genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2126386--2126414	7	4.1	7	100	0	58	86	0	13	0	0.58
2126779--2126837	20	3.0	20	79	0	73	33	11	13	40	1.81
2127784--2127822	20	1.9	21	89	5	62	23	10	10	56	1.63
2140739--2140823	8	10.8	8	76	12	86	84	10	2	2	0.80
2140737--2140801	1	65.0	1	76	0	58	87	9	1	1	0.67
2140740--2140830	7	12.9	7	77	17	66	83	10	3	2	0.85
2142043--2142727	28	23.9	28	85	4	850	29	31	16	22	1.96
2147874--2148123	112	2.2	113	80	9	298	39	14	14	32	1.85
2156874--2157071	79	2.5	79	82	1	218	30	14	30	24	1.95
2156981--2157369	183	2.1	182	87	6	545	31	11	26	30	1.92
2157060--2157236	51	3.4	51	82	3	210	31	11	27	29	1.92
2157116--2157368	132	1.9	129	83	7	321	31	11	26	30	1.92
2157247--2157369	51	2.3	53	84	6	153	30	10	25	33	1.90
2159716--2159788	20	3.7	20	92	0	110	42	17	15	24	1.88
2159808--2159875	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2159830--2159854	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2159811--2159873	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2160862--2161363	165	3.0	162	81	6	609	50	10	9	28	1.68
2166495--2166750	87	2.9	84	79	10	264	39	8	19	32	1.81
2168157--2168182	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2168894--2168939	24	1.9	24	100	0	92	13	36	4	45	1.63
2170785--2170822	13	2.9	13	96	0	67	34	15	18	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175052--2175090	20	2.0	20	85	5	53	38	10	10	41	1.73
2175142--2175167	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2179565--2179689	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
2179565--2179709	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
2179698--2179722	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2179763--2179832	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
2179788--2179812	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2180306--2180344	15	2.6	15	79	0	51	58	0	2	38	1.12
2191705--2191769	29	2.3	28	78	7	69	52	0	3	44	1.16
2193244--2193275	16	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
2193273--2193322	20	2.5	21	74	9	59	50	0	4	46	1.20
2193984--2194009	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
2199966--2200033	15	4.5	14	76	10	55	27	0	8	63	1.24
2201796--2201901	16	6.4	16	83	6	113	45	0	0	53	1.06
2201852--2201921	32	2.2	32	79	5	79	40	2	0	57	1.14
2202374--2202434	25	2.5	25	86	2	97	45	0	0	54	1.00
2202408--2202456	19	2.5	20	80	3	64	59	0	0	40	0.98
2202555--2202623	32	2.2	31	86	2	93	47	0	2	49	1.16
2203479--2203535	28	2.1	27	86	3	78	50	0	8	40	1.33
2205354--2205395	19	2.2	19	86	0	57	19	19	0	61	1.34
2207038--2207260	111	2.0	111	90	1	349	33	16	20	30	1.94
2213137--2213166	16	1.9	15	93	6	51	6	20	0	73	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2213134--2213168	18	1.9	18	88	11	54	5	20	0	74	1.02
2220719--2220786	26	2.6	25	79	13	66	20	17	25	36	1.94
2220872--2220952	28	2.8	28	73	15	74	22	13	33	30	1.93
2221135--2221345	29	7.5	26	77	12	163	23	16	34	26	1.95
2221138--2221342	55	3.6	56	82	9	213	23	15	34	26	1.95
2220672--2221352	30	23.3	29	69	19	293	24	16	31	28	1.96
2222684--2222731	1	48.0	1	78	0	51	2	0	8	89	0.56
2222676--2222732	18	3.3	17	85	9	71	1	0	12	85	0.66
2222665--2222731	23	3.0	22	79	16	75	2	1	11	83	0.82
2222676--2222732	17	3.3	17	85	14	73	1	0	12	85	0.66
2222676--2222730	15	3.5	15	79	18	58	1	0	10	87	0.63
2222653--2222731	9	8.7	9	76	12	63	3	2	11	82	0.90
2226391--2226417	14	1.9	14	100	0	54	40	22	0	37	1.54
2232439--2232482	11	4.0	11	88	8	63	86	13	0	0	0.57
2232443--2232484	12	3.6	12	87	6	68	85	14	0	0	0.59
2232440--2232506	12	5.5	11	79	13	62	83	10	2	2	0.86
2233722--2234597	28	30.2	29	84	6	1030	29	30	16	23	1.96
2233722--2234597	57	15.1	58	85	6	1030	29	30	16	23	1.96
2235157--2235231	20	3.8	20	80	0	96	33	13	12	41	1.81
2235157--2235234	40	2.0	39	89	2	120	33	12	12	41	1.82
2239440--2239519	42	1.9	42	97	0	151	30	12	27	30	1.93
2244405--2244529	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2244405--2244549	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
2244538--2244562	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2244602--2244671	33	2.1	33	83	0	86	41	12	10	35	1.77
2245591--2246486	49	18.7	49	84	6	1149	31	17	25	25	1.97
2245591--2246491	190	4.7	190	90	2	1355	31	17	26	25	1.97
2245582--2246486	141	6.3	143	83	6	1042	31	17	25	25	1.97
2246486--2246686	31	6.2	33	88	6	281	15	16	37	29	1.90
2246688--2247108	71	6.4	68	77	16	392	33	12	33	19	1.90
2246688--2247109	33	12.8	35	76	16	361	33	12	33	19	1.90
2246878--2246936	27	2.1	28	87	3	84	30	15	33	20	1.93
2246905--2247109	35	5.8	34	89	5	293	33	12	33	20	1.90
2246905--2247111	106	1.9	107	92	1	344	33	12	33	20	1.90
2247055--2247233	62	2.8	63	83	6	195	28	16	29	25	1.97
2247089--2247233	31	4.7	31	84	7	170	26	17	29	26	1.97
2248163--2248194	16	2.0	16	93	0	55	0	6	9	84	0.78
2248432--2248464	7	4.9	7	88	3	50	0	0	15	84	0.61
2248432--2248468	18	2.2	18	85	9	51	0	0	16	83	0.64
2255390--2255514	52	2.4	52	95	0	223	28	17	18	36	1.94
2255390--2255534	52	2.8	51	89	4	211	29	17	18	34	1.94
2255523--2255547	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2255587--2255656	33	2.1	33	86	0	95	41	14	10	34	1.79
2256244--2256313	2	35.5	2	91	2	115	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2258037--2258111	36	2.1	36	97	0	141	32	8	29	30	1.86
2266557--2266616	24	2.5	24	75	5	59	65	3	1	30	1.19
2269194--2269223	15	2.1	15	93	6	53	50	0	0	50	1.00
2269316--2269353	15	2.5	15	95	0	67	26	0	15	57	1.38
2269564--2269592	13	2.2	13	100	0	58	41	13	0	44	1.44
2272713--2272881	29	6.0	28	74	6	117	42	4	19	33	1.72
2272724--2272855	58	2.3	57	80	11	137	42	4	18	34	1.71
2272858--2273027	82	2.0	83	87	6	247	41	7	14	36	1.75
2273120--2273253	29	4.7	28	73	14	87	44	4	17	34	1.69
2273207--2273366	83	1.9	83	91	2	259	41	8	15	35	1.78
2272761--2273439	339	2.0	339	90	1	1067	37	7	17	37	1.79
2274887--2275160	80	3.4	80	76	7	279	36	10	26	26	1.89
2276829--2276869	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2278987--2279025	20	2.1	19	85	9	53	46	10	17	25	1.80
2279906--2279981	31	2.5	31	95	0	134	42	10	19	27	1.84
2281126--2281530	79	5.1	79	78	6	365	33	10	24	30	1.90
2281126--2281527	158	2.5	159	80	7	451	33	10	24	31	1.89
2281466--2281579	51	2.2	51	88	0	165	39	7	21	31	1.82
2281537--2281940	79	5.1	78	83	6	483	34	9	25	30	1.88
2281537--2281939	159	2.6	158	85	4	519	34	9	26	30	1.88
2283413--2283486	21	3.6	20	79	3	76	32	14	10	41	1.81
2284179--2284295	37	3.2	36	68	8	101	40	15	26	17	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2284181--2284299	36	3.3	35	72	9	105	41	15	26	17	1.89
2284266--2284556	62	4.4	67	79	8	280	35	17	23	23	1.95
2284298--2284557	129	2.0	125	83	4	324	36	16	23	23	1.95
2284314--2284556	62	3.8	62	85	2	306	33	18	23	25	1.96
2287763--2287787	10	2.5	10	100	0	50	20	28	8	44	1.79
2287775--2287856	22	3.8	22	65	18	55	25	19	13	41	1.88
2288308--2288400	36	2.8	34	80	15	113	31	13	25	29	1.94
2290494--2290663	79	2.2	79	84	6	211	32	14	25	28	1.94
2290621--2290691	28	2.5	29	88	6	110	28	21	28	22	1.99
2290649--2290821	79	2.2	80	91	2	278	28	16	27	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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