genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1967892--1967917	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1967874--1967937	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
1969263--1969301	15	2.5	15	87	4	51	41	2	7	48	1.45
1972680--1972714	15	2.3	15	95	0	61	42	0	28	28	1.56
1979794--1979850	19	2.9	19	78	2	60	35	15	12	36	1.85
1981070--1981123	20	2.7	20	97	0	99	31	16	18	33	1.93
1981130--1981156	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1981140--1981196	19	2.9	19	78	2	69	29	15	15	38	1.89
1981232--1981282	20	2.5	20	83	0	75	29	15	19	35	1.93
1981262--1981287	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1981245--1981314	33	2.1	32	87	10	97	30	14	20	35	1.92
1986893--1986964	36	2.0	36	91	0	117	20	22	26	30	1.98
1987925--1987990	28	2.4	28	79	5	71	33	16	24	25	1.96
1987974--1988094	51	2.4	51	86	6	183	36	8	23	32	1.84
1988095--1988223	51	2.6	50	80	6	136	35	11	24	28	1.90
1988031--1988336	130	2.4	130	87	1	443	33	11	25	29	1.90
1988144--1988304	79	2.0	81	86	6	229	32	13	24	29	1.93
1988237--1988336	51	2.0	51	91	0	164	32	9	28	31	1.88
1991199--1992125	43	21.3	41	69	19	270	40	12	27	19	1.88
1991318--1992211	134	6.7	133	84	7	1035	39	12	28	19	1.87
1991309--1992211	89	10.2	88	79	11	732	39	12	28	19	1.88
1991322--1992127	312	2.6	310	84	7	1002	40	12	27	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1991349--1992211	223	3.9	221	77	11	862	39	12	28	19	1.88
1992201--1992506	124	2.5	122	88	3	447	27	19	28	23	1.99
1992201--1992498	61	4.9	61	88	4	413	28	18	28	24	1.98
1992364--1992648	142	2.0	143	92	3	477	32	19	25	22	1.97
1992523--1993579	123	8.6	122	85	3	1322	28	18	26	26	1.98
1992507--1993584	61	17.6	61	84	4	1339	29	18	26	25	1.98
1994970--1995055	30	2.9	30	92	0	136	12	25	20	40	1.88
2003705--2003769	18	3.3	18	67	29	51	9	49	1	40	1.44
2003752--2003781	12	2.5	12	100	0	60	13	53	0	33	1.40
2003708--2003781	12	5.6	13	74	19	57	10	48	1	39	1.47
2006641--2006696	28	2.0	28	92	0	94	32	12	30	25	1.92
2006684--2006795	51	2.2	51	88	3	163	33	10	24	31	1.89
2006700--2007002	131	2.3	130	85	4	414	34	10	25	29	1.90
2006806--2006925	51	2.3	52	90	5	190	34	12	25	28	1.92
2006858--2007004	79	1.9	78	87	4	215	31	13	25	29	1.94
2013589--2013617	13	2.1	14	93	6	51	6	0	20	72	1.07
2014087--2014183	20	4.8	20	83	5	124	41	9	16	32	1.80
2015337--2015361	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
2016134--2016226	20	4.7	19	77	10	71	27	16	18	37	1.92
2020234--2020275	22	1.9	22	95	0	75	35	7	23	33	1.82
2020327--2020427	10	9.7	10	69	16	71	39	9	25	24	1.86
2020333--2020409	22	3.6	22	78	7	104	38	10	24	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2020329--2020427	42	2.4	42	98	0	189	39	9	26	25	1.85
2020548--2020588	21	2.0	21	85	9	57	36	12	14	36	1.84
2023318--2023471	84	1.8	84	81	5	195	24	16	3	55	1.56
2024993--2025059	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2025499--2025574	22	3.5	22	82	7	111	36	10	26	26	1.89
2025520--2025582	10	6.1	10	75	14	65	39	9	26	23	1.86
2025492--2025582	42	2.2	42	96	2	166	38	9	26	25	1.87
2025611--2025635	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2026386--2026500	38	3.0	39	90	2	178	40	18	6	35	1.75
2028198--2028223	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
2028738--2028816	29	2.7	29	100	0	158	34	8	24	32	1.86
2029540--2030429	79	11.3	77	75	6	549	27	23	12	36	1.91
2029540--2030429	158	5.7	158	76	7	641	27	23	12	36	1.91
2029603--2030432	238	3.5	237	77	7	611	27	24	12	35	1.91
2029971--2030414	153	2.9	151	77	11	427	26	24	13	36	1.92
2030380--2030495	59	2.0	60	84	5	155	28	20	12	37	1.90
2033178--2034121	79	12.0	79	80	5	849	27	24	13	33	1.94
2033178--2034084	317	2.9	313	83	5	1069	27	24	13	33	1.94
2033162--2034135	396	2.5	395	83	5	1159	28	24	13	34	1.93
2040706--2040795	20	4.6	19	78	8	74	36	15	17	30	1.91
2043297--2043356	20	3.0	20	97	2	111	30	18	11	40	1.86
2048618--2048669	13	3.5	13	73	26	50	34	17	13	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2049407--2049739	49	6.8	49	76	8	279	33	17	24	24	1.96
2049437--2049686	101	2.5	102	84	4	321	34	16	25	23	1.95
2049599--2049734	43	3.0	43	83	8	173	32	19	24	24	1.97
2049756--2049915	28	5.6	29	81	8	175	20	15	31	32	1.94
2051358--2051460	1	103.0	1	68	0	62	0	3	11	84	0.75
2051355--2051450	4	25.0	4	82	12	78	0	3	13	83	0.77
2051358--2051460	51	2.1	49	89	7	154	0	3	11	84	0.75
2055748--2055778	15	2.1	15	93	0	53	29	25	0	45	1.54
2057358--2057422	33	2.0	33	84	6	87	30	15	16	36	1.90
2062433--2062647	80	2.7	79	79	9	215	32	9	30	28	1.88
2062517--2062685	80	2.1	80	79	4	180	36	8	26	28	1.86
2065142--2065284	70	2.0	70	84	2	187	33	16	15	34	1.91
2065807--2066345	31	17.8	31	74	6	300	38	12	21	26	1.90
2065799--2066346	62	9.0	62	75	9	412	38	12	21	26	1.90
2065917--2066093	27	6.3	27	68	10	86	38	13	19	27	1.90
2066360--2066475	27	4.3	27	76	2	99	37	11	18	31	1.87
2066449--2066541	31	3.0	30	72	17	91	48	13	12	24	1.78
2069009--2069064	27	2.1	27	82	0	67	28	14	33	23	1.94
2073219--2073257	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
2073299--2073349	20	2.5	20	90	0	84	39	19	15	25	1.91
2074850--2074891	15	2.8	16	82	10	61	50	2	16	30	1.58
2076387--2076490	42	2.5	42	100	0	208	43	16	16	24	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083408--2083476	27	2.6	27	95	0	120	39	20	17	23	1.92
2085366--2085440	36	2.1	36	92	0	123	33	2	33	30	1.72
2085375--2085441	17	3.8	18	70	16	59	32	1	34	31	1.67
2085985--2086009	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2085964--2086028	33	2.0	32	88	8	96	30	16	13	38	1.88
2085998--2086051	21	2.7	20	88	5	74	29	16	18	35	1.93
2089291--2089357	33	2.0	33	91	0	107	38	16	11	32	1.85
2089313--2089337	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2089622--2089652	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
2090475--2090547	20	3.7	19	83	8	76	31	15	20	32	1.93
2091060--2091103	23	2.0	23	91	8	74	40	18	4	36	1.71
2091487--2091553	28	2.4	28	100	0	134	31	11	29	26	1.92
2092874--2092923	21	2.4	21	83	9	59	48	0	20	32	1.50
2092881--2092923	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
2093085--2093123	20	1.9	21	94	5	71	30	20	12	35	1.90
2103583--2103617	18	1.9	18	88	11	54	42	0	17	40	1.49
2103597--2103649	22	2.4	22	87	6	72	47	0	15	37	1.45
2104216--2104254	20	1.9	21	94	5	71	41	20	17	20	1.91
2104399--2104425	14	1.9	14	100	0	54	37	14	14	33	1.88
2105364--2105431	25	2.9	25	85	14	101	38	11	17	32	1.86
2105354--2105432	20	3.7	20	81	15	95	36	11	17	34	1.86
2109513--2109553	20	2.0	20	85	0	55	29	21	9	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2121122--2121250	52	2.5	52	88	0	195	27	17	17	36	1.93
2121122--2121270	52	2.9	52	83	4	158	28	17	18	35	1.93
2121259--2121283	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2121345--2121369	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2121324--2121389	33	2.0	33	94	2	116	36	18	12	33	1.88
2121427--2121468	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
2122169--2122295	67	1.9	68	88	1	193	39	12	24	23	1.89
2122299--2122802	43	11.1	43	84	9	639	31	18	25	25	1.97
2122303--2122802	92	5.5	86	91	4	649	30	18	25	25	1.98
2122457--2122525	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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