genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold18
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4432388

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2368687--2368805	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
2368720--2368795	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
2368711--2368796	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
2368702--2368772	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2371378--2371499	55	2.2	54	95	0	199	26	20	21	31	1.98
2371378--2371511	28	4.9	28	79	2	146	25	20	21	32	1.97
2371386--2371528	28	5.2	28	78	2	101	25	18	23	32	1.97
2381725--2381800	12	6.9	11	81	15	79	39	0	47	13	1.42
2381745--2381801	9	6.7	9	72	11	57	42	0	45	12	1.41
2381715--2381830	42	2.8	42	89	2	162	43	0	43	11	1.46
2381766--2381815	24	2.1	24	84	0	64	46	0	42	12	1.41
2391080--2391135	23	2.4	23	90	0	85	28	33	17	19	1.95
2391810--2391843	18	1.9	18	94	5	61	41	0	11	47	1.40
2393994--2394225	104	2.2	103	85	2	313	25	25	14	35	1.93
2394133--2394300	75	2.2	75	85	3	221	27	23	13	35	1.92
2394158--2394299	75	1.9	75	89	2	223	28	22	11	36	1.90
2398949--2399002	21	2.6	21	83	16	69	29	20	16	33	1.95
2399069--2399114	20	2.2	20	85	11	58	34	17	6	41	1.75
2402218--2402270	28	1.9	27	88	3	79	69	3	13	13	1.31
2402244--2402279	18	2.0	18	89	10	56	55	2	25	16	1.55
2405718--2405756	15	2.6	15	79	0	51	82	2	12	2	0.89
2406346--2406421	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2406345--2406430	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
2406336--2406454	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
2413549--2413853	161	1.9	161	79	7	343	28	16	12	42	1.85
2420940--2421853	457	2.0	455	97	1	1713	40	20	16	22	1.91
2427605--2428090	243	2.0	243	100	0	972	23	28	12	35	1.91
2429049--2429083	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
2429047--2429137	42	2.2	42	84	4	121	40	2	45	12	1.54
2441229--2441292	12	5.9	11	80	15	64	39	0	46	14	1.44
2441249--2441280	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
2441219--2441300	42	2.0	42	92	0	137	43	1	42	12	1.49
2441228--2441300	12	6.6	11	74	16	55	41	1	43	13	1.53
2448681--2448751	20	3.5	20	79	7	90	39	14	12	33	1.83
2451795--2451876	28	3.0	28	80	7	87	58	7	19	14	1.59
2452654--2452770	58	2.0	58	81	3	137	29	23	17	29	1.97
2457454--2457564	51	2.2	51	88	3	161	34	14	21	29	1.93
2457579--2457693	50	2.3	50	83	1	140	28	13	26	30	1.94
2457576--2457693	51	2.3	51	82	1	157	27	13	28	29	1.94
2457662--2457927	79	3.4	79	87	1	403	33	15	24	26	1.95
2457310--2457772	130	3.6	128	77	7	450	33	12	24	28	1.92
2459287--2459359	20	3.8	18	85	12	92	42	15	13	28	1.85
2460111--2460393	45	6.5	45	77	12	272	38	14	26	20	1.91
2460156--2460393	86	2.7	87	90	1	370	37	14	27	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2460369--2460632	61	4.4	59	80	8	295	26	21	26	25	1.99
2460648--2460955	55	5.4	55	82	9	366	25	20	26	27	1.99
2460648--2460934	117	2.5	118	87	6	410	25	19	27	27	1.99
2460879--2461055	94	1.8	96	90	9	288	24	20	29	25	1.99
2460425--2461028	325	1.8	327	89	5	950	26	19	28	25	1.99
2460973--2461120	61	2.4	61	92	1	253	27	19	27	25	1.99
2460826--2461214	161	2.5	155	90	6	594	26	19	29	25	1.99
2461034--2461331	100	3.0	99	90	3	463	29	17	29	23	1.97
2462259--2462316	1	58.0	1	82	0	71	0	0	8	91	0.42
2462259--2462315	21	2.8	20	89	7	87	0	0	8	91	0.43
2474833--2474948	51	2.3	51	87	0	169	31	12	26	29	1.92
2474867--2475027	79	2.0	80	84	3	207	32	10	26	31	1.90
2474949--2475080	51	2.6	50	81	8	162	31	12	26	29	1.93
2475016--2475314	79	3.8	79	84	1	406	32	14	25	27	1.95
2474666--2475159	130	3.8	128	77	8	462	34	12	24	28	1.92
2475252--2475415	48	3.4	48	91	4	240	32	13	25	28	1.93
2484403--2484442	20	2.0	20	95	0	71	47	12	15	25	1.80
2487394--2487470	27	2.9	27	84	0	100	25	15	35	23	1.94
2488782--2488810	12	2.3	13	94	5	51	62	6	20	10	1.50
2490777--2490835	27	2.2	27	96	0	109	23	0	45	30	1.53
2492650--2492935	52	5.7	51	71	15	152	31	15	26	27	1.95
2493135--2493288	51	3.0	50	81	7	166	33	11	25	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2493187--2493415	125	1.8	124	80	0	269	32	15	24	28	1.95
2493306--2493444	52	2.7	52	88	1	197	33	18	24	23	1.97
2493501--2493778	79	3.6	80	78	9	297	32	16	25	25	1.96
2493791--2493885	27	3.5	28	81	5	104	11	17	30	40	1.86
2493873--2494069	35	5.6	35	80	8	222	25	14	28	31	1.94
2493862--2494073	72	3.0	71	82	6	270	25	14	28	32	1.95
2494896--2494968	33	2.2	33	90	0	110	34	6	20	38	1.79
2494869--2495043	82	2.1	82	97	0	332	31	8	20	39	1.83
2494869--2495083	82	2.6	82	89	2	272	32	9	21	36	1.85
2504159--2504294	32	4.3	32	77	6	134	11	13	32	42	1.80
2504165--2504286	16	7.6	16	78	0	118	11	13	32	42	1.79
2504260--2504386	53	2.4	54	80	9	143	24	13	24	37	1.91
2505335--2505438	16	6.5	15	72	16	77	19	17	24	39	1.92
2505334--2505438	32	3.3	32	75	15	117	20	17	23	39	1.92
2507376--2507433	22	2.6	22	83	5	73	32	8	10	48	1.68
2507640--2507672	13	2.5	13	90	0	57	24	33	15	27	1.95
2508291--2508366	22	3.5	21	85	8	84	50	10	9	30	1.68
2509125--2509204	22	3.6	22	78	6	90	32	8	8	50	1.64
2509328--2509505	87	2.0	87	87	0	257	30	18	19	31	1.96
2511527--2511882	155	2.3	156	78	7	373	29	11	10	48	1.73
2512444--2512484	20	2.0	21	90	4	66	75	0	21	2	0.92
2517000--2517147	72	2.1	72	92	0	242	37	18	22	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2517435--2517475	20	2.0	21	90	4	66	75	0	21	2	0.92
2524774--2524815	21	2.0	21	85	0	57	33	26	2	38	1.69
2526727--2526768	20	2.1	20	95	0	75	35	14	14	35	1.86
2532924--2532998	13	5.9	13	73	20	54	34	14	14	36	1.87
2534306--2534360	23	2.4	22	77	19	67	70	1	21	5	1.16
2536915--2536988	20	3.7	20	84	10	96	31	17	17	33	1.93
2539567--2539683	58	2.0	58	88	0	171	30	18	23	27	1.98
2540613--2540651	15	2.6	14	80	11	51	82	2	12	2	0.89
2541398--2541473	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
2541388--2541506	42	2.8	42	93	0	202	42	1	46	9	1.46
2541463--2541512	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
2547100--2547170	28	2.5	29	80	11	76	9	19	8	61	1.52
2550608--2550666	30	2.0	30	89	0	91	42	0	42	15	1.46
2550632--2550686	9	6.4	9	75	12	62	41	0	41	16	1.48
2550632--2550714	42	2.0	42	85	0	112	42	2	43	12	1.55
2550671--2550720	18	2.8	18	77	17	50	46	4	44	6	1.47
2553045--2553087	20	2.2	20	100	0	86	20	32	13	32	1.92
2560749--2560867	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
2560767--2560858	24	4.2	23	71	19	79	9	44	2	43	1.49
2560764--2560834	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
2562548--2562640	46	2.0	46	97	0	177	31	19	21	27	1.97
2563746--2563862	58	2.0	58	91	0	189	29	18	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2567432--2567483	27	1.9	27	96	0	95	38	9	30	21	1.85
2572371--2572406	9	3.9	9	88	3	54	11	44	0	44	1.39
2572333--2572412	30	2.7	30	86	3	108	13	42	1	42	1.52
2572358--2572397	21	1.9	21	94	0	71	12	40	2	45	1.56
2584653--2584684	9	3.6	9	91	0	55	43	0	43	12	1.42
2584622--2584741	42	2.9	42	85	0	159	45	0	40	13	1.49
2584632--2584723	24	4.2	22	73	18	75	43	1	40	15	1.54
2591230--2591339	42	2.6	42	86	0	166	10	47	1	40	1.48
2591274--2591333	12	5.5	12	72	25	53	13	48	0	38	1.42
2593328--2593532	102	2.0	102	100	0	410	33	8	24	33	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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