genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1764504--1764581	32	2.4	32	95	0	138	34	16	14	34	1.89
1768683--1768736	21	2.4	23	78	9	58	72	9	11	7	1.29
1768671--1768742	22	3.2	22	74	7	74	72	8	11	8	1.29
1770005--1771246	28	42.5	28	82	8	1213	30	29	17	22	1.97
1770005--1771246	57	21.2	56	82	8	1188	30	29	17	22	1.97
1770824--1771303	32	15.2	32	81	4	501	32	27	18	21	1.96
1770570--1771303	64	12.1	64	81	8	553	31	28	17	21	1.97
1770211--1771303	85	12.3	95	84	7	656	30	29	17	22	1.97
1771368--1771469	48	2.1	48	90	0	159	20	26	16	36	1.94
1776451--1776523	20	3.7	19	85	8	85	28	13	17	39	1.88
1782757--1782835	33	2.4	33	95	0	140	32	16	11	39	1.84
1782953--1782992	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
1785298--1785370	20	3.7	19	87	7	85	28	15	17	38	1.90
1794017--1794078	11	5.6	12	80	12	53	80	1	14	3	0.91
1794017--1794068	24	2.2	23	86	10	70	80	1	13	3	0.93
1794016--1794087	22	3.2	22	80	2	81	76	1	16	5	1.05
1795748--1796730	151	6.4	150	77	7	721	24	16	20	38	1.93
1795681--1796764	155	7.0	153	75	6	771	24	16	20	38	1.92
1795681--1796526	461	1.8	459	84	3	1110	24	16	19	38	1.92
1795711--1796723	461	2.2	459	79	4	1072	24	16	19	38	1.92
1797089--1797159	32	2.2	32	92	0	115	32	9	22	35	1.87
1797204--1797228	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1803361--1803688	34	10.1	31	82	8	194	21	32	13	32	1.92
1803361--1803471	31	3.6	30	85	8	152	24	30	14	30	1.94
1803455--1803789	34	9.8	34	84	5	388	20	33	12	33	1.90
1803418--1803774	170	2.1	169	88	3	529	20	32	12	35	1.89
1803792--1803958	33	5.1	33	92	0	280	29	32	16	20	1.95
1804023--1804814	49	16.8	48	75	15	733	25	24	17	32	1.97
1804020--1804871	92	9.0	91	91	3	1121	25	24	17	32	1.97
1804185--1804252	21	3.2	21	65	19	50	25	25	17	32	1.97
1804575--1804870	52	5.8	52	83	5	372	22	25	18	33	1.97
1805645--1805708	19	3.7	19	72	23	77	32	12	20	34	1.90
1805646--1805716	32	2.2	32	97	0	133	32	12	21	33	1.91
1805761--1805785	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1805794--1805922	52	2.5	52	97	0	240	36	18	17	27	1.93
1808066--1808139	27	2.7	27	100	0	148	22	40	18	17	1.91
1815508--1815732	116	1.9	118	89	3	348	51	4	6	37	1.48
1815684--1816121	217	2.0	217	99	0	858	34	7	7	51	1.56
1816355--1816507	48	3.2	46	83	5	180	42	3	18	34	1.69
1823226--1823649	48	8.8	49	76	10	284	32	19	24	24	1.98
1823419--1823596	91	2.0	87	84	4	230	29	19	24	26	1.98
1823507--1823649	49	2.8	50	83	7	157	30	19	26	23	1.98
1823371--1823637	139	1.9	136	84	3	347	30	19	23	25	1.98
1823678--1823823	28	5.1	28	82	2	184	25	17	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1823692--1823823	57	2.3	56	89	3	203	25	17	29	27	1.97
1824836--1824894	21	2.8	21	79	7	57	35	20	3	40	1.69
1825128--1825175	21	2.3	21	78	7	53	43	8	4	43	1.53
1825215--1825252	20	1.9	20	94	0	67	42	5	0	52	1.24
1825733--1825760	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
1840771--1840861	1	91.0	1	77	0	74	86	5	7	0	0.69
1840769--1840859	32	3.0	31	92	7	152	84	5	9	0	0.76
1846297--1846365	33	2.1	33	89	5	104	42	17	8	31	1.80
1846327--1846365	20	2.0	20	89	0	60	46	17	7	28	1.76
1852126--1852155	9	3.3	9	100	0	60	60	0	0	40	0.97
1860528--1860596	33	2.1	33	91	0	111	39	17	11	31	1.85
1864664--1864763	21	4.8	21	88	6	132	36	12	17	35	1.86
1864800--1864864	19	3.8	18	75	24	68	35	13	18	32	1.90
1864820--1864877	13	4.0	13	74	23	53	36	17	17	29	1.92
1864801--1864876	32	2.4	32	93	0	125	34	15	18	31	1.92
1867307--1867615	102	3.0	103	81	6	367	29	24	11	34	1.90
1867307--1867585	51	5.4	51	80	6	296	29	25	12	33	1.92
1879967--1879999	12	2.8	12	90	0	57	90	9	0	0	0.44
1880968--1881794	55	14.4	54	82	10	886	26	27	20	25	1.99
1880967--1881793	171	4.8	172	87	5	1128	26	27	20	25	1.99
1881352--1881721	29	13.2	29	60	22	94	27	28	20	24	1.99
1880968--1881794	226	3.6	227	84	10	1028	26	27	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1881886--1881983	42	2.4	42	77	8	103	16	29	12	41	1.84
1882545--1882622	21	3.7	21	86	3	113	37	10	16	35	1.83
1882659--1882755	19	5.8	18	70	27	79	36	13	18	31	1.90
1882679--1882768	13	6.0	13	69	26	54	36	15	17	30	1.91
1882660--1882767	32	3.4	32	93	0	180	35	14	18	31	1.91
1882806--1882831	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1885197--1885505	102	3.0	103	82	6	376	30	24	10	34	1.89
1885197--1885475	51	5.4	51	81	6	305	29	25	11	33	1.91
1887526--1887649	13	9.1	13	75	16	101	33	13	15	37	1.87
1887538--1887648	42	2.6	42	95	0	204	35	13	15	36	1.87
1887569--1887751	20	9.2	20	66	16	96	32	17	16	33	1.93
1887598--1887669	33	2.2	33	87	5	101	34	15	15	34	1.89
1887740--1887764	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1887720--1887784	33	2.0	33	87	0	94	35	15	15	33	1.89
1887699--1887785	20	4.7	20	77	18	62	33	14	16	35	1.89
1893922--1893948	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1896325--1896376	20	2.7	20	90	3	79	30	15	15	38	1.88
1902725--1902800	38	2.0	38	97	0	143	36	3	10	48	1.56
1903891--1903921	15	2.0	16	93	6	55	61	0	32	6	1.21
1906078--1906105	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
1913009--1913157	75	2.0	75	100	0	298	45	12	18	23	1.83
1917531--1917568	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1917653--1917709	9	6.1	9	75	20	55	56	0	0	43	0.99
1918835--1918891	21	2.7	22	82	12	68	31	0	1	66	1.02
1919791--1919825	16	2.3	15	90	5	52	20	2	2	74	1.08
1919789--1919845	27	2.1	27	87	6	80	19	3	3	73	1.12
1920231--1920271	14	2.9	14	76	23	50	19	7	0	73	1.07
1922189--1922231	22	1.9	23	85	4	61	46	4	4	44	1.45
1922639--1922667	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1923470--1923506	16	2.3	16	90	9	58	27	2	13	56	1.50
1924135--1924180	11	4.2	11	78	10	58	43	2	2	52	1.25
1924978--1925015	19	2.0	19	85	10	51	50	0	0	50	1.00
1925460--1925526	28	2.3	29	87	10	93	58	0	1	40	1.07
1925460--1925526	27	2.3	30	85	10	86	58	0	1	40	1.07
1926591--1926621	3	10.7	3	93	6	55	67	0	32	0	0.91
1927338--1927401	33	2.0	32	84	3	83	42	0	0	57	0.98
1927376--1927416	20	2.0	21	90	4	66	46	0	2	51	1.14
1929630--1929657	6	4.7	6	100	0	56	35	46	17	0	1.49
1930484--1930519	9	4.0	9	96	0	63	22	19	11	47	1.80
1930589--1930662	34	2.3	32	90	6	114	32	22	8	36	1.84
1931096--1931162	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
1940020--1940093	20	3.7	20	82	7	105	39	9	17	33	1.82
1940994--1941368	28	12.9	28	83	3	390	22	16	30	30	1.96
1940989--1941368	58	6.5	57	83	5	433	23	16	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1940990--1941368	86	4.4	85	82	9	412	23	16	29	29	1.96
1942577--1942653	7	10.6	7	74	18	52	3	2	10	83	0.88
1942577--1942656	10	8.6	9	75	17	67	3	2	11	82	0.89
1942577--1942655	29	2.7	29	84	7	90	3	2	10	83	0.86
1956293--1956421	52	2.5	52	87	5	206	29	17	17	36	1.92
1956430--1956454	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1956486--1956548	19	3.7	18	74	24	64	36	15	12	34	1.86
1956478--1956563	32	2.7	32	90	1	138	38	13	12	34	1.84
1956505--1956559	13	3.8	13	75	25	56	32	16	14	36	1.89
1957438--1957480	16	2.7	17	82	13	56	53	0	0	46	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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