genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

This is table  2  of  25  ( 2930 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203081--203117	18	2.1	18	90	5	58	81	0	16	2	0.81
203380--203419	17	2.3	17	86	4	53	77	0	20	2	0.88
204587--204917	91	3.6	91	88	1	502	28	25	16	29	1.96
204587--204994	91	4.5	91	85	5	407	27	25	15	30	1.96
205169--205316	35	4.3	35	81	3	158	24	22	10	42	1.85
205169--205316	70	2.1	69	82	4	174	24	22	10	42	1.85
206541--206638	28	3.6	28	75	15	98	24	19	30	25	1.98
206622--206788	51	3.3	51	82	2	183	32	11	25	30	1.91
209062--209156	20	4.7	21	80	12	110	43	12	15	28	1.84
209062--209156	40	2.4	40	89	3	138	43	12	15	28	1.84
209192--209248	21	2.8	21	86	2	80	40	14	19	26	1.89
209946--210036	42	2.1	42	82	6	112	46	15	23	15	1.83
209967--210116	42	3.5	43	78	10	173	38	14	26	21	1.91
210082--210265	61	3.1	58	81	10	203	28	20	26	25	1.99
210317--210430	53	2.1	53	82	7	133	21	20	32	25	1.98
210149--210503	145	2.4	147	85	10	462	25	19	30	24	1.98
210538--210962	61	7.1	60	76	14	371	27	19	28	24	1.99
210686--210918	130	1.8	122	83	8	306	25	21	27	26	1.99
210800--210931	55	2.4	55	92	0	219	22	20	28	28	1.99
211957--211998	10	4.2	10	90	9	68	0	0	11	88	0.53
211946--211979	15	2.4	14	85	9	50	0	2	8	88	0.62
211946--211999	9	5.8	9	82	8	63	0	1	12	85	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211946--211999	19	2.8	19	91	0	81	0	1	12	85	0.69
222301--222325	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
224483--224680	76	2.5	77	83	7	249	33	13	24	28	1.93
224616--224785	51	3.3	51	83	2	198	34	11	25	29	1.90
227081--227244	20	7.8	19	76	16	139	43	15	16	25	1.87
227081--227244	40	3.9	40	79	14	186	43	15	16	25	1.87
227520--227635	49	2.4	49	84	9	150	20	19	18	41	1.91
227907--228348	84	5.2	84	81	4	460	23	29	13	33	1.93
227898--228363	252	1.8	253	80	5	541	22	29	13	34	1.92
228549--228726	42	4.3	40	73	9	117	17	21	13	46	1.83
228824--229344	168	3.1	168	86	3	710	18	26	13	42	1.87
228736--229458	84	8.7	82	72	5	405	18	25	13	42	1.87
229328--229462	42	3.2	41	72	12	123	16	22	16	44	1.86
229393--229529	67	2.0	68	84	1	177	18	26	12	43	1.85
229478--229591	41	2.8	40	77	5	120	20	21	9	48	1.78
229476--229613	42	3.3	42	77	7	118	19	23	9	47	1.78
230518--230727	97	2.2	97	92	4	361	30	14	28	26	1.95
234395--234419	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
234372--234439	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
234493--234558	33	2.0	33	87	0	96	34	19	18	27	1.95
239051--239108	13	4.0	13	76	23	62	29	15	15	39	1.88
239064--239126	19	3.6	19	76	24	84	28	15	15	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239031--239126	32	3.0	32	95	1	165	28	14	15	41	1.86
239828--239871	21	2.1	21	83	8	54	25	31	2	40	1.68
241669--241707	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
243766--243797	15	2.1	15	94	0	55	15	21	15	46	1.83
252552--252608	13	3.9	13	72	24	51	36	15	14	33	1.88
252532--252570	20	2.0	20	89	0	60	28	15	15	41	1.87
252529--252628	32	3.1	32	91	1	155	34	16	15	35	1.89
252565--252627	19	3.7	18	74	24	64	33	15	15	34	1.90
252682--252744	33	1.9	33	90	0	99	34	19	19	26	1.95
253380--253749	132	2.8	133	86	6	525	29	9	5	54	1.57
254333--254371	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
255586--255628	9	4.8	9	80	11	52	86	0	9	4	0.71
255576--255628	25	2.0	27	86	13	76	84	1	9	3	0.81
255585--255628	13	3.3	13	84	6	61	86	0	9	4	0.70
255650--255688	16	2.3	16	86	8	51	79	0	17	2	0.84
257169--257499	91	3.6	91	90	1	511	28	25	16	29	1.97
257793--257882	35	2.5	35	90	1	135	22	21	10	46	1.80
257821--257899	35	2.3	35	86	2	106	26	24	7	41	1.81
257873--258005	60	2.2	60	78	5	144	23	25	10	40	1.86
257989--258219	47	4.9	46	76	8	205	22	21	15	41	1.90
258015--258228	96	2.3	93	81	7	254	21	22	14	40	1.90
258453--258921	84	5.6	84	79	4	487	23	30	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258769--258900	41	3.2	41	65	12	106	26	31	7	34	1.84
258299--258971	84	8.0	85	72	10	411	21	29	13	35	1.91
258482--258964	252	1.9	252	82	5	600	22	30	13	33	1.92
259371--260006	84	7.6	83	71	4	373	18	25	13	42	1.87
259365--259938	168	3.4	167	82	4	697	18	25	13	43	1.86
259946--260073	67	1.9	68	84	7	172	16	25	16	42	1.88
261137--261694	166	3.4	163	85	4	692	28	11	7	53	1.63
261137--261809	166	4.1	164	81	5	691	27	11	8	52	1.65
261137--261876	331	2.2	328	78	6	753	27	11	8	52	1.65
262353--262415	20	3.1	19	80	15	63	77	1	20	0	0.85
277352--277544	20	9.8	20	72	24	144	25	16	15	41	1.88
277441--277468	14	2.0	14	100	0	56	28	14	14	42	1.84
277402--277504	53	2.0	50	87	9	145	26	16	14	42	1.86
277402--277544	36	3.8	36	88	11	193	27	16	13	41	1.87
279929--279997	36	1.9	36	93	0	120	24	21	14	39	1.91
286110--286975	61	14.5	61	80	8	756	25	26	19	28	1.99
286104--286975	123	7.3	120	77	10	729	25	26	19	28	1.99
286103--286901	184	4.5	181	79	9	759	25	26	19	27	1.99
286447--286965	55	9.0	55	77	9	369	26	26	20	26	1.99
286643--286730	28	3.1	28	66	6	79	23	22	20	32	1.98
287024--287126	42	2.4	42	82	10	113	20	22	16	40	1.91
287838--287892	20	2.8	20	91	5	85	25	14	12	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287908--288006	20	4.7	20	69	14	65	27	17	12	43	1.84
290301--290412	51	2.2	50	85	6	147	27	23	16	33	1.95
290403--290473	28	2.5	28	88	4	99	21	29	23	25	1.99
290354--290630	108	2.6	106	77	6	276	26	23	16	33	1.96
292660--292780	43	2.8	44	87	2	140	35	19	10	33	1.87
292682--292760	23	3.6	22	75	16	83	34	21	10	34	1.87
292704--292780	20	3.7	20	75	10	82	32	20	10	36	1.87
295400--295441	21	2.0	21	90	0	66	14	4	9	71	1.28
298736--299044	166	1.9	163	85	4	424	31	11	7	49	1.67
299567--299609	12	3.7	12	82	17	63	76	0	20	2	0.89
299569--299608	11	3.5	11	86	6	62	77	0	20	2	0.88
300520--300822	142	2.1	141	83	4	371	35	10	9	44	1.72
302354--302957	156	3.9	154	78	9	557	40	20	15	23	1.90
302354--302957	313	1.9	310	80	7	688	40	20	15	23	1.90
303466--303752	148	1.9	150	81	7	343	40	12	11	35	1.79
303744--304202	162	2.8	161	89	3	674	40	10	11	37	1.76
305013--305052	12	3.5	11	83	10	53	0	25	0	75	0.81
305698--306173	169	2.8	166	88	3	679	53	7	9	28	1.62
308256--308878	167	3.8	164	80	8	671	26	11	8	52	1.67
308252--308852	332	1.8	323	83	4	792	26	12	8	52	1.67
308315--308908	165	3.6	156	76	11	484	26	12	8	52	1.68
308256--308958	167	4.3	156	77	9	529	26	12	9	51	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
310839--311244	154	2.6	154	79	7	428	22	18	20	37	1.94
314832--314989	81	2.0	80	83	6	203	29	25	10	34	1.89
314945--315045	28	3.7	27	83	7	123	28	27	14	28	1.96
314867--315125	137	1.9	137	84	6	346	29	25	12	32	1.92
315017--315234	79	2.7	78	76	10	201	30	20	11	37	1.87
316577--316614	18	2.1	19	85	14	53	47	0	0	52	1.00
316699--316771	9	7.7	9	82	15	85	1	16	0	82	0.75
316699--316771	19	3.8	19	84	15	98	1	16	0	82	0.75
317518--317560	19	2.3	19	88	8	61	81	0	13	4	0.84
317518--317559	9	4.6	9	85	11	50	80	0	14	4	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25