genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2724345--2724408	27	2.4	27	81	5	67	53	0	3	43	1.16
2726558--2726629	12	6.5	11	75	16	53	40	1	47	11	1.48
2726548--2726627	42	1.9	42	92	0	133	43	1	46	8	1.42
2726587--2726657	33	2.2	33	92	0	115	40	1	46	11	1.48
2726548--2726636	42	2.1	42	87	0	124	44	1	43	10	1.45
2731803--2731877	29	2.5	29	76	8	71	42	5	0	52	1.24
2733333--2733378	16	2.9	15	90	6	65	47	23	13	15	1.80
2736640--2736684	3	15.0	3	95	0	72	4	33	0	62	1.15
2739941--2739973	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
2743988--2744012	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2750816--2750856	20	2.0	20	90	0	64	75	4	19	0	0.98
2751609--2751758	58	2.5	57	78	12	169	30	13	16	40	1.86
2751643--2751734	29	3.2	29	69	22	75	26	15	18	40	1.90
2751861--2752072	78	2.7	78	78	2	246	33	12	15	38	1.85
2756756--2756888	29	4.6	29	83	5	153	42	6	17	33	1.76
2770352--2770472	38	3.2	37	74	5	109	30	10	15	42	1.81
2770604--2770639	17	2.1	17	89	0	54	41	2	16	38	1.63
2776691--2776891	88	2.3	88	99	0	393	40	13	24	21	1.89
2786363--2786434	16	4.4	16	75	15	67	63	0	2	33	1.08
2786366--2786429	33	2.0	33	87	9	96	60	0	3	35	1.12
2786477--2786594	20	5.5	20	71	16	76	43	3	4	49	1.39
2786476--2786602	65	2.0	65	85	6	177	45	3	3	47	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2788860--2788891	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2789770--2789828	25	2.4	25	77	5	66	61	1	1	35	1.16
2790738--2790811	16	4.6	16	73	8	60	22	9	22	44	1.82
2791209--2791242	17	2.0	17	88	0	50	35	5	0	58	1.22
2791929--2792003	38	2.1	35	85	7	96	32	5	10	52	1.59
2792802--2792901	46	2.2	46	83	1	119	36	13	7	44	1.70
2794861--2794906	16	2.9	16	83	0	56	50	23	8	17	1.74
2794840--2794911	16	4.5	16	76	0	54	47	29	9	13	1.75
2796032--2796093	19	3.3	18	82	10	70	32	17	16	33	1.92
2796137--2796198	13	5.2	13	79	18	80	33	12	16	37	1.87
2797759--2797789	3	10.3	3	100	0	62	32	0	35	32	1.58
2798378--2798416	21	1.9	21	89	5	62	53	5	15	25	1.62
2800183--2800208	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2802762--2802800	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2812258--2812285	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
2814790--2814920	20	6.8	19	69	19	76	33	13	18	34	1.90
2814866--2814920	20	2.7	21	86	11	78	34	12	20	32	1.90
2815087--2815207	60	2.0	60	98	0	233	48	17	16	17	1.81
2816402--2816455	20	2.7	20	85	5	65	40	18	7	33	1.78
2816485--2816534	19	2.5	20	90	3	75	36	16	16	32	1.90
2825137--2825161	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
2825142--2825180	20	2.0	20	84	0	51	46	17	5	30	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2825209--2825258	18	2.6	20	87	6	68	38	14	12	36	1.83
2825686--2825753	16	4.2	16	78	0	64	41	25	17	16	1.89
2830465--2830520	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
2831431--2831505	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2831428--2831505	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2831988--2833549	32	48.8	32	95	0	2667	15	18	34	31	1.92
2833532--2834242	27	26.0	27	91	3	1120	27	14	34	23	1.93
2833534--2834242	110	6.5	109	91	3	1131	27	14	34	23	1.94
2833532--2834242	137	5.2	135	91	4	1115	27	14	34	23	1.93
2841760--2841815	22	2.5	23	97	2	105	62	8	10	17	1.52
2842726--2842800	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
2842723--2842800	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
2847746--2847787	20	2.0	21	86	4	59	11	7	4	76	1.15
2847745--2847787	21	2.0	21	86	8	61	11	6	4	76	1.13
2848306--2848860	28	19.5	28	81	6	480	24	16	28	30	1.97
2848306--2848861	56	9.8	57	79	5	572	25	16	28	30	1.97
2848306--2848861	114	4.9	113	83	4	627	25	16	28	30	1.97
2848869--2848956	14	6.6	13	70	8	61	37	19	10	32	1.85
2850150--2850185	18	1.9	20	88	11	58	5	0	11	83	0.80
2853055--2853098	22	2.0	22	90	0	70	22	31	9	36	1.86
2854331--2854392	22	2.8	22	100	0	124	14	22	19	43	1.87
2858453--2858832	79	4.8	78	75	6	316	35	15	23	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2858772--2858897	50	2.5	50	88	1	171	41	13	19	25	1.88
2867388--2867431	6	7.2	6	85	10	54	0	20	0	79	0.73
2867395--2867434	17	2.3	17	91	4	62	0	25	0	75	0.81
2868693--2869048	28	12.4	28	82	7	369	25	16	28	30	1.96
2868693--2869051	56	6.3	56	82	7	427	25	15	28	30	1.96
2868693--2869051	116	3.1	114	85	4	458	25	15	28	30	1.96
2876567--2876600	13	2.6	13	95	0	59	35	14	14	35	1.87
2879275--2879311	13	2.8	13	91	0	56	32	16	21	29	1.95
2884489--2884529	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
2884791--2884842	20	2.4	21	84	9	61	21	50	25	3	1.65
2886182--2886220	19	2.1	19	100	0	78	46	0	28	25	1.53
2886233--2886272	21	1.9	21	85	10	55	35	2	25	37	1.69
2886812--2886836	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2888242--2888281	21	1.9	21	84	0	53	60	5	0	35	1.19
2890986--2891033	23	2.2	22	85	7	62	47	6	8	37	1.59
2891281--2891328	23	2.2	22	85	7	62	54	6	4	35	1.45
2892628--2892658	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
2893052--2893130	29	2.8	28	79	9	70	40	0	2	56	1.12
2898304--2898328	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2898281--2898348	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
2900404--2900454	20	2.4	21	83	9	68	3	27	49	19	1.66
2900716--2900756	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2900888--2900925	13	2.9	13	92	0	58	34	13	18	34	1.89
2906366--2906391	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2906344--2906411	33	2.1	32	88	2	100	33	14	16	35	1.89
2906443--2906495	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
2906486--2906510	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
2906499--2906547	20	2.5	20	86	0	62	34	16	14	34	1.89
2909761--2909819	21	2.8	21	87	5	75	35	5	27	32	1.79
2909782--2909825	21	2.1	21	86	0	61	36	6	20	36	1.79
2913851--2913883	15	2.3	15	94	5	59	0	0	9	90	0.44
2915669--2915704	18	2.0	18	88	0	54	25	5	16	52	1.65
2917424--2917474	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2917479--2917506	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
2920270--2920488	29	7.8	28	73	11	83	31	23	17	26	1.97
2920289--2920596	14	21.9	14	73	10	164	29	23	19	28	1.98
2920351--2920585	69	3.4	69	76	9	226	27	22	19	30	1.98
2920289--2920559	27	9.6	27	74	9	130	30	23	18	27	1.97
2920411--2920596	41	4.4	41	78	8	151	27	22	19	30	1.98
2922374--2922399	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2923551--2923576	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2925939--2925985	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
2926106--2926144	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2926130--2926208	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2930055--2930099	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2932317--2932342	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2932956--2932982	14	1.9	14	100	0	54	59	7	0	33	1.25
2933107--2933132	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
2934919--2934955	13	2.8	13	95	0	65	37	16	16	29	1.90
2940385--2940410	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2945277--2945349	20	3.5	20	77	14	76	38	10	19	31	1.86
2949416--2949452	14	2.6	14	91	8	58	32	16	5	45	1.70
2962730--2962930	111	1.8	111	81	2	251	31	15	23	28	1.96
2963034--2963159	58	2.1	58	82	5	155	36	15	19	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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