genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6365--6485	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
6365--6505	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
6494--6518	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
6584--6608	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
6562--6628	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
7303--7429	67	1.9	68	83	4	168	38	13	24	23	1.91
7442--8057	49	12.7	49	83	6	765	30	17	26	25	1.98
8050--8285	33	7.3	32	86	7	325	16	18	36	29	1.93
8295--8740	34	13.4	34	81	9	442	33	12	33	19	1.90
8523--8727	35	5.9	35	81	9	231	33	11	33	20	1.89
8523--8726	71	2.9	71	86	5	290	33	11	33	21	1.89
8731--8787	30	1.9	30	96	0	105	31	19	24	24	1.98
19219--19425	79	2.6	79	73	6	186	28	21	12	37	1.89
19363--19481	51	2.3	51	84	2	141	26	25	10	38	1.87
19413--19586	79	2.2	79	83	2	215	27	25	12	33	1.92
19281--19549	130	2.1	130	81	2	308	28	21	11	37	1.88
19544--19606	28	2.2	28	82	0	72	20	26	23	28	1.99
19570--19745	79	2.2	77	84	5	228	27	23	13	35	1.92
19464--19691	107	2.1	107	83	3	280	26	24	14	34	1.94
19678--19794	50	2.3	48	81	11	128	32	26	6	34	1.83
22147--22177	9	3.4	9	100	0	62	22	0	35	41	1.54
22510--22551	20	2.1	20	90	0	66	28	30	4	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33812--34035	52	4.4	51	82	5	294	21	26	18	32	1.97
33815--34035	101	2.2	101	92	0	370	21	26	19	32	1.97
34543--34766	52	4.4	50	80	5	272	22	26	18	32	1.97
34548--34766	101	2.2	101	90	0	357	22	26	18	31	1.97
33721--35272	731	2.1	732	96	0	2890	26	25	19	29	1.98
35479--35644	32	5.2	32	97	0	314	34	12	17	35	1.88
35498--35618	13	7.9	13	69	28	71	35	13	17	33	1.88
35479--35734	96	2.7	95	84	7	270	35	14	16	33	1.89
35690--35714	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
35703--35851	52	2.9	52	91	2	237	34	18	18	29	1.94
42727--42756	15	2.0	15	93	0	51	83	16	0	0	0.65
42727--42763	12	3.0	12	84	7	56	83	16	0	0	0.64
44074--44427	31	11.4	30	78	13	333	25	27	14	32	1.95
44074--44369	62	4.8	62	89	3	452	25	27	15	31	1.95
44074--44417	124	2.7	124	90	4	521	24	27	14	32	1.95
44318--44418	34	3.0	35	80	13	106	20	28	12	37	1.90
44384--44538	32	4.9	32	79	7	149	28	30	17	23	1.97
44418--44538	64	1.9	65	91	5	201	30	31	19	19	1.96
44544--45232	49	14.4	49	78	10	649	24	24	17	33	1.96
44543--45212	92	7.1	92	84	7	797	24	24	17	33	1.97
45009--45232	52	4.4	50	80	5	272	22	25	17	33	1.96
45944--46009	32	2.1	32	88	0	96	36	10	16	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45963--45987	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
46098--46220	52	2.4	52	95	0	219	36	17	17	28	1.93
48311--48364	27	2.1	26	83	10	67	25	37	14	22	1.93
49301--49613	52	6.0	53	80	8	272	35	22	19	22	1.96
49338--49629	156	1.9	156	82	2	372	36	22	17	22	1.95
49430--49661	52	4.5	52	83	3	189	36	23	18	21	1.95
49338--49661	104	3.1	102	75	6	296	36	22	18	22	1.95
51888--51926	18	2.2	18	90	0	60	38	15	0	46	1.46
52999--53089	29	3.1	29	69	12	87	51	14	10	23	1.73
52939--53089	58	2.6	58	84	2	176	49	14	11	24	1.76
57084--57134	20	2.5	20	87	6	68	29	19	15	35	1.93
57165--57219	19	2.8	20	83	5	85	36	12	18	32	1.88
65910--65935	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
69805--70524	152	4.8	148	77	10	577	40	18	16	24	1.90
70090--70523	155	3.0	142	80	12	479	39	19	16	24	1.91
69957--70523	298	1.9	291	83	6	721	39	19	16	24	1.91
70979--71006	14	2.0	14	100	0	56	42	21	0	35	1.53
71646--71788	42	3.3	42	74	12	112	22	27	9	41	1.84
71803--71903	41	2.5	41	84	9	127	17	24	9	47	1.78
72484--72669	49	3.7	48	75	12	160	29	16	13	39	1.88
72533--72588	20	2.8	20	84	12	71	25	14	16	44	1.84
72550--72618	33	2.1	33	88	0	102	28	17	14	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72583--72621	20	2.0	19	95	5	69	28	20	15	35	1.93
72483--72668	102	1.8	102	85	2	266	29	16	13	40	1.87
74993--75136	51	2.8	50	76	12	166	29	22	10	36	1.88
75124--75193	28	2.5	28	88	0	95	24	30	20	25	1.99
75072--75331	109	2.4	109	79	3	303	26	23	14	35	1.94
75763--75787	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
75743--75809	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
75850--75874	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
75883--75958	32	2.4	32	97	0	143	31	19	22	26	1.98
79100--79168	19	4.0	18	75	22	76	37	11	14	36	1.83
79103--79165	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
79122--79146	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
79188--79254	34	2.0	33	88	2	98	26	16	11	44	1.82
81707--81780	27	2.7	28	85	2	96	22	33	21	21	1.97
81802--82252	52	8.6	52	73	12	325	29	26	12	31	1.92
81970--82045	27	2.8	28	89	2	109	23	34	21	21	1.97
81815--82196	212	1.8	211	84	6	522	29	26	12	31	1.93
81596--82255	264	2.5	263	94	1	1155	29	26	12	31	1.93
87081--87106	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
87063--87126	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
96970--97587	55	10.9	55	84	8	728	27	28	20	23	1.99
96975--97587	226	2.7	226	91	3	945	28	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98378--98446	19	4.0	18	75	22	76	37	11	14	36	1.83
98381--98443	32	2.0	32	93	0	108	36	12	15	34	1.86
98400--98424	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
98486--98511	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
98466--98532	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
100872--101526	52	12.5	53	69	15	202	30	26	11	32	1.91
100986--101061	27	2.8	28	81	2	91	26	34	18	21	1.96
101082--101530	52	8.6	51	70	12	266	30	25	11	32	1.92
101082--101258	50	3.4	48	77	11	156	30	24	12	32	1.92
101248--101298	27	1.9	26	91	0	75	27	31	17	23	1.97
100875--101533	262	2.5	262	92	2	1083	30	26	11	31	1.92
102653--102706	28	1.9	28	84	0	72	24	33	18	24	1.97
102619--102907	79	3.7	78	80	4	294	28	27	12	30	1.93
102606--102907	158	1.9	158	82	5	378	28	27	12	31	1.93
104530--104585	25	2.2	25	93	0	94	21	25	7	46	1.76
112484--112550	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
113019--113045	13	2.1	13	100	0	54	33	14	22	29	1.94
113062--113092	16	2.0	15	93	6	53	48	12	19	19	1.81
113126--113152	9	3.0	9	100	0	54	44	11	22	22	1.84
113252--113501	124	2.0	124	100	0	500	38	8	9	42	1.69
116376--116540	84	2.0	84	82	7	201	24	19	3	52	1.62
118066--118132	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118601--118627	13	2.1	13	100	0	54	33	14	22	29	1.94
118644--118674	16	2.0	15	93	6	53	48	12	19	19	1.81
118708--118734	9	3.0	9	100	0	54	44	11	22	22	1.84
118834--119083	124	2.0	124	100	0	500	38	8	9	42	1.69
121022--121088	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
121557--121596	13	3.1	13	96	0	71	35	15	20	30	1.93
121647--121677	16	2.0	15	93	6	53	48	12	19	19	1.81
121711--121737	9	3.0	9	100	0	54	44	11	22	22	1.84
121837--122086	124	2.0	124	100	0	500	38	8	9	42	1.69
124140--124183	8	5.9	8	84	15	51	81	18	0	0	0.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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