genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  6  of  25  ( 2930 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
812728--812752	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
813575--814320	43	15.8	48	79	11	724	30	17	25	26	1.97
813575--814320	92	7.9	91	84	10	676	30	17	25	26	1.97
813625--814271	92	7.0	92	86	8	702	29	18	25	26	1.98
814116--814183	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
814096--814162	21	3.1	21	62	26	50	26	19	28	25	1.99
814187--814254	21	3.2	21	67	19	59	30	17	27	23	1.97
814326--814455	33	4.0	32	87	6	181	19	17	33	29	1.95
814328--814449	65	1.9	65	91	3	201	18	18	31	31	1.95
814454--815038	34	17.9	34	75	13	495	32	12	34	20	1.90
814454--814964	95	5.3	95	77	14	344	31	12	35	20	1.90
814716--815059	61	5.4	61	74	16	258	33	12	34	20	1.90
814454--815059	256	2.3	257	89	5	875	32	12	34	20	1.90
815052--815351	32	9.5	31	82	7	345	31	16	27	24	1.96
815033--815351	64	5.0	64	90	1	432	31	16	27	24	1.96
816576--816624	21	2.4	20	77	16	55	0	2	18	79	0.83
816579--816622	22	2.0	22	86	4	61	0	2	18	79	0.83
816576--816634	14	4.1	14	76	12	50	1	3	16	77	0.98
816602--816655	25	2.2	25	86	6	74	5	7	14	72	1.26
820126--820241	52	2.3	51	86	1	151	28	11	27	32	1.91
819999--820321	131	2.5	131	80	5	366	33	12	24	29	1.92
820179--820400	79	2.8	79	84	2	250	31	13	24	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820336--820512	51	3.5	51	84	6	227	32	11	25	29	1.92
822867--822908	21	2.0	21	95	0	75	28	16	9	45	1.79
823023--823061	21	1.9	20	94	5	69	30	12	20	35	1.90
827609--827635	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
827619--827675	19	2.9	19	84	2	78	33	17	15	33	1.92
828541--828653	50	2.3	50	84	0	145	28	10	16	44	1.81
828566--828678	50	2.2	50	81	7	131	28	14	15	41	1.86
830842--830897	9	6.8	9	73	19	50	80	0	17	1	0.80
830850--830879	12	2.6	12	94	5	53	86	0	13	0	0.57
830842--830897	20	2.8	19	86	8	67	80	0	17	1	0.80
830843--830897	10	5.3	11	77	16	55	81	0	16	1	0.77
831635--832284	181	3.6	182	86	2	869	39	8	10	42	1.68
835986--836016	10	3.1	10	100	0	62	80	0	19	0	0.71
835984--836029	14	3.3	14	82	14	51	76	0	21	2	0.90
836832--837515	183	4.0	164	84	8	701	40	7	8	43	1.64
837005--837559	183	3.0	182	91	0	842	38	7	10	43	1.67
840240--840277	19	2.0	19	94	0	67	36	7	31	23	1.84
840607--840637	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
842763--843117	163	2.2	164	79	7	391	30	11	7	50	1.67
843283--843325	20	2.2	19	80	15	52	37	0	9	53	1.33
843644--843708	32	2.0	34	81	6	80	72	4	10	12	1.26
844664--844720	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844752--844802	20	2.5	20	84	6	68	33	11	17	37	1.86
850434--850471	19	2.0	20	94	5	69	15	34	26	23	1.95
856153--856280	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
856289--856313	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
856375--856399	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
857212--857338	67	1.9	68	85	1	175	37	11	25	24	1.90
857234--857562	128	2.6	124	86	8	398	35	15	24	24	1.94
857306--857564	128	2.0	130	94	2	459	33	16	24	25	1.96
857484--857989	49	10.6	49	81	8	607	30	17	25	25	1.97
857484--857994	92	5.4	97	90	5	678	30	17	26	25	1.97
857483--857994	141	3.6	145	84	8	651	30	17	26	25	1.97
857989--858058	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
858063--858599	34	15.8	33	83	10	572	34	12	33	20	1.90
858043--858599	105	5.4	102	83	9	633	33	12	33	20	1.90
858173--858226	27	2.0	27	92	0	90	25	14	37	22	1.93
858067--858695	34	18.8	31	77	13	325	33	13	32	20	1.91
858548--858851	93	3.3	94	85	7	390	27	16	30	24	1.97
858611--858848	31	7.7	31	91	4	374	26	17	30	25	1.97
859856--859897	16	2.6	16	84	0	57	0	7	9	83	0.81
867076--867203	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
867212--867236	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
867298--867322	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868135--868261	67	1.9	68	85	1	175	37	11	25	24	1.90
868157--868485	128	2.6	124	86	8	398	35	15	24	24	1.94
868229--868487	128	2.0	130	94	2	459	33	16	24	25	1.96
868407--868912	49	10.6	49	81	8	607	30	17	25	25	1.97
868407--868917	92	5.4	97	90	5	678	30	17	26	25	1.97
868406--868917	141	3.6	145	84	8	651	30	17	26	25	1.97
868912--868981	33	2.1	35	94	5	126	20	17	37	25	1.94
868986--869522	34	15.8	33	83	10	572	34	12	33	20	1.90
868966--869522	105	5.4	102	83	9	633	33	12	33	20	1.90
869096--869149	27	2.0	27	92	0	90	25	14	37	22	1.93
868990--869618	34	18.8	31	77	13	325	33	13	32	20	1.91
869471--869774	93	3.3	94	85	7	390	27	16	30	24	1.97
869534--869771	31	7.7	31	91	4	374	26	17	30	25	1.97
870779--870820	16	2.6	16	84	0	57	0	7	9	83	0.81
878002--878129	52	2.5	52	94	3	224	30	17	17	33	1.94
878138--878162	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
878224--878248	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
879628--879906	143	2.0	143	80	9	320	23	15	21	40	1.91
881209--881234	13	2.0	13	100	0	52	38	7	30	23	1.83
882658--882759	50	2.0	50	88	3	152	25	16	13	44	1.85
885110--885451	79	4.3	79	79	3	341	28	22	12	37	1.90
885155--885441	158	1.8	158	87	3	434	26	23	13	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897716--897779	19	3.4	18	78	19	60	85	4	7	1	0.78
897740--897778	15	2.5	15	87	8	51	87	0	12	0	0.55
897716--897778	17	3.8	17	82	12	60	85	4	7	1	0.78
898742--899133	61	6.4	61	81	6	436	25	27	19	28	1.98
898748--899136	127	3.2	124	80	7	438	25	27	19	27	1.99
899115--899218	43	2.5	41	79	3	109	27	23	13	35	1.92
899198--899654	61	7.4	62	81	4	462	24	22	19	33	1.97
899229--899582	123	2.9	122	82	3	397	25	22	19	33	1.97
899624--899811	41	4.6	41	78	9	170	21	22	16	39	1.92
899652--899809	40	3.9	40	79	8	160	20	22	14	42	1.88
900414--900471	20	2.9	20	100	0	116	20	18	10	50	1.76
902784--902808	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
906202--906226	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
906179--906246	33	2.1	32	89	8	102	35	14	16	33	1.89
907392--907428	17	2.2	16	90	4	56	21	32	8	37	1.83
907431--907519	34	2.6	34	96	3	162	32	20	8	38	1.84
907992--908058	37	1.9	35	85	11	93	32	10	25	31	1.89
909848--910190	79	4.3	79	78	4	323	27	22	12	37	1.90
909848--910179	158	2.1	158	82	2	398	27	22	12	36	1.91
913382--913673	78	3.7	78	76	6	268	34	12	25	27	1.92
913311--913673	157	2.3	157	78	6	369	34	12	25	27	1.92
913311--913691	78	4.9	78	74	7	251	35	11	24	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915995--916127	52	2.5	52	86	1	176	39	14	15	30	1.87
917081--917136	16	3.4	16	87	5	67	85	3	8	1	0.78
917458--917498	21	1.9	21	85	5	55	75	2	14	7	1.12
918049--918351	111	2.7	110	82	6	351	33	17	12	36	1.88
927588--928333	92	8.0	90	78	9	599	23	28	16	30	1.96
927591--928333	218	3.4	218	89	1	1096	23	29	16	30	1.96
928335--928962	34	19.7	33	76	14	482	21	31	11	35	1.90
928329--928763	95	4.6	94	76	10	354	22	31	11	34	1.89
928379--928497	61	1.9	62	80	8	136	23	31	10	35	1.88
928497--929012	33	16.8	27	69	21	120	21	31	11	34	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25