genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290761--2290872	51	2.2	51	93	0	188	33	15	24	27	1.95
2290804--2291150	79	4.4	79	91	2	536	32	15	25	26	1.96
2290674--2290951	130	2.1	130	92	2	461	31	15	25	26	1.96
2290649--2291030	209	1.8	209	90	2	615	31	15	25	26	1.96
2293553--2293620	33	2.1	33	88	5	102	41	13	14	30	1.84
2293574--2293600	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2293494--2293590	20	4.9	19	80	12	106	43	12	15	28	1.83
2295776--2295800	13	1.9	13	100	0	50	40	20	8	32	1.81
2297356--2297411	26	2.1	28	86	6	80	44	3	26	25	1.70
2297873--2297897	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2297979--2298022	22	2.0	22	95	0	79	34	22	6	36	1.81
2302191--2302551	130	2.8	129	79	5	302	33	10	25	30	1.89
2302355--2302470	51	2.3	51	85	8	164	32	10	28	28	1.90
2302408--2302826	79	5.4	77	80	6	391	34	10	25	29	1.90
2305183--2305306	52	2.4	51	82	1	140	45	11	14	29	1.80
2306190--2306228	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2307921--2307956	11	3.1	11	85	14	54	86	2	11	0	0.68
2307911--2307956	24	1.9	24	91	8	76	82	6	10	0	0.83
2308996--2309096	29	3.5	28	67	15	73	20	12	15	50	1.77
2308992--2309105	58	2.0	58	81	6	133	22	12	14	50	1.77
2310863--2310937	30	2.5	30	80	6	80	18	30	18	32	1.95
2310912--2311003	35	2.7	36	80	8	111	20	29	11	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2310977--2311100	28	4.3	29	83	9	139	37	30	15	16	1.90
2311217--2311305	43	2.1	43	95	0	160	28	23	16	31	1.96
2311259--2311380	52	2.3	55	84	4	169	26	24	13	36	1.92
2311259--2311396	52	2.6	52	82	3	168	25	24	15	34	1.94
2312224--2312288	33	2.0	33	87	0	94	33	12	16	36	1.87
2312330--2312354	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2312363--2312491	52	2.5	52	94	0	222	34	18	17	29	1.94
2315327--2315468	71	2.0	71	98	0	275	23	24	18	33	1.97
2316643--2316681	20	2.0	20	84	0	51	28	12	15	43	1.83
2319696--2319747	20	2.6	20	90	0	77	34	7	15	42	1.75
2320673--2320720	21	2.4	22	80	16	59	22	22	10	43	1.84
2326205--2326260	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
2326319--2326344	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2328518--2328562	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
2330366--2330396	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2332476--2332501	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2337455--2337497	16	2.6	17	85	3	52	58	0	0	41	0.98
2343373--2343406	16	2.1	16	89	10	52	79	0	8	11	0.94
2343762--2343788	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
2345453--2345496	11	4.1	11	79	5	54	31	0	4	63	1.14
2346370--2346397	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2347024--2347071	16	3.2	15	74	8	53	60	0	2	37	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2347024--2347071	15	3.2	14	75	13	51	60	0	2	37	1.09
2347025--2347083	29	2.0	31	86	6	86	57	0	3	38	1.15
2347282--2347328	19	2.4	19	85	3	58	34	0	2	63	1.06
2347890--2347921	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
2348024--2348108	34	2.6	33	81	10	86	62	3	2	31	1.25
2348391--2348466	23	3.2	23	82	14	84	68	1	0	30	0.98
2348373--2348471	16	6.1	16	67	16	53	65	1	1	32	1.06
2348391--2348491	11	8.5	11	69	22	53	66	1	0	31	1.03
2348411--2348491	37	2.2	36	83	16	105	65	1	0	33	1.01
2348365--2348481	12	9.1	13	65	20	50	64	2	0	32	1.13
2348694--2348736	11	4.0	11	81	6	52	0	18	0	81	0.69
2348693--2348739	21	2.2	21	88	7	69	0	17	0	82	0.66
2348706--2348743	14	2.7	14	88	8	51	0	15	0	84	0.63
2348531--2348806	136	2.0	137	83	6	353	30	21	2	46	1.64
2349553--2349593	21	1.9	22	90	5	66	41	0	2	56	1.13
2349607--2349676	37	1.9	35	82	5	86	44	4	1	50	1.30
2349893--2349933	21	1.9	22	90	5	66	41	0	2	56	1.13
2349947--2350016	37	1.9	35	82	5	86	44	4	1	50	1.30
2350255--2350279	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2349543--2350223	340	2.0	340	98	0	1060	44	5	7	41	1.57
2350888--2350932	22	2.0	23	87	12	67	66	0	0	33	0.92
2351928--2352027	36	2.7	36	80	13	98	44	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2351949--2352021	22	3.2	22	79	13	60	42	0	0	57	0.98
2353049--2353083	1	35.0	1	88	0	52	94	5	0	0	0.32
2353217--2353274	16	3.7	16	86	4	91	53	0	0	46	1.00
2353215--2353276	21	3.0	21	72	13	56	54	0	0	45	0.99
2354451--2354510	16	3.8	16	88	0	75	65	1	0	33	1.03
2354463--2354523	11	5.5	11	72	14	54	62	1	0	36	1.05
2354452--2354528	32	2.3	34	84	6	104	62	1	0	36	1.04
2355021--2355056	2	18.0	2	88	0	54	2	44	0	52	1.15
2356211--2356243	2	17.0	2	87	6	50	48	3	0	48	1.17
2359212--2359327	51	2.2	51	80	8	128	48	0	0	50	1.13
2359211--2359366	47	3.1	49	78	14	140	46	1	1	49	1.23
2361373--2361435	24	2.6	25	75	14	69	52	1	1	44	1.20
2364413--2364507	38	2.5	38	84	0	127	30	12	13	43	1.82
2364604--2364649	16	2.7	17	81	18	60	52	0	6	41	1.27
2368752--2368849	47	2.1	47	82	3	117	35	15	21	27	1.93
2370267--2370294	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2374345--2374704	79	4.6	77	80	5	366	26	22	13	36	1.92
2374345--2374704	157	2.3	157	82	5	363	26	22	13	36	1.92
2374749--2374865	51	2.3	51	88	4	175	29	24	9	35	1.87
2380927--2380976	20	2.5	20	87	6	66	30	14	16	40	1.87
2381586--2381623	19	2.0	20	84	5	51	34	18	10	36	1.85
2383592--2383622	16	2.0	16	93	6	55	38	9	0	51	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2386712--2386749	9	4.2	9	89	0	58	28	26	0	44	1.54
2388340--2388393	20	2.7	20	88	11	76	33	18	14	33	1.92
2389083--2389405	161	2.0	161	93	0	556	37	15	13	33	1.87
2390909--2390942	10	3.4	10	87	0	50	14	8	14	61	1.55
2392418--2392469	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
2392503--2392541	20	1.9	21	94	5	71	46	12	10	30	1.75
2394671--2394720	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
2398770--2398833	32	2.0	33	87	3	94	43	15	12	28	1.83
2398867--2398905	20	1.9	21	94	5	71	46	12	10	30	1.75
2401925--2402006	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
2401989--2402159	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
2402142--2402217	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
2404682--2404707	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2404661--2404727	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2404747--2404814	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2404769--2404793	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2404750--2404812	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2404870--2404926	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2406126--2406823	345	2.0	345	98	0	1360	35	18	13	32	1.90
2408956--2409641	153	4.5	154	70	10	406	40	18	13	27	1.88
2410045--2410344	166	1.8	164	83	4	397	44	15	8	32	1.76
2418267--2418307	19	2.1	20	86	4	57	43	7	4	43	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2418449--2418477	9	3.3	9	95	4	51	0	6	0	93	0.36
2420008--2420089	40	2.1	39	86	11	114	46	0	0	53	1.00
2420944--2421030	11	7.8	11	72	16	63	37	1	0	60	1.04
2420947--2420998	17	3.0	18	81	13	56	36	1	0	61	1.07
2420989--2421037	15	3.1	15	75	13	53	38	0	0	61	0.96
2422072--2422138	32	2.1	32	97	0	125	50	43	2	2	1.32
2422327--2422374	24	2.0	24	84	11	64	70	8	2	18	1.22
2424272--2424309	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2424349--2424375	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2425897--2425932	18	1.9	19	88	5	56	61	0	5	33	1.19

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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