genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2426405--2426485	19	4.0	19	69	17	56	51	0	0	48	1.00
2436529--2436586	20	2.8	19	76	21	55	37	12	8	41	1.73
2439073--2439173	51	2.0	51	92	0	166	30	22	8	37	1.85
2439017--2439261	130	1.9	130	82	3	305	29	22	11	36	1.90
2439126--2439347	79	2.8	79	76	9	193	28	24	12	34	1.92
2451652--2451697	23	2.0	23	82	0	56	80	8	8	2	0.99
2451658--2451696	17	2.1	19	86	13	55	82	5	10	2	0.93
2452671--2453157	60	8.1	60	80	6	486	28	24	17	30	1.97
2452671--2453123	59	7.6	59	77	8	420	28	24	17	30	1.97
2452671--2453122	119	3.8	118	85	3	543	28	24	17	29	1.97
2453708--2453761	21	2.6	19	78	16	63	50	14	9	25	1.73
2453790--2453841	20	2.5	22	87	6	72	40	13	11	34	1.81
2456195--2456708	79	6.5	79	78	4	484	28	22	11	37	1.89
2456195--2456706	157	3.2	157	82	5	606	28	22	11	37	1.89
2459608--2459687	40	2.0	40	100	0	160	32	12	25	30	1.92
2460577--2460609	10	3.0	11	91	8	50	0	0	9	90	0.44
2461186--2461317	3	44.0	3	81	11	128	31	3	3	60	1.32
2465481--2465509	14	2.1	14	100	0	58	65	0	6	27	1.18
2465760--2465851	45	2.0	45	95	0	166	39	7	7	45	1.61
2465880--2465968	43	2.1	43	81	8	101	42	4	3	49	1.39
2466060--2466108	17	2.7	18	81	9	55	73	0	8	18	1.07
2466676--2466725	24	2.1	24	82	14	59	42	0	6	52	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2468945--2469013	27	2.7	24	78	19	68	52	0	0	47	1.00
2468968--2469015	24	1.9	24	87	8	69	54	0	0	45	0.99
2469449--2469625	16	12.0	15	66	20	63	46	1	1	50	1.21
2469437--2469626	91	2.1	87	78	14	201	47	1	1	49	1.20
2469519--2469625	47	2.3	47	74	16	109	45	2	0	51	1.15
2480676--2480829	27	5.6	27	83	4	175	23	31	14	31	1.94
2480701--2480822	28	4.4	28	85	7	99	24	31	13	30	1.93
2480666--2480922	56	4.6	55	78	7	185	25	29	14	29	1.95
2480984--2481505	32	17.2	32	81	7	321	30	29	18	21	1.97
2480977--2481505	64	8.7	64	82	6	405	30	29	18	21	1.97
2480787--2482133	58	23.0	58	82	5	1120	29	29	17	23	1.97
2480892--2482133	292	4.2	293	84	4	1354	29	29	18	22	1.97
2480830--2482133	28	44.5	28	79	7	953	29	29	18	23	1.97
2482184--2482317	49	2.8	49	90	1	216	20	28	19	31	1.97
2482688--2482742	20	2.8	20	88	5	76	34	14	12	38	1.84
2484927--2484977	27	2.0	25	85	11	68	25	41	13	19	1.88
2487762--2487802	19	2.2	19	95	0	73	48	24	17	9	1.76
2490150--2490208	31	1.9	31	100	0	118	42	3	25	28	1.71
2491990--2492057	27	2.7	25	78	10	66	77	1	11	8	1.04
2492034--2492070	10	3.6	10	88	3	56	70	0	10	18	1.16
2492029--2492068	11	3.6	11	86	10	55	75	0	12	12	1.06
2492902--2492966	23	2.8	23	80	0	76	26	21	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2499230--2499354	52	2.4	52	95	0	223	27	18	18	36	1.94
2499230--2499374	52	2.8	51	89	4	211	28	17	18	34	1.94
2499451--2499475	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2505986--2506107	13	8.0	13	71	28	82	26	15	18	40	1.90
2505999--2506125	19	7.6	19	71	28	128	25	15	18	40	1.90
2505966--2506125	32	5.0	32	96	0	284	26	15	18	40	1.90
2506944--2506984	21	2.0	21	95	0	73	41	7	9	41	1.66
2507083--2507107	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2507186--2507242	20	2.8	21	86	2	80	36	8	15	38	1.79
2507685--2507843	35	4.9	34	75	13	138	32	10	22	34	1.88
2507684--2507843	65	2.5	64	85	7	209	32	10	23	34	1.88
2507739--2507865	66	1.9	63	81	13	150	33	10	23	33	1.88
2510873--2510897	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
2514057--2514565	252	2.0	252	93	0	858	40	16	17	25	1.90
2514502--2515252	156	4.8	155	79	7	714	36	20	19	23	1.95
2514516--2515259	157	4.8	160	80	7	683	36	20	19	23	1.95
2516031--2516444	161	2.6	157	84	4	542	40	12	12	35	1.80
2517235--2517275	11	3.8	11	80	6	57	70	0	24	4	1.06
2517237--2517275	21	1.9	20	94	5	69	71	0	23	5	1.05
2518147--2518719	162	3.5	162	80	6	588	51	9	10	28	1.68
2520087--2520378	84	3.5	84	71	6	230	43	10	27	19	1.83
2520087--2520518	169	2.6	169	84	2	559	42	10	28	19	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2520778--2521720	85	11.2	84	71	5	497	33	17	29	19	1.95
2521219--2521379	42	3.8	43	74	10	134	36	20	29	14	1.92
2521238--2521351	43	2.7	42	78	8	122	39	19	29	11	1.87
2520992--2521551	255	2.2	255	78	5	549	33	17	29	19	1.95
2521765--2521940	43	4.1	43	79	5	151	35	17	27	19	1.94
2521765--2521996	87	2.7	87	83	7	253	36	18	27	18	1.94
2521795--2521996	43	4.7	43	80	6	205	36	18	27	18	1.94
2521817--2521996	86	2.1	86	86	6	249	36	19	26	18	1.94
2521856--2522023	43	3.9	43	80	3	169	36	20	25	17	1.94
2522056--2522159	37	2.8	37	82	1	129	48	11	20	20	1.80
2522056--2522165	36	3.0	36	82	1	130	47	12	20	19	1.82
2522086--2522293	84	2.5	84	83	1	247	44	15	19	20	1.87
2522129--2522629	48	10.6	48	73	8	377	41	17	20	20	1.90
2522251--2522614	96	3.8	96	85	2	489	40	20	19	20	1.92
2522217--2522629	144	2.9	143	81	5	440	40	18	20	20	1.91
2523799--2523824	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2523778--2523842	32	2.0	34	90	6	107	27	12	15	44	1.82
2523895--2523949	20	2.8	20	88	5	76	29	16	16	38	1.90
2526350--2526387	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
2528469--2528499	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2530301--2530345	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2532575--2532600	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2532554--2532765	32	6.0	34	79	20	206	27	12	15	44	1.82
2532588--2532765	19	10.6	19	73	26	188	28	12	15	43	1.83
2532554--2532765	51	4.2	51	78	21	259	27	12	15	44	1.82
2532626--2532747	13	8.0	13	71	28	82	28	13	15	42	1.84
2532607--2532765	64	2.5	64	100	0	318	28	12	15	43	1.83
2532817--2532872	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
2533827--2533852	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2533809--2533870	20	3.6	18	73	26	53	41	14	14	29	1.85
2533809--2533872	33	2.0	33	93	3	112	42	15	14	28	1.86
2534888--2535090	89	2.3	88	79	2	210	45	13	18	22	1.84
2535815--2535848	17	2.0	17	94	0	59	5	20	0	73	1.04
2539534--2540156	157	4.0	155	79	6	605	36	20	18	24	1.95
2540813--2541060	128	1.9	129	81	4	295	41	11	10	37	1.75
2540925--2541312	161	2.4	162	87	3	566	41	10	11	36	1.76
2542280--2542311	11	2.9	11	95	0	55	3	28	0	68	1.04
2542989--2543557	166	3.4	163	79	9	566	50	9	11	28	1.70
2543852--2543924	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2543870--2543945	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2543852--2543945	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2543984--2544009	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2548046--2548076	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2550093--2550171	20	3.7	21	75	15	72	26	13	15	44	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2550158--2550196	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
2552643--2552715	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2552661--2552736	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
2552643--2552736	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
2552775--2552800	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2556104--2556128	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2556116--2556166	20	2.5	21	87	3	68	39	11	17	31	1.86
2556202--2556253	20	2.7	20	90	3	79	38	21	11	28	1.88
2562449--2562478	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
2562546--2562608	33	1.9	32	87	3	90	38	15	17	28	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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