genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124145--124189	5	9.2	5	81	13	58	82	17	0	0	0.68
124140--124195	21	2.7	21	91	0	85	82	16	1	0	0.76
124136--124189	16	3.2	17	85	12	76	81	18	0	0	0.69
125210--125436	55	4.0	57	81	10	268	28	28	19	24	1.98
125295--125593	156	1.9	156	88	2	449	27	28	17	26	1.98
125240--125654	211	2.0	209	82	7	509	27	28	18	26	1.98
125455--125805	122	3.0	117	84	5	429	26	27	19	26	1.99
125455--125843	61	6.5	60	80	9	383	25	26	19	28	1.99
125807--125950	38	3.6	39	73	16	141	20	23	14	40	1.90
125839--126068	45	5.4	45	75	13	218	18	26	11	43	1.84
125807--126067	83	3.1	83	86	6	332	19	25	12	42	1.86
126084--126186	41	2.5	41	81	10	122	18	26	10	44	1.82
126766--126793	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
126809--126902	20	4.7	20	80	10	104	23	12	15	47	1.80
126809--126923	40	2.9	40	87	5	153	22	12	18	46	1.81
126828--126923	20	4.8	20	82	10	115	21	12	18	46	1.82
126888--126968	33	2.5	33	91	0	126	27	14	17	40	1.88
126908--126968	13	5.2	13	72	22	62	29	14	16	39	1.88
126826--126956	20	6.9	20	72	15	98	24	14	17	43	1.86
129323--129491	51	3.3	51	76	4	171	28	22	12	36	1.91
129427--129693	109	2.5	107	79	2	273	26	22	14	35	1.94
129650--129738	45	2.0	45	86	0	124	31	29	2	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129820--129985	79	2.1	79	85	3	226	28	22	13	35	1.92
139952--139977	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
140067--140122	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
140110--140140	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
140164--140300	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
140380--140420	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
144550--144580	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
144530--144596	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
144626--144680	19	2.7	21	83	11	78	34	16	14	34	1.89
144666--144692	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
153305--153335	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
153285--153351	33	2.0	33	88	11	102	32	17	13	35	1.89
153380--153434	19	2.8	18	84	13	65	32	16	14	36	1.89
153380--153455	39	1.9	40	86	2	109	28	15	18	36	1.92
153491--153543	20	2.7	20	96	0	97	37	18	11	32	1.87
160096--160141	3	15.3	3	95	0	83	30	32	0	36	1.58
161834--161896	33	1.9	33	87	3	92	38	17	14	30	1.89
161866--161916	20	2.5	20	83	0	66	35	13	17	33	1.89
163060--163247	97	1.9	98	90	1	297	38	13	21	27	1.90
165664--165719	20	2.8	20	97	0	103	44	8	14	32	1.76
165809--165860	20	2.5	21	87	3	70	28	15	17	38	1.90
167587--167615	1	29.0	1	100	0	58	0	0	100	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168012--168191	95	1.9	96	89	4	283	46	20	7	26	1.76
177973--178011	18	2.1	18	85	4	51	2	15	0	82	0.79
182145--182252	34	3.0	35	78	13	121	42	0	0	55	1.12
182230--182280	15	3.3	15	75	20	52	39	0	0	60	0.97
182462--182563	34	3.3	32	79	12	115	45	1	0	51	1.19
182779--182809	16	1.9	16	93	0	53	25	9	9	54	1.63
183237--183270	18	1.9	18	88	5	52	32	2	8	55	1.45
183957--184078	41	3.0	41	75	13	121	59	0	1	38	1.13
183976--184064	38	2.5	34	77	18	92	58	1	1	39	1.13
183969--184080	8	13.9	8	68	26	51	58	0	0	39	1.10
186150--186184	3	11.7	3	100	0	70	31	34	34	0	1.58
188699--188743	2	22.5	2	95	0	81	53	0	0	46	1.00
191508--191539	3	10.7	3	93	0	55	3	31	31	34	1.73
191665--191709	5	9.4	5	81	18	60	77	0	0	22	0.76
191667--191709	19	2.3	18	92	4	68	79	0	0	20	0.74
191703--191740	20	1.9	20	84	10	51	42	0	0	57	0.98
191705--191754	19	2.6	19	81	6	57	42	0	0	58	0.98
192094--192118	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
192965--192992	8	3.5	8	100	0	56	60	0	0	39	0.97
195695--195719	2	12.5	2	100	0	50	0	0	52	48	1.00
195719--195749	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
196918--196949	6	5.3	6	92	0	55	62	3	0	34	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199590--199814	78	2.9	78	81	2	263	31	15	26	27	1.95
199746--199898	51	3.0	50	81	5	166	32	11	25	30	1.91
202167--202280	20	5.7	19	77	10	95	43	12	14	28	1.82
202296--202325	13	2.3	13	100	0	60	40	13	16	30	1.87
202860--202958	41	2.5	40	80	6	110	45	10	25	19	1.81
203044--203151	45	2.6	39	81	12	119	32	12	30	24	1.93
202966--203151	41	4.4	42	79	11	136	36	13	27	22	1.92
203138--203449	61	5.3	59	87	6	383	29	20	24	25	1.99
203338--203425	28	3.1	29	63	21	69	26	21	26	26	2.00
203419--203474	23	2.3	24	84	12	78	28	21	26	23	1.99
203429--203474	23	2.0	23	95	0	83	26	23	26	23	2.00
203452--203810	121	2.9	122	92	2	587	29	18	25	25	1.98
203452--203810	62	5.9	61	94	2	578	29	18	25	25	1.98
203633--204014	211	1.8	208	83	10	499	27	20	26	25	1.99
203849--204351	62	8.4	61	83	4	521	27	18	26	26	1.98
203849--204351	123	4.2	123	81	4	523	27	18	26	26	1.98
208262--209321	534	2.0	534	99	0	2093	30	17	24	26	1.97
212128--212193	20	3.7	19	71	26	63	37	12	16	33	1.86
212145--212171	13	2.1	13	100	0	54	40	7	14	37	1.74
212128--212191	33	1.9	33	93	0	110	37	10	17	34	1.85
212794--212868	20	3.8	20	80	3	89	28	14	13	44	1.83
215163--215259	51	1.9	51	82	4	124	26	24	12	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215352--215419	28	2.4	28	80	4	84	22	32	19	26	1.97
215267--215469	108	1.9	107	84	5	275	25	27	16	30	1.97
215402--215519	51	2.3	51	85	5	150	32	26	10	31	1.89
215453--215675	81	2.8	79	88	2	329	29	24	13	33	1.93
227506--227652	78	1.9	79	85	4	208	31	14	27	26	1.95
230003--230096	20	4.7	20	81	15	113	42	14	15	26	1.86
244359--244405	22	2.1	22	84	7	60	40	2	2	55	1.24
249172--249277	54	2.0	54	82	0	131	23	23	22	30	1.99
249202--249278	27	2.9	27	92	0	127	22	23	22	32	1.98
250982--251537	60	9.3	60	90	0	788	22	22	21	34	1.97
251507--251567	30	2.0	30	90	0	95	21	22	22	32	1.98
251447--251618	90	1.9	90	91	2	283	21	23	20	34	1.96
251537--251867	60	5.5	60	86	1	457	21	21	20	36	1.95
251387--251665	150	1.9	150	91	0	459	21	22	20	35	1.96
251327--251747	210	2.0	210	89	1	648	21	21	20	36	1.95
251207--251991	330	2.4	330	90	0	1228	21	22	20	35	1.96
251839--251897	30	2.0	30	89	0	91	22	25	20	32	1.98
251867--251996	60	2.2	60	84	0	179	21	23	18	36	1.95
252986--253026	19	2.1	20	90	4	66	63	0	0	36	0.95
252988--253031	13	3.1	15	81	15	58	59	0	0	40	0.98
252989--253065	18	4.3	18	67	11	52	58	0	1	40	1.06
255062--255115	20	2.7	20	91	5	83	37	20	11	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255143--255200	19	3.1	18	85	11	80	31	17	15	36	1.91
255184--255210	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
255165--255229	32	2.0	32	90	3	103	40	15	15	29	1.88
255714--255868	78	2.0	79	88	1	231	46	1	5	46	1.36
257468--257498	16	1.9	16	93	0	53	38	3	9	48	1.52
262074--262098	9	2.8	9	100	0	50	48	12	0	40	1.40
262109--262177	20	3.5	20	90	4	104	36	13	18	31	1.89
262215--262352	52	2.7	52	87	2	199	29	14	13	42	1.83
264012--264060	11	4.3	11	76	19	55	0	12	6	81	0.86
266572--266642	27	2.7	26	84	6	88	25	30	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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