genome.fa.s329.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold329
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4121247

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1137454--1137506	19	2.7	20	88	2	72	39	15	15	30	1.87
1137473--1137522	20	2.6	19	87	9	66	40	16	14	30	1.87
1142036--1142218	98	1.9	99	79	7	212	30	25	9	34	1.88
1146009--1146045	18	2.1	18	100	0	74	35	27	16	21	1.94
1146034--1146147	20	5.7	20	91	0	174	28	15	10	44	1.80
1148492--1148732	130	1.9	129	81	5	297	27	24	12	34	1.92
1150843--1150869	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
1161152--1161180	11	2.7	11	94	5	51	86	13	0	0	0.58
1162274--1162427	61	2.5	62	86	3	213	25	28	18	27	1.98
1162174--1162577	162	2.5	162	91	1	657	25	28	18	27	1.98
1162431--1162583	62	2.5	61	89	3	218	24	26	18	30	1.98
1162330--1162515	101	1.8	101	84	2	257	25	27	17	29	1.97
1165599--1165715	51	2.3	51	84	8	141	29	27	11	30	1.92
1165521--1165791	130	2.1	129	81	10	304	28	25	13	33	1.94
1172138--1172186	19	2.6	19	77	3	55	69	2	0	28	1.00
1173481--1173514	17	1.9	18	88	5	52	55	2	8	32	1.45
1175411--1175593	34	5.4	34	87	0	251	25	7	27	39	1.83
1175898--1175960	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
1180026--1180210	34	5.5	34	87	0	255	25	7	27	39	1.83
1180797--1180839	11	3.8	11	81	6	50	34	0	2	62	1.08
1184379--1184405	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
1184748--1184800	24	2.2	24	82	3	61	20	5	3	69	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1185345--1185387	11	3.7	11	79	11	50	55	2	0	41	1.12
1185354--1185390	12	3.2	11	85	14	56	59	2	0	37	1.12
1189226--1189251	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1189208--1189271	33	2.0	32	87	9	94	40	18	14	26	1.89
1193970--1194094	52	2.4	52	98	0	241	27	18	19	35	1.95
1193970--1194114	52	2.8	51	92	4	229	28	17	19	33	1.95
1194103--1194127	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1194189--1194246	13	3.9	13	73	26	53	39	13	13	32	1.85
1194168--1194266	33	3.0	33	92	1	155	41	14	12	32	1.82
1195754--1195876	49	2.5	49	97	0	228	33	16	27	22	1.95
1195997--1196406	43	8.9	44	81	11	414	31	18	25	25	1.97
1196246--1196314	22	3.2	22	64	32	58	30	18	24	26	1.98
1196237--1196304	21	3.2	21	64	32	54	30	17	26	25	1.97
1195947--1196402	238	1.9	233	86	5	648	32	17	25	24	1.97
1196258--1196326	22	3.2	22	64	32	58	31	17	27	23	1.97
1195954--1196418	186	2.5	188	87	7	637	32	17	25	24	1.97
1196413--1196706	95	3.1	96	93	3	497	18	18	35	28	1.94
1196413--1196698	127	2.3	127	89	7	472	17	18	35	28	1.93
1196413--1196706	32	9.2	32	89	6	447	18	18	35	28	1.94
1196708--1197331	34	18.8	33	83	7	599	33	13	34	18	1.90
1196840--1197425	68	8.8	68	82	7	512	32	13	34	19	1.91
1196708--1197425	102	7.3	102	82	8	618	33	14	33	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1197205--1197462	32	8.1	31	81	11	206	32	15	31	21	1.94
1205708--1205832	52	2.4	52	98	0	241	27	18	19	35	1.95
1205708--1205852	52	2.8	51	92	4	229	28	17	19	33	1.95
1205841--1205865	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1205906--1205972	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
1205928--1205952	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1210812--1210849	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1213282--1213306	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1213406--1213431	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1213388--1213451	33	2.0	32	90	3	101	39	18	14	28	1.90
1221026--1221066	22	1.9	21	90	5	64	48	2	0	48	1.14
1221620--1221686	32	2.1	33	83	8	84	50	2	2	43	1.32
1226961--1226992	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
1228952--1228977	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1229620--1229679	30	2.0	30	96	0	111	30	25	6	38	1.81
1231550--1231588	13	3.0	13	96	0	69	35	15	15	33	1.89
1233667--1233697	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
1235502--1235546	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1242648--1243019	49	7.9	49	71	12	192	33	18	23	24	1.97
1242846--1242923	39	2.0	39	82	0	93	28	23	21	26	1.99
1243036--1243305	28	9.5	29	77	9	263	20	16	30	32	1.95
1243082--1243307	57	4.0	56	87	5	294	20	18	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1243019--1243305	85	3.3	87	80	9	295	21	17	29	31	1.96
1244728--1244812	35	2.5	33	83	9	93	2	2	12	82	0.87
1244773--1244834	23	2.8	22	76	9	63	3	4	8	83	0.88
1244737--1244833	1	97.0	1	68	0	50	2	5	9	83	0.87
1246927--1246978	12	4.4	11	80	11	50	3	17	1	76	1.02
1246974--1247039	25	2.6	26	83	7	82	6	18	7	68	1.35
1247910--1248034	62	2.0	62	89	3	189	46	16	16	20	1.84
1249555--1249600	23	2.0	23	91	8	76	47	13	26	13	1.78
1251386--1251460	36	2.1	36	100	0	150	24	20	10	45	1.82
1253397--1253440	21	2.1	21	86	0	61	40	0	9	50	1.34
1257420--1257492	32	2.3	32	81	13	96	42	1	0	56	1.08
1257469--1257545	33	2.3	32	82	10	91	35	0	0	64	0.93
1257492--1257546	16	3.4	17	78	16	71	30	0	0	69	0.89
1258282--1258342	20	3.0	21	77	18	65	52	0	3	44	1.17
1260108--1260142	18	1.9	18	88	0	52	31	2	14	51	1.57
1260973--1261027	21	2.7	20	77	8	58	43	0	0	56	0.99
1264661--1264699	17	2.3	17	90	0	60	74	0	0	25	0.82
1268168--1268218	11	4.6	11	81	13	61	29	0	1	68	1.00
1269228--1269280	16	2.9	19	78	18	67	41	11	15	32	1.82
1272541--1272811	149	1.8	149	84	1	373	29	20	14	35	1.93
1273564--1273616	27	1.9	27	85	11	72	43	0	1	54	1.11
1273586--1273625	19	2.2	17	86	8	53	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1273914--1274018	28	3.6	28	74	17	97	66	0	0	33	0.92
1273925--1273992	16	4.1	16	79	11	75	66	0	0	33	0.92
1273940--1274040	33	3.1	31	79	12	105	62	0	0	36	1.02
1273932--1274018	32	2.8	32	78	13	103	64	0	0	35	0.94
1273985--1274030	16	2.8	17	71	18	51	63	0	0	36	0.95
1273940--1274017	11	6.7	11	73	15	68	64	0	0	35	0.94
1273969--1274020	27	1.9	27	88	7	79	59	0	0	40	0.97
1275771--1275821	20	2.4	22	83	9	61	62	0	1	35	1.06
1283398--1283463	34	1.9	35	96	3	125	16	22	4	56	1.59
1286320--1286438	36	3.3	36	98	0	229	36	15	13	35	1.86
1286721--1286755	8	4.4	8	92	0	52	14	25	2	57	1.51
1289778--1289823	18	2.9	15	76	17	56	41	0	0	58	0.98
1289778--1289842	33	1.9	34	84	9	89	41	0	0	58	0.98
1291214--1291252	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
1298796--1298914	42	2.8	42	87	0	166	8	43	3	44	1.51
1298824--1298890	21	3.2	21	68	16	57	10	41	4	43	1.59
1300532--1300565	10	3.3	10	84	8	50	85	0	11	2	0.71
1300905--1300961	27	2.1	27	90	0	87	26	14	14	45	1.82
1301441--1301630	58	3.3	57	77	10	172	26	15	13	44	1.83
1301532--1301688	58	2.7	58	76	14	135	26	15	14	43	1.85
1301641--1301705	30	2.2	30	86	5	87	23	18	12	46	1.82
1304035--1304106	34	2.1	35	84	7	94	56	9	13	19	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1304427--1304490	33	2.0	32	90	3	101	40	15	14	29	1.86
1306872--1306909	17	2.2	17	90	9	60	60	5	28	5	1.40
1307430--1307454	11	2.3	11	100	0	50	24	0	16	60	1.36
1307721--1307903	77	2.4	78	78	6	185	30	12	18	38	1.87
1311415--1311448	17	2.0	17	88	0	50	61	0	5	32	1.20
1312336--1312374	6	6.5	6	93	0	69	64	0	2	33	1.08
1313336--1313403	32	2.1	32	81	10	77	41	10	7	41	1.67
1316527--1316574	22	2.1	22	81	14	53	50	2	0	47	1.12
1319601--1319682	21	4.1	20	85	6	112	37	17	12	32	1.86
1319601--1319682	41	2.0	40	88	6	121	37	17	12	32	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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