	29	13	25	1.94
9054238--9054329	46	2.0	46	93	0	157	33	17	22	26	1.96
9054568--9054753	96	1.9	97	82	4	232	33	13	19	33	1.91
9056854--9056951	43	2.3	43	81	12	112	43	3	11	41	1.56
9056904--9057035	37	3.7	35	73	17	105	47	4	7	40	1.52
9056908--9056982	31	2.3	32	81	4	89	45	5	8	41	1.56
9056970--9057065	37	2.6	37	82	9	108	48	4	6	40	1.47
9058117--9058297	88	2.0	89	97	1	346	26	17	10	45	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9063431--9063945	81	6.5	81	86	3	676	34	10	21	32	1.88
9064361--9064396	18	2.0	18	94	0	63	44	8	11	36	1.70
9064121--9065901	195	9.3	195	76	10	1539	34	11	14	39	1.82
9064486--9064526	21	2.0	21	86	9	59	26	9	17	46	1.79
9063944--9065898	950	2.1	948	82	6	2402	34	11	14	39	1.82
9065829--9066133	142	2.1	144	83	7	388	33	13	14	38	1.86
9066298--9066341	22	2.0	21	86	4	61	29	15	15	38	1.89
9068665--9068810	46	3.1	47	82	10	176	36	19	7	36	1.81
9068678--9068790	48	2.5	46	88	5	158	35	19	7	37	1.81
9069196--9069221	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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