genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  13  of  25  ( 2930 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1957495--1957534	10	4.1	10	90	9	57	75	0	0	25	0.81
1957490--1957535	25	1.9	23	86	8	65	71	0	0	28	0.86
1959004--1959035	11	2.9	11	90	0	55	81	0	0	18	0.70
1959010--1959044	17	2.1	17	94	0	61	74	2	0	22	0.95
1960433--1960464	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
1960740--1960764	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
1961177--1961235	12	4.8	12	69	22	50	37	3	0	59	1.14
1964144--1964196	17	3.1	17	88	2	70	28	5	3	62	1.35
1964775--1964871	8	10.8	9	74	18	53	41	0	0	58	0.98
1964767--1964839	16	4.3	17	75	16	62	45	0	0	54	0.99
1964767--1964804	17	2.2	18	86	13	53	42	0	0	57	0.98
1964767--1964871	18	5.8	18	73	22	71	42	0	0	57	0.99
1970190--1970221	15	2.1	15	100	0	64	18	15	6	59	1.57
1974824--1974887	31	2.0	32	82	8	78	6	26	0	67	1.14
1976530--1976589	30	2.0	30	83	3	75	41	13	13	31	1.83
1980738--1980826	43	2.1	43	93	0	151	38	19	14	28	1.91
1980839--1980935	38	2.6	38	98	0	185	34	10	15	40	1.81
1981068--1981684	52	11.8	51	74	9	379	38	10	16	35	1.82
1981678--1981743	24	2.8	24	75	20	66	34	10	10	43	1.74
1981665--1981891	113	2.0	113	93	1	384	38	9	11	40	1.74
1981777--1981908	48	2.7	48	80	4	147	39	10	9	40	1.71
1988322--1988351	10	3.1	10	90	9	53	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1988578--1988903	109	3.0	109	82	4	345	34	15	14	35	1.89
1992341--1992380	20	1.9	20	85	10	53	80	2	10	7	1.00
1992932--1992963	17	1.9	16	93	6	55	65	0	0	34	0.93
1993127--1993210	34	2.4	34	84	2	96	30	11	20	36	1.89
1997668--1997727	21	2.8	22	87	5	95	5	23	3	68	1.24
1997667--1997727	22	2.8	22	82	7	79	4	22	3	68	1.23
1999293--1999329	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
1999331--1999356	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2006978--2007021	14	3.1	14	86	3	61	34	0	0	65	0.93
2007199--2007250	20	2.7	20	81	3	61	30	7	1	59	1.36
2007259--2007292	16	2.1	17	88	5	52	50	0	0	50	1.00
2008777--2008841	27	2.4	28	82	7	80	52	7	3	36	1.46
2008789--2008847	28	2.1	28	93	3	102	45	5	5	44	1.47
2009244--2009295	3	17.3	3	95	0	95	65	0	1	32	1.04
2009313--2009461	77	1.9	77	86	2	210	36	6	5	52	1.49
2010643--2010682	18	2.2	19	86	4	55	35	2	2	60	1.24
2010983--2011025	22	2.0	21	90	4	68	55	0	0	44	0.99
2011987--2012015	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
2013019--2013061	19	2.3	19	84	8	52	55	0	2	41	1.12
2013339--2013374	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
2018925--2018972	22	2.2	22	84	0	60	43	18	14	22	1.87
2018962--2019000	19	2.1	19	100	0	78	35	17	20	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020970--2021006	18	2.1	18	90	10	58	21	18	29	29	1.97
2024445--2024476	15	2.1	15	94	0	55	9	12	15	62	1.54
2027899--2027935	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
2040009--2040034	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
2046477--2046529	19	2.7	20	85	8	72	28	13	18	39	1.88
2046477--2046535	19	3.0	18	80	14	64	25	11	22	40	1.88
2047192--2047230	20	2.0	20	100	0	78	46	15	2	35	1.60
2047406--2047459	19	3.2	19	65	29	57	40	9	3	46	1.54
2048582--2048607	9	2.9	9	100	0	52	11	11	7	69	1.37
2051647--2051672	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2051625--2051692	33	2.1	32	91	8	111	32	16	16	35	1.91
2054254--2054292	13	3.0	13	92	0	69	33	15	20	30	1.94
2058758--2058788	3	10.3	3	92	0	53	29	35	0	35	1.58
2063104--2063170	19	3.8	19	77	22	92	34	11	17	35	1.87
2063105--2063167	32	2.0	32	100	0	126	33	12	19	34	1.89
2063124--2063148	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2067706--2068159	227	2.0	227	98	0	881	39	20	13	25	1.89
2069136--2069202	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2069641--2069693	19	2.7	20	85	8	72	28	13	18	39	1.88
2069641--2069699	19	3.0	18	80	14	64	25	11	22	40	1.88
2071453--2071477	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2072563--2072588	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2076686--2076736	26	2.0	26	88	0	75	35	5	15	43	1.71
2081419--2081449	15	2.0	16	93	6	55	51	0	0	48	1.00
2081992--2082037	16	2.9	16	83	0	65	8	21	32	36	1.84
2082062--2082095	16	2.1	16	94	0	59	14	17	26	41	1.88
2082062--2082105	16	2.8	16	89	0	52	13	18	31	36	1.90
2082279--2082321	18	2.4	18	96	0	77	48	0	0	51	1.00
2083458--2083488	16	1.9	16	93	0	53	16	19	19	45	1.86
2084272--2084378	53	2.0	53	96	0	196	56	17	3	22	1.57
2089047--2089100	26	2.1	26	89	0	81	40	35	5	18	1.74
2089779--2089898	16	7.6	16	67	18	65	55	0	0	42	1.11
2089779--2089867	26	3.0	30	75	20	80	53	0	0	46	1.00
2089827--2089898	32	2.2	33	85	2	92	58	1	1	38	1.15
2089834--2089926	49	1.9	48	82	6	116	60	4	1	34	1.24
2090043--2090107	27	2.4	28	75	17	66	66	4	0	29	1.12
2090044--2090080	16	2.2	16	90	4	56	67	2	0	29	1.04
2090117--2090164	19	2.6	20	90	9	68	47	20	0	31	1.50
2090127--2090164	19	2.0	19	100	0	76	47	21	0	31	1.51
2093943--2093980	20	1.9	20	94	0	67	39	7	13	39	1.73
2094004--2094077	21	3.6	20	80	14	62	31	16	13	39	1.87
2094024--2094077	20	2.7	20	78	18	58	31	14	12	40	1.84
2094707--2094741	17	2.0	18	88	5	54	31	0	14	54	1.40
2099235--2099913	74	9.4	74	81	7	719	38	14	23	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2099427--2099553	65	2.0	65	91	0	209	35	10	30	23	1.88
2101374--2101576	80	2.6	79	83	2	228	30	16	28	24	1.97
2101528--2101599	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2101587--2101711	53	2.4	53	82	5	164	32	12	25	29	1.92
2101742--2101806	28	2.4	27	89	2	94	21	16	38	23	1.93
2101742--2101815	27	2.7	28	87	2	96	20	18	36	24	1.95
2101799--2101929	51	2.5	51	81	9	156	31	9	26	32	1.89
2104283--2104308	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2104262--2104328	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2104348--2104402	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
2104461--2104514	21	2.6	21	96	0	99	38	22	7	31	1.82
2104929--2104958	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
2104991--2105028	20	1.9	20	94	0	67	28	21	13	36	1.91
2104991--2105060	33	2.1	33	89	0	104	27	18	12	41	1.87
2107379--2107545	51	3.3	51	77	6	171	29	25	13	31	1.93
2107667--2107784	51	2.3	52	84	8	152	32	22	11	34	1.89
2107474--2108049	238	2.4	236	88	2	823	28	23	13	34	1.93
2107905--2108019	51	2.3	51	82	14	148	34	20	9	34	1.86
2107960--2108187	79	2.9	79	89	0	339	28	25	13	33	1.93
2107433--2108107	238	2.9	235	83	5	817	29	22	13	34	1.93
2115857--2117545	42	40.5	42	67	13	370	47	13	21	18	1.82
2115847--2116173	169	1.9	169	83	2	424	47	13	22	16	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2116191--2116341	43	3.5	43	75	8	146	48	13	19	18	1.81
2116159--2117588	85	17.2	85	80	5	1190	47	12	21	18	1.82
2116315--2116534	73	3.0	72	88	2	289	50	11	23	15	1.76
2117643--2117777	41	3.3	40	78	10	157	43	9	25	21	1.82
2117592--2117778	81	2.3	81	82	6	211	42	10	25	21	1.85
2117664--2117778	40	2.8	40	80	10	144	42	8	26	22	1.82
2117783--2118030	46	5.4	46	74	7	209	41	11	25	21	1.87
2118981--2119026	22	2.2	21	92	7	76	43	6	15	34	1.72
2120536--2120568	12	2.8	12	82	17	50	42	0	30	27	1.56
2126023--2126164	64	2.2	64	91	0	230	26	16	28	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25