genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2122244--2122797	135	4.0	135	88	6	715	31	17	24	25	1.97
2122479--2122546	21	3.2	21	62	25	52	27	17	27	26	1.98
2122460--2122530	24	3.2	24	61	19	62	28	19	25	26	1.99
2122797--2122900	33	3.2	33	90	4	167	20	17	36	25	1.94
2122906--2122992	35	2.5	34	81	9	113	35	14	29	19	1.92
2122966--2123137	29	5.9	29	85	4	213	25	17	29	27	1.97
2122973--2123137	86	1.9	86	88	1	251	23	18	29	28	1.98
2127012--2127054	21	2.0	22	82	8	54	34	4	20	39	1.74
2129241--2129585	29	11.5	30	76	10	174	24	27	14	33	1.94
2129419--2129678	58	4.3	61	71	10	210	24	24	12	38	1.90
2129329--2129686	182	2.0	182	94	1	628	23	25	14	36	1.92
2129412--2129687	29	9.0	32	74	10	147	23	25	13	38	1.90
2129716--2130261	52	10.2	52	70	13	250	23	20	16	39	1.92
2129762--2130328	216	2.6	216	84	5	711	23	20	16	38	1.92
2144381--2144427	18	2.6	18	83	6	51	8	46	0	44	1.33
2144411--2144493	33	2.5	33	84	3	105	12	36	0	51	1.39
2144384--2144463	42	1.9	42	84	0	106	11	41	0	47	1.39
2158492--2158530	20	2.0	20	94	0	69	53	10	12	23	1.69
2160042--2160153	32	3.5	31	80	6	127	22	20	29	27	1.98
2160042--2160181	32	4.5	31	77	11	119	22	20	30	27	1.98
2160042--2160162	63	1.9	63	85	6	165	21	19	29	28	1.98
2160129--2160637	28	18.0	28	83	5	514	23	18	29	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2161964--2162010	8	5.6	8	79	18	51	0	8	8	82	0.83
2161962--2162010	16	3.0	16	83	13	64	0	8	8	83	0.81
2167717--2167761	15	3.0	15	76	0	54	15	0	42	42	1.47
2173377--2173450	27	2.7	27	91	0	112	22	18	35	22	1.96
2175960--2176207	80	3.1	80	81	5	243	30	8	29	31	1.87
2178340--2178464	52	2.4	52	97	0	232	28	18	18	35	1.94
2178340--2178484	52	2.8	51	90	4	220	29	17	18	33	1.95
2178473--2178497	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2178540--2178637	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
2178559--2178615	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
2178538--2178635	32	3.0	32	96	1	178	35	17	12	34	1.87
2181168--2181325	79	2.0	79	91	0	253	31	23	15	30	1.95
2181910--2182067	79	2.0	79	97	0	298	29	23	14	32	1.94
2183826--2183856	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
2183804--2183872	33	2.1	33	86	5	95	39	17	11	31	1.85
2183900--2183978	32	2.4	32	85	2	104	36	16	13	32	1.88
2183902--2183960	13	5.1	13	71	26	60	37	16	13	32	1.88
2191852--2191905	20	2.7	20	82	5	65	40	20	9	29	1.83
2191933--2191990	19	3.1	18	83	11	80	32	15	15	36	1.89
2191974--2192000	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2191955--2192018	33	2.0	32	87	3	92	39	12	17	31	1.87
2199313--2199363	20	2.5	21	80	3	68	31	15	11	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2202291--2202363	33	2.2	32	83	9	94	38	17	15	28	1.90
2202392--2202437	20	2.3	20	85	3	58	34	19	15	30	1.93
2207474--2207537	33	2.0	32	87	3	92	28	14	15	42	1.86
2209989--2210014	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2209996--2210078	20	3.8	21	75	17	71	42	15	14	27	1.86
2216196--2216221	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2216176--2216239	33	2.0	33	90	3	103	26	14	17	42	1.87
2221092--2221144	20	2.7	19	85	2	70	37	20	13	28	1.90
2221133--2221157	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2225109--2225187	26	3.0	26	67	10	63	59	2	3	34	1.29
2225694--2225889	97	2.0	97	89	2	295	36	17	19	26	1.94
2234639--2234668	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
2237945--2237972	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2238364--2238403	19	2.1	19	86	9	55	45	5	0	50	1.23
2238615--2238652	12	3.2	12	82	14	51	55	0	0	44	0.99
2238590--2238636	19	2.5	19	78	21	55	59	0	2	38	1.09
2250907--2250977	18	3.6	18	71	20	52	9	42	2	45	1.52
2250892--2251010	42	2.8	42	89	0	184	8	45	2	43	1.47
2250910--2251001	24	4.2	23	72	18	79	9	44	2	43	1.49
2262441--2262511	33	2.2	33	86	0	97	12	42	0	45	1.42
2262469--2262541	21	3.3	24	69	25	70	15	41	0	43	1.46
2262469--2262520	9	6.1	9	73	13	56	13	42	0	44	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2262469--2262550	42	2.0	42	87	4	121	13	40	0	46	1.43
2264918--2264975	28	2.1	28	100	0	116	34	6	17	41	1.76
2266001--2266051	20	2.5	21	87	3	68	45	9	13	31	1.76
2273824--2273923	45	2.2	45	98	0	191	20	4	17	59	1.53
2277767--2278024	128	2.0	128	97	0	489	34	13	15	36	1.86
2278042--2278113	36	2.0	36	94	0	126	34	5	16	43	1.72
2281039--2281085	23	2.0	23	92	8	78	42	0	0	57	0.98
2282960--2282995	20	1.9	20	88	11	58	72	16	0	11	1.12
2289219--2289311	44	2.1	44	95	0	168	31	11	24	32	1.91
2289837--2289874	12	3.2	12	88	0	58	84	0	15	0	0.63
2289836--2289893	15	3.8	15	73	13	55	81	1	15	1	0.86
2289837--2289890	24	2.2	24	80	0	63	81	1	14	1	0.86
2289905--2289945	20	2.0	20	95	0	73	29	14	12	43	1.82
2292524--2292588	12	6.0	11	79	15	57	38	0	49	12	1.41
2292514--2292604	33	2.8	30	77	12	76	42	1	46	9	1.44
2292544--2292575	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
2292514--2292632	42	2.8	42	89	0	175	42	1	47	9	1.45
2301866--2301958	44	2.1	44	93	0	159	31	12	22	33	1.92
2303536--2303669	43	3.1	43	98	1	259	31	11	23	33	1.90
2304205--2304287	25	3.3	25	86	8	98	83	3	10	2	0.87
2304202--2304288	33	2.7	33	81	12	92	82	4	10	2	0.89
2304202--2304287	13	6.7	13	70	12	70	83	3	10	2	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304949--2304998	18	2.8	18	77	17	50	48	0	42	10	1.37
2307498--2307573	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2307497--2307582	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2307488--2307606	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2314104--2314195	43	2.1	44	95	2	168	29	11	23	34	1.91
2324960--2325039	12	6.9	12	73	18	80	12	45	0	42	1.42
2324955--2325039	33	2.5	33	81	9	100	12	43	0	43	1.43
2324975--2325057	21	3.8	20	75	17	76	14	42	0	43	1.45
2324927--2325057	45	3.0	45	91	5	198	12	43	0	43	1.43
2325008--2325070	33	1.9	33	90	0	99	15	41	0	42	1.47
2324955--2325057	12	9.4	10	70	25	59	13	42	0	43	1.44
2325831--2325870	21	1.9	21	100	0	80	5	12	5	77	1.09
2327709--2327746	19	2.0	20	89	5	60	10	28	2	57	1.45
2328209--2328253	20	2.2	20	84	11	56	42	8	17	31	1.80
2335745--2336503	159	4.8	159	75	5	597	31	17	12	38	1.88
2336757--2337039	155	1.8	154	80	10	344	29	16	13	39	1.87
2337065--2337356	158	1.8	158	81	2	363	35	13	13	38	1.83
2341728--2341965	120	2.0	120	96	0	440	44	17	20	17	1.87
2343428--2343665	120	2.0	120	99	0	467	44	17	21	16	1.87
2344208--2344306	29	3.4	29	71	10	103	32	21	22	24	1.98
2344207--2344316	58	1.9	58	94	0	193	30	20	21	27	1.98
2344751--2345102	174	2.0	174	92	0	578	23	18	15	41	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2350827--2350934	21	5.3	18	66	30	58	10	48	1	39	1.48
2350830--2350948	42	2.8	42	93	0	202	9	46	1	42	1.46
2350863--2350938	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2355876--2355906	10	3.1	10	95	0	53	64	0	25	9	1.24
2358640--2358766	53	2.4	51	81	6	148	33	18	23	25	1.97
2358675--2358834	52	3.0	52	80	10	164	32	15	25	26	1.96
2358744--2358946	111	1.8	111	82	7	259	30	15	26	28	1.96
2359136--2359362	33	6.9	33	83	4	253	24	18	28	28	1.98
2359138--2359359	67	3.4	67	86	4	265	23	18	28	28	1.98
2359653--2359766	52	2.2	52	80	3	131	38	15	22	22	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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