genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1319718--1319785	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1319720--1319782	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1319739--1319763	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1319825--1319850	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1319805--1319871	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1322371--1322541	51	3.3	51	79	4	198	29	26	11	32	1.92
1322524--1322605	28	2.9	28	82	5	94	25	31	15	26	1.96
1335000--1335052	23	2.3	23	86	0	70	88	5	5	0	0.62
1335000--1335052	1	53.0	1	78	0	52	88	5	5	0	0.62
1336031--1336830	55	14.3	55	87	7	1123	27	30	20	21	1.98
1336354--1336443	26	3.3	26	65	14	65	28	35	17	17	1.93
1337576--1337657	41	2.0	40	86	6	112	37	15	12	34	1.85
1337580--1337657	21	3.8	21	84	8	106	38	15	12	33	1.85
1337693--1337760	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1337695--1337757	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1337714--1337738	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1337800--1337825	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1337780--1337846	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1340339--1340508	52	3.3	48	73	14	135	30	27	10	32	1.89
1348201--1348241	21	2.0	21	90	0	64	90	4	4	0	0.56
1349231--1349999	54	14.2	54	81	15	810	28	31	20	20	1.97
1350746--1350820	20	3.7	20	82	12	82	37	14	14	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1350856--1350922	19	3.9	19	76	23	76	35	10	14	38	1.81
1350858--1350918	32	1.9	32	96	0	113	34	11	16	37	1.85
1350877--1350901	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1361379--1361430	22	2.4	22	86	0	68	88	5	5	0	0.63
1361379--1361430	15	3.2	16	83	8	61	88	5	5	0	0.63
1361379--1361430	1	52.0	1	78	0	50	88	5	5	0	0.63
1362412--1363211	55	14.3	55	87	7	1123	27	30	20	21	1.98
1362735--1362824	26	3.3	26	65	14	65	28	35	17	17	1.93
1363958--1364039	41	2.0	40	86	6	112	37	15	12	34	1.85
1363962--1364039	21	3.8	21	84	8	106	38	15	12	33	1.85
1364075--1364142	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1364077--1364139	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1364096--1364120	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1364182--1364207	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1364162--1364228	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
1366727--1366897	51	3.3	50	78	6	180	29	25	11	33	1.91
1366880--1366961	28	2.9	28	82	5	94	25	31	15	26	1.96
1371422--1371463	20	2.1	20	95	0	75	19	9	23	47	1.78
1372070--1372123	21	2.7	21	85	5	76	37	11	16	35	1.84
1372111--1372135	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1390554--1390746	34	6.0	33	74	16	156	21	29	16	32	1.95
1390593--1390746	30	5.0	30	79	7	141	22	29	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1390694--1391456	33	23.8	32	80	9	772	19	30	13	36	1.90
1390757--1390809	27	2.0	27	100	0	106	24	33	15	26	1.95
1390757--1391347	32	18.8	28	73	18	122	20	30	12	36	1.90
1390694--1391455	98	7.9	98	81	7	802	19	30	13	36	1.90
1391429--1391524	28	3.3	29	81	7	115	34	32	16	16	1.92
1391429--1391536	30	3.7	29	82	9	103	32	30	19	17	1.95
1391448--1391534	28	2.9	30	78	16	101	33	29	17	19	1.95
1391546--1391719	87	2.0	87	95	0	312	27	26	18	27	1.98
1391647--1392292	49	13.5	49	75	11	414	24	25	19	30	1.98
1391647--1391968	52	6.5	52	78	7	330	22	24	21	32	1.98
1391647--1392341	101	7.2	99	82	9	680	24	25	19	30	1.98
1391931--1392095	39	4.0	39	74	13	150	27	27	20	25	1.99
1391887--1392145	87	2.9	87	89	2	374	25	26	20	28	1.99
1391647--1392345	188	3.7	187	78	12	665	24	25	19	30	1.98
1392329--1392451	55	2.3	52	78	8	138	26	24	14	34	1.94
1393139--1393191	13	4.0	13	82	4	70	35	16	13	33	1.88
1393138--1393190	27	2.0	27	92	0	88	33	16	13	35	1.88
1405638--1405669	16	2.0	17	88	11	50	59	3	0	37	1.13
1405789--1405825	15	2.3	17	90	9	60	75	2	2	18	1.04
1410152--1410242	20	4.4	19	70	20	51	50	0	0	49	1.00
1410170--1410227	12	5.0	12	70	16	50	53	0	0	46	1.00
1410190--1410232	22	2.0	22	90	9	70	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1411949--1411976	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
1415109--1415144	18	1.9	19	88	5	56	52	5	0	41	1.24
1419950--1420026	20	3.8	20	84	6	111	40	12	15	31	1.85
1420581--1421148	28	19.9	29	87	5	727	23	17	30	28	1.97
1420581--1421149	57	10.0	57	85	7	667	23	17	30	28	1.97
1420580--1421151	170	3.3	169	89	4	837	23	17	31	28	1.97
1422382--1422424	1	43.0	1	80	0	50	0	2	6	90	0.52
1422371--1422424	13	4.2	13	83	9	65	1	3	7	87	0.74
1422371--1422424	12	4.5	12	86	4	65	1	3	7	87	0.74
1427403--1427455	19	2.8	19	100	0	106	32	11	18	37	1.87
1427676--1427735	22	2.8	20	85	14	75	83	16	0	0	0.65
1427680--1427723	7	6.4	7	85	15	65	86	13	0	0	0.57
1427682--1427735	13	4.1	13	85	4	72	85	14	0	0	0.61
1428955--1429161	30	6.9	29	82	8	222	24	27	17	30	1.97
1428961--1429160	61	3.3	60	87	8	275	24	27	18	29	1.98
1428954--1429162	91	2.3	90	85	5	280	23	27	17	30	1.97
1428992--1429293	91	3.2	91	81	8	254	21	29	16	32	1.95
1429155--1429300	34	4.4	34	82	4	172	17	32	14	36	1.90
1429145--1429300	66	2.3	67	87	1	215	17	32	14	35	1.90
1429268--1429320	27	2.0	27	88	0	79	24	32	16	26	1.97
1429329--1429399	33	2.2	33	87	7	103	30	35	18	15	1.92
1429569--1431234	206	8.2	205	86	6	1663	24	25	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1429399--1431006	640	2.5	637	86	7	2148	24	25	17	32	1.97
1430248--1431062	55	15.8	52	82	8	814	24	26	16	32	1.96
1431086--1431234	53	2.8	52	82	5	174	23	24	17	34	1.96
1431972--1432037	19	3.8	19	77	22	90	33	12	18	36	1.88
1431973--1432035	32	2.0	32	100	0	126	33	12	19	34	1.89
1431992--1432016	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1432078--1432206	52	2.5	52	92	0	222	35	18	17	27	1.94
1443242--1443282	19	2.2	19	86	0	55	68	7	9	14	1.39
1447492--1447562	31	2.3	31	80	0	79	45	11	19	23	1.83
1450732--1451052	88	3.6	88	75	8	303	32	15	11	40	1.84
1450732--1451048	176	1.8	176	82	5	408	32	15	11	40	1.83
1451414--1451459	15	3.1	15	77	0	56	15	21	21	41	1.90
1455637--1455709	30	2.4	30	73	13	69	49	6	5	38	1.53
1455910--1455935	11	2.4	11	100	0	52	53	7	0	38	1.30
1456939--1457346	213	1.9	215	89	4	635	44	7	7	40	1.61
1457438--1457500	29	2.2	29	94	0	108	52	17	3	26	1.60
1467580--1467645	33	2.0	33	88	5	98	31	19	24	24	1.98
1472533--1472598	33	2.0	33	91	5	107	30	19	25	24	1.98
1473902--1473926	9	2.8	9	100	0	50	56	12	12	20	1.67
1475613--1475638	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
1478022--1478050	14	2.1	14	93	6	51	27	0	10	62	1.28
1479357--1479423	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1479377--1479401	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1479467--1479491	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1482808--1482896	43	2.1	43	100	0	178	40	4	23	31	1.75
1485810--1485834	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1485822--1485872	19	2.6	20	84	6	68	41	13	13	31	1.84
1492030--1492093	26	2.5	26	100	0	128	37	15	15	31	1.89
1494578--1494628	19	2.6	20	81	6	68	45	13	11	29	1.79
1501196--1501239	24	2.0	22	86	13	63	70	4	13	11	1.31
1502523--1502561	20	2.0	20	84	0	51	56	7	17	17	1.64
1504478--1504601	29	4.4	29	68	19	100	43	12	20	22	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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