genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118--330	113	1.9	113	84	8	294	49	1	6	41	1.39
733--882	48	3.1	48	82	5	187	40	4	22	33	1.72
1684--1710	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
13107--13175	33	2.1	33	86	5	95	39	17	10	33	1.83
17637--17666	15	2.0	15	93	0	51	76	6	0	16	0.99
17815--17891	22	3.5	22	70	22	81	25	20	9	44	1.81
17789--17912	43	2.9	43	92	2	196	27	19	8	45	1.78
17794--17867	21	3.5	21	68	23	64	24	21	9	44	1.82
17900--17998	5	19.8	5	88	0	117	21	21	7	50	1.72
17900--18010	15	7.5	15	85	6	111	20	21	8	49	1.74
27781--27910	38	3.2	38	68	24	111	38	22	18	20	1.93
31567--32371	42	18.8	42	79	8	795	12	30	20	36	1.90
31636--31738	53	2.0	51	86	3	143	14	27	21	36	1.92
31564--32371	254	3.1	254	83	4	1084	12	30	20	36	1.90
32806--32929	43	2.9	43	92	2	196	27	19	8	45	1.78
32832--32908	22	3.5	22	70	22	81	25	20	9	44	1.81
32811--32884	21	3.5	21	68	23	64	24	21	9	44	1.82
32917--33007	5	18.2	5	85	4	85	20	21	8	48	1.77
32917--33005	10	8.9	10	83	0	97	21	21	7	49	1.74
32917--33007	20	4.6	20	88	0	137	20	21	8	48	1.77
38060--38274	113	1.9	115	85	7	307	50	1	6	40	1.39
38677--38826	48	3.1	48	82	5	187	40	4	22	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39628--39654	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
56268--56357	1	90.0	1	79	0	81	87	5	6	0	0.66
56268--56357	32	2.8	33	93	6	159	87	5	6	0	0.66
61214--61282	33	2.1	33	86	5	95	39	17	10	33	1.83
65746--65809	32	2.0	33	81	9	78	73	1	1	23	1.01
65899--66022	43	2.9	43	92	2	196	27	19	8	45	1.78
65925--66001	22	3.5	22	70	22	81	25	20	9	44	1.81
65904--65977	21	3.5	21	68	23	64	24	21	9	44	1.82
66010--66090	5	16.2	5	85	5	74	20	22	8	48	1.77
66010--66096	20	4.4	20	88	4	115	20	21	8	49	1.74
66010--66088	25	3.2	25	96	0	140	21	21	7	49	1.74
66030--66096	15	4.5	15	86	1	91	20	20	7	50	1.72
66010--66088	10	7.9	10	81	0	86	21	21	7	49	1.74
70494--70867	186	2.0	186	98	0	721	31	16	22	29	1.95
72056--72181	67	1.9	67	83	3	164	26	19	19	34	1.95
72053--72195	67	2.1	67	80	2	162	26	20	18	34	1.96
73371--73524	76	2.0	76	92	2	256	29	13	20	36	1.91
73840--73933	44	2.1	44	94	5	172	23	10	14	51	1.74
79574--79611	14	2.7	14	91	0	67	42	2	5	50	1.39
79783--79854	20	3.5	20	80	1	72	27	18	20	33	1.96
81445--81994	155	3.6	154	82	1	634	38	21	16	24	1.92
82120--82490	135	2.8	134	86	3	514	45	12	9	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82520--82552	16	2.1	16	94	0	57	21	6	0	72	1.05
83162--83209	10	4.6	10	80	17	53	2	18	0	79	0.84
83167--83209	21	2.1	20	91	4	68	2	16	0	81	0.79
83616--84128	165	3.1	165	81	6	583	52	8	8	29	1.63
83961--83996	18	2.1	17	89	5	54	69	5	5	19	1.29
83637--84128	164	3.0	165	83	6	561	53	8	8	29	1.61
85185--85324	42	3.3	41	70	11	104	48	19	17	15	1.81
85487--86134	35	18.7	35	80	2	615	44	14	19	20	1.86
85481--86134	138	4.7	138	84	3	641	44	14	19	20	1.86
96650--96725	20	3.8	20	84	6	91	34	14	15	35	1.88
97392--97446	20	2.8	20	94	0	101	41	9	12	36	1.75
97504--97559	20	2.7	21	86	10	80	30	19	10	39	1.86
97504--97577	21	3.6	20	85	7	78	31	18	10	39	1.86
97527--97577	20	2.5	20	87	3	66	31	17	9	41	1.82
100081--100326	78	3.1	75	73	13	221	37	10	21	30	1.87
100125--100352	78	2.9	77	76	7	235	38	8	21	31	1.84
102816--102891	21	3.7	19	82	10	89	27	17	11	43	1.84
102839--102891	20	2.6	21	90	3	81	30	16	11	41	1.84
107145--107554	155	2.6	154	81	5	463	39	20	16	24	1.92
107659--107929	142	1.9	141	87	3	391	43	11	10	33	1.75
107941--107982	16	2.7	15	86	13	59	21	0	0	78	0.75
109380--109426	19	2.4	21	83	13	57	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109349--109813	165	2.8	164	83	3	558	49	9	9	30	1.68
109270--109938	165	4.0	163	78	7	483	48	10	10	30	1.70
109269--109904	330	1.9	331	79	6	698	49	10	10	29	1.70
111690--111735	22	2.1	22	83	0	56	52	13	6	28	1.65
112836--113025	95	2.0	95	96	0	353	41	25	11	21	1.87
117747--117784	13	3.0	13	84	3	51	39	0	31	28	1.57
119515--119556	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
120428--120481	21	2.5	22	82	8	67	53	0	0	46	1.00
121663--121688	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
121643--121707	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
121760--121814	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
122619--122658	20	1.9	22	90	10	66	60	17	10	12	1.59
124241--124279	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
130456--130481	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
130436--130500	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
130553--130607	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
131997--132048	20	2.6	20	100	0	104	30	15	11	42	1.82
132916--133104	71	2.6	73	79	9	221	31	0	10	57	1.36
135346--135658	165	1.9	167	82	4	391	31	9	8	50	1.65
136048--136079	12	2.4	14	90	10	50	71	6	9	12	1.29
136611--136663	20	2.6	21	90	3	81	41	15	16	26	1.88
136715--136740	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136695--136762	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
138346--138376	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
142875--142939	13	5.0	13	94	0	112	30	18	15	35	1.92
142876--142939	26	2.5	26	100	0	128	31	18	15	34	1.93
143375--143427	21	2.4	21	84	6	61	18	49	24	7	1.74
145481--145505	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
145493--145545	20	2.6	21	78	3	63	41	15	15	28	1.87
145597--145622	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
145577--145644	33	2.1	32	91	2	109	35	19	13	32	1.90
150795--150849	21	2.6	22	78	16	62	58	3	1	36	1.26
153026--153090	33	2.0	32	85	11	87	35	15	16	32	1.91
153046--153070	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
154670--154703	3	11.3	3	87	0	50	38	0	32	29	1.58
159351--159400	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
164799--165221	166	2.6	165	84	3	485	34	17	8	39	1.79
166269--166333	32	2.0	34	84	6	89	53	10	7	27	1.62
167726--167908	78	2.3	78	80	7	194	35	18	12	33	1.89
168165--168308	59	2.4	59	84	2	182	45	14	12	27	1.81
170700--171647	79	12.1	79	83	4	1073	32	12	25	29	1.92
170700--171647	157	6.0	156	85	4	1137	32	12	25	29	1.92
176717--176757	19	2.2	19	86	4	57	60	4	7	26	1.43
181979--182015	19	1.9	19	88	0	56	27	27	0	45	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188357--188391	3	11.7	3	90	0	52	28	31	2	37	1.72
195960--196029	19	3.6	19	90	1	95	27	8	21	42	1.81
196071--196123	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
196111--196135	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
196145--196185	20	2.0	20	90	0	64	29	12	19	39	1.88
199481--199506	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
201121--201158	20	1.9	20	94	0	67	36	18	10	34	1.85
201216--201277	32	1.9	32	86	3	88	41	12	14	30	1.83
203005--203042	15	2.5	15	87	8	51	84	2	10	2	0.83
203079--203112	9	3.8	9	88	11	52	82	0	17	0	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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