genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2565893--2565917	7	3.6	7	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2572395--2572419	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2572375--2572440	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
2572514--2572642	52	2.5	52	92	0	204	36	16	16	31	1.91
2575699--2575749	19	2.7	19	96	0	93	37	17	11	33	1.86
2576879--2577609	43	15.9	43	76	12	625	31	19	26	23	1.98
2576624--2577524	91	9.4	98	90	3	807	32	18	25	23	1.97
2577084--2577619	91	5.9	91	94	2	904	30	18	25	24	1.98
2577614--2577710	33	3.0	33	86	7	144	19	18	34	27	1.95
2585986--2586010	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2593182--2593288	54	2.0	54	94	0	187	48	12	5	33	1.64
2599807--2599843	13	2.8	13	91	0	65	32	10	16	40	1.83
2602248--2602354	54	2.0	54	88	3	162	50	9	5	34	1.58
2602579--2602617	20	2.1	19	85	9	53	43	10	10	35	1.73
2604345--2604398	20	2.7	19	83	11	65	33	14	16	35	1.90
2605966--2605999	3	11.3	3	87	0	50	38	0	32	29	1.58
2610670--2610719	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
2613179--2613203	13	1.9	13	100	0	50	32	8	16	44	1.76
2613160--2613228	33	2.1	32	86	10	95	30	13	18	37	1.89
2616147--2616333	95	2.0	95	92	0	311	32	18	14	35	1.91
2616586--2616747	58	2.8	59	84	2	202	20	12	19	46	1.82
2616658--2616747	30	3.0	30	68	20	89	17	16	22	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2616642--2616827	59	3.1	59	78	6	187	18	17	21	42	1.89
2616792--2616945	56	2.7	56	79	12	154	20	14	18	46	1.83
2616652--2616933	120	2.4	116	78	10	270	18	15	20	45	1.86
2617993--2618269	131	2.1	132	81	4	319	16	23	14	46	1.83
2617507--2618504	66	15.1	66	72	6	473	17	22	14	44	1.86
2618177--2618504	133	2.5	131	75	7	311	17	23	15	43	1.87
2618497--2618800	66	4.6	65	77	9	245	18	22	14	45	1.84
2618841--2618961	41	3.0	40	78	3	125	25	25	12	36	1.91
2620099--2620151	26	2.1	25	82	10	63	41	0	13	45	1.43
2620345--2620391	13	3.5	13	88	5	67	12	8	10	68	1.40
2620344--2620392	14	3.6	14	91	2	82	12	8	10	69	1.37
2622697--2623031	97	3.5	97	87	2	422	33	14	25	26	1.94
2625269--2625344	20	3.8	20	94	0	134	48	10	11	28	1.73
2627274--2628142	89	9.9	89	80	4	850	37	14	15	32	1.88
2627274--2628142	177	4.9	177	80	4	916	37	14	15	32	1.88
2628221--2628254	16	2.1	16	88	0	50	14	20	2	61	1.46
2632342--2632457	50	2.3	51	89	1	171	33	13	25	27	1.94
2632392--2632769	79	4.8	79	79	7	371	33	12	24	29	1.92
2632391--2632768	156	2.4	154	80	8	433	33	12	24	28	1.92
2632703--2632821	51	2.3	52	82	7	145	34	11	24	29	1.91
2641816--2641872	21	2.7	21	83	0	78	45	15	8	29	1.77
2641858--2641976	52	2.3	52	88	0	175	41	16	12	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2644869--2644893	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2645682--2645742	31	2.0	31	93	0	104	26	26	3	44	1.69
2645921--2645961	16	2.6	16	88	0	55	56	12	19	12	1.67
2647594--2647622	13	2.2	13	100	0	58	37	13	13	34	1.85
2654395--2655128	60	11.7	61	82	7	769	25	23	17	33	1.96
2654395--2655122	187	3.9	188	86	3	937	25	22	17	33	1.96
2654425--2655106	66	10.9	63	81	7	660	25	23	17	33	1.96
2658218--2658329	52	2.2	52	90	3	172	30	16	18	33	1.94
2658387--2658470	19	4.7	19	80	18	108	36	17	11	33	1.87
2658425--2658449	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2658406--2658469	32	2.0	33	96	3	121	34	18	12	34	1.89
2658730--2658960	66	3.7	59	82	5	237	26	23	17	31	1.97
2658734--2658960	61	3.7	61	83	4	251	25	24	18	32	1.97
2660502--2660527	12	2.2	12	100	0	52	23	23	0	53	1.46
2661136--2661202	30	2.2	30	91	0	116	25	19	16	38	1.92
2662226--2662250	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2664773--2664813	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
2664975--2665000	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2664957--2665020	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
2666620--2666661	21	2.0	21	85	0	57	42	4	28	23	1.74
2667056--2667216	84	1.9	84	83	5	209	54	3	17	25	1.58
2670242--2670282	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2671962--2672163	79	2.6	79	81	3	219	29	16	28	25	1.97
2672115--2672186	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
2672174--2672299	52	2.4	50	78	7	135	31	11	26	30	1.92
2674647--2674672	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2674626--2674692	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
2674712--2674779	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
2674734--2674758	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2674715--2674777	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
2674835--2674891	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
2675653--2676437	55	14.3	54	90	5	1116	20	20	30	28	1.98
2675653--2676437	110	7.1	110	91	4	1228	20	20	30	28	1.98
2676352--2676434	26	3.1	26	63	13	60	15	20	32	31	1.94
2677405--2677472	21	3.3	21	75	6	68	0	13	4	82	0.82
2678744--2678816	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2678723--2678816	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
2678723--2678798	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2681267--2681305	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
2681291--2681369	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
2682170--2682200	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2686263--2686288	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2686348--2686420	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
2686327--2686420	41	2.3	41	96	0	170	30	18	12	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2686327--2686402	21	3.7	21	78	3	91	30	17	11	40	1.85
2687440--2687464	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2688365--2688421	10	5.3	10	74	15	51	24	22	8	43	1.81
2688379--2688449	24	3.0	24	93	0	124	25	22	9	42	1.84
2688386--2688435	14	3.9	14	72	20	54	26	22	10	42	1.84
2688908--2689000	36	2.8	33	82	12	118	31	13	25	29	1.94
2690561--2690631	21	3.5	20	76	5	61	59	1	21	18	1.46
2691998--2692055	23	2.7	21	79	12	55	31	0	17	51	1.45
2693922--2693969	20	2.4	20	93	6	80	37	12	14	35	1.84
2693984--2694056	24	3.0	24	85	0	110	26	20	9	43	1.82
2694503--2694591	36	2.6	33	78	7	99	29	15	25	29	1.96
2694503--2694574	36	2.0	36	86	2	101	33	13	29	23	1.93
2694503--2694589	35	2.6	34	80	10	106	29	16	26	27	1.96
2701303--2701341	11	3.6	11	79	6	53	20	20	10	48	1.78
2701298--2701340	21	2.0	21	100	0	86	18	25	9	46	1.79
2703820--2703899	33	2.4	33	93	0	142	32	15	13	38	1.86
2707193--2707309	57	2.1	57	100	0	234	25	23	13	37	1.91
2711539--2711953	209	2.0	209	97	0	785	39	8	11	40	1.72
2713269--2713314	16	2.7	17	80	10	58	41	8	0	50	1.33
2715044--2715086	22	2.0	22	85	0	59	34	4	6	53	1.49
2717564--2717598	16	2.1	17	89	5	54	48	2	0	48	1.16
2718818--2718877	21	3.2	20	71	22	58	53	0	0	46	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2719126--2719196	25	2.9	25	76	14	76	56	0	0	43	0.99
2719141--2719190	22	2.4	20	80	9	55	56	0	0	44	0.99
2720791--2720831	21	2.0	20	85	4	55	39	0	0	60	0.96
2721149--2721179	2	16.0	2	93	6	55	0	0	48	51	1.00
2721151--2721179	15	1.9	15	100	0	58	0	0	48	51	1.00
2722658--2722684	6	4.5	6	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2722972--2723001	16	1.9	15	93	6	51	46	6	0	46	1.29
2723794--2723832	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
2724011--2724077	36	1.9	34	85	11	91	50	0	0	49	1.00
2724044--2724091	22	2.2	22	82	10	64	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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